Детский нос
| Детский нос | |||
|---|---|---|---|
 Прочно связанный комплекс между барназой и ее ингибитором барстаром . Барназа окрашена вторичной структурой , а барстар окрашена в синий цвет. [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Детский нос | ||
| ПДБ | 1BRS Больше построек | ||
| ЮниПрот | P00648 | ||
| Другие данные | |||
| Номер ЕС | 3.1.27.- | ||
| |||
Барназа ( сумма «BActerial» «RiboNucleASE») представляет собой бактериальный белок , состоящий из 110 аминокислот и обладающий рибонуклеазной активностью. Он синтезируется и секретируется бактерией Bacillus amyloliquefaciens , но является летальным для клетки, когда экспрессируется без ингибитора барстара . Ингибитор связывается с активным центром рибонуклеазы и блокирует его, предотвращая повреждение барназой клеточной РНК после того, как она была синтезирована, но до того, как она была секретирована. Комплекс барназа/барстар известен своим чрезвычайно прочным связыванием белок-белок со скоростью включения 10 8 с −1 М −1 .
Исследования сворачивания белков
[ редактировать ]Барназа не имеет дисульфидных связей и не требует для сворачивания двухвалентных катионов или непептидных компонентов. Эта простота в сочетании с обратимым переходом сворачивания означает, что барназа была тщательно изучена, чтобы понять, как сворачиваются белки. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Сворачивание барназы широко изучалось в лаборатории Алана Фершта , который использовал его в качестве тестового примера при разработке метода характеристики сворачивания белка, переходных состояний известного как анализ значений фи .
Активный центр и каталитический механизм
[ редактировать ]Барназа катализирует гидролиз по сайтам дирибонуклеотидов GpN. Расщепление происходит в два этапа с использованием общего кислотно-основного механизма образуется циклическое промежуточное соединение : на первом этапе переэтерификации , которое затем гидролизуется с высвобождением расщепленной РНК . Двумя наиболее важными остатками, участвующими в катализе, являются Glu73 и His102, которые необходимы для ферментативной активности. Glu73 является основным основанием, а His102 представляет собой общую кислоту. Хотя Lys27 не участвует напрямую в кислотно-основном катализе, он также имеет решающее значение для активности; он участвует в связывании субстрата в переходном состоянии. [ 5 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ PDB : 1BRS ; Бакл А.М., Шрайбер Г., Фершт А.Р. (август 1994 г.). «Распознавание белок-белок: кристаллоструктурный анализ комплекса барназа-барстар с разрешением 2,0 А». Биохимия . 33 (30): 8878–8889. дои : 10.1021/bi00196a004 . ПМИД 8043575 .
- ^ Серрано Л., Келлис Дж.Т., Канн П., Матушек А., Фершт А.Р. (апрель 1992 г.). «Сворачивание фермента. II. Сущностная структура барназы и вклад различных взаимодействий в стабильность белка». Журнал молекулярной биологии . 224 (3): 783–804. дои : 10.1016/0022-2836(92)90562-X . ПМИД 1569557 .
- ^ Серрано Л., Матушек А., Фершт А.Р. (апрель 1992 г.). «Сворачивание фермента. III. Структура переходного состояния разворачивания барназы, проанализированная с помощью процедуры белковой инженерии». Журнал молекулярной биологии . 224 (3): 805–818. дои : 10.1016/0022-2836(92)90563-Y . ПМИД 1569558 .
- ^ Матушек А., Серрано Л., Фершт А.Р. (апрель 1992 г.). «Сворачивание фермента. IV. Структура промежуточного соединения при рефолдинге барназы, проанализированная с помощью процедуры белковой инженерии». Журнал молекулярной биологии . 224 (3): 819–835. дои : 10.1016/0022-2836(92)90564-Z . ПМИД 1569559 .
- ^ Моссаковска Д.Е., Нюберг К., Фершт А.Р. (май 1989 г.). «Кинетическая характеристика рекомбинантной рибонуклеазы из Bacillus amyloliquefaciens (барназа) и исследование ключевых остатков в катализе с помощью сайт-направленного мутагенеза». Биохимия . 28 (9): 3843–3850. дои : 10.1021/bi00435a033 . ПМИД 2665810 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Аркус В.Л., Вийемье С., Фрейнд С.М., Байкрофт М., Фершт А.Р. (сентябрь 1994 г.). «К решению пути сворачивания барназы: полное определение основной цепи 13C, 15N и 1H ЯМР ее рН-денатурированного состояния» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (20): 9412–9416. Бибкод : 1994PNAS...91.9412A . дои : 10.1073/pnas.91.20.9412 . ПМК 44822 . ПМИД 7937780 .
- Аркус В.Л., Вийемье С., Фройнд С.М., Байкрофт М., Фершт А.Р. (ноябрь 1995 г.). «Сравнение pH, мочевины и температурно-денатурированных состояний барназы с помощью гетероядерного ЯМР: значение для инициации сворачивания белка». Журнал молекулярной биологии . 254 (2): 305–321. дои : 10.1006/jmbi.1995.0618 . ПМИД 7490750 .
- Оливеберг М., Аркус В.Л., Фершт А.Р. (июль 1995 г.). «Значения pKA карбоксильных групп в нативном и денатурированном состояниях барназы: значения pKA денатурированного состояния в среднем на 0,4 единицы ниже, чем у модельных соединений». Биохимия . 34 (29): 9424–9433. дои : 10.1021/bi00029a018 . ПМИД 7626612 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта ферментам статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |