Изменение сгиба
 | Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( февраль 2010 г. ) |
Кратное изменение — это мера, описывающая, насколько величина изменяется между исходным и последующим измерением. Он определяется как соотношение между двумя величинами; для величин A и B кратное изменение B относительно A равно B / A . Другими словами, изменение с 30 на 60 определяется как увеличение в 2 раза. Это также называется «увеличением в один раз». Аналогично, изменение с 30 на 15 называется «уменьшением в 0,5 раза». Складное изменение часто используется при анализе нескольких измерений биологической системы, сделанных в разное время, поскольку изменение, описываемое соотношением между моментами времени, легче интерпретировать, чем разницу .
принято описывать Кратное изменение называется так потому, что увеличение в несколько раз X как « X -кратное увеличение». Таким образом, несколько словарей, в том числе Оксфордский словарь английского языка [1] и словарь Мерриам-Вебстера, [2] а также в Математическом словаре Коллинза определяют «-fold» как «раз», например, «2-кратно» = «2 раза» = «двойной». Вероятно, из-за этого определения многие ученые используют не только «складку», но и «складку», как синоним слова «раз», например, «в 3 раза больше» = «в 3 раза больше». [3] [4] [5]
Складное изменение часто используется при анализе данных экспрессии генов в экспериментах с микрочипами и РНК-Seq для измерения изменения уровня экспрессии гена. [6] Недостатком и серьезным риском использования изменения кратности в этой настройке является то, что она является предвзятой. [7] и может неправильно классифицировать дифференциально экспрессируемые гены с большими различиями ( B - A ), но небольшими соотношениями ( B / A ), что приводит к плохой идентификации изменений при высоких уровнях экспрессии. Более того, когда знаменатель близок к нулю, отношение нестабильно, и на величину кратности изменения может непропорционально влиять шум измерения.
Альтернативное определение
[ редактировать ]Существует альтернативное определение кратного изменения: [ нужна ссылка ] хотя это вообще вышло из употребления. Здесь кратное изменение определяется как отношение разницы между конечным значением и начальным значением, деленная на начальное значение. Для величин A и B кратное изменение задается как ( B - A )/ A или, что эквивалентно, B / A - 1. Эта формулировка имеет привлекательные свойства, такие как отсутствие изменений, равных нулю, 100% -ное увеличение равно 1. , а 100% уменьшение равно −1. Однако устно называть удвоение однократным изменением, а утроение — двукратным изменением, противоречит здравому смыслу, и поэтому эта формулировка используется редко.
Эту формулировку иногда называют относительным изменением .
Складные изменения в геномике и биоинформатике
[ редактировать ]В области геномики (и в более общем смысле в биоинформатике ) современное использование определяет кратное изменение с точки зрения соотношений, а не альтернативного определения. [8] [9]
Однако логарифмические отношения часто используются для анализа и визуализации изменений кратности. Чаще всего используется логарифм по основанию 2: [8] [9] как это легко интерпретировать, например, удвоение исходного масштабирования равно логарифмическому 2 -кратному изменению 1, учетверение равно логарифмическому 2 -кратному изменению 2 и так далее. И наоборот, мера является симметричной, когда изменение уменьшается на эквивалентную величину, например, сокращение вдвое равно логарифмическому 2 -кратному изменению -1, четвертование равно логарифмическому 2 -кратному изменению -2 и так далее. Это приводит к получению более эстетичных графиков, поскольку экспоненциальные изменения отображаются как линейные, что увеличивает динамический диапазон. Например, на оси графика, показывающей логарифмические 2- кратные изменения, 8-кратное увеличение будет отображаться при значении оси 3 (поскольку 2 3 = 8). Однако нет математической причины использовать только логарифм по основанию 2, и из-за множества расхождений в описании логарифмических 2- кратных изменений в экспрессии новый термин « логет ». генов/белков был предложен [10]
См. также
[ редактировать ]Примечания
[ редактировать ]- ^ «Бесплатный OED – Оксфордский словарь английского языка» .
- ^ «Определение ДВОЙСТВА» . 22 марта 2024 г.
- ^ Ценьска, М.; Лабус, К.; Леванчук, М.; Козлецкий Т.; Лизене, Дж.; Бряк, Дж. (2016). «Эффективное гидроксилирование L-тирозина нативной и иммобилизованной тирозиназой» . ПЛОС ОДИН . 11 (10): e0164213. Бибкод : 2016PLoSO..1164213C . дои : 10.1371/journal.pone.0164213 . ПМК 5053437 . ПМИД 27711193 .
- ^ Каннингем, М.В. младший; Уильямс, Дж. М.; Амарал, Л.; Усри, Н.; Валлукат, Г.; Деченд, Р.; ЛаМарка, Б. (2016). «Агонистические аутоантитела к рецептору ангиотензина II типа 1 усиливают индуцированную ангиотензином II чувствительность почечных сосудов и снижают функцию почек во время беременности» . Гипертония . 68 (5): 1308–1313. doi : 10.1161/ГИПЕРТЕНЗИЯ.116.07971 . ПМК 5142826 . ПМИД 27698062 .
- ^ Ли, Б.; Ли, ГГ; Ву, ХМ; Чжан, ФФ; Ли, CJ; Ли, XX; Ламберс, Х.; Ли, Л. (2015). «Корневые экссудаты способствуют межвидовому облегчению за счет усиления клубеньков и N 2 фиксации » . ПНАС . 113 (23): 6496–6501. дои : 10.1073/pnas.1523580113 . ПМЦ 4988560 . ПМИД 27217575 .
- ^ Ташер, Вирджиния Госс; Тибширани, Роберт; Чу, Гилберт (2001). «Анализ значимости микрочипов, применяемых для реакции на ионизирующее излучение» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (18): 5116–5121. Бибкод : 2001PNAS...98.5116T . дои : 10.1073/pnas.091062498 . ПМК 33173 . ПМИД 11309499 .
- ^ Мариани, Ти Джей; Будраджа В.; Мечам Б.Х.; Гу СС; Уотсон М.А.; Садовский Ю. (2003). «Переменный порог изменения кратности определяет значимость для экспрессионных микрочипов» . ФАСЕБ Дж . 17 (2): 321–323. doi : 10.1096/fj.02-0351fje . ПМИД 12475896 . S2CID 16668234 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Робинсон, доктор медицины; Смит, ГК (2008). «Оценка отрицательной биномиальной дисперсии на малой выборке с применением к данным SAGE» . Биостатистика . 9 (2): 321–332. doi : 10.1093/biostatistics/kxm030 . ПМИД 17728317 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б С любовью, Мичиган; Хубер, В.; Андерс, С. (2014). «Умеренная оценка кратности изменения и дисперсии данных секвенирования РНК с помощью DESeq2» . Геномная биология . 15 (12): 550. дои : 10.1186/s13059-014-0550-8 . ПМК 4302049 . ПМИД 25516281 .
- ^ Пахолевска, Алиция (2017). « Loget — унифицированная единица дифференциального выражения для замены logFC и log2FC » . Имеет значение . doi : 10.19185/matters.201706000011 . ISSN 2297-8240 .