Коробка SMK рибопереключатель

S _MK box трансляционный рибопереключатель
S MK box трансляционный рибопереключатель
	Изображение S MK- трансляционного рибопереключателя вторичной структуры бокса , включая цветовую схему, указывающую степень консервативности последовательности.
Идентификаторы
Символ	SMK_box_riboswitch
Альт. Символы	САМ-III, СМК
Рфам	RF01767
Другие данные
РНК Тип	Рибопереключатель
Домен(ы)	Бациллота
PDB Структуры	ПДБе 3e5f 3e5e 3e5c

Рибопереключатель S , который регулирует экспрессию генов у _MK box (также известный как SAM-III) представляет собой элемент РНК бактерий. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} S _MK- бокса Рибопереключатель обнаружен в 5'-UTR гена MetK у молочнокислых бактерий . Структура этого элемента изменяется при связывании с S-аденозилметионином (SAM) до конформации, которая блокирует последовательность блеска-далгарно и блокирует трансляцию гена.

Существуют и другие известные SAM-связывающие рибопереключатели, такие как SAM-I и SAM-II , но они, по-видимому, не имеют сходства по последовательности или структуре с SAM-III.

Структура

Кристаллическая структура рибопереключателя E. faecalis была расшифрована методом рентгеновской кристаллографии . Структура показала, что наиболее консервативные нуклеотиды, участвующие в связывании SAM , расположены вокруг соединения трех спиралей. ^{[ 1 ]} У некоторых видов внутри этой структуры имеются крупные вставки длиной до 210 нуклеотидов.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Лу С., Смит А.М., Фукс Р.Т., Дин Ф., Раджашанкар К., Хенкин Т.М., Ке А. (2008). «Кристаллические структуры рибопереключателя SAM-III/S(MK) раскрывают SAM-зависимый механизм ингибирования трансляции» . Nat Struct Мол Биол . 15 (10): 1076–1083. дои : 10.1038/nsmb.1494 . ПМЦ 3467307 . ПМИД 18806797 .
^ Фукс РТ, Гранди Ф.Дж., Хенкин Т.М. (2006). «Бокс S (MK) - это новая SAM-связывающая РНК для регуляции трансляции SAM-синтетазы». Нат. Структура. Мол. Биол . 13 (3): 226–233. дои : 10.1038/nsmb1059 . ПМИД 16491091 . S2CID 8481958 .
^ Фукс РТ, Гранди Ф.Дж., Хенкин Т.М. (2007). «S-аденозилметионин напрямую ингибирует связывание 30S рибосомальных субъединиц с трансляционной рибопереключающей РНК SMK-бокса» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 104 (12): 4876–4880. Бибкод : 2007PNAS..104.4876F . дои : 10.1073/pnas.0609956104 . ПМЦ 1829232 . ПМИД 17360376 .

Внешние ссылки

Страница трансляционного рибопереключателя SMK box на Rfam

Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid18806797-1] Jump up to: ^а ^б Лу С., Смит А.М., Фукс Р.Т., Дин Ф., Раджашанкар К., Хенкин Т.М., Ке А. (2008). «Кристаллические структуры рибопереключателя SAM-III/S(MK) раскрывают SAM-зависимый механизм ингибирования трансляции» . Nat Struct Мол Биол . 15 (10): 1076–1083. дои : 10.1038/nsmb.1494 . ПМЦ 3467307 . ПМИД 18806797 .

[pmid16491091-2] Фукс РТ, Гранди Ф.Дж., Хенкин Т.М. (2006). «Бокс S (MK) - это новая SAM-связывающая РНК для регуляции трансляции SAM-синтетазы». Нат. Структура. Мол. Биол . 13 (3): 226–233. дои : 10.1038/nsmb1059 . ПМИД 16491091 . S2CID 8481958 .

[pmid17360376-3] Фукс РТ, Гранди Ф.Дж., Хенкин Т.М. (2007). «S-аденозилметионин напрямую ингибирует связывание 30S рибосомальных субъединиц с трансляционной рибопереключающей РНК SMK-бокса» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 104 (12): 4876–4880. Бибкод : 2007PNAS..104.4876F . дои : 10.1073/pnas.0609956104 . ПМЦ 1829232 . ПМИД 17360376 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]