Торстен Швед

Торстен Швед
Торстен Швед
	Проф. Др. Торстен Швед (2015)
Рожденный	2 октября 1967 г. (56 лет) ; Кобург, Германия
Национальность	швейцарский , немецкий
	Научная карьера
Поля	Биоинформатика
Учреждения	Университет Байройта , Университет Фрайбурга , Швейцарский институт биоинформатики , Биоцентр Базельского университета

Торстен Шведе 1967 года в Кобурге ) — немецкий и швейцарский учёный -биоинформатик и профессор Биоцентра (родился 2 октября университета Базельского , Швейцария . ^{[ 1 ]} Он также является проректором по исследованиям Базельского университета. ^{[ 2 ]}

Жизнь

Торстен Шведе изучал биохимию в Университете Байройта и Фрайбургском университете в Германии. После получения докторской степени в 1998 году он работал в исследовательской сфере в глобальной фармацевтической компании GlaxoSmithKline в Женеве . В 2001 году Торстен Шведе был назначен доцентом кафедры структурной биоинформатики в Биоцентру Базельского университета . В следующем году он также стал руководителем группы в Швейцарском институте биоинформатики SIB . В 2007 году биоинформатик стал доцентом , а в 2018 году — профессором кафедры структурной биоинформатики Биоцентрума. С 2014 по 2019 год он был научным директором sciCORE, отвечающим за центральную инфраструктуру научных вычислений в Базельском университете. ^{[ 3 ]} В 2018 году Торстен Шведе был назначен проректором по научной работе Базельского университета.

Работа

Торстен Шведе разрабатывает методы ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} и алгоритмы для моделирования трехмерных структур белков и их свойств, чтобы получить знания об их функциях на атомном уровне. Основное внимание в его работе уделяется методам моделирования гомологии . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} которые позволяют моделировать структуру белков, используя в качестве шаблонов структуры экспериментально охарактеризованных структур белков-гомологов. Торстен Шведе разработал Swiss-model — полностью автоматизированный веб- сервер для моделирования белковых структур, который позволяет прогнозировать белковые структуры на основе экспериментально охарактеризованных структур белков-гомологов. Чтобы оценить точность предсказанных структур, его группа разработала QMEAN. ^{[ 8 ]} метод для моделей растворимых и мембранных белков. ^{[ 9 ]} Он инициировал проект CAMEO по непрерывной автоматизированной слепой оценке методов прогнозирования структуры, который дополняет деятельность проводимого два раза в год эксперимента CASP .

Помимо предсказания белковых структур, его группа работает над моделированием взаимодействий белок- лиганд . Используя скрининг in silico , они смогли идентифицировать новые потенциальные ингибиторы вируса денге . Методом рентгеновской кристаллографии гистидинаммиаклиазы фермента ( гистидазы). Торстен Шведе выявил новый электрофильный кофактор ферментов, который образуется в результате автокаталитической модификации белкового остова. ^{[ 10 ]}

Награды и почести

В 2022 г. избран членом Европейской академии. ^{[ 11 ]}

Ссылки

^ "Резюме" . Biozentrum.unibas.ch . Проверено 4 сентября 2023 г.
^ «Вице-президент по исследованиям, профессор доктор Торстен Шведе» . unibas.ch . Проверено 5 сентября 2023 г.
^ «SIB Швейцарский институт биоинформатики» . сиб.швейцарский. 14 февраля 2019 года . Проверено 4 сентября 2023 г.
^ Биазини М., Бинерт С., Уотерхаус А., Арнольд К., Студер Г., Шмидт Т., Кифер Ф., Кассарино Т.Г., Бертони М., Бордоли Л., Шведе Т. (2014). «ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ: моделирование третичной и четвертичной структуры белка с использованием эволюционной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (П1): 195–201. дои : 10.1093/нар/gku340 . ПМК 4086089 . ПМИД 24782522 .
^ Студер Г., Тауриелло Г., Бьнерт С., Биазини М., Джонер Н., Шведе, Т. (2021). «ProMod3-Универсальный набор инструментов для моделирования гомологии» . PLOS Вычислительная биология . 17 (1): e1008667. Бибкод : 2021PLSCB..17E8667S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1008667 . ПМЦ 7872268 . ПМИД 33507980 .
^ Шведе, Торстен; Кнопп, Юрген; Гекс, Николя; Пайч, Мануэль К. (2003). «SWISS-MODEL: Автоматизированный сервер моделирования гомологии белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3381–5. дои : 10.1093/нар/gkg520 . ПМК 168927 . ПМИД 12824332 .
^ Шведе, Торстен (2013). «Моделирование белка: что случилось с «разрывом в структуре белка»?» . Структура . 21 (9): 1531–1540. дои : 10.1016/j.str.2013.08.007 . ПМК 3816506 . ПМИД 24010712 .
^ Бенкерт П., Кунцли М., Шведе Т. (2009). «Сервер QMEAN для оценки качества модели белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (проблема с веб-сервером): W510–4. дои : 10.1093/нар/gkp322 . ПМК 2703985 . ПМИД 19429685 .
^ Штудер, Габриэль; Биазини, Марко; Шведе, Торстен (2014). «Оценка локального структурного качества моделей трансмембранных белков с использованием статистических потенциалов (QMEANBrane)» . Биоинформатика . 30 (17): 505–11. doi : 10.1093/биоинформатика/btu457 . ПМК 4147910 . ПМИД 25161240 .
^ Шведе, Торстен; Ретей, Янош; Шульц, Георг Э. (1999). «Кристаллическая структура гистидин-аммиаклиазы, раскрывающая новую модификацию полипептида в качестве каталитического электрофила». Биохимия . 38 (17): 5355–5361. дои : 10.1021/bi982929q . ПМИД 10220322 .
^ Избранный член Европейской академии ae-info.org. Проверено 4 сентября 2023 г.

Внешние ссылки

[1] "Резюме" . Biozentrum.unibas.ch . Проверено 4 сентября 2023 г.

[2] «Вице-президент по исследованиям, профессор доктор Торстен Шведе» . unibas.ch . Проверено 5 сентября 2023 г.

[3] «SIB Швейцарский институт биоинформатики» . сиб.швейцарский. 14 февраля 2019 года . Проверено 4 сентября 2023 г.

[pmid24782522-4] Биазини М., Бинерт С., Уотерхаус А., Арнольд К., Студер Г., Шмидт Т., Кифер Ф., Кассарино Т.Г., Бертони М., Бордоли Л., Шведе Т. (2014). «ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ: моделирование третичной и четвертичной структуры белка с использованием эволюционной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (П1): 195–201. дои : 10.1093/нар/gku340 . ПМК 4086089 . ПМИД 24782522 .

[pmid33507980-5] Студер Г., Тауриелло Г., Бьнерт С., Биазини М., Джонер Н., Шведе, Т. (2021). «ProMod3-Универсальный набор инструментов для моделирования гомологии» . PLOS Вычислительная биология . 17 (1): e1008667. Бибкод : 2021PLSCB..17E8667S . дои : 10.1371/journal.pcbi.1008667 . ПМЦ 7872268 . ПМИД 33507980 .

[6] Шведе, Торстен; Кнопп, Юрген; Гекс, Николя; Пайч, Мануэль К. (2003). «SWISS-MODEL: Автоматизированный сервер моделирования гомологии белков» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (13): 3381–5. дои : 10.1093/нар/gkg520 . ПМК 168927 . ПМИД 12824332 .

[7] Шведе, Торстен (2013). «Моделирование белка: что случилось с «разрывом в структуре белка»?» . Структура . 21 (9): 1531–1540. дои : 10.1016/j.str.2013.08.007 . ПМК 3816506 . ПМИД 24010712 .

[pmid19429685-8] Бенкерт П., Кунцли М., Шведе Т. (2009). «Сервер QMEAN для оценки качества модели белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (проблема с веб-сервером): W510–4. дои : 10.1093/нар/gkp322 . ПМК 2703985 . ПМИД 19429685 .

[9] Штудер, Габриэль; Биазини, Марко; Шведе, Торстен (2014). «Оценка локального структурного качества моделей трансмембранных белков с использованием статистических потенциалов (QMEANBrane)» . Биоинформатика . 30 (17): 505–11. doi : 10.1093/биоинформатика/btu457 . ПМК 4147910 . ПМИД 25161240 .

[10] Шведе, Торстен; Ретей, Янош; Шульц, Георг Э. (1999). «Кристаллическая структура гистидин-аммиаклиазы, раскрывающая новую модификацию полипептида в качестве каталитического электрофила». Биохимия . 38 (17): 5355–5361. дои : 10.1021/bi982929q . ПМИД 10220322 .

[11] Избранный член Европейской академии ae-info.org. Проверено 4 сентября 2023 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ WorldCat
Национальный	Франция Данные БнФ Германия Израиль Соединенные Штаты Чешская Республика Нидерланды
академики	ДБЛП Google Академика ОРЦИД Давайте опубликуем Идентификатор исследователя
Другой	ИдРеф