LOC105377021
| LOC105377021 | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символ | UNQ6490, PRO21339, (LOC389102, YPLR6490) |
LOC105377021 — белок , который у человека кодируется геном LOC105377021 . [ 1 ] [ 2 ] LOC105377021 демонстрирует экспрессионную патологию, связанную с раком молочной железы, в частности тройным негативным раком молочной железы . [ 3 ] [ 4 ] LOC105377021 содержит богатую серином область в дополнение к предсказанным мотивам альфа-спирали. [ 5 ] [ 2 ]
Ген и мРНК
[ редактировать ]LOC105377021 локализуется на (3p2; антисмысловая цепь) человека (Homo sapiens хромосоме 3 ), приблизительно соответствующей рамке считывания TRIM71. [ 2 ] [ 6 ] [ 7 ] Соответствующий ген имеет 2473 нуклеотида . [ 2 ] имеется один экзон . В мРНК LOC105377021p [ 2 ] В базе данных генов NCBI не прогнозируется альтернативный сплайсинг. [ 2 ]
Белок
[ редактировать ]Первичная структура белка
[ редактировать ]На рисунке ниже показана основная структура первичного белка с N-концом и C-концом в соответствующих аннотациях. Оранжевый домен представляет собой предсказанную последовательность ядерной локализации , а синий домен представляет собой остаток экзона LOC105377021. [ 8 ]
| Количество аминокислот | Расчетная изоэлектрическая точка | Расчетная молекулярная масса | Конкурсный повторный блок | Перепредставленные аминокислоты |
|---|---|---|---|---|
| 168 [ 2 ] | 11.438 [ 9 ] | 18,2 кдал [ 10 ] [ 11 ] | РАРП | Никто [ 10 ] [ 11 ] |
Вторичная структура белка
[ редактировать ]Согласно Ali2D ( структурный предиктор множественного выравнивания последовательностей для белков), LOC105377021, по прогнозам, будет образовывать в основном альфа- спираль (см. Красное выделение, синее выделение соответствует бета-листу ). [ 5 ]
Третичная структура белка
[ редактировать ]LOC105377021 имеет заметный C-концевой повтор остатков серина, потенциально способный образовывать дисульфидные связи . [ 2 ] Одна дисульфидная связь (139-148) была предсказана с помощью программного обеспечения DISULFIDE. [ 12 ] Кроме того, профиль I TASSER показывает несколько альфа-спиралей разных цветов в дополнение к потенциальным мотивам поворота (см. I TASSER 3D Prediction of LOC105377021). [ 13 ]
Модификации белка и локализация
[ редактировать ]Предсказанная модификация белка LOC105377021 представляет собой фосфорилирование с участками по всему белку, включая богатую серином конструкцию вблизи С-конца белка. [ 14 ] [ 15 ] Кроме того, есть прогнозируемые доказательства присутствия добавок O-связанного β-N-ацетилглюкозамина в С-концевой области. [ 16 ] [ 17 ] Существуют прогнозируемые доказательства последовательности ядерной локализации, ориентированной на N-конец, предоставленные PSORT при частичной поддержке программного обеспечения PHOBIUS. [ 8 ] [ 18 ]
Характер экспрессии и патология микрочипов
[ редактировать ]Базовое выражение и рак молочной железы
[ редактировать ]По сравнению со средней экспрессией человеческого белка, LOC105377021 экспрессируется на уровне 0,9%, что классифицируется как низкое. [ 6 ] У людей: черепа, кишечника, яичников, почек и яичек подтверждают эту тенденцию. ткани [ 6 ]
Данные микрочипов подтверждают экспрессию LOC105377021 в некоторых тканях рака молочной железы, включая метастазы в лимфатическую и легочную ткань. [ 4 ] Существуют потенциальные доказательства более высокой экспрессии LOC105377021 во время тройного негативного рака молочной железы , что затмевает нормальный уровень секреции указанного белка. [ 3 ] На рисунке ниже показана потенциальная линия тренда для этой модели (показана зеленым цветом, с тройным отрицательным микроматрицей слева). Как указано в легенде к рисунку, красные столбцы относятся к левой оси для количества образцов, тогда как синие точки показывают процент экспрессии LOC105377021 в каждом образце (правая ось).
Эта фотография любезно предоставлена NCBI Geo Profiles Accession GDS4069.
Экспрессия тканей мозга
[ редактировать ]Согласно исследованию Allen Brain Atlas, семь ключевых тканей мозга экспрессируют LOC105377021. [ 19 ] Височная доля , теменная доля , поясная извилина , парагиппокампальная извилина и островковая доля — это пять всеобъемлющих областей семи тканей головного мозга, экспрессия которых была выделена. Аннотированные рисунки ниже служат довольно целостным представлением краниальной экспрессии в контексте LOC105377021. Области, заштрихованные светло-голубым цветом, предполагают более плотную экспрессию LOC105377021, тогда как более темные зеленые и ярко-красные демонстрируют меньшую и наименьшую степень экспрессии соответственно. Все семь областей экспрессии, включая среднюю височную извилину , короткую островковую извилину, постцентральную извилину , поясную извилину , нижнюю височную извилину , парагиппокампальную извилину и верхнюю височную извилину , изображены на профилях Атласа мозга Аллена ниже.
Эти фотографии любезно предоставлены Атласом мозга Аллена.
Эволюционные отношения и гомология
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]Инструмент Basic Local Alignment Sequence Tool ( BLAST ) показывает, что ортологи LOC105377021 в значительной степени однородны и принадлежат млекопитающим. [ 20 ] Важные ортологи разделены на три категории: приматы, водные млекопитающие и хорьки/хорькоподобные животные. Pongo abelii и Tursiops truncatus являются наиболее отдаленными и родственными ортологами соответственно. Речной дельфин — первый ортолог, отделившийся от когорты со сходством 80% и более. Ниже приводится список избранных найденных ортологов:
| Общее имя | Виды рода | Регистрационный номер NCBI [ 21 ] | % сходства | % Личность | Длина белка (в аминокислотах) | Ортологические псевдонимы [ 21 ] |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Человек | Мудрый человек | XP_011532636.1 | 100 | 100 | 168 | LOC389102, YPLR6490, UNQ6490, PRO21339 |
| Суматранский орангутан | я поставил абелиуса | XP_002814002.1 | 98 | 98 | 170 | ЛОК100446670 |
| Беличья Обезьяна | Боливийский боливийский саймири | XP_010339850.1 | 96 | 96 | 167 | LOC101034964 |
| Золотая курносая обезьяна | Ринопитек рокселлана | XP_010352756.1 | 96 | 95 | 170 | LOC104655070 |
| Оливковый павиан | Папио анубис | XP_003895275.1 | 96 | 95 | 170 | LOC101001601 |
| Ангольский черно-белый колобус | Ангольский колобус в маскировке | XP_011816934.1 | 95 | 92 | 171 | ЛОК105525785 |
| Мышиный лемур | Микроавтобус муринус | XP_012624670.1 | 93 | 92 | 169 | ЛОК105873906 |
| Северный большой галаго | Отолемур гранаттии | XP_012661211.1 | 89 | 87 | 167 | ЛОК100965366 |
| Зондский летающий лемур | Галеоптерус вариегатус | XP_008581853 | 87 | 86 | 151 | LOC103599484 |
| Косатка | Орцинус косатка | XP_004279764.1 | 82 | 80 | 282 | SEC31 |
| Кашалот | Физитер катодон | XP_007125317.1 | 82 | 80 | 230 | ЛОК10299578 |
| Значок | Литоты стандартные | XP_007464989.1 | 78 | 76 | 217 | ЛОК103081437 |
| Звездоносый крот | Кондилура кристата | XP_012590632.1 | 77 | 74 | 162 | LOC101633309 |
| трубкозуб | Ориктеропус после этого | XP_007946855.1 | 76 | 71 | 186 | ЛОК103203593 |
| Капская слоновая землеройка | Слоник Эдварда | XP_006890725.1 | 71 | 67 | 225 | ЛОК102845592 |
| Мыс Золотой Крот | Хризохлорис азиатский | XP_006859232.1 | 69 | 66 | 264 | ЛОК102816436 |
| Двугорбый верблюд | Верблюды бактрианы | XP_010958002.1 | 54 | 54 | 126 | ЛОК105072685 |
| Обыкновенный афалина | Турсиоп усеченный | XP_004315393.1 | 50 | 46 | 166 | ЛОК101335194 |
Темп эволюции
[ редактировать ]Предполагается, что темп эволюции LOC105377021 с момента его появления (у людей) будет медленным. Эта скорость соответствует цитохрому c 6A1 и альфа- фибриногену с использованием методов скорректированной дивергенции.
На приведенном выше графике скорректированных расхождений показаны три линии: альфа-фибриноген красным, ортолог LOC (он же LOC105377021) синим и цитохром c 6A1 зеленым. Эти линии связаны с темпом эволюции LOC105377021, что подтверждено с помощью геномного анализа скорректированной дивергенции.
Однонуклеотидные полиморфизмы
[ редактировать ]На следующей диаграмме показаны однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в различных областях белка. SNP выделены зеленым цветом, при этом код SNP справа кодирует переключатели в аминокислотах. [ 22 ]
| Полиморфизм | Химическая природа до полиморфизма | Химическая природа после полиморфизма |
|---|---|---|
| Г7Р | Неполярный | Базовый |
| Р8Л,П | Базовый | Неполярный |
| L25F | Неполярный | Неполярный |
| L29F | Неполярный | Неполярный |
| А34П | Неполярный | Неполярный |
| L51F | Неполярный | Неполярный |
| P54R | Неполярный | Базовый |
| H96R | Базовый | Базовый |
| L97H | Неполярный | Базовый |
| G128R | Неполярный | Базовый |
| S157F | Полярный | Неполярный |
| Y163F | Полярный | Неполярный |
Промотор и регуляция генов
[ редактировать ]По данным Genomatix, LOC389102 (синоним LOC105377021) находится рядом с промотором из 601 пары оснований и 5'UTR длиной 129 пар оснований последовательно. [ 2 ] [ 23 ] Genomatix в целом предсказывает несколько факторов транскрипции. Два предсказанных избранных фактора включают Gli3 и E2F1 . [ 23 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «База данных HGNC названий генов человека | Комитет по генной номенклатуре HUGO» . www.gennamemes.org . Проверено 27 апреля 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я «LOC105377021 предполагаемый неохарактеризованный белок UNQ6490/PRO21339 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 6 февраля 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б «GDS4069/8086024/YPLR6490» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 апреля 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б «101977830 — Профили GEO — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 апреля 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б Реммерт М. «Али2Д» . Toolkit.tuebingen.mpg.de . Архивировано из оригинала 14 мая 2009 г. Проверено 27 апреля 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Тьерри-Миг, Даниэль; Тьерри-Миг, Жан. «AceView - комплексная аннотация генов человека и червей с помощью мРНК или ESTsAceView» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 20 февраля 2016 г.
- ^ «Человеческий БЛАТ-поиск» . genome.ucsc.edu . Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Фобиус» . phobius.sbc.su.se . Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ Толдо Л., Киндлер Б. (2016). «Определение изоэлектрической точки». WWW-шлюз EMBL к службе изоэлектрических точек .
- ^ Перейти обратно: а б Брендель В., Бучер П., Нурбахш И.Р., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (1992). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (6): 2002–6. Бибкод : 1992PNAS...89.2002B . дои : 10.1073/pnas.89.6.2002 . ПМК 48584 . ПМИД 1549558 .
- ^ Перейти обратно: а б Брендель В. (1992). «САПС» . Департамент математики Стэнфордского университета.
- ^ Черони А., Пассерини А., Вулло А., Фраскони П. (июль 2006 г.). «DISULFIND: сервер прогнозирования состояния дисульфидной связи и цистеиновой связи» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (проблема с веб-сервером): W177–81. дои : 10.1093/nar/gkl266 . ПМЦ 1538823 . ПМИД 16844986 .
- ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 6 мая 2016 г.
- ^ «Сканирование мотивов» . myhits.isb-sib.ch . Проверено 27 апреля 2016 г.
- ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (1999). «Предсказание сайтов фосфорилирования эукариотических белков на основе последовательностей и структур» . Журнал молекулярной биологии . 294 (5): 1351–1362. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 . Проверено 27 апреля 2016 г.
- ^ Гупта Р. «Прогнозирование сайтов гликозилирования в протеомах: от посттрансляционных модификаций к функции белка» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 4 мая 2016 г.
- ^ Гупта Р., Брунак С. (2002). «Прогнозирование гликозилирования в протеоме человека и корреляция с функцией белка». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу : 310–22. дои : 10.1142/9789812799623_0029 . ISBN 978-981-02-4777-5 . ПМИД 11928486 . S2CID 13924422 .
- ^ «Добро пожаловать на psort.org!» . www.psort.org . Проверено 24 апреля 2016 г.
- ^ «Данные микроматрицы :: Атлас мозга Аллена: Человеческий мозг» . human.brain-map.org . Проверено 3 мая 2016 г.
- ^ Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В., Липман DJ (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания». Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–10. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . ПМИД 2231712 . S2CID 14441902 .
- ^ Перейти обратно: а б «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2016 г.
- ^ «Домашняя страница dbSNP» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 3 мая 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Геноматикс — анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 24 февраля 2001 г. Проверено 24 апреля 2016 г.