База данных структуры углеводов

База данных структуры углеводов
Содержание
Описание	Природные углеводы с ЯМР , библиографические и биологические аннотации.
Типы данных ; захвачен	углеводные структуры и связанные с ними данные
Организмы	археи , бактерии , грибы , водоросли , высшие растения ;
Контакт
Исследовательский центр	Зелинский институт органической химии
Авторы	Philip V. Toukach, Ksenia S. Egorova, Yuri A. Knirel, et al.
Первичная цитата	База данных структуры углеводов
Дата выпуска	2005
Доступ
Веб -сайт	http://csdb.glycoscience.ru/
Скачать URL	Экспортная функция в веб-интерфейсе
Инструменты
Веб -	Богиня: гликано-ориентированное моделирование спектра ЯМР ; Трава: поколение, ранжирование и назначение сахаридных структур ; Статистика покрытия ; Таксон кластеризация ; GT-Explorer ;
Разнообразный
Версии	да
Выпуск данных ; частота	ежегодный
Версия	1 (объединен)
Политика курирования	Да (ручное и автоматическое)

База данных структуры углеводов ( CSDB ) - это бесплатная кураторская платформа базы данных и сервис в гликоинформатике , запущенная в 2005 году ^{[ 2 ]} Группа русских ученых из Института органической химии ND Zelinsky , Российской академии наук. CSDB магазины опубликовали структурные, таксономические, библиографические и ЯМР-спектроскопические данные о природных углеводах и углеводах, связанных с молекулами.

Обзор

Основными данными, хранящимися в CSDB, являются углеводы бактериальных, грибковых и растений. Каждая структура присваивается организму и обеспечивается связью (ы) для соответствующей научной публикации (и), в которой она была описана. Помимо структурных данных, CSDB также хранит ЯМР -спектры, информацию о методах, используемых для расшифровки конкретной структуры, и некоторых других данных. ^{[ 1 ]}^{[ 3 ]} CSDB обеспечивает доступ к нескольким инструментам исследования, связанных с углеводом:

Моделирование 1D и 2D ЯМР- спектров углеводов ( Богиня: Гликано-ориентированная эмпирическая спектр моделирования спектра, ориентированная на базы данных ). ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}
Автоматизированное ЯМР разъяснение структуры на основе ( трава: генерация, ранжирование и назначение сахаридных структур ). ^{[ 7 ]}
Статистический анализ распределения структурных объектов в гликомах живых организмов ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}
Генерация оптимизированных атомных координат для произвольного сахарида ^{[ 10 ]} и субдатабаза карт конформации.
таксонов Кластеризация на основе сходства гликом ( дерево к углеводам) на основе углеводов ) ^{[ 8 ]}
Гликозилтрансфераза субдатабаза ( GT-Explorer ) ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

История и финансирование

До 2015 года база данных базы данных о структуре углеводов бактерий (BCSDB) и базы данных базы данных структуры углеводов и грибковых углеводов (PFCSDB) существовали параллельно. В 2015 году они присоединились к базе данных структуры углеводов (CSDB). ^{[ 1 ]} Разработка и поддержание CSDB финансировались Международным центром науки и техники (2005-2007 гг.), Программой грантов Российской федерации (2005-2006), Российским фондом фундаментальных исследований (2005-2007, 2012-2014,2015-2017, 2018-2020), Deutsches Krebsforschungszentrum (в краткосрочной перспективе в 2006-2010 годах) и Российский научный фонд (2018-2020).

Источники данных и охват

Основными источниками данных CSDB являются:

Научные публикации, индексированные в специальных базах данных цитирования, в том числе NCBI PubMed и Thomson Reuters Web of Science (около 18000 записей).
CCSD (Carbbank ^{[ 13 ]}) база данных (около 3000 записей).

Данные выбраны и добавляются в CSDB вручную путем просмотра оригинальных научных публикаций. Данные, происходящие из других баз данных, подлежат процедурам коррекции ошибок и утверждения. ^{[ 14 ]} По состоянию на 2017 год охват бактерий и археи - ок. 80% углеводных структур, опубликованных в научной литературе ^{[ 1 ]} Задержка между публикацией относительных данных и их осаждением в CSDB составляет около 18 месяцев. Растения покрыты до 1997 года, а грибы - до 2012 года. ^{[ 15 ]} CSDB не охватывает данные из домена Animalia , кроме одноклеточного метазоа . Существует ряд специальных баз данных на животных углеводах , например, Unicarbkbb ^{[ 16 ]} или glycosciences.de Archived 2021-02-11 на машине Wayback . ^{[ 17 ]}

CSDB, как сообщается, является одним из крупнейших проектов в гликоинформатике . ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}^{[ 24 ]} Он используется в структурных исследованиях природных углеводов ^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}^{[ 27 ]} и в глико-профилировании. ^{[ 28 ]} Содержание CSDB использовалось в качестве источника данных в других гликоинформатики . проектах ^{[ 29 ]}^{[ 30 ]}^{[ 31 ]}^{[ 32 ]}

Депонированные объекты

Молекулярные структуры гликанов , гликополимеров и гликоконъюгатов : первичная структура, информация об агроте , степень полимеризации и класс молекулы. Структурная область включает молекулы, состоящие из остатков ( моносахариды , альдитолы , аминокислоты , жирные кислоты и т. Д.), Связанные гликозидными , сложными, амидными, кетальски Полем
Библиография, связанная со структурами: данные отпечатка, ключевые слова, рефераты, идентификаторы в библиографических базах данных
Биологический контекст структур: связанный таксон , штамм , серогруппа , организм хозяина, информация о заболеваниях. Крытые домены: прокариоты, растения, грибы и отобранные патогенные одноклеточные метазоа . База данных содержит только гликаны, происходящие из этих доменов или полученные путем химической модификации таких гликанов.
Присвоенные ЯМР спектры и экспериментальные условия.
Гликозилтрансферазы, связанные с таксонами: идентификаторы генов и ферментов , полные структуры, доноры и субстраты, методы, используемые для доказывания ферментативной активности, уровень достоверности.
Ссылки на другие базы данных
Другие данные, собранные из оригинальных публикаций
Карты конформации дисахаридов, полученные из молекулярной динамики . моделирования

Взаимосвязь с другими базами данных

CSDB сшивается с другими базами данных GlyComics , ^{[ 33 ]}^{[ 34 ]} например , Monosacchariddb , Glycosciences.D Archived 2021-02-11 в The Wayback Machine , NCBI PubMed , NCBI таксономия , каталог NLM , Международная классификация заболеваний 11 и т. Д. Помимо нативного обозначения, линейный линейный CSDB, линейный, линейный CSDB, ^{[ 35 ]} Структуры представлены в нескольких углеводных обозначениях (SNFG, ^{[ 36 ]} Sweetdb, ^{[ 37 ]} Glycoct, ^{[ 38 ]} Wurcs , ^{[ 39 ]} Гликам , ^{[ 40 ]} и т. д.). CSDB экспортируется в качестве корма для описания ресурса (RDF) в соответствии с онтологией GLYCORDF . ^{[ 41 ]}^{[ 42 ]}

Внешние ссылки

Веб -сайт CSDB
Примеры использования CSDB
Техническая документация CSDB
CSDB линейная (структура кодирования обозначения)
Углеводные базы данных, зарегистрированные в коллекции NAR
Углеводы базы данных в последние десятилетия (Lection)

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2016). «База данных структуры углеводов, объединенная из бактериальных, архейных, растений и грибковых частей» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1229 - D1236. doi : 10.1093/nar/gkv840 . PMC 4702937 . PMID 26286194 .
^ Toukach fv; Knirel YA (2005). «Новая база данных бактериальных углеводных структур». Glycoconjugate Journal . 22 (4–6): 216–217.
^ Харви DJ (2015). «Анализ углеводов и гликоконъюгатов с помощью матричной лазерной десорбции/ионизационной масс-спектрометрии: обновление за 2011-2012 гг.». Обзоры масс -спектрометрии . 36 (3): 255–422. doi : 10.1002/mas.21471 . PMID 26270629 .
^ Капаев Р.Р.; Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2014). «Схема обобщения структуры углеводов для моделирования базы данных экспериментальных наблюдаемых, таких как химические сдвиги ЯМР». Журнал химической информации и моделирования . 54 (9): 2594–2611. doi : 10.1021/ci500267u . PMID 25020143 .
^ Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2015). "Улучшенная схема обобщения структуры углеводов для ¹Рука ¹³C ЯМР моделирование ». Аналитическая химия . 87 (14): 7006–7010. DOI : 10.1021/acs.analchem.5b01413 . PMID 26087011 .
^ Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2016). «Моделирование 2D -ЯМР -спектров углеводов с использованием программного обеспечения богини». Журнал химической информации и моделирования . 56 (6): 1100–1104. doi : 10.1021/acs.jcim.6b00083 . PMID 27227420 .
^ Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2018). «Трава: полуавтоматическая ЯМР, основанная на ЯМР, разъяснение сахаридов» . Биоинформатика . 34 (6): 957–963. doi : 10.1093/bioinformatics/btx696 . PMID 29092007 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Эгорова Кс; Кондакова Ан; Toukach Ph.V. (2015). «База данных структуры углеводов: инструменты для статистического анализа бактериальных, растений и грибковых гликом» . База данных . 2015 : ID BAV073. doi : 10.1093/база данных/bav073 . PMC 4559136 . PMID 26337239 .
^ Herget S.; Toukach Ph.V.; Ранзингер Р.; Корплят мы; Knirel Y.; von der lieth C.-w. (2008). «Статистический анализ бактериальной структуры карбогидратной структуры (BCSDB): характеристики и разнообразие бактериальных углеводов по сравнению с гликанами млекопитающих» . BMC Структурная биология . 8 : ID 35. DOI : 10.1186/1472-6807-8-35 . PMC 2543016 . PMID 18694500 .
^ Chernyshov iy; Toukach Ph.V. (2018). «Беспокойный: автоматизированный перевод последовательностей гликана с нотации на основе остатков в улыбки и координаты атомных» . Биоинформатика . 34 (15): 2679–2681. doi : 10.1093/bioinformatics/bty168 . PMID 29547883 .
^ Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2017). «CSDB_GT: новая кураторская база данных о гликозилтрансферазах» . Гликобиология . 27 (4): 285–290. doi : 10.1093/glycob/cww137 . PMID 28011601 .
^ Эгорова Кс; Knirel Ya; Toukach Ph.V. (2019). «Расширение базы данных гликозилтрансферазы CSDB_GT с Escherichia coli». Гликобиология . 29 (4): 285–287. doi : 10.1093/glycob/cwz006 . PMID 30759212 .
^ Doubet S.; Альберсхайм П. (1992). "Carbbank" . Гликобиология . 2 (6): 505–507. doi : 10.1093/glycob/2.6.505 . PMID 1472756 .
^ Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2012). «Критический анализ качества данных CCSD». Журнал химической информации и моделирования . 52 (11): 2812–2814. doi : 10.1021/ci3002815 . PMID 23025661 .
^ Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2013). «Расширение охвата базы данных структуры углеводов (CSDB)». Исследования углеводов . 389 : 112–114. doi : 10.1016/j.carres.2013.10.009 . PMID 24680503 .
^ Кэмпбелл депутат; Пакер Н.Х. (2016). «Unicarbkbb: новые функции базы данных для интеграции содержания структуры гликана, данных композиционной гликопротеомики и ассоциаций заболеваний». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие субъекты . 1860 (8): 1669–1675. doi : 10.1016/j.bbagen.2016.02.016 . PMID 26940363 .
^ Lütteke T.; Bohne-lang A.; Потеря А.; Гетц Т.; Фрэнк М.; von der lieth C.-w. (2006). «Glycosciences.de: интернет -портал для поддержки гликомиков и исследований гликобиологии» . Гликобиология . 16 (5): 71R - 81R. doi : 10.1093/glycob/cwj049 . PMID 16239495 .
^ Ригден диджей; Фернандес-Суарес XM; Galperin My (2016). «Проблема с базой базы данных 2016 года и обновленную базу данных молекулярной биологии» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1 - D6. doi : 10.1093/nar/gkv1356 . PMC 4702933 . PMID 26740669 .
^ Aoki-Kinoshita KF (2013). «Использование баз данных и веб -ресурсов для Glycomics Research» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (4): 1036–1045. doi : 10.1074/mcp.r112.026252 . PMC 3617328 . PMID 23325765 .
^ Фрэнк М.; Schloissnig S. (2010). «Биоинформатика и молекулярное моделирование в гликобиологии» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 67 (16): 2749–2772. doi : 10.1007/s00018-010-0352-4 . PMC 2912727 . PMID 20364395 .
^ Artemenko NV; McDonald AG; Дэйви ГП; Rudd PM (2012). «Базы данных и инструменты в гликобиологии». Терапевтические белки . Методы в молекулярной биологии. Тол. 899. С. 325–350. doi : 10.1007/978-1-61779-921-1_21 . ISBN 978-1-61779-920-4 Полем PMID 22735963 .
^ Люттеке Т. (2012). «Использование гликоинформатики в гликохимии» . Бейльштейн Журнал органической химии . 8 : 915–929. doi : 10.3762/bjoc.8.104 . PMC 3388882 . PMID 23015842 .
^ Zhulin IB (2015). «Базы данных для микробиологов» . Журнал бактериологии . 197 (15): 2458–2467. doi : 10.1128/jb.00330-15 . PMC 4505447 . PMID 26013493 .
^ Ямада К.; Kakehi K. (2011). «Последние достижения в анализе углеводов для биомедицинского использования». Журнал фармацевтического и биомедицинского анализа . 55 (4): 702–727. doi : 10.1016/j.jpba.2011.02.003 . PMID 21382683 .
^ Fontana C.; Zaccheus m.; Weintraub a.; Ansaruzzaman M.; Widmalm G. (2016). «Структурные исследования полисахарида из штамма Vibrio Parahaemolyticus An-16000» . Исследования углеводов . 432 : 41–49. doi : 10.1016/j.carres.2016.06.004 . PMID 27392309 . S2CID 23129802 .
^ Potekhina NV; Шашков как; Senchenkova sn; Дорофива Л.В.; Evtushenko Li (2012). «Структура гексасахаридного 1-фосфатного полимера из артробактер-uratoxydans vkm ac-1979 (t) стенка». Биохимия (Москва) . 77 (11): 1294–1302. doi : 10.1134/s0006297912110089 . PMID 23240567 . S2CID 9699031 .
^ Чапот-чартельер депутат; Vinogradov E.; Sadovskaya I.; Андре Г.; Мист мой; Trieu-Cuot P.; Фурлан с.; Bidnenko E.; Кортин П.; Péchoux C.; Холс П.; Dufrêne yf; Кулакаускас С. (2010). «Клеточная поверхность Lactococcus lactutis покрыта защитным полисахаридным мехом» . Журнал биологической химии . 285 (14): 10464–10471. Doi : 10.1074/jbc.m109.082958 . PMC 2856253 . PMID 20106971 .
^ Уолш I.; Zhao S.; Кэмпбелл М.; Тарон г; Rudd PM (2016). «Количественное профилирование гликанов и гликопептидов: перспектива информатики». Современное мнение в структурной биологии . 40 : 70–80. doi : 10.1016/j.sbi.2016.07.022 . PMID 27522273 .
^ Ранзингер Р.; York WS (2015). "Glycomedb". Гликоинформатика . Методы в молекулярной биологии. Тол. 1273. С. 109–124. doi : 10.1007/978-1-4939-2343-4_8 . ISBN 978-1-4939-2342-7 Полем PMID 25753706 .
^ Ранзингер Р.; Herget S.; von der lieth C.W.; Фрэнк М. (2011). «Glycomedb - единая база данных для углеводных структур» . Исследование нуклеиновых кислот . 39 (проблема базы данных): D373-376. doi : 10.1093/nar/gkq1014 . PMC 3013643 . PMID 21045056 .
^ Aoki-kinoshita kf; и др. (2016). «Glytoucan 1.0 - Международный репозиторий структуры гликана» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1237-1242. doi : 10.1093/nar/gkv1041 . PMC 4702779 . PMID 26476458 .
^ Кэмпбелл депутат; Ранзингер Р.; Lütteke T.; Mariethoz J.; Hayes CA.; Zhang J.; Akune Y.; Aoki-kinoshita kf; Damerell D.; Карла Г.; Йорк WS; Haslam SM; Наримацу Х.; Рудд ПМ; Карлссон Нг; Packer NH; Лисацек Ф. (2014). «Язвы инструментов для стандартизированного и систематического изучения гликанов» . BMC Bioinformatics . 15 (Suppl 1): Suppl 1: S9. doi : 10.1186/1471-2105-15-S1-S9 . PMC 4016020 . PMID 24564482 .
^ Ранзингер Р.; Herget S.; Влажный т.; von der lieth C.-w. (2008). «Glycomedb - Интеграция баз данных по структуре углеводов с открытым доступом» . BMC Bioinformatics . 9 : ID 384. DOI : 10.1186/1471-2105-9-384 . PMC 2567997 . PMID 18803830 .
^ Toukach Ph.V.; Джоши Х.; Ранзингер Р.; Knirel Y.; von der lieth C.-w. (2007). «Совместное использование мировых распределенных углеводных цифровых ресурсов: онлайн-соединение бактериальной базы данных структуры углеводов и Glycosciences.de» . Исследование нуклеиновых кислот . 35 (проблема базы данных): D280 - D286. doi : 10.1093/nar/gkl883 . PMC 1899093 . PMID 17202164 .
^ Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2020). «Новые особенности линейного CSDB по сравнению с другими углеводами». Журнал химической информации и моделирования . 60 (3): 1276–1289. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00744 . PMID 31790229 . S2CID 226214957 .
^ Varki A.; и др. (2015). «Символ номенклатура для графических представлений о гликанах» . Гликобиология . 25 (12): 1323–1324. doi : 10.1093/glycob/cwv091 . PMC 4643639 . PMID 26543186 .
^ Потеря А.; Bunsmann P.; Bohne A.; Потеря А.; Schwarzer E.; Lang E.; von der lieth C.-w. (2002). «Sweet-DB: попытка создать аннотированные коллекции данных для углеводов» . Исследование нуклеиновых кислот . 30 (1): 405–408. doi : 10.1093/nar/30.1.405 . PMC 99123 . PMID 11752350 .
^ Herget S.; Ранзингер Р.; Маас К.; von der lieth C.-w. (2008). «Glycoct - объединяющий формат последовательности для углеводов». Исследования углеводов . 343 (12): 2162–2171. doi : 10.1016/j.carres.2008.03.011 . PMID 18436199 .
^ Танака К.; Aoki-kinoshita kf; Котера М.; Саваки Х.; Цучия С.; Fujita N.; Shikanai T.; Като М.; Kawano S.; Yamada I.; Наримацу Х. (2014). "Wurcs: уникальное представление Web3 углеводов " Журнал химической информации и моделирования 54 (6): 1558–1 Doi : 10.1021/ ci4 PMID 24897372
^ Киршнер Кн; Yongye ab; TSchampel SM; González-Outeiriño J.; Дэниелс Кр; Фоли Бл; Вудс Р.Дж. (2008). «Glycam06: обобщаемое биомолекулярное силовое поле. Углеводы» . Журнал вычислительной химии . 29 (4): 622–655. doi : 10.1002/jcc.20820 . PMC 4423547 . PMID 17849372 .
^ Ранзингер Р.; Aoki-kinoshita kf; Кэмпбелл депутат; Kawano S.; Lütteke T.; Okuda S.; Shinmachi D.; Shikanai T.; Саваки Х.; TOUCACH PH.V.; Matsubara M.; Yamada I.; Наримацу Х. (2015). "Glycordf: онтология для стандартизации данных о гликоме в RDF " Биоинформатика 31 (6): 919–9 Doi : 10.1093/ bioinformatics/ btu7 PMC 4380026 . PMID 25388145
^ Aoki-kinoshita kf; Болман Дж.; Кэмпбелл депутат; Kawano S.; Ким Дж.; Lütteke T.; Matsubara M.; Okuda S.; Ранзингер Р.; Саваки Х.; Shikanai T.; Shinmachi D.; Suzuki y.; TOUCACH PH.V.; Yamada I.; Packer NH; Наримацу Х. (2013). «Представление данных гликомиков в семантическую паутину » Журнал биомедицинской семантики 4 (1): ID 39. DOI : 10.1186/ 2041-1480-4-3 4177142PMC PMID 24280648

[Merged_CSDB-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2016). «База данных структуры углеводов, объединенная из бактериальных, архейных, растений и грибковых частей» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1229 - D1236. doi : 10.1093/nar/gkv840 . PMC 4702937 . PMID 26286194 .

[first-2] Toukach fv; Knirel YA (2005). «Новая база данных бактериальных углеводных структур». Glycoconjugate Journal . 22 (4–6): 216–217.

[3] Харви DJ (2015). «Анализ углеводов и гликоконъюгатов с помощью матричной лазерной десорбции/ионизационной масс-спектрометрии: обновление за 2011-2012 гг.». Обзоры масс -спектрометрии . 36 (3): 255–422. doi : 10.1002/mas.21471 . PMID 26270629 .

[GODDESS-4] Капаев Р.Р.; Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2014). «Схема обобщения структуры углеводов для моделирования базы данных экспериментальных наблюдаемых, таких как химические сдвиги ЯМР». Журнал химической информации и моделирования . 54 (9): 2594–2611. doi : 10.1021/ci500267u . PMID 25020143 .

[GODDESS_1H-5] Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2015). "Улучшенная схема обобщения структуры углеводов для ¹Рука ¹³C ЯМР моделирование ». Аналитическая химия . 87 (14): 7006–7010. DOI : 10.1021/acs.analchem.5b01413 . PMID 26087011 .

[GODDESS_2D-6] Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2016). «Моделирование 2D -ЯМР -спектров углеводов с использованием программного обеспечения богини». Журнал химической информации и моделирования . 56 (6): 1100–1104. doi : 10.1021/acs.jcim.6b00083 . PMID 27227420 .

[GRASS-7] Капаев Р.Р.; Toukach Ph.V. (2018). «Трава: полуавтоматическая ЯМР, основанная на ЯМР, разъяснение сахаридов» . Биоинформатика . 34 (6): 957–963. doi : 10.1093/bioinformatics/btx696 . PMID 29092007 .

[taxon_clustering-8] Jump up to: ^а ^{беременный} Эгорова Кс; Кондакова Ан; Toukach Ph.V. (2015). «База данных структуры углеводов: инструменты для статистического анализа бактериальных, растений и грибковых гликом» . База данных . 2015 : ID BAV073. doi : 10.1093/база данных/bav073 . PMC 4559136 . PMID 26337239 .

[Statistics-9] Herget S.; Toukach Ph.V.; Ранзингер Р.; Корплят мы; Knirel Y.; von der lieth C.-w. (2008). «Статистический анализ бактериальной структуры карбогидратной структуры (BCSDB): характеристики и разнообразие бактериальных углеводов по сравнению с гликанами млекопитающих» . BMC Структурная биология . 8 : ID 35. DOI : 10.1186/1472-6807-8-35 . PMC 2543016 . PMID 18694500 .

[RESTLESS-10] Chernyshov iy; Toukach Ph.V. (2018). «Беспокойный: автоматизированный перевод последовательностей гликана с нотации на основе остатков в улыбки и координаты атомных» . Биоинформатика . 34 (15): 2679–2681. doi : 10.1093/bioinformatics/bty168 . PMID 29547883 .

[CSDB_GT-11] Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2017). «CSDB_GT: новая кураторская база данных о гликозилтрансферазах» . Гликобиология . 27 (4): 285–290. doi : 10.1093/glycob/cww137 . PMID 28011601 .

[CSDB_GT2-12] Эгорова Кс; Knirel Ya; Toukach Ph.V. (2019). «Расширение базы данных гликозилтрансферазы CSDB_GT с Escherichia coli». Гликобиология . 29 (4): 285–287. doi : 10.1093/glycob/cwz006 . PMID 30759212 .

[13] Doubet S.; Альберсхайм П. (1992). "Carbbank" . Гликобиология . 2 (6): 505–507. doi : 10.1093/glycob/2.6.505 . PMID 1472756 .

[Critical-14] Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2012). «Критический анализ качества данных CCSD». Журнал химической информации и моделирования . 52 (11): 2812–2814. doi : 10.1021/ci3002815 . PMID 23025661 .

[PFCSDB-15] Эгорова Кс; Toukach Ph.V. (2013). «Расширение охвата базы данных структуры углеводов (CSDB)». Исследования углеводов . 389 : 112–114. doi : 10.1016/j.carres.2013.10.009 . PMID 24680503 .

[unicarbkb-16] Кэмпбелл депутат; Пакер Н.Х. (2016). «Unicarbkbb: новые функции базы данных для интеграции содержания структуры гликана, данных композиционной гликопротеомики и ассоциаций заболеваний». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие субъекты . 1860 (8): 1669–1675. doi : 10.1016/j.bbagen.2016.02.016 . PMID 26940363 .

[17] Lütteke T.; Bohne-lang A.; Потеря А.; Гетц Т.; Фрэнк М.; von der lieth C.-w. (2006). «Glycosciences.de: интернет -портал для поддержки гликомиков и исследований гликобиологии» . Гликобиология . 16 (5): 71R - 81R. doi : 10.1093/glycob/cwj049 . PMID 16239495 .

[18] Ригден диджей; Фернандес-Суарес XM; Galperin My (2016). «Проблема с базой базы данных 2016 года и обновленную базу данных молекулярной биологии» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1 - D6. doi : 10.1093/nar/gkv1356 . PMC 4702933 . PMID 26740669 .

[19] Aoki-Kinoshita KF (2013). «Использование баз данных и веб -ресурсов для Glycomics Research» . Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (4): 1036–1045. doi : 10.1074/mcp.r112.026252 . PMC 3617328 . PMID 23325765 .

[20] Фрэнк М.; Schloissnig S. (2010). «Биоинформатика и молекулярное моделирование в гликобиологии» . Клеточные и молекулярные науки о жизни . 67 (16): 2749–2772. doi : 10.1007/s00018-010-0352-4 . PMC 2912727 . PMID 20364395 .

[21] Artemenko NV; McDonald AG; Дэйви ГП; Rudd PM (2012). «Базы данных и инструменты в гликобиологии». Терапевтические белки . Методы в молекулярной биологии. Тол. 899. С. 325–350. doi : 10.1007/978-1-61779-921-1_21 . ISBN 978-1-61779-920-4 Полем PMID 22735963 .

[22] Люттеке Т. (2012). «Использование гликоинформатики в гликохимии» . Бейльштейн Журнал органической химии . 8 : 915–929. doi : 10.3762/bjoc.8.104 . PMC 3388882 . PMID 23015842 .

[23] Zhulin IB (2015). «Базы данных для микробиологов» . Журнал бактериологии . 197 (15): 2458–2467. doi : 10.1128/jb.00330-15 . PMC 4505447 . PMID 26013493 .

[24] Ямада К.; Kakehi K. (2011). «Последние достижения в анализе углеводов для биомедицинского использования». Журнал фармацевтического и биомедицинского анализа . 55 (4): 702–727. doi : 10.1016/j.jpba.2011.02.003 . PMID 21382683 .

[25] Fontana C.; Zaccheus m.; Weintraub a.; Ansaruzzaman M.; Widmalm G. (2016). «Структурные исследования полисахарида из штамма Vibrio Parahaemolyticus An-16000» . Исследования углеводов . 432 : 41–49. doi : 10.1016/j.carres.2016.06.004 . PMID 27392309 . S2CID 23129802 .

[26] Potekhina NV; Шашков как; Senchenkova sn; Дорофива Л.В.; Evtushenko Li (2012). «Структура гексасахаридного 1-фосфатного полимера из артробактер-uratoxydans vkm ac-1979 (t) стенка». Биохимия (Москва) . 77 (11): 1294–1302. doi : 10.1134/s0006297912110089 . PMID 23240567 . S2CID 9699031 .

[27] Чапот-чартельер депутат; Vinogradov E.; Sadovskaya I.; Андре Г.; Мист мой; Trieu-Cuot P.; Фурлан с.; Bidnenko E.; Кортин П.; Péchoux C.; Холс П.; Dufrêne yf; Кулакаускас С. (2010). «Клеточная поверхность Lactococcus lactutis покрыта защитным полисахаридным мехом» . Журнал биологической химии . 285 (14): 10464–10471. Doi : 10.1074/jbc.m109.082958 . PMC 2856253 . PMID 20106971 .

[28] Уолш I.; Zhao S.; Кэмпбелл М.; Тарон г; Rudd PM (2016). «Количественное профилирование гликанов и гликопептидов: перспектива информатики». Современное мнение в структурной биологии . 40 : 70–80. doi : 10.1016/j.sbi.2016.07.022 . PMID 27522273 .

[29] Ранзингер Р.; York WS (2015). "Glycomedb". Гликоинформатика . Методы в молекулярной биологии. Тол. 1273. С. 109–124. doi : 10.1007/978-1-4939-2343-4_8 . ISBN 978-1-4939-2342-7 Полем PMID 25753706 .

[30] Ранзингер Р.; Herget S.; von der lieth C.W.; Фрэнк М. (2011). «Glycomedb - единая база данных для углеводных структур» . Исследование нуклеиновых кислот . 39 (проблема базы данных): D373-376. doi : 10.1093/nar/gkq1014 . PMC 3013643 . PMID 21045056 .

[31] Aoki-kinoshita kf; и др. (2016). «Glytoucan 1.0 - Международный репозиторий структуры гликана» . Исследование нуклеиновых кислот . 44 (D1): D1237-1242. doi : 10.1093/nar/gkv1041 . PMC 4702779 . PMID 26476458 .

[32] Кэмпбелл депутат; Ранзингер Р.; Lütteke T.; Mariethoz J.; Hayes CA.; Zhang J.; Akune Y.; Aoki-kinoshita kf; Damerell D.; Карла Г.; Йорк WS; Haslam SM; Наримацу Х.; Рудд ПМ; Карлссон Нг; Packer NH; Лисацек Ф. (2014). «Язвы инструментов для стандартизированного и систематического изучения гликанов» . BMC Bioinformatics . 15 (Suppl 1): Suppl 1: S9. doi : 10.1186/1471-2105-15-S1-S9 . PMC 4016020 . PMID 24564482 .

[33] Ранзингер Р.; Herget S.; Влажный т.; von der lieth C.-w. (2008). «Glycomedb - Интеграция баз данных по структуре углеводов с открытым доступом» . BMC Bioinformatics . 9 : ID 384. DOI : 10.1186/1471-2105-9-384 . PMC 2567997 . PMID 18803830 .

[Integration_1-34] Toukach Ph.V.; Джоши Х.; Ранзингер Р.; Knirel Y.; von der lieth C.-w. (2007). «Совместное использование мировых распределенных углеводных цифровых ресурсов: онлайн-соединение бактериальной базы данных структуры углеводов и Glycosciences.de» . Исследование нуклеиновых кислот . 35 (проблема базы данных): D280 - D286. doi : 10.1093/nar/gkl883 . PMC 1899093 . PMID 17202164 .

[35] Toukach Ph.V.; Эгорова К.С. (2020). «Новые особенности линейного CSDB по сравнению с другими углеводами». Журнал химической информации и моделирования . 60 (3): 1276–1289. doi : 10.1021/acs.jcim.9b00744 . PMID 31790229 . S2CID 226214957 .

[36] Varki A.; и др. (2015). «Символ номенклатура для графических представлений о гликанах» . Гликобиология . 25 (12): 1323–1324. doi : 10.1093/glycob/cwv091 . PMC 4643639 . PMID 26543186 .

[37] Потеря А.; Bunsmann P.; Bohne A.; Потеря А.; Schwarzer E.; Lang E.; von der lieth C.-w. (2002). «Sweet-DB: попытка создать аннотированные коллекции данных для углеводов» . Исследование нуклеиновых кислот . 30 (1): 405–408. doi : 10.1093/nar/30.1.405 . PMC 99123 . PMID 11752350 .

[38] Herget S.; Ранзингер Р.; Маас К.; von der lieth C.-w. (2008). «Glycoct - объединяющий формат последовательности для углеводов». Исследования углеводов . 343 (12): 2162–2171. doi : 10.1016/j.carres.2008.03.011 . PMID 18436199 .

[39] Танака К.; Aoki-kinoshita kf; Котера М.; Саваки Х.; Цучия С.; Fujita N.; Shikanai T.; Като М.; Kawano S.; Yamada I.; Наримацу Х. (2014). "Wurcs: уникальное представление Web3 углеводов " Журнал химической информации и моделирования 54 (6): 1558–1 Doi : 10.1021/ ci4 PMID 24897372

[40] Киршнер Кн; Yongye ab; TSchampel SM; González-Outeiriño J.; Дэниелс Кр; Фоли Бл; Вудс Р.Дж. (2008). «Glycam06: обобщаемое биомолекулярное силовое поле. Углеводы» . Журнал вычислительной химии . 29 (4): 622–655. doi : 10.1002/jcc.20820 . PMC 4423547 . PMID 17849372 .

[Ontology-41] Ранзингер Р.; Aoki-kinoshita kf; Кэмпбелл депутат; Kawano S.; Lütteke T.; Okuda S.; Shinmachi D.; Shikanai T.; Саваки Х.; TOUCACH PH.V.; Matsubara M.; Yamada I.; Наримацу Х. (2015). "Glycordf: онтология для стандартизации данных о гликоме в RDF " Биоинформатика 31 (6): 919–9 Doi : 10.1093/ bioinformatics/ btu7 PMC 4380026 . PMID 25388145

[Integration_2-42] Aoki-kinoshita kf; Болман Дж.; Кэмпбелл депутат; Kawano S.; Ким Дж.; Lütteke T.; Matsubara M.; Okuda S.; Ранзингер Р.; Саваки Х.; Shikanai T.; Shinmachi D.; Suzuki y.; TOUCACH PH.V.; Yamada I.; Packer NH; Наримацу Х. (2013). «Представление данных гликомиков в семантическую паутину » Журнал биомедицинской семантики 4 (1): ID 39. DOI : 10.1186/ 2041-1480-4-3 4177142PMC PMID 24280648

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]