Sphingomonas yanoikuyae
| Sphingomonas yanoikuyae | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Биномиальное название | |
| Sphingomonas yanoikuyae Yabuuchi et al. 1990
| |
Sphingomonas yanoikuyae -это короткий стержень , строго аэробный , грамотрицательный , не мотильный , неформляющий, химитеротрофные виды бактерий, которые являются желтыми или не совсем белыми по цвету. [ 1 ] Его типовым штаммом является JCM 7371 (= GIFU 9882). Это примечательно для разложения различных ароматических соединений, включая бифенил , нафталин , фенантрин , толуол , м- и п- ксилол . [ 2 ] [ 3 ] S. Yanoikuyae был обнаружен Брайаном Гудманом на южном побережье Папуа -Новой Гвинеи . Тем не менее, Sphingomonas имеют широкое распределение по пресной воде, морской воде и наземным местам обитания. Это связано с способностью бактерий расти и выживать в условиях низкого содержания питания, поскольку в нем может использоваться широкий спектр органических соединений. [ 4 ]
Микробиологические характеристики
[ редактировать ]Зрелые клетки S. yanoikuyae обычно состоят из коротких стержней групп, которые составляют 0,3-0,8 мкм на 1,0-2,7 мкм в размерных и образуют желто-пигментированные колонии. [ 1 ] Эта бактерия является уникальной среди грамотрицательных бактерий, потому что в ней отсутствуют липополисахариды эндотоксина (LPS), а вместо этого имеет клеточную мембрану, состоящую из фосфолипидов, белков и дыхательных хинонов, а также внешней мембраны, содержащей гликосфингинголипиды (GSLS). [ 5 ] Это делает S. yanoikuyae более гидрофобными по сравнению с другими грамотрицательными бактериями. Переходя к метаболизму, поскольку S. yanoikuyae - хемогетеротроф, [ 1 ] it primarily derives its energy from chemicals and other organisms. S. yanoikuyae has the ability to metabolize a wide variety of different carbon sources, such as L-arabinose, D-xylose, galactose, Salicin, mannose, D-turanose, and caprate.[4] S. yanoikuyae primarily uses glucose to encourage growth, but also uses other sugars such as arabinose, galactose, mannose, fucose, lactose, xylose, trehalose, melibiose, and sucrose. More so, the bacteria obtains energy from sources like Dimethyl phthalate (DMP), biphenyl, naphthalene, phenanthrene, toluene, and m-/p-xylene.[2][3]
Environment
[edit]Due to S. yanoikuyae’s ability to survive in conditions of low concentrations of nutrients, this bacteria has been found in various environments, ranging from terrestrial to aqueous habitats.[4] Not only this, but S. yanoikuyae has also been found in a few locations contaminated by toxic compounds, such as pentachlorophenol, PCBs, herbicides, and creosote, and immediately displayed their versatility when researchers discovered that it utilized one or more of the contaminants as their carbon sources.[4] Additionally, S. yanoikuyae can degrade monosaccharides, polysachharides, and disaccharides. In regards to their unique bio-degradative and biosynthetic abilities, S. yanoikuyae are potential candidates to possibly be used in future biotechnological applications, such as bioremediation of environmental contaminants.[4] This is significant as its metabolic mechanisms can be utilized in bioremediation and food technology. This means that while S. yanoikuyae has been found in Papua New Guinea[2] and marine sediments off the ocean floor of the South China Sea, it will likely be cultured from its habitats and transferred to various environments.[1]
Phenotypic and Genetic Characteristics
[edit]S. yanoikuyae’s genome size is approximately 5,353,044 base pairs,[6] the bacteria stains Gram-negative, has a G+C content of 64.3%, and is non-motile.[1] This bacteria has a pH optima of 6.8, but can survive in pH conditions ranging from 6.0 to 9.0. Additionally, its temperature optima is 28𝇈C, with a range of 13𝇈C-30𝇈C, and it is a slight halophilic (2-5% NaCl).[5][6]
References
[edit]- ^ Jump up to: a b c d e Yabuuchi E, Yano I, Oyaizu H, Hashimoto Y, Ezaki T, Yamamoto H (1990). "Proposals of Sphingomonas paucimobilis gen. nov. and comb. nov., Sphingomonas parapaucimobilis sp. nov., Sphingomonas yanoikuyae sp. nov., Sphingomonas adhaesiva sp. nov., Sphingomonas capsulata comb. nov., and two genospecies of the genus Sphingomonas". Microbiology and Immunology. 34 (2): 99–119. doi:10.1111/j.1348-0421.1990.tb00996.x. PMID 2111872. S2CID 23019663.
- ^ Jump up to: a b c Zylstra, G J; Kim, E (1997). "Aromatic hydrocarbon degradation by Sphingomonas yanoikuyae B1". Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 19 (5–6): 408–414. doi:10.1038/sj.jim.2900475. ISSN 1367-5435. PMID 26601331. S2CID 40987827.
- ^ Jump up to: a b Rentz JA, Alvarez PJ, Schnoor JL (February 2008). "Benzo[a]pyrene degradation by Sphingomonas yanoikuyae JAR02". Environmental Pollution. 151 (3): 669–77. doi:10.1016/j.envpol.2007.02.018. PMID 17482734.
- ^ Jump up to: a b c d e Gu, J., Han, B., Duan, S., Zhao, Z., W, Yuping. (2009). "Degradation of the endocrine-disrupting dimethyl phthalate carboxylic ester by Sphingomonas yanoikuyae DOS01 isolated from the South China Sea and the biochemical pathway". International Biodeterioration & Biodegradation. 63 (4): 450–455. doi:10.1016/j.ibiod.2008.12.004.
{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) - ^ Jump up to: a b Wang, Y., Liu, H., Peng, Y., Tong, L., Feng, L., & Ma, K. (2018). "Characterization of diethyl phthalate-degrading bacterium Sphingobium yanoikuyae SHJ". Data in Brief. 20: 1758–1763. doi:10.1016/j.dib.2018.09.033. PMC 6161454. PMID 30276230.
{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) - ^ Jump up to: a b Zhao Q, Hu H, Wang W, Peng H, Zhang X. (2015). «Последовательность генома Sphingobium yanoikuyae B1, полициклический ароматический углеводородный штамм» . Геном объявление . 3 (1). doi : 10.1128/genomea.01522-14 . PMC 4319601 . PMID 25657282 .
{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Stallforth, Пьер; Адибекян, Александр; Seeberger, Peter H. (2008). «Синтез de novo тиогликозида адгалактуроновой кислоты как ключ к общему синтезу гликосфинголипида из сепгомонасьяноикуйе». Органические буквы . 10 (8): 1573–1576. doi : 10.1021/ol800227b . ISSN 1523-7060 . PMID 18363404 .
- CHO O, Choi KY, Zylstra GJ, et al. (Февраль 2005 г.). «Катаболическая роль трехкомпонентной салицилатксигеназы из Sphingomonas yanoikuyae B1 в полициклическом ароматическом углеводородном деградации». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 327 (3): 656–62. doi : 10.1016/j.bbrc.2004.12.060 . PMID 15649397 .