Мотив РНК YjdF
| Белок неизвестной функции (DUF2992) | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | DUF2992 | ||
| Пфам | ПФ11208 | ||
| |||
| yjdF РНК | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символ | yjdF |
| Рфам | RF01764 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Цис-рег ; |
| Домен(ы) | Бактерии ; |
| ТАК | ТАК: 0005836 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Мотив yjdF РНК представляет собой консервативную структуру РНК , идентифицированную с помощью биоинформатики . [ 1 ] Большинство РНК yjdF локализовано в бактериях , относящихся к типу Bacillota . РНК yjdF обнаружена в предполагаемой 5'-нетранслируемой области (5'-UTR) гена у yjdF Bacillus subtilis , и почти все РНК yjdF обнаружены в 5'-UTR гомологов этого гена. Функция гена yjdF неизвестна, но белок , который, по прогнозам, он кодирует, классифицируется в базе данных Pfam как DUF2992. [ 2 ]
Умеренно сложная вторичная структура и положения нуклеотидов, консервативные в мотиве РНК yjdF , а также тот факт, что он, вероятно, присутствует в 5'-UTR, привели к гипотезе, что yjdF РНК функционируют как рибопереключатели . Вместо этого одна РНК yjdF обнаружена в предполагаемой 5'-UTR генов, кодирующих ферменты, участвующие в синтезе никотинамидадениндинуклеотида (NAD + ). В этих РНК отсутствует область консервативного мотива РНК yjdF , и они могут быть нефункциональными или соответствовать отдельной структуре, которая выполняет ту же функцию. Если РНК yjdF являются рибопереключателями, эта другая РНК может связывать отдельный небольшой молекулы лиганд .
Эксперименты подтверждают вывод о том, что РНК yjdF у B. subtilis действительно находится в 5'-UTR гена yjdF и что yjdF гены транскрибируются отдельно от вышестоящего manPA оперона . [ 1 ] Биохимическая функция РНК yjdF остается неизвестной.
РНК yjdF, по-видимому, функционируют как рибопереключатели, которые воспринимают азаароматические соединения, хотя точное соединение или набор соединений, которые воспринимаются этим рибопереключателем в клетке, остается неясным. [ 3 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с Вайнберг З., Ван Дж. Х., Бог Дж. и др. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата в структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов» . Геном Биол . 11 (3): С31. дои : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . ПМЦ 2864571 . ПМИД 20230605 .
- ^ «DUF2992 (PF11208)» . ИнтерПро .
- ^ Ли С., Хван XY, Став С., Брейкер Р.Р. (2016). «Кандидат на рибопереключатель yjdF регулирует экспрессию генов, связывая различные азаароматические соединения» . РНК . 22 (4): 530–41. дои : 10.1261/rna.054890.115 . ПМЦ 4793209 . ПМИД 26843526 .