Рибопереключатель SAM-SAH
| Рибопереключатель SAM/SAH | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура рибопереключателей SAM-SAH | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Рибопереключатель SAM/SAH |
| Рфам | RF01727 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Рибопереключатель |
| Домен(ы) | Родобактерии |
| PDB Структуры | ПДБе |
Рибопереключатель SAM-SAH представляет собой консервативную структуру РНК у некоторых бактерий , которая связывает S -аденозилметионин (SAM) и S -аденозилгомоцистеин (SAH) и поэтому считается рибопереключателем . [ 1 ] Рибопереключатели SAM-SAH не имеют видимого структурного сходства с известными рибопереключателями, которые связывают SAM или SAH. Сродство связывания для обоих соединений одинаково, но связывание с SAH, по крайней мере, несколько сильнее. Рибопереключатели SAM-SAH встречаются исключительно Rhodobacterales , отряда альфапротеобактерий у . Они всегда обнаруживаются в очевидных 5'-нетранслируемых областях генов metK , которые кодируют фермент ( метионин-аденозилтрансферазу ), синтезирующий SAM.
Учитывая эту ассоциацию генов, было высказано предположение, что рибопереключатели SAM-SAH с большей вероятностью функционируют как SAM-чувствительные РНК. Рибопереключатели SAM-SAH относительно невелики среди известных рибопереключателей, что может быть связано с их неспособностью дискриминировать SAH. Однако способность отторгать SAH как лиганд может не иметь значения в физиологических условиях, поскольку клеточная концентрация SAM выше. [ 2 ]
Область консервативной структуры рибопереключателей SAM-SAH включает предсказанную последовательность Шайна-Дальгарно ( сайт связывания рибосомы ) нижестоящих генов metK . Эти нуклеотиды необходимы для оптимального связывания с лигандом и могут образовывать псевдоузел с концевой петлей внутри основной структуры «стебель-петля» . Окклюзия последовательности Шайна-Дальгарно может быть механизмом, с помощью которого рибопереключатели SAM-SAH регулируют экспрессию нижестоящих генов.
Трехмерная структура рибопереключателя SAM-SAH была определена двумя независимыми группами. [ 3 ] [ 4 ]
См. также
[ редактировать ]- Рибопереключатель SAM-I
- Рибопереключатель SAM-II
- Рибопереключатель SAM-III
- Рибопереключатель SAM-IV
- SAM-V riboswitch
- Рибопереключатель SAM-VI
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х., Бог Дж. и др. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата в структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов» . Геном Биол . 11 (3): С31. дои : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . ПМЦ 2864571 . ПМИД 20230605 .
- ^ Уеланд П.М. (сентябрь 1982 г.). «Фармакологические и биохимические аспекты S-аденозилгомоцистеина и S-аденозилгомоцистеингидролазы». Фармакол. Преподобный . 34 (3): 223–253. ПМИД 6760211 .
- ^ Вайкманн А.К., Келлер Х., Вурм Дж.П., Штребитцер Е., Юэн М.А., Кремсер Дж., Вайнберг З., Кройц К., Дюхардт-Фернер Е., Вёнерт Дж. (март 2019 г.). «Структура рибопереключателя, связывающего SAM/SAH» . Нуклеиновые кислоты Рез . 47 (5): 2654–2665. дои : 10.1093/nar/gky1283 . ПМК 6411933 . ПМИД 30590743 .
- ^ Хуан Л., Ляо Т.В., Ван Дж., Ха Т., Лилли Д.М. (июль 2020 г.). «Кристаллическая структура и индуцированное лигандом сворачивание рибопереключателя SAM/SAH» . Нуклеиновые кислоты Рез . 48 (13): 7545–7556. дои : 10.1093/nar/gkaa493 . ПМК 7367207 . ПМИД 32520325 .