Jump to content

Переворот пептидной плоскости

Переворот пептидной плоскости — это тип конформационного изменения , которое может произойти в белках, при котором двугранные углы соседних аминокислот претерпевают крупномасштабные вращения с небольшим смещением боковых цепей . Переворот плоскости определяется как поворот двугранных углов φ,ψ при аминокислотах i и i+1 так, что результирующие углы остаются в структурно стабильных областях пространства Рамачандрана . Ключевое требование состоит в том, чтобы сумма угла ψ i остатка i и угла φ i+1 остатка i+1 оставалась примерно постоянной; по сути, переворот — это перемещение коленчатого вала вокруг оси, определяемой буквой C. а -C¹ и НЗ а векторы связей пептидной группы, которые примерно параллельны. Например, бета-повороты типа I и типа II отличаются простым переворотом центральной пептидной группы поворота.

В динамике белка

[ редактировать ]

Значение переворота плоскости пептида в динамике нативного состояния было установлено для некоторых белков путем сравнения кристаллических структур одного и того же белка в нескольких конформациях . [ 1 ] Например, перевороты пептидов были описаны как важные в каталитическом цикле флаводоксина. [ 2 ] и в формировании амилоидных структур, где их способность обеспечивать низкоэнергетический путь между бета-листом и так называемой конформацией альфа-листа , как предполагается, облегчает ранние стадии амилоидогенеза. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Переворот пептидной плоскости также может иметь важное значение на ранних стадиях сворачивания белка . [ 1 ]

В кристаллографии

[ редактировать ]

В белковых структурах, определенных с помощью рентгеновской кристаллографии , плохая геометрия пептидной плоскости описывается как обычная проблема; многие структуры нуждаются в коррекции путем переворота пептидной плоскости или переворота пептидной связи . [ 6 ]

  1. ^ Jump up to: а б Хейворд, С. (2001). «Переворот пептидной плоскости в белках» . Белковая наука . 10 (11): 2219–27. дои : 10.1110/ps.23101 . ПМК   2374056 . ПМИД   11604529 .
  2. ^ Людвиг, МЛ; Паттридж, Калифорния; Мецгер, Алабама; Диксон, ММ; Эрен, М; Фэн, Ю; Свенсон, Р.П. (11 февраля 1997 г.). «Контроль окислительно-восстановительных потенциалов флаводоксина Clostridium beijerinckii: роль изменений конформации». Биохимия . 36 (6): 1259–80. дои : 10.1021/bi962180o . ПМИД   9063874 .
  3. ^ Милнер-Уайт, Дж. Э.; Уотсон, доктор медицинских наук; Ци, Г; Хейворд, С. (сентябрь 2006 г.). «Образование амилоида может включать взаимное превращение альфа-в бета-листов посредством переворота плоскости пептида» . Структура . 14 (9): 1369–76. дои : 10.1016/j.str.2006.06.016 . ПМИД   16962968 .
  4. ^ Даггетт, В. (2006). «Альфа-лист: токсичный конформер при амилоидных заболеваниях?». Acc Chem Res . 39 (9): 594–602. дои : 10.1021/ar0500719 . ПМИД   16981675 .
  5. ^ Армен, РС; ДеМарко, ML; Алонсо, DO; Даггетт, В. (2004). «Структура α-складчатых пластинок Полинга и Кори может определять префибриллярный амилоидогенный промежуточный продукт при амилоидном заболевании» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (32): 11622–7. Бибкод : 2004PNAS..10111622A . дои : 10.1073/pnas.0401781101 . ПМК   511030 . ПМИД   15280548 .
  6. ^ Тау, В.Г.; Йоостен, Р.П.; Врианд, Г. (август 2015 г.). «Обнаружение транс-цис-переворотов и переворотов пептидной плоскости в белковых структурах» . Acta Crystallographica Раздел D. 71 (Часть 8): 1604–14. дои : 10.1107/S1399004715008263 . ПМЦ   4528797 . ПМИД   26249342 .


Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 8dffe8cd413e823d63112cadb62da1a7__1695898500
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/8d/a7/8dffe8cd413e823d63112cadb62da1a7.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Peptide plane flipping - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)