Переворот пептидной плоскости
Переворот пептидной плоскости — это тип конформационного изменения , которое может произойти в белках, при котором двугранные углы соседних аминокислот претерпевают крупномасштабные вращения с небольшим смещением боковых цепей . Переворот плоскости определяется как поворот двугранных углов φ,ψ при аминокислотах i и i+1 так, что результирующие углы остаются в структурно стабильных областях пространства Рамачандрана . Ключевое требование состоит в том, чтобы сумма угла ψ i остатка i и угла φ i+1 остатка i+1 оставалась примерно постоянной; по сути, переворот — это перемещение коленчатого вала вокруг оси, определяемой буквой C. а -C¹ и НЗ а векторы связей пептидной группы, которые примерно параллельны. Например, бета-повороты типа I и типа II отличаются простым переворотом центральной пептидной группы поворота.
В динамике белка
[ редактировать ]Значение переворота плоскости пептида в динамике нативного состояния было установлено для некоторых белков путем сравнения кристаллических структур одного и того же белка в нескольких конформациях . [ 1 ] Например, перевороты пептидов были описаны как важные в каталитическом цикле флаводоксина. [ 2 ] и в формировании амилоидных структур, где их способность обеспечивать низкоэнергетический путь между бета-листом и так называемой конформацией альфа-листа , как предполагается, облегчает ранние стадии амилоидогенеза. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Переворот пептидной плоскости также может иметь важное значение на ранних стадиях сворачивания белка . [ 1 ]
В кристаллографии
[ редактировать ]В белковых структурах, определенных с помощью рентгеновской кристаллографии , плохая геометрия пептидной плоскости описывается как обычная проблема; многие структуры нуждаются в коррекции путем переворота пептидной плоскости или переворота пептидной связи . [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Хейворд, С. (2001). «Переворот пептидной плоскости в белках» . Белковая наука . 10 (11): 2219–27. дои : 10.1110/ps.23101 . ПМК 2374056 . ПМИД 11604529 .
- ^ Людвиг, МЛ; Паттридж, Калифорния; Мецгер, Алабама; Диксон, ММ; Эрен, М; Фэн, Ю; Свенсон, Р.П. (11 февраля 1997 г.). «Контроль окислительно-восстановительных потенциалов флаводоксина Clostridium beijerinckii: роль изменений конформации». Биохимия . 36 (6): 1259–80. дои : 10.1021/bi962180o . ПМИД 9063874 .
- ^ Милнер-Уайт, Дж. Э.; Уотсон, доктор медицинских наук; Ци, Г; Хейворд, С. (сентябрь 2006 г.). «Образование амилоида может включать взаимное превращение альфа-в бета-листов посредством переворота плоскости пептида» . Структура . 14 (9): 1369–76. дои : 10.1016/j.str.2006.06.016 . ПМИД 16962968 .
- ^ Даггетт, В. (2006). «Альфа-лист: токсичный конформер при амилоидных заболеваниях?». Acc Chem Res . 39 (9): 594–602. дои : 10.1021/ar0500719 . ПМИД 16981675 .
- ^ Армен, РС; ДеМарко, ML; Алонсо, DO; Даггетт, В. (2004). «Структура α-складчатых пластинок Полинга и Кори может определять префибриллярный амилоидогенный промежуточный продукт при амилоидном заболевании» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (32): 11622–7. Бибкод : 2004PNAS..10111622A . дои : 10.1073/pnas.0401781101 . ПМК 511030 . ПМИД 15280548 .
- ^ Тау, В.Г.; Йоостен, Р.П.; Врианд, Г. (август 2015 г.). «Обнаружение транс-цис-переворотов и переворотов пептидной плоскости в белковых структурах» . Acta Crystallographica Раздел D. 71 (Часть 8): 1604–14. дои : 10.1107/S1399004715008263 . ПМЦ 4528797 . ПМИД 26249342 .
 | Эта по биохимии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |