Джон Маккаскилл

Джон Маккаскилл
Джон Маккаскилл
Рожденный	1957 ; Австралия
Альма-матер	Сиднейский университет
Занятие	Химик
Известный	Обработка информации в развивающихся и самоорганизующихся молекулярных системах

Джон С. Маккаскилл (род. 1957) — австралийский химик, работающий в самых разных областях: от теоретической биохимии до новых вычислений и искусственной жизни .

Биография

После окончания Сиднейского университета в 1978 году ( консультант Р. Г. Гилберта ) и получения степени доктора философии (D. Phil.) в 1982 году в качестве стипендиата Родса в Нью-колледже Оксфорда Маккаскилл присоединился к группе лауреата Нобелевской премии Манфреда Эйгена в Институте Макса Планка. по биофизической химии в Геттингене, Германия. Он стал профессором теоретической биохимии в Йенском университете имени Фридриха Шиллера в 1992 году, основав междисциплинарную исследовательскую группу по обработке биомолекулярной информации (BioMIP) в Институте молекулярной биотехнологии (imb Jena), области, в которой он был пионером в течение 25 лет, занимая должности в GMD (Национальный исследовательский центр информационных технологий), Общество Фраунгофера , Рурский университет в Бохуме , Институт Санта-Фе и Европейский центр живых технологий в Университете Ка' Фоскари в Венеции . ^{[ 1 ]}

Исследовать

Маккаскилл наиболее известен своими работами по обработке информации в развивающихся и самоорганизующихся молекулярных системах, охватывающими теоретические и экспериментальные подходы, включая новые устройства и системы. Его ранние работы по молекулярной эволюции были теоретическими: они использовали неравновесную статистическую механику для решения уравнений Эйгена молекулярных квазивидов для создания реалистичных ландшафтов приспособленности. ^{[ 2 ]} . ^{[ 3 ]} Он разработал ансамблевый подход к предсказанию структуры РНК , который сейчас широко используется. ^{[ 4 ]} и внес ряд вкладов, как теоретических, так и экспериментальных, в изучение молекулярной эволюции с пространственным разрешением , включая экспериментальную реализацию с пространственным разрешением. капиллярных и микрожидкостных проточных реакторов ^{[ 5 ]} ^{[ 6 ]} а также создание NGEN и MEREGEN, крупномасштабных реконфигурируемых систолических компьютеров для моделирования пространственной эволюции на основе перепрограммируемого FPGA. оборудования ^{[ 7 ]}

С 2000 года он разработал химическую микропроцессорную технологию для электронно программируемой материи с помощью микромасштабной электрохимии . применил его для разработки новых подходов к искусственным клеткам и системам процессинга ДНК/РНК, включая in vitro системы процессинга ДНК/РНК , включая Qß РНК , 3SR , SDA , 3SR-Predator-Prey. , ^{[ 8 ]} ЛОВИТЬ ^{[ 9 ]} и оптические вычислительные системы ДНК на основе магнитных шариков в микрофлюидных реакторах ^{[ 10 ]} Маккаскилл возглавил международную инициативу по исследованию эволюционирующих искусственных химических клеток в рамках финансируемого ЕС проекта PACE , одного из первых проектов по изучению восходящего подхода к созданию искусственной живой клетки. ^{[ 11 ]} ^{[ 12 ]} ^{[ 13 ]} . ^{[ 14 ]} Совсем недавно его исследования привели к разработке новых автономных и программируемых электронно-химических систем, возглавив другие проекты, финансируемые ЕС, ECCell и MICREAgents , и открыв широкий спектр потенциальных приложений в фундаментальных и прикладных исследованиях.

Текущая работа Маккаскилла включает моделирование существенного взаимодействия самоорганизации и эволюции в живых химических системах, а также исследование потенциала электронно-химических гибридных информационных технологий, основанных на этих свойствах. Он опубликовал более 100 научных публикаций, читал курсы и руководил докторскими диссертациями по различным дисциплинам, от химии, физики и биологии до информатики, а его междисциплинарная работа, сочетающая теорию и эксперимент, была отмечена на приглашенных лекциях на международных конференциях по всему миру. Он был первым директором Европейского центра живых технологий и с тех пор входит в его научный совет. Хотя основная работа Маккаскилла связана с фундаментальной наукой, она помогла создать несколько новых компаний и продолжает включать в себя координацию крупных совместных проектов, способствующих новым связям между наукой и промышленностью.

Ссылки

^ Джон, Маккаскилл. «Резюме Маккаскилла» (PDF) . biomip.org . Проверено 7 августа 2019 г.
^ Маккаскилл, Дж. С. (1984). «Порог локализации макромолекулярных квазивидов по непрерывно распределенной скорости репликации». Журнал химической физики . 80 (10): 5194–5202. Бибкод : 1984ЖЧФ..80.5194М . дои : 10.1063/1.446590 .
^ Эйген, Манфред, Маккаскилл, Джон и Шустер, Питер. «Молекулярные квазивиды». Адв. хим. Phys 75 (1989): 149–263, 1988. doi:10.1002/9780470141243.ch4.
^ Маккаскилл, Джон (1990). «Равновесная статистическая сумма и вероятности связывания пар оснований для вторичной структуры РНК». Биополимеры . 29 (6–7): 1105–1119. дои : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-0DE3-9 . ПМИД 1695107 . S2CID 12629688 .
^ Маккаскилл, Дж. С.; Бауэр, Дж.Дж. (1993). «Образы эволюции: происхождение волн спонтанной репликации РНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 90 (9): 4191–4195. Бибкод : 1993PNAS...90.4191M . дои : 10.1073/pnas.90.9.4191 . ПМЦ 46472 . ПМИД 7683426 .
^ Маккаскилл, Джон (1997). «Пространственно разрешенная молекулярная экология in vitro». Биофизическая химия . 66 (2–3): 145–158. дои : 10.1016/s0301-4622(97)00073-2 . ПМИД 9362557 .
^ Танген, У., Маеке, Т и Маккаскилл, Дж. С. «Расширенное моделирование в настраиваемом аппаратном обеспечении MereGen с массовым параллелизмом». Соединение биологических и электронных систем. Springer, Берлин, Гейдельберг, 2002. 107–118.
^ Влоцка, Бритта; Маккаскилл, Джон (1996). «Молекулярный хищник и его добыча: совмещенная изотермическая амплификация нуклеиновых кислот» (PDF) . Химия и биология . 4 (25–33): 25–33. дои : 10.1016/s1074-5521(97)90234-9 . ПМИД 9070425 . Проверено 13 августа 2019 г.
^ Эллингер, Томас; Эрихт, Ральф; Маккаскилл, Джон (1998). «Эволюция молекулярного сотрудничества in vitro в CATCH, кооперативной системе амплификации» . Клеточная химическая биология . 5 (12): 729–241. дои : 10.1016/s1074-5521(98)90665-2 . ПМИД 9862794 .
^ Маккаскилл, Джон (2001). «Оптическое программирование ДНК-вычислений в микропоточных реакторах». Биосистемы . 59 (2): 125–138. Бибкод : 2001BiSys..59..125M . дои : 10.1016/s0303-2647(01)00099-5 . ПМИД 11267740 .
^ «Святой Грааль искусственной жизни» . Ирландские Таймс. 2 сентября 2004 г.
^ «Бог-Машина. Нужно ли создавать жизнь заново?». ГЕО. Август 2009.
^ Лютке-Виссинг, Стефан. «Тайные чертежи природы» . Информационный центр ТИБ Лейбница . Проверено 13 августа 2019 г.
^ Реджис, Эд (2008). Что такое Жизнь? . Нью-Йорк: Фаррар, Штраус и Жиру. стр. 140–141. ISBN 978-0-374-28851-8 .

Внешние ссылки

PACE (Программируемая искусственная эволюция клеток)
ECCell (электронная химическая ячейка)
MICREAgents (микромасштабные химически активные агенты)
Страница Дж. Маккаскилла BioMIP .
Европейский центр живых технологий

[1] Джон, Маккаскилл. «Резюме Маккаскилла» (PDF) . biomip.org . Проверено 7 августа 2019 г.

[2] Маккаскилл, Дж. С. (1984). «Порог локализации макромолекулярных квазивидов по непрерывно распределенной скорости репликации». Журнал химической физики . 80 (10): 5194–5202. Бибкод : 1984ЖЧФ..80.5194М . дои : 10.1063/1.446590 .

[QuasiSpecies-3] Эйген, Манфред, Маккаскилл, Джон и Шустер, Питер. «Молекулярные квазивиды». Адв. хим. Phys 75 (1989): 149–263, 1988. doi:10.1002/9780470141243.ch4.

[RNA_partition-4] Маккаскилл, Джон (1990). «Равновесная статистическая сумма и вероятности связывания пар оснований для вторичной структуры РНК». Биополимеры . 29 (6–7): 1105–1119. дои : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-0DE3-9 . ПМИД 1695107 . S2CID 12629688 .

[5] Маккаскилл, Дж. С.; Бауэр, Дж.Дж. (1993). «Образы эволюции: происхождение волн спонтанной репликации РНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 90 (9): 4191–4195. Бибкод : 1993PNAS...90.4191M . дои : 10.1073/pnas.90.9.4191 . ПМЦ 46472 . ПМИД 7683426 .

[6] Маккаскилл, Джон (1997). «Пространственно разрешенная молекулярная экология in vitro». Биофизическая химия . 66 (2–3): 145–158. дои : 10.1016/s0301-4622(97)00073-2 . ПМИД 9362557 .

[7] Танген, У., Маеке, Т и Маккаскилл, Дж. С. «Расширенное моделирование в настраиваемом аппаратном обеспечении MereGen с массовым параллелизмом». Соединение биологических и электронных систем. Springer, Берлин, Гейдельберг, 2002. 107–118.

[8] Влоцка, Бритта; Маккаскилл, Джон (1996). «Молекулярный хищник и его добыча: совмещенная изотермическая амплификация нуклеиновых кислот» (PDF) . Химия и биология . 4 (25–33): 25–33. дои : 10.1016/s1074-5521(97)90234-9 . ПМИД 9070425 . Проверено 13 августа 2019 г.

[9] Эллингер, Томас; Эрихт, Ральф; Маккаскилл, Джон (1998). «Эволюция молекулярного сотрудничества in vitro в CATCH, кооперативной системе амплификации» . Клеточная химическая биология . 5 (12): 729–241. дои : 10.1016/s1074-5521(98)90665-2 . ПМИД 9862794 .

[10] Маккаскилл, Джон (2001). «Оптическое программирование ДНК-вычислений в микропоточных реакторах». Биосистемы . 59 (2): 125–138. Бибкод : 2001BiSys..59..125M . дои : 10.1016/s0303-2647(01)00099-5 . ПМИД 11267740 .

[11] «Святой Грааль искусственной жизни» . Ирландские Таймс. 2 сентября 2004 г.

[12] «Бог-Машина. Нужно ли создавать жизнь заново?». ГЕО. Август 2009.

[13] Лютке-Виссинг, Стефан. «Тайные чертежи природы» . Информационный центр ТИБ Лейбница . Проверено 13 августа 2019 г.

[14] Реджис, Эд (2008). Что такое Жизнь? . Нью-Йорк: Фаррар, Штраус и Жиру. стр. 140–141. ISBN 978-0-374-28851-8 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ВИАФ WorldCat
Национальный	Германия
академики	ДБЛП ОРЦИД Идентификатор исследователя zbMATH