Jump to content

БиоУМЛ

БиоУМЛ
Оригинальный автор(ы) Fedor A. Kolpakov
Разработчик(и) Команда БиоУМЛ
Первоначальный выпуск 2002 год ; 22 года назад ( 2002 )
Стабильная версия
версия 2023.3 / сентябрь 2023 г .; 11 месяцев назад ( 2023-09 )
Написано в Ява
Доступно в Английский
Тип Биоинформатика
Веб-сайт https://www.biouml.org/

BioUML (универсальный биологический язык моделирования) [1] [2] — это с открытым исходным кодом веб-программная платформа написанная на Java с поддержкой JavaScript и R. , Основное направление — системная биология и анализ данных — визуализация биологических данных, моделирование биологических систем, а также доступ к базам данных биоинформатики. [2] [3] Первоначально он был разработан Федором Колпаковым в 2002 году в сотрудничестве между Biosoft.Ru и Институтом системной биологии в Новосибирске , Россия . [3]

Доступные версии

[ редактировать ]

Текущая версия BioUML — версия 2023.3, выпущенная в сентябре 2023 года. [4]

BioUML Server предлагает доступ к данным и методам анализа, установленным на стороне сервера для клиентов BioUML (рабочая среда и веб-версия) через Интернет .

BioUML Workbench — это Java- приложение, которое может работать автономно или как « толстый клиент » для серверной версии BioUML.

BioUML Web Edition — это « тонкий клиент » на базе веб-браузера для серверной версии BioUML, обеспечивающий большую часть функций рабочей среды BioUML. Он использует AJAX и HTML5 технологию <canvas> для интерактивного редактирования данных и визуального моделирования .

Платформа постоянно развивается с 2002 года. [4] и предлагает анализ данных и визуализацию для ученых, занимающихся сложными исследованиями в области молекулярной биологии . Система позволяет формализованно описывать структуру и функции биологических систем, включая инструменты, необходимые для совершения открытий, связанных с геномикой , протеомикой , транскриптомикой и метаболомикой . Платформа BioUML имеет модульную архитектуру, которая позволяет относительно просто добавлять новые инструменты. Это позволило интегрировать в платформу множество сторонних инструментов за 7 лет ее существования. [ нужна ссылка ]

Применение и использование

[ редактировать ]

BioUML использовался для визуализации данных из интегрированной базы данных Cyclonet о регуляции клеточного цикла и канцерогенезе в 2007 году. [5]

Секвенирование нового поколения (NGS) и другие методы с высокой пропускной способностью создают огромные наборы данных (так называемые « большие данные ») размером около 100 терабайт и более. BioUML может распространять, анализировать и создавать визуализации и симуляции . Он позволяет подбирать параметры и поддерживает несколько методов анализа, необходимых для работы с большими объемами необработанных данных. Управление большими объемами данных, обычно называемых «большими данными», создает технические проблемы с точки зрения хранения, доставки и совместного использования из-за совместного характера исследований в нескольких учреждениях. Типичный набор геномных данных может содержать 500 терабайт данных, которыми, возможно, потребуется поделиться, часто на международном уровне с использованием технологии Интернета2 . собственные механизмы сжатия данных (ООО «Валекс»). созданы NCBI Short Read Archive Для проекта [6] которые позволяют доставлять необработанные исследовательские данные на скорости до 40 Гбит/с. Чтобы обеспечить комплексное решение для таких совместных исследований, создатели BioUML разработали новую аппаратно-программную систему в партнерстве с Valex LLC. Эта версия BioUML называется Bio datomics.

  1. ^ Kolpakov, Fedor; Akberdin, Ilya; Kashapov, Timur; Kiselev, llya; Kolmykov, Semyon; Kondrakhin, Yury; Kutumova, Elena; Mandrik, Nikita; Pintus, Sergey; Ryabova, Anna; Sharipov, Ruslan; Yevshin, Ivan; Kel, Alexander (2019-07-02). "BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data" . Nucleic Acids Research . 47 (W1): W225–W233. doi : 10.1093/nar/gkz440 . ISSN  0305-1048 . PMC  6602424 . PMID  31131402 .
  2. ^ Перейти обратно: а б Kolpakov, Fedor; Akberdin, Ilya; Kiselev, Ilya; Kolmykov, Semyon; Kondrakhin, Yury; Kulyashov, Mikhail; Kutumova, Elena; Pintus, Sergey; Ryabova, Anna; Sharipov, Ruslan; Yevshin, Ivan; Zhatchenko, Sergey; Kel, Alexander (2022-05-10). "BioUML - towards a universal research platform" . Nucleic Acids Research . 50 (W1): W124–W131. doi : 10.1093/nar/gkac286 – via Oxford Academic.
  3. ^ Перейти обратно: а б Колпаков, Федор А (2002). «BioUML — фреймворк для визуального моделирования и симуляции биологических систем» . Исследовательские ворота . Проверено 21 июля 2024 г.
  4. ^ Перейти обратно: а б «История развития BioUML — платформа BioUML» . wiki.biouml.org . Проверено 21 июля 2024 г.
  5. ^ Колпаков, Ф; Поройков, В; Шарипов Р.; Кондрахин Ю.В.; Захаров А; Лагунин А; Миланези, Л; Козел, А (2007). «CYCLONET — интегрированная база данных по регуляции клеточного цикла и канцерогенезу» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D550–6. дои : 10.1093/nar/gkl912 . ПМК   1899094 . ПМИД   17202170 .
  6. ^ «Библиотека и учебный центр медицинских наук Галтера | Новости» .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: a76023e4a43cb3de8eca9a6972a3bf6a__1722683280
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/a7/6a/a76023e4a43cb3de8eca9a6972a3bf6a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
BioUML - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)