БиоУМЛ
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
| Оригинальный автор(ы) | Fedor A. Kolpakov |
|---|---|
| Разработчик(и) | Команда БиоУМЛ |
| Первоначальный выпуск | 2002 год |
| Стабильная версия | версия 2023.3
/ сентябрь 2023 г |
| Написано в | Ява |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Веб-сайт | https://www.biouml.org/ |
BioUML (универсальный биологический язык моделирования) [1] [2] — это с открытым исходным кодом веб-программная платформа написанная на Java с поддержкой JavaScript и R. , Основное направление — системная биология и анализ данных — визуализация биологических данных, моделирование биологических систем, а также доступ к базам данных биоинформатики. [2] [3] Первоначально он был разработан Федором Колпаковым в 2002 году в сотрудничестве между Biosoft.Ru и Институтом системной биологии в Новосибирске , Россия . [3]
Доступные версии
[ редактировать ]Текущая версия BioUML — версия 2023.3, выпущенная в сентябре 2023 года. [4]
BioUML Server предлагает доступ к данным и методам анализа, установленным на стороне сервера для клиентов BioUML (рабочая среда и веб-версия) через Интернет .
BioUML Workbench — это Java- приложение, которое может работать автономно или как « толстый клиент » для серверной версии BioUML.
BioUML Web Edition — это « тонкий клиент » на базе веб-браузера для серверной версии BioUML, обеспечивающий большую часть функций рабочей среды BioUML. Он использует AJAX и HTML5 технологию <canvas> для интерактивного редактирования данных и визуального моделирования .
Платформа постоянно развивается с 2002 года. [4] и предлагает анализ данных и визуализацию для ученых, занимающихся сложными исследованиями в области молекулярной биологии . Система позволяет формализованно описывать структуру и функции биологических систем, включая инструменты, необходимые для совершения открытий, связанных с геномикой , протеомикой , транскриптомикой и метаболомикой . Платформа BioUML имеет модульную архитектуру, которая позволяет относительно просто добавлять новые инструменты. Это позволило интегрировать в платформу множество сторонних инструментов за 7 лет ее существования. [ нужна ссылка ]
Применение и использование
[ редактировать ]BioUML использовался для визуализации данных из интегрированной базы данных Cyclonet о регуляции клеточного цикла и канцерогенезе в 2007 году. [5]
Секвенирование нового поколения (NGS) и другие методы с высокой пропускной способностью создают огромные наборы данных (так называемые « большие данные ») размером около 100 терабайт и более. BioUML может распространять, анализировать и создавать визуализации и симуляции . Он позволяет подбирать параметры и поддерживает несколько методов анализа, необходимых для работы с большими объемами необработанных данных. Управление большими объемами данных, обычно называемых «большими данными», создает технические проблемы с точки зрения хранения, доставки и совместного использования из-за совместного характера исследований в нескольких учреждениях. Типичный набор геномных данных может содержать 500 терабайт данных, которыми, возможно, потребуется поделиться, часто на международном уровне с использованием технологии Интернета2 . собственные механизмы сжатия данных (ООО «Валекс»). созданы NCBI Short Read Archive Для проекта [6] которые позволяют доставлять необработанные исследовательские данные на скорости до 40 Гбит/с. Чтобы обеспечить комплексное решение для таких совместных исследований, создатели BioUML разработали новую аппаратно-программную систему в партнерстве с Valex LLC. Эта версия BioUML называется Bio datomics.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Kolpakov, Fedor; Akberdin, Ilya; Kashapov, Timur; Kiselev, llya; Kolmykov, Semyon; Kondrakhin, Yury; Kutumova, Elena; Mandrik, Nikita; Pintus, Sergey; Ryabova, Anna; Sharipov, Ruslan; Yevshin, Ivan; Kel, Alexander (2019-07-02). "BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data" . Nucleic Acids Research . 47 (W1): W225–W233. doi : 10.1093/nar/gkz440 . ISSN 0305-1048 . PMC 6602424 . PMID 31131402 .
- ^ Перейти обратно: а б Kolpakov, Fedor; Akberdin, Ilya; Kiselev, Ilya; Kolmykov, Semyon; Kondrakhin, Yury; Kulyashov, Mikhail; Kutumova, Elena; Pintus, Sergey; Ryabova, Anna; Sharipov, Ruslan; Yevshin, Ivan; Zhatchenko, Sergey; Kel, Alexander (2022-05-10). "BioUML - towards a universal research platform" . Nucleic Acids Research . 50 (W1): W124–W131. doi : 10.1093/nar/gkac286 – via Oxford Academic.
- ^ Перейти обратно: а б Колпаков, Федор А (2002). «BioUML — фреймворк для визуального моделирования и симуляции биологических систем» . Исследовательские ворота . Проверено 21 июля 2024 г.
- ^ Перейти обратно: а б «История развития BioUML — платформа BioUML» . wiki.biouml.org . Проверено 21 июля 2024 г.
- ^ Колпаков, Ф; Поройков, В; Шарипов Р.; Кондрахин Ю.В.; Захаров А; Лагунин А; Миланези, Л; Козел, А (2007). «CYCLONET — интегрированная база данных по регуляции клеточного цикла и канцерогенезу» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D550–6. дои : 10.1093/nar/gkl912 . ПМК 1899094 . ПМИД 17202170 .
- ^ «Библиотека и учебный центр медицинских наук Галтера | Новости» .