пункт SECIS
| Последовательность вставки селеноцистеина 1 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности SECIS_1. Буквы соответствуют ИЮПАК . системе обозначений нуклеотидов | |
| Идентификаторы | |
| Символ | SECIS_1 |
| Альт. Символы | СУХОЙ |
| Рфам | RF00031 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| Домен(ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | GO:0001514 |
| ТАК | ТАК: 1001274 |
| PDB Структуры | ПДБе |
В биологии элемент SECIS : селеноцистеина вставки около РНК последовательность элемент ( SECIS стебель ) представляет собой длиной структуру « 60 нуклеотидов, имеющий -петля» . [1] Этот структурный мотив (паттерн нуклеотидов) заставляет клетку транслировать ) UGA кодоны в селеноцистеины (UGA обычно является стоп-кодоном . Таким образом, элементы SECIS являются фундаментальным аспектом информационных РНК, кодирующих селенопротеины , белки, которые включают один или несколько селеноцистеина остатков .
У бактерий элемент SECIS появляется вскоре после кодона UGA, на который он влияет. У архей и эукариотов он встречается в 3'-UTR мРНК и может привести к тому, что несколько кодонов UGA в мРНК будут кодировать селеноцистеин. Один архейный элемент SECIS у расположен Methanococcus в 5'-UTR . [2] [3]
Элемент SECIS, по-видимому, определяется характеристиками последовательности, т. е. определенные нуклеотиды имеют тенденцию находиться в определенных положениях, а также характерной вторичной структурой . Вторичная структура является результатом спаривания оснований комплементарных нуклеотидов РНК и образует структуру, подобную шпильке. Эукариотический элемент SECIS включает неканонические пары оснований AG, которые встречаются редко в природе, но критически важны для правильного функционирования элемента SECIS. Хотя эукариотические, архейные и бактериальные элементы SECIS имеют общую структуру шпильки, они не подлежат выравниванию, например, схема, основанная на выравнивании, для распознавания эукариотических элементов SECIS не сможет распознавать архейные элементы SECIS. Однако у Lokiarcheota элементы SECIS больше похожи на эукариотические элементы. [4]
В биоинформатике было создано несколько компьютерных программ, которые ищут элементы SECIS внутри последовательности генома на основе характеристик последовательности и вторичной структуры элементов SECIS. Эти программы использовались для поиска новых селенопротеинов. [5]
Распространение видов
[ редактировать ]Элемент SECIS обнаружен в самых разных организмах из всех трех областей жизни (включая их вирусы). [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вальчак Р., Вестхоф Э., Карбон П., Крол А. (апрель 1996 г.). «Новый структурный мотив РНК во вставочном элементе селеноцистеина мРНК эукариотических селенопротеинов» . РНК . 2 (4): 367–379. ПМЦ 1369379 . ПМИД 8634917 .
- ^ Уилтинг Р., Шерлинг С., Перссон Б.К., Бёк А. (март 1997 г.). «Синтез селенопротеина у архей: идентификация элемента мРНК Methanococcus jannaschii, вероятно, управляющего вставкой селеноцистеина». Журнал молекулярной биологии . 266 (4): 637–641. дои : 10.1006/jmbi.1996.0812 . ПМИД 9102456 .
- ^ Ротер М., Реш А., Уилтинг Р., Бёк А. (2001). «Синтез селенопротеина у архей». Биофакторы . 14 (1–4): 75–83. дои : 10.1002/biof.5520140111 . ПМИД 11568443 .
- ^ Мариотти, Марко; Лобанов Алексей Владимирович; Манта, Бруно; Сантесмасс, Дидак; Бофилл, Андреу; Гиго, Родерик; Габальдон, Тони; Гладышев, Вадим Н. (2016). «Локиархеота отмечает переход между архейной и эукариотической системами кодирования селеноцистеина» . Молекулярная биология и эволюция . 33 (9): 2441–2453. дои : 10.1093/molbev/msw122 . ISSN 0737-4038 . ПМЦ 4989117 . ПМИД 27413050 .
- ^ Jump up to: а б Ламбер А., Лескюр А., Готре Д. (сентябрь 2002 г.). «Обзор последовательностей вставки селеноцистеина многоклеточных животных». Биохимия . 84 (9): 953–959. дои : 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 . ПМИД 12458087 .
- ^ Микс Х, Лобанов А.В., Гладышев В.Н. (2007). «Элементы SECIS в кодирующих областях транскриптов селенопротеинов функциональны у высших эукариот» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (2): 414–423. дои : 10.1093/нар/gkl1060 . ПМК 1802603 . ПМИД 17169995 .
- ^ Кассаго А., Родригес Э.М., Прието Э.Л., Гастон К.В., Альфонсо Дж.Д., Ирибар М.П., Берри М.Дж., Круз А.К., Тиманн О.Г. (октябрь 2006 г.). «Идентификация селенопротеинов Leishmania и элемента SECIS». Молекулярная и биохимическая паразитология . 149 (2): 128–134. doi : 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 . ПМИД 16766053 .
- ^ Мурье Т., Пейн А., Баррелл Б., Гриффитс-Джонс С. (февраль 2005 г.). «Селеноцистеиновая тРНК и элемент SECIS в Plasmodium falciparum» . РНК . 11 (2): 119–122. дои : 10.1261/rna.7185605 . ПМК 1370700 . ПМИД 15659354 .
- ^ Крюков Г.В., Кастеллано С., Новоселов С.В., Лобанов А.В., Зехтаб О., Гиго Р., Гладышев В.Н. (май 2003 г.). «Характеристика селенопротеомов млекопитающих» . Наука . 300 (5624): 1439–1443. Бибкод : 2003Sci...300.1439K . дои : 10.1126/science.1083516 . ПМИД 12775843 . S2CID 10363908 .
- ^ Крюков Г.В., Гладышев В.Н. (май 2004 г.). «Прокариотический селенопротеом» . Отчеты ЭМБО . 5 (5): 538–543. дои : 10.1038/sj.embor.7400126 . ПМК 1299047 . ПМИД 15105824 .
- ^ Крол А (август 2002 г.). «Эволюционно различные мотивы РНК и комплексы РНК-белок для достижения синтеза селенопротеина». Биохимия . 84 (8): 765–774. дои : 10.1016/S0300-9084(02)01405-0 . ПМИД 12457564 .