Буркхолдерия

Буркхолдерия
	B. pseudomallei Колонии на пластинке с кровяным агаром .
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Псевдомонадота
Сорт:	Бетапротеобактерии
Заказ:	Буркхолдериалес
Семья:	Буркхолдериевые
Род:	Буркхолдерия ; Ябуучи и др . 1993 год
Типовой вид
	Буркхолдерия цепасия ; (Паллерони и Холмс, 1981) Ябуучи и др . 1993 год
Разновидность
	Посмотреть текст

Burkholderia — род Pseudomonadota , патогенные члены которого включают Burkholderia cepacia комплекс , поражающий людей, и Burkholderia mallei , ответственную за сап — заболевание, которое возникает в основном у лошадей и родственных им животных; Burkholderia pseudomallei , возбудитель мелиоидоза ; и Burkholderia cepacia , важный возбудитель легочных инфекций у людей с муковисцидозом (МВ). ^{[ 3 ]} Вид Burkholderia также встречается в морской среде. С.И. Пол и др. (2021) ^{[ 4 ]} выделен и охарактеризован Burkholderia cepacia из морских губок острова Святого Мартина в Бенгальском заливе , Бангладеш . ^{[ 4 ]}

( Название рода Burkholderia ранее входившее в состав Pseudomonas ) относится к группе практически повсеместно распространенных грамотрицательных , облигатно аэробных , палочковидных бактерий, которые подвижны посредством одиночных или множественных полярных жгутиков , за исключением Burkholderia mallei , которая неподвижна. . ^{[ 4 ]} Представители этого рода не образуют оболочек или протезов и способны использовать для роста полибета-гидроксибутират (ПГБ). Род включает в себя как животные, так и растительные возбудители , а также некоторые экологически важные виды. В частности, B. xenovorans (ранее называвшаяся Pseudomonas cepacia, затем B. cepacia и B. fungorum ) известна своей каталазоположительной способностью (поражает пациентов с хронической гранулематозной болезнью ) и способностью разрушать хлорорганические пестициды и полихлорированные дифенилы . Консервативная структура РНК -мотива РНК против hemB обнаружена у всех известных бактерий этого рода. ^{[ 5 ]}

Из-за устойчивости к антибиотикам и высокого уровня смертности от связанных с ними заболеваний B. mallei и B. pseudomallei считаются потенциальными биологическими боевыми агентами, нацеленными на домашний скот и людей.

История

Род был назван в честь Уолтера Х. Беркхолдера , патологоанатома растений Корнелльского университета . Первые виды, включенные в род, были переведены из Pseudomonas на основании различных биохимических тестов. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

До недавнего времени род Burkholderia включал все виды Paraburkholderia . ^{[ 6 ]} Однако род Paraburkholderia филогенетически отличается, и его можно отличить от всех видов Burkholderia на основе молекулярных признаков, которые уникально обнаруживаются для каждого рода. ^{[ 7 ]}

Таксономия

Burkholderias образуют монофилетическую группу внутри порядка Burkholderiales бетапротеобактерий Виды . ^{[ 4 ]} В настоящее время 48 правильно названных видов можно отличить от родственных родов (например, Paraburkholderia ) и всех других бактерий по сохранившимся сигнатурным инделям в различных белках. ^{[ 7 ]} Эти индели представляют собой исключительное общее происхождение, общее для всех видов Burkholderia .

Род состоит из трех отдельных монофилетических кластеров. Одна группа состоит из всех видов, принадлежащих к комплексу Burkholderia cepacia , другая клада включает B. pseudomallei и близкородственные виды, а последняя клада включает большинство фитогенных видов рода, включая B. glumae и B. Gladioli . ^{[ 7 ]} Сохранившиеся сигнатурные индели специфичны для каждой из этих подгрупп внутри рода, что помогает разграничить членов этого чрезвычайно большого и разнообразного рода. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Исследовать

В последнее время исследования видов Burkholderia изучили ряд тем и характеристик, включая метаболомную реакцию на антибиотики, контактно-зависимые взаимодействия между бактериальными сообществами и геномный потенциал для получения полезных продуктов. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

у видов Burkholderia некоторые антибиотики, такие как триметоприм, Было показано, что индуцируют и активируют большое количество метаболома , индуцируя более 100 кластеров генов молчаливого вторичного метаболита у Burkholderia thailandensis . ^{[ 9 ]} Эти глобальные активаторы могут быть использованы в качестве источника для изучения того, как метаболомы патогенных видов бактерий реагируют на антибиотический стресс и как виды бактерий могут изменяться в ответ на них. ^{[ 9 ]} Было показано, что близкородственные муковисцидозом, , ассоциированные с виды Burkholderia реагируют на триметоприм с разными уровнями экспрессии различных вторичных метаболитов , что подчеркивает персонализированный характер метаболомики родственных бактериальных штаммов. ^{[ 12 ]}

Исследования, посвященные межбактериальной передаче сигналов с использованием Burkholderia, показали, что контактно-зависимое ингибирование роста играет значительную роль в обеспечении межклеточной коммуникации, особенно у B. thailandensis . ^{[ 10 ]} При этом взаимодействии клетки выделяют белковые токсины в окружающую среду, и только те, у кого есть соответствующий защитный белок (обычно бактерии того же штамма), не будут ингибировать свой рост или погибнут. Более того, клетки-реципиенты, имеющие соответствующий белок, затем претерпевают изменения в экспрессии генов и фенотипе, что способствует формированию сообщества в форме биопленок . Это происходит, даже если клетка-реципиент не принадлежала к тому же бактериальному штамму, что подчеркивает важность этой системы. ^{[ 10 ]} Гены, кодирующие белковые токсины и остальную часть контактно-зависимой системы торможения, могут стать мобильными в форме транспозона , который может передаваться между клетками и имеет решающее значение для общественного аспекта системы. ^{[ 13 ]} Таким образом, контактно-зависимая передача сигналов играет значительную роль в бактериальном самораспознавании и формировании сообщества. ^{[ 10 ]}^{[ 13 ]}

Burkholderia Было показано, что виды являются потенциальным источником полезных продуктов, таких как противомикробные препараты и биосурфактанты . ^{[ 11 ]}^{[ 14 ]} Наряду с родственным родом Pseudomonas , Burkholderia может синтезировать особый класс биосурфактантов, называемых рамнолипидами . Рамнолипиды, синтезированные Burkholderia, имеют другие химические характеристики (по сравнению с теми, которые синтезируются Pseudomonas ) и, таким образом, имеют потенциал для новых применений. ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}

Разновидность

Список видов: ^{[ 16 ]}

См. также

Мотив РНК MAEB

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Ябуучи Э., Косако Ю., Ояизу Х., Яно И., Хотта Х., Хасимото Ю. и др. (1992). «Предложение Burkholderia gen. nov. и перевод семи видов группы гомологии II рода Pseudomonas в новый род с типовым видом Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. nov» . Микробиология и иммунология . 36 (12): 1251–75. дои : 10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x . ПМИД 1283774 .
^ Jump up to: ^а ^б «Подтверждение публикации новых названий и новых комбинаций, ранее эффективно опубликованных за пределами IJSB — Список № 45» . Int J Syst Bacteriol . 43 (2): 298–399. 1993. doi : 10.1099/00207713-43-2-398 .
^ Вудс Д.Е., Сокол П.А. (2006). «Род Буркхолдерия ». Дворкин М., Фальков С., Розенберг Э., Шлейфер К.Х., Стакебрандт Э. (ред.). Прокариоты - Справочник по биологии бактерий (3-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер-Верлаг. стр. 848–860. дои : 10.1007/0-387-30745-1_40 . ISBN 978-0-387-25495-1 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Пол, Сулав Индра; Рахман, штат Мэриленд Махбубур; Салам, Мохаммад Абдус; Хан, доктор медицины Арифур Рахман; Ислам, Мэриленд Тофаззал (декабрь 2021 г.). «Идентификация бактерий, связанных с морскими губками, на острове Сен-Мартен в Бенгальском заливе с акцентом на профилактику подвижной септицемии Aeromonas у Labeo rohita» . Аквакультура . 545 : 737156. Бибкод : 2021Aquac.54537156P . doi : 10.1016/j.aquacultural.2021.737156 . ISSN 0044-8486 .
^ Вайнберг З., Баррик Дж.Э., Яо З., Рот А., Ким Дж.Н., Гор Дж. и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием конвейера сравнительной геномики CMfinder» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (14): 4809–19. дои : 10.1093/нар/gkm487 . ПМК 1950547 . ПМИД 17621584 .
^ Орен А., генеральный директор Гаррити (сентябрь 2017 г.). «Список новых названий и новых сочетаний ранее эффективно, но недействительно опубликован» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (9): 3140–3143. дои : 10.1099/ijs.0.000317 . ПМЦ 5817221 . ПМИД 28891789 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Савана А., Адеолу М., Гупта Р.С. (2014). «Молекулярные характеристики и филогеномный анализ рода Burkholderia: предложение о разделении этого рода на исправленный род Burkholderia, содержащий патогенные организмы, и новый род Paraburkholderia gen. nov., содержащий виды из окружающей среды» . Границы генетики . 5 : 429. дои : 10.3389/fgene.2014.00429 . ПМК 4271702 . ПМИД 25566316 .
^ Гупта РС (июль 2016 г.). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . Обзоры микробиологии FEMS . 40 (4): 520–53. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Окада Б.К., Ву Ю, Мао Д., Бушин Л.Б., Сейедсаямдост М.Р. (август 2016 г.). «Картирование вторичного метаболома Burkholderia thailandensis, индуцированного триметопримом» . АКС Химическая биология . 11 (8): 2124–30. doi : 10.1021/acschembio.6b00447 . ПМК 6786267 . ПМИД 27367535 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Гарсия ЕС, Перо А.И., Марлатт С.А., Коттер, Пенсильвания (июль 2016 г.). «Межбактериальная передача сигналов через белки контактно-зависимой системы ингибирования роста Burkholderia» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (29): 8296–301. Бибкод : 2016PNAS..113.8296G . дои : 10.1073/pnas.1606323113 . ПМЦ 4961174 . ПМИД 27335458 .
^ Jump up to: ^а ^б Кунаком С., Эстакио А.С. (июль 2019 г.). «Буркхолдерия как источник натуральных продуктов» . Журнал натуральных продуктов . 82 (7): 2018–2037. doi : 10.1021/acs.jnatprod.8b01068 . ПМК 6871192 . ПМИД 31294966 .
^ МакЭвой AC, Джаиесими О, Threatt PH, Селади Т, Голдберг Дж.Б., да Силва Р.Р., Гарг Н. (май 2020 г.). «Burkholderia spp. Метаболомы бактерий после воздействия антибиотика триметоприма» . ОКС Инфекционные болезни . 6 (5): 1154–1168. doi : 10.1021/acsinfecdis.9b00513 . ПМИД 32212725 . S2CID 214682246 .
^ Jump up to: ^а ^б Окасио AB, Коттер, Пенсильвания (январь 2019 г.). Блокеш М. (ред.). «Гены, кодирующие систему CDI/CDS, Burkholderia thailandensis расположены в мобильном генетическом элементе, который определяет новый класс транспозонов» . ПЛОС Генетика . 15 (1): e1007883. дои : 10.1371/journal.pgen.1007883 . ПМК 6350997 . ПМИД 30615607 .
^ Jump up to: ^а ^б Витгенс А., Сантьяго-Шюбель Б., Хенкель М., Тисо Т., Бланк Л.М., Хаусманн Р. и др. (февраль 2018 г.). «Гетерологичное производство длинноцепочечных рамнолипидов из Burkholderia glumae в Pseudomonas putida - шаг вперед к индивидуальным рамнолипидам» . Прикладная микробиология и биотехнология . 102 (3): 1229–1239. дои : 10.1007/s00253-017-8702-x . ПМИД 29264775 . S2CID 9690461 .
^ Виктор Ю., Квенсьен М., Трипати Л., Кобице Д., МакКлин С., Марчант Р., Банат И.М. (август 2019 г.). «Ощущение кворума как потенциальная мишень для увеличения производства рамнолипидного биосурфактанта в Burkholderia thailandensis E264» . Прикладная микробиология и биотехнология . 103 (16): 6505–6517. дои : 10.1007/s00253-019-09942-5 . ПМК 6667413 . ПМИД 31222386 .
^ «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение» . Проверено 21 октября 2016 г.

Внешние ссылки

Геномы Burkholderia и соответствующая информация в PATRIC , Ресурсном центре биоинформатики, финансируемом NIAID.
Патема- Буркхолдерия Ресурс
буркхолдерии База данных генома

[Yabuuchi1-1] Jump up to: ^а ^б Ябуучи Э., Косако Ю., Ояизу Х., Яно И., Хотта Х., Хасимото Ю. и др. (1992). «Предложение Burkholderia gen. nov. и перевод семи видов группы гомологии II рода Pseudomonas в новый род с типовым видом Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. nov» . Микробиология и иммунология . 36 (12): 1251–75. дои : 10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x . ПМИД 1283774 .

[Yabuuchi2-2] Jump up to: ^а ^б «Подтверждение публикации новых названий и новых комбинаций, ранее эффективно опубликованных за пределами IJSB — Список № 45» . Int J Syst Bacteriol . 43 (2): 298–399. 1993. doi : 10.1099/00207713-43-2-398 .

[WP2006-3] Вудс Д.Е., Сокол П.А. (2006). «Род Буркхолдерия ». Дворкин М., Фальков С., Розенберг Э., Шлейфер К.Х., Стакебрандт Э. (ред.). Прокариоты - Справочник по биологии бактерий (3-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер-Верлаг. стр. 848–860. дои : 10.1007/0-387-30745-1_40 . ISBN 978-0-387-25495-1 .

[:5-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Пол, Сулав Индра; Рахман, штат Мэриленд Махбубур; Салам, Мохаммад Абдус; Хан, доктор медицины Арифур Рахман; Ислам, Мэриленд Тофаззал (декабрь 2021 г.). «Идентификация бактерий, связанных с морскими губками, на острове Сен-Мартен в Бенгальском заливе с акцентом на профилактику подвижной септицемии Aeromonas у Labeo rohita» . Аквакультура . 545 : 737156. Бибкод : 2021Aquac.54537156P . doi : 10.1016/j.aquacultural.2021.737156 . ISSN 0044-8486 .

[5] Вайнберг З., Баррик Дж.Э., Яо З., Рот А., Ким Дж.Н., Гор Дж. и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием конвейера сравнительной геномики CMfinder» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (14): 4809–19. дои : 10.1093/нар/gkm487 . ПМК 1950547 . ПМИД 17621584 .

[Validationlist-6] Орен А., генеральный директор Гаррити (сентябрь 2017 г.). «Список новых названий и новых сочетаний ранее эффективно, но недействительно опубликован» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 67 (9): 3140–3143. дои : 10.1099/ijs.0.000317 . ПМЦ 5817221 . ПМИД 28891789 .

[Sawana-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Савана А., Адеолу М., Гупта Р.С. (2014). «Молекулярные характеристики и филогеномный анализ рода Burkholderia: предложение о разделении этого рода на исправленный род Burkholderia, содержащий патогенные организмы, и новый род Paraburkholderia gen. nov., содержащий виды из окружающей среды» . Границы генетики . 5 : 429. дои : 10.3389/fgene.2014.00429 . ПМК 4271702 . ПМИД 25566316 .

[pmid27279642-8] Гупта РС (июль 2016 г.). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . Обзоры микробиологии FEMS . 40 (4): 520–53. дои : 10.1093/femsre/fuw011 . ПМИД 27279642 .

[:0-9] Jump up to: ^а ^б ^с Окада Б.К., Ву Ю, Мао Д., Бушин Л.Б., Сейедсаямдост М.Р. (август 2016 г.). «Картирование вторичного метаболома Burkholderia thailandensis, индуцированного триметопримом» . АКС Химическая биология . 11 (8): 2124–30. doi : 10.1021/acschembio.6b00447 . ПМК 6786267 . ПМИД 27367535 .

[:1-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Гарсия ЕС, Перо А.И., Марлатт С.А., Коттер, Пенсильвания (июль 2016 г.). «Межбактериальная передача сигналов через белки контактно-зависимой системы ингибирования роста Burkholderia» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (29): 8296–301. Бибкод : 2016PNAS..113.8296G . дои : 10.1073/pnas.1606323113 . ПМЦ 4961174 . ПМИД 27335458 .

[:2-11] Jump up to: ^а ^б Кунаком С., Эстакио А.С. (июль 2019 г.). «Буркхолдерия как источник натуральных продуктов» . Журнал натуральных продуктов . 82 (7): 2018–2037. doi : 10.1021/acs.jnatprod.8b01068 . ПМК 6871192 . ПМИД 31294966 .

[12] МакЭвой AC, Джаиесими О, Threatt PH, Селади Т, Голдберг Дж.Б., да Силва Р.Р., Гарг Н. (май 2020 г.). «Burkholderia spp. Метаболомы бактерий после воздействия антибиотика триметоприма» . ОКС Инфекционные болезни . 6 (5): 1154–1168. doi : 10.1021/acsinfecdis.9b00513 . ПМИД 32212725 . S2CID 214682246 .

[:3-13] Jump up to: ^а ^б Окасио AB, Коттер, Пенсильвания (январь 2019 г.). Блокеш М. (ред.). «Гены, кодирующие систему CDI/CDS, Burkholderia thailandensis расположены в мобильном генетическом элементе, который определяет новый класс транспозонов» . ПЛОС Генетика . 15 (1): e1007883. дои : 10.1371/journal.pgen.1007883 . ПМК 6350997 . ПМИД 30615607 .

[:4-14] Jump up to: ^а ^б Витгенс А., Сантьяго-Шюбель Б., Хенкель М., Тисо Т., Бланк Л.М., Хаусманн Р. и др. (февраль 2018 г.). «Гетерологичное производство длинноцепочечных рамнолипидов из Burkholderia glumae в Pseudomonas putida - шаг вперед к индивидуальным рамнолипидам» . Прикладная микробиология и биотехнология . 102 (3): 1229–1239. дои : 10.1007/s00253-017-8702-x . ПМИД 29264775 . S2CID 9690461 .

[15] Виктор Ю., Квенсьен М., Трипати Л., Кобице Д., МакКлин С., Марчант Р., Банат И.М. (август 2019 г.). «Ощущение кворума как потенциальная мишень для увеличения производства рамнолипидного биосурфактанта в Burkholderia thailandensis E264» . Прикладная микробиология и биотехнология . 103 (16): 6505–6517. дои : 10.1007/s00253-019-09942-5 . ПМК 6667413 . ПМИД 31222386 .

[LPSN-16] «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение» . Проверено 21 октября 2016 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]