База данных метаболомов дрожжей

База данных метаболомов дрожжей
Содержание
Описание	База данных метаболомики
Типы данных ; захвачен	Структуры метаболитов дрожжей, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности дрожжевых ферментов и транспортеров, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР метаболитов, спектры ГХ-МС метаболитов, спектры ЖХ-МС метаболитов
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты и Инновационный центр метаболомики
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование	База данных метаболомов дрожжей.
Доступ
Веб-сайт	http://www.ymdb.ca
URL-адрес загрузки	http://www.ymdb.ca/downloads
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Каждые 2-3 года с периодическими исправлениями и обновлениями.
Политика курирования	Курируется вручную

База данных метаболома дрожжей ( YMDB ) ^[1] представляет собой всеобъемлющую, высококачественную, свободно доступную онлайн-базу данных низкомолекулярных метаболитов , обнаруженных или производимых Saccharomyces cerevisiae ( пекарские дрожжи ). YMDB был разработан для облегчения исследований в области метаболомики дрожжей , особенно в области общего брожения , а также анализа вина, пива и ферментированных пищевых продуктов. YMDB поддерживает идентификацию и характеристику метаболитов дрожжей с использованием ЯМР-спектроскопии , ГХ-МС- спектрометрии и жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (ЖХ-МС-спектрометрии). YMDB содержит два типа данных: 1) химические данные и 2) молекулярной биологии / биохимии данные . Химические данные включают 2027 структур метаболитов с подробными описаниями метаболитов, а также почти 4000 спектров ЯМР , ГХ-МС и ЖХ/МС .

Биохимические данные включают 1104 последовательности белков (и ДНК ) и более 900 биохимических реакций (рис. 1), которые связаны с этими метаболитами. ^[1] Каждая запись о метаболите в YMDB содержит более 80 полей данных, причем 2/3 информации посвящено химическим данным, а другая 1/3 – ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных связаны гиперссылками с другими базами данных ( KEGG , PubChem , MetaCyc , ChEBI , Protein Data Bank , UniProt и GenBank ) и различными апплетами просмотра структуры и путей. База данных YMDB поддерживает обширный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам.

Объем и доступ

Все данные в YMDB не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные YMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

Пользователи могут выполнять поиск в YMDB, используя различные инструменты для конкретных баз данных. Простой текстовый запрос поддерживает общие текстовые запросы к текстовому компоненту базы данных. Выбрав метаболиты или белки в поле «поиск», можно ограничить поиск и возвращаемые результаты только теми данными, которые связаны с метаболитами или белками. Инструмент просмотра YMDB генерирует табличный обзор содержимого YMDB (рис. 2). Это представление браузера позволяет пользователям случайно прокручивать базу данных или повторно сортировать ее содержимое. Нажатие на кнопку MetaboCard отображает полное содержание данных для соответствующего метаболита (рис. 3). Под ссылкой «Поиск» пользователи найдут ряд параметров поиска, перечисленных в раскрывающемся меню. Опция Chem Query позволяет пользователям рисовать (с помощью апплета MarvinSketch или апплета ChemSketch) или вводить ( строка SMILES ) химическое соединение и искать в YMDB химические вещества, похожие или идентичные запрашиваемому соединению. Опция «Расширенный поиск» поддерживает более сложный текстовый поиск в текстовой части YMDB. Кнопка поиска последовательности позволяет пользователям проводить BLAST ( белковый ) поиск последовательностей всех последовательностей, содержащихся в YMDB. как с одной, так и с несколькими последовательностями (т.е. весь протеом Поддерживаются запросы BLAST ). YMDB также поддерживает опцию Data Extractor, которая позволяет выполнять поиск и/или извлечение определенных полей данных или комбинаций полей данных. Спектральный поиск эталонных соединений ЯМР и спектральных данных МС YMDB также поддерживается через ссылки поиска спектров МС, МС/МС , ГХ-МС и ЯМР . Пользователи могут загрузить полные текстовые данные YMDB, химические структуры и данные о последовательностях, нажав кнопку «Загрузить».

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Джуисон, Тимоти; Нокс, Крейг; Невё, Ванесса; Джумбу, Янник; Го, Ань Чи; Ли, Жаклин; Лю, Филип; Мандал, Рупасри; Кришнамурти, Рам; Синельников Игорь; Уилсон, Майкл; Уишарт, Дэвид С. (январь 2012 г.). «База данных метаболома дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с базой данных): D815–20. дои : 10.1093/nar/gkr916 . ПМК 3245085 . ПМИД 22064855 .

Внешние ссылки

[pmid22064855-1] Jump up to: ^а ^б ^с Джуисон, Тимоти; Нокс, Крейг; Невё, Ванесса; Джумбу, Янник; Го, Ань Чи; Ли, Жаклин; Лю, Филип; Мандал, Рупасри; Кришнамурти, Рам; Синельников Игорь; Уилсон, Майкл; Уишарт, Дэвид С. (январь 2012 г.). «База данных метаболома дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с базой данных): D815–20. дои : 10.1093/nar/gkr916 . ПМК 3245085 . ПМИД 22064855 .

[1]