Plesiocystis pacifica
| Plesiocystis pacifica | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | |
| Разновидность: | P. Pacifica
|
| Биномиальное название | |
| Plesiocystis pacifica | |
Plesiocystis pacifica - вид это морских миксобактерий . Как и другие члены этого порядка , P. pacifica представляет собой в форме стержня грамотрицательную бактерию , которая может двигаться, скользят и может образовывать агрегаты клеток, называемых плодовыми телами . Вид был впервые описан в 2003 году, основанный на двух штаммах, выделенных из образцов, собранных на Тихоокеанском побережье Японии . [ 1 ]
Характеристики и морфология
[ редактировать ]Клетки P. pacifica прямые, в форме стержня и имеют тупые концы. Как и другие Myxobacteria , группы клеток могут образовывать круглые плодоношения тела . Вид является облигатным аэроботом и хеморгаганотрофом . Клетки являются подвижными и движутся, скользят . Вид мезофильный и лучше всего вырастал в лабораторных условиях в диапазоне температур 15-32C, нейтрального до слегка базового pH и солености , аналогичной таковой у морской воды (что делает его слегка галофильным ). P. pacifica Клетки натрия , как и ожидалось для морских бактерий. требуют роста [ 1 ]
Таксономия
[ редактировать ]P. pacifica является типовым видом и только членом рода Plesiocystis , оба впервые описанные в одном исследовании 2003 года. Основываясь на сравнении P. pacifica 16S рРНК генетической последовательности с тем, что у других сходных организмов она наиболее тесно связана с бактериями рода Nannocystis , в частности Nannocystis Exedens . Название рода Plesiocystis от греческого слова происходит (сосед) и Cystis (мочевой пузырь), отмечая связь рода с Nannocystis . Конкретный эпитет относится к открытию вида на побережье Тихого океана Японии. [ 1 ]
Метаболизм
[ редактировать ]P. pacifica -это хемюрганотрофная хищная бактерия и может получать энергию от разлагающихся живых грамотрицательных бактерий, таких как Escherichia coli . [ 1 ] [ 3 ] Это аэроб, который использует кислород в качестве акцептора Electrine Electron в своей электронной транспортной цепи . Это необычно в использовании частично насыщенных менахинонов в этом пути, характерный, в противном случае, более распространенный в грамположительных бактериях. P. pacifica также является необычным в типах полиненасыщенных жирных кислот , которые он производит, среди которых находятся длинноцепочечные формы, которые не распространены в миксобактериях (хотя количество их варьируется в зависимости от условий культивирования). [ 1 ] [ 4 ] [ 5 ] Значение этого наблюдения неясно, так как эти соединения обнаруживаются в основном в психофильных бактериях. [ 1 ]
Морские миксобактерии относительно редки по сравнению с наземными миксобактериями, такими как P. pacifica относительный N. exedens . Исследования адаптации соли морских миксобактерий показали, что P. pacifica накапливает экзогенные аминокислоты из окружающей среды в качестве осмопротекторов , в отличие от морской миксобактерии Enmygromyxa salina , которая экспрессирует гены для синтеза эндогенно продуцируемых молекул осмопротекции. [ 3 ]
Геном
[ редактировать ]Миксобактериальные геномы обычно имеют высокое содержание GC ; В P. pacifica содержание GC составляет 69-70%. [ 1 ]
Сравнительные исследования геномики идентифицировали Myxobacteria и, в частности, pacifica , обладающие необычным киномией , с большим количеством различных « эукариотических » сериновых/треонов и тирозинкиназы P. . Эти киназы являются общими регуляторными белками у эукариот, но относительно редки у прокариот . Функции этих киназ в миксобактериях неясны. [ 6 ] Аналогичный биоинформатический анализ выявил большое количество генов в геноме P. pacifica , связанного с выработкой стерола , что довольно редко среди прокариот, но вездесущи у эукариот. Существуют доказательства того, что, по крайней мере, некоторые из генов, связанных с стеролом, в P. pacifica, вытекающие из горизонтального переноса генов от эукариот. [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон глин час Iizuka, T. (1 января 2003 г.). «Plesiocystis Pacifica Gen. Nov., Sp. Nov., Морской миксобактерий, который содержит дигидрогенированный менахинон, изолированный от Тихоокеанских побережье Японии» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (1): 189–195. doi : 10.1099/ijs.0.02418-0 . PMID 12656172 .
- ^ «Plesiocystis» . Список прокариотических имен с стоянием в номенклатуре .
- ^ Jump up to: а беременный Schäberle, Till F.; Галински, Эрвин А.; Boehringer, Nils; Могаддам, Джамшид Амири; Kunte, Hans-Jörg; Бурдзиак, Амаль (1 апреля 2016 года). «Различные стратегии осмоадаптации в тесно связанных морских Marine Myxobacteria Enhygromyxa Salina SWB007 и Plesiocystis pacifica sir-1» . Микробиология . 162 (4): 651–661. doi : 10.1099/mic.0.000250 . PMID 26842314 .
- ^ Гарсия, Р.; Pistorius, D.; Stadler, M.; Мюллер Р. (11 февраля 2011 г.). «Связанная с жирными кислотами филогения миксобактерий как подход для обнаружения полиненасыщенных омега-3/6 жирных кислот» . Журнал бактериологии . 193 (8): 1930–1942. doi : 10.1128/jb.01091-10 . PMC 3133044 . PMID 21317327 .
- ^ Гарсия, Рональд; Мюллер, Рольф (2014). «Семейство Nannocystaceae». Прокариоты: Deltaproteobacteria и Epsilonproteobacteria . С. 213–229.
- ^ Перес, Дж.; Castaneda-Garcia, A.; Jenke-Kodama, H.; Мюллер, Р.; Munoz-Dorado, J. (3 октября 2008 г.). «Эукариотические протеинкиназы в прокариотах и миксобактериальном киноме» . Труды Национальной академии наук . 105 (41): 15950–15955. BIBCODE : 2008PNAS..10515950P . doi : 10.1073/pnas.0806851105 . PMC 2572974 . PMID 18836084 .
- ^ Десмонд, E.; Грибальдо, С. (10 сентября 2009 г.). «Филогеномика синтеза стерола: понимание происхождения, эволюции и разнообразия ключевой эукариотической особенности» . Биология и эволюция генома . 1 : 364–381. doi : 10.1093/gbe/evp036 . PMC 2817430 . PMID 20333205 .