База данных аутофагии

Базы данных по аутофагии
Содержание
Описание	Базы данных для классификации генов и белков, связанных с аутофагией
Контакт
Исследовательский центр	Центр информационной биологии; Банк данных ДНК Японии, Люксембургский институт здравоохранения
Первичное цитирование	Хомма и др., Люксембургский институт здравоохранения
Дата выпуска	2010
Доступ
Веб-сайт	www .без меня .org / аутофагия /
Инструменты
Интернет	аутофагия .лу /индекс .html

База данных по аутофагии призвана предоставить полный список генов и белков, связанных с аутофагией , независимо от того, идентифицированы ли они как ортологи или гомологи других, потенциально родственных белков. Можно хранить многие виды информации, включая последовательности, функции и трехмерные структуры, что делает их доступными в формате с возможностью поиска. Информация, доступная в одном источнике и в формате с возможностью поиска, упростит работу будущим исследователям. Эти источники затем помогут достичь этой цели, предоставив недавно опубликованные ссылки на аутофагию наряду с такими категориями, как рейтинги пользователей, список информативных обзоров и результаты оригинального анализа. Поскольку аутофагия может играть роль во множестве заболеваний человека, таких как болезни сердца, печени и почек, дальнейшее понимание ее механизмов имеет важное значение. Упрощение исследовательского процесса с помощью некоторой базы данных могло бы тогда стать научным благом. ^[2]

Аутофагия

[Подробную информацию см. в разделе Аутофагия ].

Аутофагия — это процесс, при котором клетки организма уничтожают нефункциональные или ненужные компоненты. ^[3] В частности, аутофагия — это катаболический процесс, включающий деградацию собственных компонентов клетки посредством лизосомального механизма. ^[1] Аутофагия также имеет решающее значение в случаях голодания и удаления потенциально опасных клеточных материалов, что указывает на ее необходимость для поддержания жизни. ^[1] Как видно на соответствующем рисунке «Аутофагия» , клеточные продукты разлагаются деструктивными клеточными компонентами, такими как лизосомы, с образованием новых материалов для использования клеткой. Исследования аутофагии и связанных с ней процессов в последние годы резко возросли, однако многие из этих процессов до конца не изучены, и гомологов . для многих из этих белков у разных видов не обнаружено ^[1] Его молекулярные механизмы до конца не выяснены, несмотря на значительные достижения в этой области, о чем свидетельствуют сообщения о сотнях генов и белков, связанных с аутофагией. ^[1] Таким образом, была продемонстрирована необходимость в базе данных для характеристики белков и компонентов аутофагии человека и/или их гомологов, а также ортологов у других видов.

База данных аутофагии

База данных аутофагии является продуктом Национального института генетики (NIG). ^[4] NIG был основан в июне 1949 года министерством образования, науки, спорта и культуры, первым директором которого был избран профессор Кан Огума. ^[4] Со временем было добавлено множество отделов для различных приложений, таких как генетика , геномика , исследования ДНК и, что особенно важно для наших целей, банк данных ДНК. ^[4] NIG является подразделением Японской исследовательской организации информации и систем и в настоящее время находится под руководством ее девятого директора. ^[4] NIG стремится проводить исследования высшего уровня с целью оптимизации информации, а также распространения информации, полученной в результате исследований, для общественного применения. ^[4] Инструментом, созданным этой организацией для этой цели, является база данных Autophagy .

База данных аутофагии — это база данных белков, участвующих в аутофагии . База данных Autophagy намерена собрать всю необходимую информацию, систематизировать ее и сделать общедоступной, чтобы пользователи могли легко получать актуальные знания. В частности, база данных по аутофагии предлагает «бесплатный» инструмент для тех, кто интересуется аутофагией, занимается исследованиями и т. д. ^[3] Чтобы лучше достичь этой цели, доступная база данных по аутофагии от NIG призывает пользователей базы данных распространять и обмениваться информацией, чтобы данные, связанные с аутофагией, могли быть доступны бесплатно всем, кто в них нуждается. ^[1] Для заинтересованного исследовательского сообщества такая модель распространения результатов исследований является многообещающей. По состоянию на апрель 2018 г .; 6 лет назад ( 2018-04 ) в этой базе данных было доступно 582 рассмотренных белка. ^[3] Включая аутофагические белки, доступные в HomoloGene , NCBI , всего насчитывается более 52 000 белков. ^[3] База данных по аутофагии предлагает сравнение гомологичных белков между 41 различным видом для поиска новых и старых белков, связанных с аутофагией, что позволяет упростить текущие исследования аутофагии. ^[1] База данных стала общедоступной в марте 2010 года и в настоящее время включает 7444 гена/белка у 82 эукариот.

База данных аутофагии человека

База данных по аутофагии человека является продуктом Люксембургского института здравоохранения (LIH). ^[5] LIH имеет несколько филиалов по всему Люксембургу, которые занимаются биомониторингом , инфекциями и иммунитетом , управлением здравоохранением , онкологией , спортивной медициной и биобанком . Каждый из этих отделов стремится поддержать миссию LIH, которая заключается в том, чтобы «генерировать и переводить исследовательские знания в клиническое применение, оказывая влияние на будущие проблемы здравоохранения и персонализированной медицины». ^[5] Он предлагал инструменты. ^[5] Лаборатория экспериментальных исследований рака ИГИЛ помогла создать один из этих инструментов — базу данных, известную как база данных аутофагии человека .

База данных по аутофагии человека (HADb) — еще один доступный ресурс по аутофагии. ^[2] В отличие от базы данных аутофагии , база данных аутофагии человека сравнивает только те белки, которые обнаружены у людей. HADb — это первая база данных об аутофагии, предназначенная только для людей, в которой исследователи могут найти обновленный список прямо и косвенно связанных с аутофагией белков, учитывая отсутствие ранее доступной последовательной базы данных, которая могла бы компенсировать огромное расширение исследований аутофагии. ^[2] HADb не только предоставляет информацию об интересующем гене, но также стремится превратиться в базу данных, которую можно будет использовать для анализа интересующего гена. ^[2] С этой целью HADb был сделан максимально полным с точки зрения белков, связанных с аутофагией, хотя недавно обнаруженные белки и гены могут быть отправлены разными пользователями в раздел «Представление» . Информация, предоставленная базой данных по аутофагии человека, может быть использована в дальнейшем в приложениях биоинформатики.

Использование в биоинформатике

Учитывая, что эти базы данных представляют собой большое хранилище биологической информации, их можно использовать в приложениях биоинформатики для упрощения сбора и анализа информации. Биоинформатика стремится объединить биологические открытия с большими данными, чтобы помочь в улучшении научных открытий. Каждую базу данных можно использовать для изучения интересующего аутофагического белка или гена, причем эти базы данных поддерживаются за счет материалов пользователей. Информацию о каждом гене можно использовать для доступа к Entrez , Ensembl и PubMed . Последовательность FASTA также доступна для анализа последовательностей с использованием таких сайтов, как BLAST . Конкретные варианты использования базы данных аутофагии и базы данных аутофагии человека показаны ниже.

База данных аутофагии имеет несколько доступных функций для поиска белков, связанных с аутофагией, у разных видов.

Опции для ADb

Пользователь может получить доступ к базе данных аутофагии по адресу http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html . Изображение «Параметры для ADb» демонстрирует разнообразие опций, доступных для этой базы данных. Все невыделенные вкладки содержат дополнительную информацию и контактную информацию, не связанную с поиском генов. Пользователь может обратиться к:

Список белков , выделенный желтым цветом, где пользователь может выбрать организм и выполнить поиск по синонимам , идентификатору гена и доступу к белкам , а также другим функциям. Эти функции предлагают пользователю несколько вариантов поиска информации об интересующих генах. Параметры, доступные в базе данных аутофагии для списка белков, можно увидеть в примере, приведенном справа . Список белков приведен справа. Выбор различных опций, таких как «Синонимы» , позволяет пользователю выполнять поиск по конкретным запросам.
совпадения белков, связанных с аутофагией, среди гомологов и ортологов на вкладке «Гомологи» , выделенной зеленым цветом. Это можно использовать согласно изображению справа «Гомологи» , где ортологи и гомологи можно сравнивать между различными организмами и таксонами, выбрав необходимые поля.
поиск конкретных генов. Это можно сделать с помощью поиска по ключевым словам , выделенного синим цветом, а также для сопоставления известного интересующего гена с определенным видом. Это помогает определить потенциальных ортологов.

гомологи и ортологи интересующего гена. Поиск гомологии , выделенный оранжевым цветом, можно использовать для поиска FASTA или неформатированной текстовой последовательности известного гена. Это может помочь в поиске связанных белков, связанных с аутофагией, или в поиске гомологов или ортологов. Пользователь может сравнивать гомологов и ортологов внутри или между видами, учитывая различные варианты видов и таксонов, как показано на соответствующем рисунке.
проанализировать связи между одним геном и генами аутофагии, имеющимися в базе данных. Оригинальные анализы , выделенные серым цветом, могут использоваться для поиска потенциальных совпадений генов, связанных с аутофагией, с известным геном. Чтобы наилучшим образом использовать эти функции, пользователю следует перейти на вкладку «Загрузка», чтобы загрузить все файлы генов, чтобы функцию базы данных аутофагии . можно было полностью использовать

База данных аутофагии человека имеет доступные функции для поиска генов и кластеризации . ^[2]

При доступе к http://autophagy.lu/index.html эти параметры доступны. Заинтересованные стороны могут также добавлять в базу данных новые белки аутофагии человека. Пользователь может использовать базу данных по следующим параметрам:

Пользователь может выполнить поиск гена по названию в категории «Поиск гена» . Ген можно искать по его символу гена, инвентарному номеру ансамбля, расположению хромосомы или соответствующему ключевому слову. Простые инструкции о том, как получить доступ к интересующему гену с помощью этого метода, приведены на рисунке «Поиск гена: HADb». Вкратце, пользователь должен получить доступ к веб-сайту, выбрать выделенную вкладку и выполнить поиск интересующего его гена, используя доступные вкладки, указанные на соответствующем изображении. В частности, пользователь должен выбрать, какой вариант он хотел бы использовать в связанной таблице, а затем заполнить информацию для нужной вкладки, будь то «Символ» или «Синоним» , «Хромосома» , «Инвентарный номер » или «Ключевое слово» . После выбора вкладки можно ввести информацию и выполнить поиск для определения любых связанных белков, связанных с аутофагией.

Пользователь также может обратиться к разделу «Кластеризация» , где гены можно просматривать в алфавитном порядке. Упрощенная схема проведения этого поиска показана на изображении «Кластеризация: HADb». Пользователь сначала обращается к http://autophagy.lu/index.html , после чего выбирает выделенную вкладку на изображении «Кластеризация», чтобы получить доступ к интересующему его гену. Затем пользователь может выбрать интересующий его ген в алфавитном порядке, чтобы собрать дополнительную информацию. Хотя эта база данных содержит только гены аутофагии человека, пользователю не нужно загружать базу данных для использования, и он может найти гены и белки, участвующие в сложном процессе аутофагии.

Ограничения баз данных

Каждая база данных имеет свои сильные и слабые стороны.

База данных по аутофагии . Концептуально база данных по аутофагии предлагает возможность легкого доступа к информации о белках, связанных с аутофагией, у различных видов. ^[3] Однако при использовании этой базы данных возникают некоторые проблемы. Пользователь может попробовать различные варианты вкладок, доступные для ADb , хотя эти параметры нельзя использовать без загрузки содержимого из базы данных Autophagy . Хотя пользователь может получить доступ к вкладке «Загрузка» (отмечена в разделе «Параметры ADb» белым цветом), она обеспечивает только текстовый вывод при использовании службы Wi-Fi в США. Таким образом, пользователь не может получить доступ к множеству упомянутых выше опций в формате графического интерфейса , а должен искать текстовый вывод. Пользователь может загрузить базу данных Autophagy , но доступ к этим файлам с помощью Apple OS может быть затруднен. Это усложняет использование для пользователей из США, снижая базы данных Autophagy полезность . Это потенциальное усложнение международной базы данных, усложняющее ее использование.
База данных по аутофагии человека : хотя база данных также доступна на международном уровне, простота использования базы данных по аутофагии человека значительно улучшена. Доступ ко всем доступным опциям, хотя и ограниченным, можно получить с помощью службы Wi-Fi в США. База данных по аутофагии человека ограничена в наборе вариантов, доступных для сбора и анализа данных, поскольку доступно меньше вариантов, чем в базе данных по аутофагии . В базе данных также хранятся только человеческие гены и белки, связанные с аутофагией. ^[2] тогда как база данных аутофагии содержит информацию о генах и белках, связанных с аутофагией, доступных для множества различных видов.

Преимущества баз данных

Хотя каждая база данных имеет свои сильные и слабые стороны, каждая из них помогает восполнить пробел. ^[3] Дальнейшие дополнения могут помочь улучшить эти базы данных в будущем. Хотя могут существовать доступные базы данных, которые кажутся более полными для общего поиска генов или белков, такие как NCBI , HADb и база данных аутофагии, предлагающая наиболее полную информацию о генах и белках, связанных с аутофагией. Графический интерфейс не полностью доработан для каждой из них, и к нему может быть сложнее получить доступ, но каждая из этих баз данных фокусируется на аутофагии , тогда как NCBI не использует такой же сфокусированный подход к аутофагии. Таким образом, база данных HADb и аутофагии может предложить интересный путь для исследования генов и белков, связанных с аутофагией.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Хомма, Кейчи; Сузуки Кодзи; Сугавара Хидеаки (январь 2011 г.). «База данных по аутофагии: всеобъемлющий информационный ресурс по аутофагии, обеспечивающий основу для исследований» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D986-90. дои : 10.1093/nar/gkq995 . ПМК 3013813 . ПМИД 20972215 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Люксембургский институт здравоохранения. (без даты). HADb: База данных аутофагии человека. Получено 13 апреля 2018 г. с http://autophagy.lu/index.html .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хомма К., Сузуки К. и Сугавара Х. (nd). База данных аутофагии. Получено 13 апреля 2018 г. с http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Национальный институт генетики. (2018). Национальный институт генетики. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.nig.ac.jp/nig/.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Люксембургский институт здравоохранения. (2015). Люксембургский институт здравоохранения. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.lih.lu/.

Внешние ссылки

Что такое аутофагия?
Другая база данных, специализирующаяся на аутофагии человека ( http://autophagy.lu/ ), также находится в открытом доступе.

[pmid20972215-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Хомма, Кейчи; Сузуки Кодзи; Сугавара Хидеаки (январь 2011 г.). «База данных по аутофагии: всеобъемлющий информационный ресурс по аутофагии, обеспечивающий основу для исследований» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D986-90. дои : 10.1093/nar/gkq995 . ПМК 3013813 . ПМИД 20972215 .

[Human_Autophagy-2] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Люксембургский институт здравоохранения. (без даты). HADb: База данных аутофагии человека. Получено 13 апреля 2018 г. с http://autophagy.lu/index.html .

[JP_Autophagy-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Хомма К., Сузуки К. и Сугавара Х. (nd). База данных аутофагии. Получено 13 апреля 2018 г. с http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html .

[NIG-4] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Национальный институт генетики. (2018). Национальный институт генетики. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.nig.ac.jp/nig/.

[LIH-5] Jump up to: ^а ^б ^с Люксембургский институт здравоохранения. (2015). Люксембургский институт здравоохранения. Получено 23 апреля 2018 г. с https://www.lih.lu/.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]