C15orf39
| C15orf39 | |||
|---|---|---|---|
 Хромосома 15 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | C15orf39 | ||
| ген NCBI | 56905 | ||
| HGNC | 24497 | ||
| RefSeq | НП_056307.2 | ||
| ЮниПрот | Q6ZRI6 | ||
| |||
C15orf39 — это белок , который у человека кодируется открытой рамки считывания 15 хромосомы 15 (C15orf39) геном .
Ген
[ редактировать ]Расположение
[ редактировать ]C15orf39 расположен на хромосоме 15 (15q24.2), занимая 16,53 т.п.н. от 75487985 до 75504515 на плюсовой цепи ДНК . [ 1 ] C15orf39 имеет три экзона и семь интронов . [ 1 ] [ 2 ]
мРНК
[ редактировать ]Изоформы
[ редактировать ]Кодирующая последовательность мРНК C15orf39 имеет длину 4443 пары оснований . [ 4 ] Ген C15orf39 продуцирует семь транскриптов мРНК, причем самая длинная кодирующая изоформа имеет длину 1047 аминокислот , а самая короткая - 27 аминокислот с укороченным 3'- концом. [ 5 ]
Выражение
[ редактировать ]
C15orf39 высоко экспрессируется в тройничном ганглии , верхнем шейном ганглии , цельной крови и сердце . Низкие уровни экспрессии C15orf39 были обнаружены в затылочной доле и PB-CD19+ B-клетках . [ 6 ]
.
.
Уровни экспрессии C15orf39 в плода и взрослого ретикулоцитах показали значительно разные уровни экспрессии (P <0,0001), при этом ретикулоциты взрослых экспрессировали больше C15orf39, чем клетки плода. [ 7 ]
.
.
.
.
Белок
[ редактировать ]Общие свойства
[ редактировать ]C15orf39 имеет немодифицированную молекулярную массу 110,6 кДа. [ 2 ] [ 8 ] Модифицированная молекулярная масса составляет 110,7 кДа. [ 9 ] выше среднего C15orf39 состоит из пролина (≈17%) и имеет дефицит изолейцина (≈1%) и аспарагина (≈1%). [ 10 ] Как близкие ( Тринадцатиполосный суслик ), так и отдаленные ( Хохлатый ибис ) ортологи содержали уровни пролина выше среднего, а также низкие уровни изолейцина и аспарагина.
Домены и мотивы
[ редактировать ]
C15orf39 имеет четыре предсказанных домена. Два из них — это домены, богатые пролином и аланином . Домен большого тегументного белка UL36 важен для регуляции вирусного цикла вируса герпеса человека 1 (HHV-1), включая транспортировку вирусного капсида к комплексу ядерных пор и связывание внутреннего и внешнего вирусного капсида тегумента вместе. [ 11 ] Наконец, домен WH2 , домен 2 WASP-гомологии, имеет длину примерно 18 аминокислот и служит актин- связывающим доменом. [ 12 ] WH2 связывает мономеры актина, обеспечивая образование актиновых нитей .
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Предсказанные посттрансляционные модификации C15orf39 включают фосфорилирование , ацетилирование , сумойлирование и о-гликозилирование . Важной аминокислотой является K17, к которой ковалентно присоединены ацетильная и сумогруппа. [ 2 ] [ 13 ] Кроме того, T970 фосфорилирован и имеет присоединенную о-гликозильную группу. [ 14 ] [ 15 ] Все предсказанные посттрансляционные модификации сохранились у отдаленных и строгих ортологов.
| ПТМ | Расположение аминокислот |
|---|---|
| фосфорилирование [ 14 ] | С208, С322, С467, С496, С497, Т970 |
| Ацетилирование [ 2 ] | К17 |
| Сумойлирование [ 13 ] | К17, К57, К154, К358, К569, К975 |
| Взаимодействие сумойлирования [ 13 ] | 462-466 |
| О-гликозилирование [ 15 ] | С497, Т970 |
.
.
.
.
.
Структура
[ редактировать ]Альфа-спирали, предсказанные в белке C15orf39, окрашены в красный цвет, а случайные витки представлены коричневым. не Было предсказано, что бета-листы будут частью вторичной структуры C15orf39. Было предсказано, что немоделированные аминокислоты будут представлять собой случайные клубки . [ 16 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Предполагается, что C15orf39 находится в цитозоле клетки. [ 18 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]Скрининг взаимодействия белков показал, что C15orf39 взаимодействует со многими белками, включая RPLP1 и EIF4ENIF1. дрожжей было обнаружено, что C15orf39 взаимодействует с RPLP1 (белком большой рибосомальной субъединицы P1), цитоплазматическим В ходе высокопроизводительного двухгибридного скрининга белком. RPLP1 представляет собой кислую субъединицу рибосомы , которая важна на этапе элонгации транскрипции . [ 19 ] [ 20 ] EIF4ENIF1 (транспортер эукариотического фактора инициации трансляции 4E) представляет собой нуклеоцитоплазматический белок, который транспортирует фактор инициации трансляции eIF4E между ядром и цитоплазмой. [ 21 ] Белковое взаимодействие между C15orf39 и EIF4ENIF1 было обнаружено посредством аффинного захвата . [ 22 ]
Гомология
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]неизвестны . Паралоги человеческого гена C15orf39 [ 23 ]
Ортологи
[ редактировать ]Пространство ортологов для C15orf39 включает в себя таких далеких родственников, как хрящевые рыбы , такие как Rhincodon typus ( китовая акула ), и столь же строгих, как близкородственные млекопитающие, такие как горилла , последовательность которой на 99% идентична человеческому белку. [ 24 ] [ 25 ] Филогенетическое дерево ниже показывает эволюционную связь последовательности белка C15orf39 с его ортологами. [ 26 ]
| Научное название | Общее имя | МЯА | Номер белка | Длина (АА) | % Личность |
|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | Человек | 0 | НП_056307 | 1,047 | 100 |
| Горилла горилла горилла | Горилла | 9.06 | XP_004056588.1 | 1,047 | 99 |
| Ictidomys tridecemlineatus | Тринадцатилинейный суслик | 90 | XP_005316869.1 | 1,032 | 80 |
| Лошадь лошадь | Лошадь | 96 | XP_023509136.1 | 1,033 | 79 |
| Дельфинаптерус лейкас | Белуха Кит | 96 | XP_022435768.1 | 1,041 | 78 |
| Локсодонта африканская | Африканский Буш-слон | 105 | XP_003413993.1 | 1,072 | 75 |
| Омиторинх анатинус | Утконос | 177 | XP_007656779.1 | 1,119 | 37 |
| Геккон японский | Геккон японский | 312 | XP_015267003.1 | 1,387 | 51 |
| Ниппония Ниппон | Хохлатый ибис | 312 | XP_009468021.1 | 1,046 | 32 |
| Ксенопус левис | Африканская шпорцевая лягушка | 352 | XP_018111022.1 | 1,475 | 40 |
| Тип ринкодона | Китовая акула | 473 | XP_020392571.1 | 1,491 | 31 |
Дивергенция
[ редактировать ]
На графике показано, что белок C15orf39 быстро развивается . Последовательность C15orf39 расходилась быстрее, чем быстро развивающийся белок фибриноген у людей. [ 27 ]
.
.
.
.
.
.
.
. Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Тьерри-Миг, Даниэль; Тьерри-Миг, Жан. «AceView: Gene: C15orf39, полная аннотация генов человека, мыши и червя с помощью мРНК или ESTsAceView» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «неохарактеризованный белок C15orf39 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ «Открытая рамка считывания 39 хромосомы 15orf39 39 [Homo sapiens (человек)] – Ген – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Открытая рамка считывания 39 хромосомы 15 человека (C15orf39) человека разумного, мРНК — Нуклеотид — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 92» . useast.ensembl.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б "ГДС596/204495_с_ат" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б "GDS2655/204494_с_ат" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «Ген C15orf39» . www.genecards.org . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ «C15orf39 - Антитела - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «UL36 - Денеддилаза большого белка тегумента - Вирус герпеса человека 1 (штамм 17) (HHV-1) - Ген и белок UL36» . www.uniprot.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «ELM — поиск ресурса эукариотических линейных мотивов» . elm.eu.org . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Онлайн-сервис GPS-СУМО» . GPS . 20 апреля 2018 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Перейти обратно: а б «GPS 3.0 - Прогнозирование сайта киназ-специфического фосфорилирования» . gps.biocuckoo.org . Архивировано из оригинала 06 мая 2018 г. Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Срок действия 5ADC962700006D04C7682FA1 истек» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «NPS@: прогноз вторичной структуры GOR4» . npsa-prabi.ibcp.fr . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «Отправить задание по прогнозированию» . raptorx.uchicago.edu . Проверено 5 мая 2018 г.
- ^ «C15orf39 - Неохарактеризованный белок C15orf39 - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок C15orf39» . www.uniprot.org . Проверено 19 февраля 2018 г.
- ^ «Ген RPLP1» . www.genecards.org . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ Стелцль Ю, Ворм Ю, Лаловски М, Хениг К, Брембек Ф.Х., Гёлер Х, Стродике М, Ценкнер М, Шенхерр А, Кеппен С, Тимм Дж, Минцлафф С, Абрахам С, Бок Н, Китцманн С, Гёдде А, Токсёз Е , Дроге А., Кробич С., Корн Б., Бирчмайер В., Лерах Х., Ванкер Э.Э. (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома» . Клетка . 122 (6): 957–68. дои : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . ПМИД 16169070 .
- ^ «Ген EIF4ENIF1» . www.genecards.org . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ Болдт К., ван Реувейк Дж., Лу К., Кутрумпас К., Нгуен Т.М., Тексье Ю. и др. (май 2016 г.). «Белковый ландшафт, специфичный для органелл, определяет новые заболевания и молекулярные механизмы» . Природные коммуникации . 7 : 11491. Бибкод : 2016NatCo...711491B . дои : 10.1038/ncomms11491 . ПМК 4869170 . ПМИД 27173435 .
- ^ «Ген: C15orf39 (ENSG00000167173) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Ensembl 91» . useast.ensembl.org . Проверено 26 февраля 2018 г.
- ^ «неохарактеризованная изоформа гомолога белка C15orf39 X1 [Rhincodon typus] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «ПРОГДАНО: неохарактеризованный гомолог белка C15orf39 [Gorilla gorilla g — белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Множественное выравнивание последовательностей — CLUSTALW» . www.genome.jp . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 06 мая 2018 г.