Набор тегов журнальных статей
 | |
| Сокращение | ДЖАТС |
|---|---|
| Положение дел | Опубликовано |
| Впервые опубликовано | 31 марта 2003 г. |
| Последняя версия | НЕ ДЖАТЫ 1.2 8 февраля 2019 г. |
| Организация | |
| Авторы | |
| Базовые стандарты | XML |
| Сопутствующие стандарты |
|
| Домен | |
| Веб-сайт | джаты |
Набор тегов журнальных статей ( JATS ) — это формат XML , используемый для описания научной литературы , опубликованной в Интернете. Это технический стандарт , разработанный Национальной организацией по информационным стандартам (NISO) и одобренный Американским национальным институтом стандартов под кодом Z39.96-2012 .
Проект NISO был продолжением работы, проделанной NLM/NCBI NLM , и популяризировался PubMed Central как фактический стандарт для архивирования и обмена научными журналами открытого доступа и их содержимым с помощью XML .
Благодаря стандартизации NISO инициатива NLM получила более широкий охват, и несколько других репозиториев, таких как SciELO и Redalyc , приняли форматирование XML для научных статей .
JATS предоставляет набор XML-элементов и атрибутов для описания текстового и графического содержимого журнальных статей. а также некоторые материалы, не относящиеся к статьям, такие как письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов. [1] JATS позволяет описывать все содержимое статьи или только метаданные заголовка статьи; и позволяет размещать другие виды контента, включая исследовательские и неисследовательские статьи, письма, редакционные статьи, а также обзоры книг и продуктов.
История [ править ]
С момента своего появления пакет NLM Archiving and Interchange DTD от NCBI стал фактическим стандартом разметки журнальных статей в научных публикациях . [2] С появлением NISO JATS он был повышен до настоящего стандарта . [3] Даже без обмена публичными данными преимущества внедрения NISO JATS дают издателям с точки зрения оптимизации производственных рабочих процессов и оптимизации взаимодействия систем. [4] [5]
Хронология [ править ]
- НЛМ ДЖАТС
- НЛМ JATS, версия 1
- НЛМ JATS, версия 2
- 30 декабря 2004 г. : выпущено основное обновление версии 2.0. Он предназначен для поддержки лучших практик настройки. [6]
- 14 ноября 2005 г. : Выпущено обновление версии 2.1 с добавлением DTD для создания статей . [6] [7]
- 8 июня 2006 г. : выпущено обновление версии 2.2. [6]
- 28 марта 2007 г. : выпущено обновление версии 2.3. [6]
- НЛМ JATS, версия 3
- ОНИ НЕ ДЖАТЫ
- НЕ ДЖАТЫ, версия 1.0
- 30 марта 2011 г. - 30 сентября 2011 г. : выпущен первый черновой вариант NISO Z39.96.201x версии 0.4; шестимесячный период комментариев. [8]
- 15 июля 2012 г. : NISO JATS, v1.0 получил одобрение NISO. [9]
- 9 августа 2012 г. : NISO JATS, v1.0 получил одобрение ANSI. [9]
- 22 августа 2012 г. : опубликован ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: набор тегов журнальных статей (версия 1.0). Он поддерживает полную обратную совместимость с NLM JATS v3.0. [6] [9]
- НЕ ДЖАТЫ, версия 1.1
- 9 декабря 2013 г. : Выпущен первый черновой вариант NISO JATS, v1.1d1. [10]
- 29 декабря 2014 г. : выпущен второй черновой вариант NISO JATS, v1.1d2. [11]
- 14 апреля 2015 г. : выпущен третий черновой вариант NISO JATS, v1.1d. [12]
- 22 октября 2015 г. : NISO JATS v1.1 получил одобрение NISO. [13]
- 19 ноября 2015 г. : NISO JATS, v1.1 получил одобрение ANSI. [13]
- 6 января 2016 г. : ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: пакет тегов журнальных статей, опубликована версия 1.1. [13]
- НЕ ДЖАТЫ, версия 1.2
- НЕ ДЖАТЫ, версия 1.3
- 7 июля 2021 г. : ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: пакет тегов журнальных статей, опубликована версия 1.3. [17]
Технический объем [ править ]
По замыслу это модель журнальных статей, например типичная исследовательская статья в журнале STM , а не модель полных журналов. [18]
Наборы тегов [ изменить ]
Существует три набора тегов:
- и обмен журналами Архивирование ( Зеленый )
- «Самый либеральный из наборов тегов». [19] в первую очередь предназначен для сбора и архивирования существующих журнальных данных.
- журнала Издательство ( Синий )
- «Умеренно предписывающий набор тегов». [19] предназначен для общего использования при производстве и публикации журналов.
- Формально эта модель является подмножеством модели Архивирования . Это наиболее часто используемый вариант JATS.
- статья Авторская ( Апельсин )
- «Самый предписывающий [самый сжатый и самый маленький] из наборов тегов». [19] предназначен для относительно легкого создания журнальных статей, действительных для JATS.
- Формально эта модель является подмножеством модели публикации .
Определения типов документов (также выпущенные в форме RELAX NG и XML-схемы ) определяют каждый набор и включают другие стандарты, такие как таблицы MathML и XHTML (хотя и не в XHTML пространстве имен ).
Структура документа [ править ]
Набор JATS Publishing определяет документ, который является компонентом верхнего уровня журнала, например, статья, обзор книги или продукта или письмо редактору. Каждый такой документ состоит из вводной части (обязательной) и до трех дополнительных частей. [18] Они должны появиться в следующем порядке:
- Передняя часть
- В начале статьи содержатся метаданные статьи (также называемые информацией заголовка статьи), например, название статьи, журнал, в котором она опубликована, дата и выпуск публикации этого выпуска этого журнала, заявление об авторских правах и т. д. Метаданные как на уровне статьи, так и на уровне проблемы (в элементе.
<article-meta>) и метаданные уровня журнала (в элементе<journal-meta>) могут быть захвачены. - Тело (статьи)
- Тело статьи – это основное текстовое и графическое содержание статьи. Обычно он состоит из абзацев и разделов, которые сами могут содержать рисунки, таблицы, боковые панели (текст в рамке) и т. д. Тело статьи не является обязательным для размещения тех репозиториев, которые хранят только информацию заголовка статьи и не помечают текстовое содержимое.
- Обратная связь
- Если присутствует, содержание статьи содержит информацию, которая является вспомогательной по отношению к основному тексту, например, глоссарий, приложение или список цитируемых ссылок.
- Плавающий материал
- Издатель может поместить все плавающие объекты в статье и ее основную часть (например, таблицы, рисунки, боковые текстовые панели и т. д.) в отдельный элемент-контейнер вне потока повествования для удобства обработки. [18]
После переднего, основного, заднего и плавающего материала могут быть либо один или несколько ответов на статью, либо одна или несколько второстепенных статей. [18]
Пример [ править ]
Это минимальная структура статьи,
<?xml version="1.0"coding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE статья
PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN"
"JATS- Journalpublishing1.dtd"
>
<article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated"
xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns :xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink"
>
<front> ... </front>
<body> ... </body>
<back> ... </back>
< /статья>
The DOCTYPEзаголовок не является обязательным, наследие SGML и DTD , ориентированных на валидаторов . dtd-version Атрибут можно использовать даже без заголовка DTD.
Корневой элемент articleявляется общим для любой версии JATS или «семейства JATS», как NLM DTD. Правила для front, body и backпроверка тегов зависит от версии JATS, но все версии имеют схожую структуру и хорошую совместимость в разные годы. Эволюция схемы сохраняет общую стабильность.
Реже «только front", "только front и backВарианты также используются для других целей, помимо представления полного содержания. Общий состав статьи (как выражение содержания DTD )
(спереди, тело?, сзади?, float-group?, (подстатья* | ответ*))
Инструменты [ править ]
Существует множество инструментов для создания, редактирования, конвертации и преобразования JATS. Они варьируются от простых форм [20] для полной автоматизации конвертации:
Преобразование в JATS [ править ]
Возьмите в качестве входных данных научный документ и при некоторой поддержке человека создайте результат JATS.
- Документы OpenOffice ( LibreOffice ) и MS Word в JATS:
- Typeset: предоставляет автоматизированный набор конвертеров MS-Word в JATS XML .
- ОксГараж : [21] может конвертировать документы из различных форматов в «Национальную медицинскую библиотеку (NLM) DTD 3.0».
- meTypeset : meTypeset [22] "является ответвлением стека OxGarage" "для преобразования формата .docx Microsoft Word в NLM/JATS-XML".
- eXtyles : [23] автоматизирует трудоемкие аспекты редактирования документов в Microsoft Word и экспортирует их в JATS XML (а также во многие другие DTD).
- Markdown в JATS: Pandoc 2.0 может конвертировать ряд входных форматов в JATS. [24]
- PDF в JATS: решить эту проблему очень сложно. Успех зависит от того, насколько хорошо структурированы ваши PDF-файлы, а при пакетном преобразовании — от того, насколько последовательно они структурированы.
- Шабаш Меропс [25]
- от Typeset Конвертер PDF в JATS XML
- Проект общественных знаний [26] разрабатывает конвейер для преобразования PDF в JATS. Он будет включать использование pdfx . [27]
- CERMINE Content ExtRactor и MINer [28]
Преобразование из JATS [ править ]
Возьмите JATS в качестве входных данных и создайте документ другого типа в качестве выходных данных.
- из JATS в HTML
- Таблицы стилей предварительного просмотра JATS (каноническое преобразование XSLT ), см. классический (2013) конвертор. [29]
- линза eLife [30] преобразует NLM XML в JSON для отображения с использованием HTML и Javascript.
- из JATS в PDF: некоторые таблицы стилей предварительного просмотра JATS, преобразование XSLT + XSL-FO.
- из JATS в EPUB. [31]
- Общий (из JATS DTD): DtdAnalyzer [32] - сравнивает JATS с другими DTD и помогает создавать XML-представления, генерировать XSLT и Schematron, а также другие инструменты.
Редакторы [ править ]
- Typeset предоставляет редактор WYSIWYM для научных статей. Поддерживает экспорт XML в стандарты NISO JATS и NLM JATS. Он в основном используется журналами и издателями, желающими преобразовать отправленные автором файлы MS-Word в XML, PDF, HTML и ePuB. [33]
- JATS Framework для oXygen XML Editor: пользователи oXygen XML Editor и oXygen XML Author теперь могут установить поддержку текущих версий NISO JATS (и в качестве бонуса NLM BITS). На основании идентификатора, указанного в объявлении DOCTYPE, oXygen определит, что вы редактируете документ JATS, и предоставит таблицы стилей и утилиты. [34]
- FontoXML для JATS: редактор WYSIWYS для редактирования и просмотра содержимого JATS: [35]
- PubRef «Pipeline»: JATS-редактор с предварительным просмотром в реальном времени в браузере: [36]
- Аннотировано : [37] тема WordPress, которая включает WYSIWYG-авторство в JATS (подмножество Kipling), рецензирование и редакционное управление, а также публикацию. [38]
- Версия JATS для веб-редактора XML Xeditor .
- Редактор текстур [39] Консорциума субстанций. [40] Первый онлайн-редактор, «рожденный для JATS». [41]
- Libero Editor, разработанный eLife, описывает себя как «Удобный интерфейс редактирования, предназначенный для публикации сотрудников и авторов для создания высококачественных JATS XML».
Предварительный просмотр [ править ]
Инструменты, которые отображают JATS как HTML, обычно «на лету».
- Таблицы стилей предварительного просмотра JATS: [42] Таблицы стилей предварительного просмотра JATS представляют собой серию файлов .xsl, .xpl, .css и .sch, которые создают версии .html или .pdf действительных файлов NISO Z39.96-2012 JATS 1.0. Он в первую очередь предназначен для внутреннего использования издателями и является основой для настройки. [43]
- Typeset — позволяет генерировать HTML из JATS XML одним щелчком мыши. Кроме того, предлагается возможность генерировать собственный HTML-код в соответствии с требованиями журнала. [44]
- PubReader : «Представление PubReader — это альтернативная веб-презентация… Разработанный специально для повышения удобства чтения на планшетах и других устройствах с небольшими экранами, PubReader также можно использовать на настольных компьютерах и ноутбуках, а также в нескольких веб-браузерах». [45]
Кастомизация [ править ]
- Jatsdoc — создает документацию для любой конкретной настройки JATS. Jatsdoc интегрирован с DtdAnalyzer от NCBI . [46] [47]
Центральные репозитории JATS [ править ]
Поскольку NISO JATS стал стандартом де-факто и де-юре для журналов открытого доступа , научное сообщество приняло репозитории JATS в качестве своего рода обязательного экземпляра , который иногда считается более ценным, чем традиционные цифровые библиотеки , где хранится только PDF-версия. Открытым знаниям нужны более богатые и структурированные форматы, такие как JATS: PDF и JATS должны быть сертифицированы как «один и тот же контент», а набор «PDF+JATS» образует единицу обязательного экземпляра. Список репозиториев JATS и их содержание:
- PubMed Central : (пожалуйста, проверьте эти цифры)
- US PubMed Central: в 2016 г. ~3,8 млн статей. [48]
- Europe PubMed Central : в 2016 г. ~3,7 млн статей. [49]
- SciELO : в 2016 г. ~0,6 млн статей. [50]
Эти репозитории перекрываются, и одна и та же статья может храниться в нескольких репозиториях.
Альтернативы и семантика [ править ]
были предприняты некоторые попытки и эксперименты с использованием преобразования RDF . В 2012 году [51] без какого-либо влияния на сообщество JATS.
Позже, примерно в 2016 году, для семантической сети контекста по инициативе SchemaOrg был определен класс ScholarlyArticle , получивший лучший прием. Это первоначальная «JATS-подобная стандартизация» для контекстов использования RDF.
См. также [ править ]
Относится к
- IMRAD (Введение, методы, результаты и обсуждение)
- ОНИ НЕ
- Открытые научные данные
- Научная литература
- Семантическая публикация
- Разделение презентации и контента
- XML
Используется (сохранение в цифровом формате)
Используется (публикация)
Похожий на
- Документ
- Инициатива по кодированию текста
- СхемаОрг ( Научная статья )
- XHTML
Ссылки [ править ]
- ^ ANSI/NISO Z39.96-2012 ISSN 1041-5653 . См. z39.96-2012.pdf по адресу www.niso.org/standards/z39-96-2012.
- ^ Бек, Дж (2011). «NISO Z39.96 Набор тегов журнальных статей (JATS): что случилось с DTD NLM?» . Журнал электронного издательства . 14 (1). дои : 10.3998/3336451.0014.106 . ПМК 3227009 . ПМИД 22140303 .
- ^ Циммерман, Сара (2012). «Новый стандарт NISO Journal Article Tag Suite» . Zeeba.tv .
- ^ Донохью, Пол; Шерман, Дженни; Мистри, Эшвин (2015). «Долгая дорога к JATS» . Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2015 . JATS-Con 2015 . Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ Усдин, Томми; Лапейр, Дебора Алейн; Гласс, Картер М. (2015). «Наложение бизнес-правил на JATS» . Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2015 . JATS-Con 2015 . Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ Перейти обратно: а б с д Это ж г час «Набор тегов для архивирования и обмена журналами NLM» . Национальный центр биотехнологической информации. 13 сентября 2012 г. Архивировано из оригинала 27 августа 2016 г.
- ^ Перейти обратно: а б «JATS и NLM DTD» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 8 января 2016 г. Архивировано из оригинала 7 марта 2016 г.
- ^ «NISO JATS v0.4: проект стандарта для пробного использования» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ Перейти обратно: а б с «ANSI/NISO Z39.96-2012 JATS: набор тегов журнальных статей» . Национальная организация по информационным стандартам . 26 июля 2013 г.
- ^ «JATS v1.1d1 (ЧЕРНОВИК)» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
- ^ «JATS v1.1d2 (ЧЕРНОВИК)» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
- ^ «JATS v1.1d3 (ЧЕРНОВИК)» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «ANSI/NISO Z39.96-2015 JATS: набор тегов журнальных статей» . Национальная организация по информационным стандартам . 8 января 2016 г. Архивировано из оригинала 29 августа 2016 г. . Проверено 29 августа 2016 г.
- ^ «JATS v1.2d1» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ «JATS v1.2d2» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ «ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: набор тегов журнальных статей, версия 1.2» . Национальная организация по информационным стандартам . 8 февраля 2019 г.
- ^ «ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: набор тегов журнальных статей, версия 1.3» . Национальная организация по информационным стандартам . 7 июля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Общее введение» . Библиотека тегов публикации журнала NISO JATS, версия 1.0 . Национальный центр биотехнологической информации. Август 2012.
- ^ Перейти обратно: а б с «JATS: набор тегов для журнальных статей» . Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ 2012 г., semanticpublishing.wordpress.com Форма ввода метаданных JATS, .
- ^ http://www.oucs.ox.ac.uk/oxgarage/ ( документация )
- ^ «МартинПолЭве/meTypeset» . Гитхаб . 20 июня 2019 г.
- ^ «Экстайлз» . Внутренний . Проверено 13 декабря 2022 г.
- ^ «Пандок — Руководство пользователя Pandoc» .
- ^ «Merops: Мощный искусственный интеллект для издателей и редакторов» .
- ^ «Проект общественных знаний» . Проверено 13 декабря 2022 г.
- ^ Константин, С.Петтифер (2013). «PDFX: Полностью автоматизированное преобразование научной литературы из PDF в XML». Материалы симпозиума ACM 2013 по документальной инженерии . стр. 177–180. дои : 10.1145/2494266.2494271 . ISBN 9781450317894 .
- ^ «Содержимое ExtRactor и MINer — Консоль пользователя» . cermine.ceon.pl . Проверено 13 декабря 2022 г.
- ^ «Таблицы стилей предварительного просмотра JATS 2013 года» . Гитхаб .
- ^ «Линза eLife» . Lens.elifesciences.org . Проверено 13 декабря 2022 г.
- ^ biglist.com/mulberrytech msg и ncbi.nlm.nih.gov/books описание статьи.
- ^ "ncbi/DtdAnalyzer" . Гитхаб . 19 апреля 2019 г.
- ^ «Схема архивирования журнала и библиотеки тегов» . Набор текста .
- ^ "wendell piez. oXygen JATS framework" . Гитхаб . 24 июня 2019 г.
- ^ FontoXML для JATS [ мертвая ссылка ]
- ^ ПабСсылка
- ^ «Аннотум» . Аннотум . Проверено 13 декабря 2022 г.
- ^ Карл Лойбсдорф -младший (2011). Annotum: Платформа для создания и публикации с открытым исходным кодом на базе WordPress . Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2011 г. - Книжная полка NCBI.
- ^ «GitHub — вещество/текстура: визуальный редактор для исследований» . Гитхаб . 25 июня 2019 г.
- ^ «Консорциум веществ» .
- ^ «Текстура — редактор рукописей открытой науки» . 24 июля 2017 г.
- ^ "ncbi/JATSPreviewStylesheets" . Гитхаб . 11 февраля 2019 г.
- ^ Венделл Пьес (2010). Адаптация таблиц стилей предварительного просмотра журнала Publishing 3.0 к вашим потребностям: возможности и настройки . Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2010 г. - Книжная полка NCBI.
- ^ «Набор для журналов и издательств» . Набор текста для издателей . 4 января 2020 г.
- ^ NCBI/PubReader github.com/ncbi/PubReader Исходный код
- ^ Мэлони, Крис (8 сентября 2017 г.). «Обозреватель документации Jatsdoc» . Гитхаб .
- ^ «DtdAnalyzer: инструмент для анализа и управления DTD» . Набор тегов для архивирования и обмена журналами . Национальный центр биотехнологической информации.
- ^ Дом ЧВК, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
- ^ PMC Europe, страница «О компании», http://europepmc.org/About
- ^ Домашняя страница SciELO, http://www.scielo.org/php/index.php?lang=en.
- ^ От разметки к связанным данным: сопоставление NISO JATS v1.0 с RDF с использованием онтологий SPAR (семантическая публикация и ссылки) . Национальный центр биотехнологической информации (США). 2012.
Дальнейшее чтение [ править ]
- Пакер, Абель Л.; Сальгадо, Элиана; Араужо, Джавани; Акино, Летисия; Алмейда, Рената; Сантос, Джеснер; Лусена, Суэли; Соарес, Кэролайн М. (4 апреля 2014 г.). «Почему XML?» . SciELO в перспективе .
- Шарп, Молли (4 июня 2013 г.). «Структурированные документы для науки: JATS XML как канонический формат контента» . ПЛОС Тех .
Внешние ссылки [ править ]
- NLM Journal Article Tag Suite - сайт информации и документации NCBI.
- NISO JATS версии 1.1 (текущий стандарт):
- архивирования и обмена Библиотека тегов
- Публикация библиотеки тегов
- для создания статей Библиотека тегов
- Стили и настройка:
- Схема публикации SciELO (SPS) — настройка SciELO.
- Рекомендации по разметке XML-тегов в предпочтительном стиле PubMed Central
- Набор тегов стандартов ISO (ISOSTS) как настройка NISO JATS
- NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) на основе JATS.
- TextJATS — минимальное связное подмножество JATS.
- Открытое сообщество JATS: