СимТир

	SimThyr 3.1 на openSUSE 11
Оригинальный автор(ы)	Йоханнес В. Дитрих, Улла Мицдорф , Рената Пикардт , Рудольф Херманн, Джон Э.М. Миджли
Разработчик(и)	Рурский университет Бохума
Первоначальный выпуск	2002 (22 года назад)
Стабильная версия	4.0.6 / 23 апреля 2022 г .; 2 года назад
Репозиторий	исходная кузня .сеть /п /Симтир /код /ГОЛОВА /дерево / ;
Написано в	Паскаль и объектный паскаль
Операционная система	macOS , Windows и Linux
Платформа	PowerPC , IA-32 , x86-64 и ARM , ; m68k (только устаревшие версии)
Доступно в	Британский английский, немецкий (только SimThyr 2.0 или старше)
Тип	Бесплатное научное прикладное программное обеспечение для физиологического моделирования
Лицензия	BSD-стиль
Веб-сайт	Симтир .sourceforge .сеть

SimThyr — это бесплатная непрерывного динамического моделирования программа для системы управления с обратной связью гипофиз-щитовидная железа . ^[1] Программа с открытым исходным кодом основана на нелинейной модели гомеостаза щитовидной железы. ^[2]^[3]^[4] Помимо моделирования во временной области, программное обеспечение поддерживает различные методы анализа чувствительности . Его механизм моделирования является многопоточным и поддерживает несколько ядер процессора . SimThyr предоставляет графический интерфейс , который позволяет визуализировать временные ряды , изменять постоянные параметры структуры цикла обратной связи (например, для моделирования определенных заболеваний), сохранять наборы параметров в виде XML- файлов (называемых в программном обеспечении «сценариями») и экспортировать результаты моделирование в различных форматах, подходящих для статистического программного обеспечения. SimThyr предназначен как для образовательных целей, так и для исследований in-silico . ^[4]^[5]

Математическая модель

Лежащая в основе модель гомеостаза щитовидной железы основана на фундаментальных биохимических, физиологических и фармакологических принципах, например, кинетике Михаэлиса-Ментена , неконкурентном ингибировании и эмпирически обоснованных кинетических параметрах. ^[1] Модель была проверена на здоровых людях и группах пациентов с гипотиреозом и тиреотоксикозом . ^[6]

Научное использование

Во многих исследованиях SimThyr использовался для исследования in silico контроля функции щитовидной железы . ^[7]^[8]

Оригинальная версия была разработана для проверки гипотезы о генерации пульсирующего выброса ТТГ . ^[9] Более поздние и расширенные версии программного обеспечения были использованы для разработки гипотезы о шунте ТТГ-Т3 в оси гипоталамус-гипофиз-щитовидная железа. ^[10] оценить достоверность расчетных показателей тиреоидного гомеостаза (в том числе SPINA-GT и SPINA-GD ) ^[11]^[12] и изучить аллостатические механизмы, приводящие к синдрому нетиреоидного заболевания . ^[13]^[14]

SimThyr также использовался, чтобы показать, что скорость высвобождения тиреотропина контролируется множеством факторов, помимо Т4 , и что соотношение между свободным Т4 и ТТГ может быть различным при эутиреозе , гипотиреозе и тиреотоксикозе . ^[15]

Общественное восприятие, прием и обсуждение программного обеспечения

SimThyr — бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом . Это гарантирует исходного кода , что облегчает научное обсуждение и анализ базовой модели. доступность ^[16]^[17] Кроме того, тот факт, что он находится в свободном доступе, может привести к экономической выгоде. ^[18]^[19]

Программное обеспечение предоставляет редактор, который позволяет пользователям изменять большинство параметров структуры обработки информации. ^[20] Эта функциональность способствует моделированию нескольких функциональных заболеваний щитовидной железы и гипофиза. Наборы параметров могут храниться в виде XML-файлов, совместимых с MIRIAM и MIASE .

С другой стороны, критике подверглись сложность пользовательского интерфейса и отсутствие возможности моделирования эффектов лечения. ^[21]

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Дитрих, JW; Ландграф, Г; Фотиаду, Э.Х. (2012). «ТТГ и тиреотропные агонисты: ключевые участники гомеостаза щитовидной железы» . Журнал исследований щитовидной железы . 2012 : 351864. doi : 10.1155/2012/351864 . ПМЦ 3544290 . ПМИД 23365787 .
^ Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (2015). «Гомеостатический контроль щитовидной железы и гипофиза: перспективы диагностики и лечения» . Границы эндокринологии . 6 : 177. дои : 10.3389/fendo.2015.00177 . ПМЦ 4653296 . ПМИД 26635726 .
^ Берберих, Джулиан (13 сентября 2018 г.). «Математическое моделирование петли обратной связи гипофиз-тиреоид: файлы Matlab/Simulink для моделирования и анализа чувствительности». дои : 10.5281/zenodo.1415331 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Перейти обратно: ^а ^б Дитрих, Йоханнес В. (2002). Схема управления гипофизом и щитовидной железой: разработка и клиническое применение нелинейной модели . Берлин: Издательство «Логос». ISBN 978-3897228504 .
^ Дитрих, Йоханнес В.; Мидгли, Джон Э.М.; Херманн, Рудольф (2018). Гомеостаз и аллостаз функции щитовидной железы . Лозанна: Frontiers Media SA. ISBN 9782889455706 .
^ Херманн, Р; Пеккер, MJ; Мидгли, ДЖЕМ; Лариш, Р; Дитрих, JW (февраль 2020 г.). «Секреция трийодтиронина при ранней недостаточности щитовидной железы: адаптивная реакция центрального прямого контроля». Европейский журнал клинических исследований . 50 (2): e13192. дои : 10.1111/eci.13192 . ПМИД 31815292 . S2CID 208956920 .
^ Рамос, Андре; Чавес, Рафаэль; Фаверо, Элой (11 ноября 2019 г.). «Моделирование на основе системной динамики для обучения физиологии оси гипоталамус-гипофиз-щитовидная железа в контексте бакалавриата по медицине» . Бразильский симпозиум по компьютерам в образовании (Sympósio Brasileiro de Informática Na Educação - SBIE) (на португальском языке). 30 (1): 962. doi : 10.5753/cbie.sbie.2019.962 . ISSN 2316-6533 . S2CID 213401607 .
^ Гош, Девлина; Мандал, Читтаранджан (2020). «Оценка параметров пути гормонов щитовидной железы на основе кластеризации». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . ПП (1): 343–354. дои : 10.1109/TCBB.2020.2995589 . ПМИД 32750849 . S2CID 219479222 .
^ ДИТРИХ, Й.В.; ТЕШЕ, А.; ПИКАРДТ, ЧР; МИТЦДОРФ, У. (2004). «Управление тиреотропной обратной связью: свидетельства наличия дополнительной сверхкороткой петли обратной связи на основе фрактального анализа». Кибернетика и системы . 35 (4): 315–331. дои : 10.1080/01969720490443354 . S2CID 13421388 .
^ Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (2015). «Интеграция периферической и железистой регуляции продукции трийодтиронина тиреотропином у нелеченных и получающих тироксин субъектов» . Горм Метаб Рез . 47 (9): 674–80. дои : 10.1055/s-0034-1398616 . ПМИД 25750078 . S2CID 9824656 .
^ Дитрих, JW; Сюрвейер-Менде, Дж.; Виора, Э; Хацитомарис, А; Кляйн, Х.Х.; Мидгли, Дж. Э.; Херманн, Р. (2016). «Расчетные параметры гомеостаза щитовидной железы: новые инструменты дифференциальной диагностики и клинических исследований» . Границы эндокринологии . 7 :57.doi : 10.3389 /fendo.2016.00057 . ПМЦ 4899439 . ПМИД 27375554 .
^ Херманн, Рудольф; Мидгли, Джон Э.М.; Лариш, Рольф; Дитрих, Йоханнес В. (октябрь 2018 г.). «Роль функциональной способности щитовидной железы в регуляции обратной связи гипофиза». Европейский журнал клинических исследований . 48 (10): e13003. дои : 10.1111/eci.13003 . ПМИД 30022470 . S2CID 51698223 .
^ Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (февраль 2013 г.). «Является ли уровень ТТГ в гипофизе адекватным показателем гомеостаза, контролируемого гормонами щитовидной железы, во время лечения тироксином?» . Европейский журнал эндокринологии . 168 (2): 271–80. doi : 10.1530/EJE-12-0819 . ПМИД 23184912 . S2CID 34158774 .
^ Хацитомарис, А; Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Геринг, С; Урбан, А; Дитрих, Б; Абуд, А; Кляйн, Х.Х.; Дитрих, JW (2017). «Аллостаз щитовидной железы – адаптивные реакции контроля тиреотропной обратной связи на условия напряжения, стресса и программирования развития» . Границы эндокринологии . 8 : 163. дои : 10.3389/fendo.2017.00163 . ПМК 5517413 . ПМИД 28775711 .
^ Мидгли, Дж. Э.; Херманн, Р; Лариш, Р; Дитрих, JW (апрель 2013 г.). «Физиологические состояния и функциональная связь между тиреотропином и свободным тироксином при здоровье и заболеваниях щитовидной железы: данные in vivo и in silico предполагают иерархическую модель» . Журнал клинической патологии . 66 (4): 335–42. doi : 10.1136/jclinpath-2012-201213 . ПМИД 23423518 . S2CID 46291947 . Проверено 4 декабря 2018 г.
^ Гезельтер, Дэн. «SimThyr - программное обеспечение для моделирования обратной связи гипофиза и щитовидной железы | Проект OpenScience» . Проект «Открытая наука» . Архивировано из оригинала 4 апреля 2019 года . Проверено 6 февраля 2019 г.
^ Гленсбо, Хенрик. «Фокус 2020 года – метаболические заболевания.дк» . www.stofskiftesygdom.dk . Метаболическое заболевание . Проверено 2 апреля 2020 г.
^ Лупинек, Иржи (2012). Бесплатные инструменты моделирования и визуализации для GNU/Linux (на чешском языке). Университет Западной Чехии в Пльзене. hdl : 11025/5282 .
^ Арслан, М. Огуз (2014). «Экономические преимущества бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом: оценка для сектора здравоохранения».]» . Журнал управления здравоохранением Хаджеттепе . 17 :119–31.
^ Дитрих, JW (2017). «Справочник и справочник SimThyr 4.0». Фиговая доля. doi : 10.6084/m9.figshare.4902098 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Хан, Саймон Сянь Хэ (2013). THYROSIM: веб-приложение для обучения и исследований регулирования системы щитовидной железы человека (диссертация). Лос-Анджелес: Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе.

Внешние ссылки

Ресурсы библиотеки о
СимТир

[Dietrich_2012-1] Перейти обратно: ^а ^б Дитрих, JW; Ландграф, Г; Фотиаду, Э.Х. (2012). «ТТГ и тиреотропные агонисты: ключевые участники гомеостаза щитовидной железы» . Журнал исследований щитовидной железы . 2012 : 351864. doi : 10.1155/2012/351864 . ПМЦ 3544290 . ПМИД 23365787 .

[2] Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (2015). «Гомеостатический контроль щитовидной железы и гипофиза: перспективы диагностики и лечения» . Границы эндокринологии . 6 : 177. дои : 10.3389/fendo.2015.00177 . ПМЦ 4653296 . ПМИД 26635726 .

[Berberich_2018-3] Берберих, Джулиан (13 сентября 2018 г.). «Математическое моделирование петли обратной связи гипофиз-тиреоид: файлы Matlab/Simulink для моделирования и анализа чувствительности». дои : 10.5281/zenodo.1415331 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[Dietrich_2002-4] Перейти обратно: ^а ^б Дитрих, Йоханнес В. (2002). Схема управления гипофизом и щитовидной железой: разработка и клиническое применение нелинейной модели . Берлин: Издательство «Логос». ISBN 978-3897228504 .

[5] Дитрих, Йоханнес В.; Мидгли, Джон Э.М.; Херманн, Рудольф (2018). Гомеостаз и аллостаз функции щитовидной железы . Лозанна: Frontiers Media SA. ISBN 9782889455706 .

[6] Херманн, Р; Пеккер, MJ; Мидгли, ДЖЕМ; Лариш, Р; Дитрих, JW (февраль 2020 г.). «Секреция трийодтиронина при ранней недостаточности щитовидной железы: адаптивная реакция центрального прямого контроля». Европейский журнал клинических исследований . 50 (2): e13192. дои : 10.1111/eci.13192 . ПМИД 31815292 . S2CID 208956920 .

[7] Рамос, Андре; Чавес, Рафаэль; Фаверо, Элой (11 ноября 2019 г.). «Моделирование на основе системной динамики для обучения физиологии оси гипоталамус-гипофиз-щитовидная железа в контексте бакалавриата по медицине» . Бразильский симпозиум по компьютерам в образовании (Sympósio Brasileiro de Informática Na Educação - SBIE) (на португальском языке). 30 (1): 962. doi : 10.5753/cbie.sbie.2019.962 . ISSN 2316-6533 . S2CID 213401607 .

[8] Гош, Девлина; Мандал, Читтаранджан (2020). «Оценка параметров пути гормонов щитовидной железы на основе кластеризации». Транзакции IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . ПП (1): 343–354. дои : 10.1109/TCBB.2020.2995589 . ПМИД 32750849 . S2CID 219479222 .

[9] ДИТРИХ, Й.В.; ТЕШЕ, А.; ПИКАРДТ, ЧР; МИТЦДОРФ, У. (2004). «Управление тиреотропной обратной связью: свидетельства наличия дополнительной сверхкороткой петли обратной связи на основе фрактального анализа». Кибернетика и системы . 35 (4): 315–331. дои : 10.1080/01969720490443354 . S2CID 13421388 .

[10] Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (2015). «Интеграция периферической и железистой регуляции продукции трийодтиронина тиреотропином у нелеченных и получающих тироксин субъектов» . Горм Метаб Рез . 47 (9): 674–80. дои : 10.1055/s-0034-1398616 . ПМИД 25750078 . S2CID 9824656 .

[11] Дитрих, JW; Сюрвейер-Менде, Дж.; Виора, Э; Хацитомарис, А; Кляйн, Х.Х.; Мидгли, Дж. Э.; Херманн, Р. (2016). «Расчетные параметры гомеостаза щитовидной железы: новые инструменты дифференциальной диагностики и клинических исследований» . Границы эндокринологии . 7 :57.doi : 10.3389 /fendo.2016.00057 . ПМЦ 4899439 . ПМИД 27375554 .

[12] Херманн, Рудольф; Мидгли, Джон Э.М.; Лариш, Рольф; Дитрих, Йоханнес В. (октябрь 2018 г.). «Роль функциональной способности щитовидной железы в регуляции обратной связи гипофиза». Европейский журнал клинических исследований . 48 (10): e13003. дои : 10.1111/eci.13003 . ПМИД 30022470 . S2CID 51698223 .

[13] Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Лариш, Р; Дитрих, JW (февраль 2013 г.). «Является ли уровень ТТГ в гипофизе адекватным показателем гомеостаза, контролируемого гормонами щитовидной железы, во время лечения тироксином?» . Европейский журнал эндокринологии . 168 (2): 271–80. doi : 10.1530/EJE-12-0819 . ПМИД 23184912 . S2CID 34158774 .

[14] Хацитомарис, А; Херманн, Р; Мидгли, Дж. Э.; Геринг, С; Урбан, А; Дитрих, Б; Абуд, А; Кляйн, Х.Х.; Дитрих, JW (2017). «Аллостаз щитовидной железы – адаптивные реакции контроля тиреотропной обратной связи на условия напряжения, стресса и программирования развития» . Границы эндокринологии . 8 : 163. дои : 10.3389/fendo.2017.00163 . ПМК 5517413 . ПМИД 28775711 .

[15] Мидгли, Дж. Э.; Херманн, Р; Лариш, Р; Дитрих, JW (апрель 2013 г.). «Физиологические состояния и функциональная связь между тиреотропином и свободным тироксином при здоровье и заболеваниях щитовидной железы: данные in vivo и in silico предполагают иерархическую модель» . Журнал клинической патологии . 66 (4): 335–42. doi : 10.1136/jclinpath-2012-201213 . ПМИД 23423518 . S2CID 46291947 . Проверено 4 декабря 2018 г.

[16] Гезельтер, Дэн. «SimThyr - программное обеспечение для моделирования обратной связи гипофиза и щитовидной железы | Проект OpenScience» . Проект «Открытая наука» . Архивировано из оригинала 4 апреля 2019 года . Проверено 6 февраля 2019 г.

[17] Гленсбо, Хенрик. «Фокус 2020 года – метаболические заболевания.дк» . www.stofskiftesygdom.dk . Метаболическое заболевание . Проверено 2 апреля 2020 г.

[18] Лупинек, Иржи (2012). Бесплатные инструменты моделирования и визуализации для GNU/Linux (на чешском языке). Университет Западной Чехии в Пльзене. hdl : 11025/5282 .

[19] Арслан, М. Огуз (2014). «Экономические преимущества бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом: оценка для сектора здравоохранения».]» . Журнал управления здравоохранением Хаджеттепе . 17 :119–31.

[20] Дитрих, JW (2017). «Справочник и справочник SimThyr 4.0». Фиговая доля. doi : 10.6084/m9.figshare.4902098 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[21] Хан, Саймон Сянь Хэ (2013). THYROSIM: веб-приложение для обучения и исследований регулирования системы щитовидной железы человека (диссертация). Лос-Анджелес: Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]