Список программного обеспечения для аннотации белкового тандема
Вычислительные методы используют разные свойства белковых последовательностей и структур, чтобы найти, характеризовать и аннотировать белковые тандемные повторения .
Методы аннотации на основе последовательности
[ редактировать ]| Имя | Последнее обновление | Использование | Типы результатов | Описание | Открытый исходный код? | Повторите тип специфического | Ссылка | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARD2 | 2013 | веб - | аннотированная последовательность | Нейронная сеть | нет | альфа-солноид | [ 1 ] | |
| Расшифровать | 2021 | загружаемый | Обнаружение тандема и/или впрыскиваемых повторений по ортологии (функция DetectRepeats в пакете R) | да | нет | [ 2 ] | ||
| ДОВЕРЯТЬ | 2004 | загружаемый / веб -сайт | Положение единицы, выравнивание множественных последовательностей | AB-INITIO Определение внутренних повторений в белках. Использует транзитивность выравниваний | ? | нет | [ 3 ] | |
| T-REKS | 2009 | загружаемый / веб -сайт | Повторите единицу | Кластеризация длины между идентичными короткими струнами с использованием алгоритма K-средних | да | нет | [ 4 ] | |
| Hhrepid | 2008 | загружаемый / веб -сайт | Идентификация повторений в последовательностях белка посредством сравнения HMM-HMM с использованием эволюционной информации в форме множества выравниваний последовательностей гомологов | нет | [ 5 ] | |||
| Радар | 2018 | загружаемый / веб -сайт | Положение единицы, выравнивание множественных последовательностей | Радар идентифицирует приблизительные повторения с коротким композицией , а также сложные повторные архитектуры, включающие множество различных типов повторений в последовательности запросов | да | нет | [ 6 ] [ 7 ] | |
| Xstream | 2007 | веб - | Положение единицы, разные периоды, выравнивание множественных последовательностей | Инструмент для получения данных, предназначенный для эффективного идентификации тандемных повторных (TR) паттернов в данных биологических последовательности. Программа использует стратегию расширения семян в сочетании с несколькими алгоритмами постобработки для анализа формах белка или нуклеотидных последовательностей, | нет | нет | [ 8 ] | |
| Отслеживать | 2007 | загружаемый | Определение тандемных повторений на расстоянии редактирования и эффективного, детерминированного алгоритма для поиска этих повторов | нет | нет | |||
| Трал | 2015 | загружаемый | Обнаружает тандемные повторения как с программным обеспечением de novo, так и с профилем последовательности HMMS; Статистическая значимость анализа предполагаемых тандемных повторов и фильтрации избыточных прогнозов | да | [ 9 ] | |||
| ДОЧЬ | 1995 | загружаемый | Графическая программа Dotplot для подробного сравнения двух последовательностей | [ 10 ] | ||||
| 0J.PY | [ 11 ] | |||||||
| Ptrstalker | 2012 | загружаемый | Положение единицы, выравнивание множественных последовательностей | Ab-initio Обнаружение нечетких тандемных повторений в белковых аминокислотных последовательностях. | нет | [ 12 ] | ||
| Trdist | 2015 | Быстрая сортировка тандемного повторного (tr)-и без tr-содержащих последовательностей | [ 13 ] | |||||
| Резо | 2000 | веб - | Обнаружение повторений на основе различия стратегии локального выравнивания Смит-Уэтермана с последующей процедурой итеративной кластеризации на основе графиков | нет | нет | [ 14 ] | ||
| Репутация | 2000 | веб - | нет | да |
Структурные методы аннотации
[ редактировать ]| Имя | Последнее обновление | Использование | Типы результатов | Описание | Открытый исходный код? | Повторите тип специфического | Ссылка |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Стал | 2016 | веб - | Положение единицы | Использование периодической способности атомных координат и других типов структурного представления, в том числе строки, генерируемые конформационными алфавитами, картами контактов с остатками и расположением векторов элементов вторичной структуры | нет | нет | [ 15 ] |
| Симд | 2014 | Галактика | Повторная геометрия | Обнаружение внутренне симметричных белковых структур с помощью процедуры «выравнивания сканирования», в которой структура белка выровнена к себе после круговой пропуски второй копии всем возможным числом остатков | нет | нет | [ 16 ] |
| Рафаэль | 2012 | веб - | Повторная вероятность | Уменьшить до трехмерной структуры до волновой функции. Затем он определяет информацию о периодичности. | нет | нет | [ 17 ] |
| Какая-то-симма | 2021 | ||||||
| Прострик | 2010 | ||||||
| Даврос | 2004 | ||||||
| Рак | 2009 | ||||||
| Опас | 2006 | ||||||
| Gplus | 2009 | ||||||
| Повторно | 2016 | ||||||
| Консоль | 2015 | ||||||
| Repeatsdb-lite | 2017 | ||||||
| Пригса | 2014 | ||||||
| Suffe | 2008 | ||||||
| Фрустратометр | 2021 |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Fournier D, Palidwor GA, Shcherbinin S, Szengel A, Schaefer MH, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA (21 ноября 2013 г.). «Функциональный и геномный анализ альфа-сольноидных белков» . Plos один . 8 (11): E79894. Bibcode : 2013ploso ... 879894f . doi : 10.1371/journal.pone.0079894 . PMC 3837014 . PMID 24278209 .
- ^ Райт Э.С. (2015). «Использование Decipher v2.0 для анализа больших данных о биологической последовательности в R» . Журнал R. 8 (1): 352–359. doi : 10.1186/s12859-015-0749-z . PMC 4595117 . PMID 26445311 .
- ^ Szklarczyk, Radek; Heringa, Jaap (2004-08-04). «Отслеживание повторений с использованием значимости и транзитивности» . Биоинформатика . 20 (Suppl 1): I311–317. doi : 10.1093/bioinformatics/bth911 . ISSN 1367-4811 . PMID 15262814 .
- ^ Джорда, Жюльен; Каджава, Андрей В. (2009-10-15). «T-Reks: идентификация тандемных повторов в последовательностях с помощью алгоритма на основе K-средних» . Биоинформатика . 25 (20): 2632–2638. doi : 10.1093/bioinformatics/btp482 . ISSN 1367-4811 . PMID 19671691 .
- ^ Циммерманн, Лукас; Стивенс, Эндрю; Нам, Сын-Зин; Рау, Дэвид; Кюблер, Джонас; Лозаджич, Марко; Габлер, Феликс; Söding, Johannes; Лупас, Андрей Н. (2018-07-20). «Полностью переосмысленный инструментарий MPI Bioinformatics с новым сервером HHPRED в своем ядро». Журнал молекулярной биологии . Ресурсы вычислений для молекулярной биологии. 430 (15): 2237–2243. doi : 10.1016/j.jmb.2017.12.007 . ISSN 0022-2836 . PMID 29258817 . S2CID 22415932 .
- ^ Хегер, Андреас; Холм, Лиза (2000). «Быстрое автоматическое обнаружение и выравнивание повторений в белковых последовательностях». Белки: структура, функция и генетика . 41 (2): 224–237. doi : 10.1002/1097-0134 (20001101) 41: 2 <224 :: AID-Prot70> 3.0.co; 2-z . ISSN 0887-3585 . PMID 10966575 . S2CID 21757391 .
- ^ Лопес, Родриго; Паерн, Юри; Squizzato, Silvano; Валентин, Франк; Ли, Вайжонг; Маквильям, Хэмиш; Goujon, Mickael (2010-07-01). «Новые инструменты анализа биоинформатики в Embl - Ebi» . Исследование нуклеиновых кислот . 38 (Suppl_2): W695 - W699. doi : 10.1093/nar/gkq313 . ISSN 0305-1048 . PMC 2896090 . PMID 20439314 .
- ^ Ньюман, Аарон М.; Купер, Джеймс Б. (2007-10-11). «Xstream: практическое алгоритм для идентификации и моделирования архитектуры тандемных повторений в белковых последовательностях» . BMC Bioinformatics . 8 (1): 382. doi : 10.1186/1471-2105-8-382 . ISSN 1471-2105 . PMC 2233649 . PMID 17931424 .
- ^ Анисимова, Мария; Xenarios, ioannis; Золлер, Стефан; Чулок, Хайнц; Мурри, Риккардо; Мессина, Антонио; Петерска, Юлия; Корсунский, Александр; Schaper, Elke (2015-09-15). "Трал: тандем повторения библиотеки аннотации" . Биоинформатика . 31 (18): 3051–3053. doi : 10.1093/bioinformatics/btv306 . HDL : 20.500.11850/103876 . ISSN 1367-4803 . PMID 25987568 .
- ^ Sonnhammer, El; Дурбин Р. (1995-12-29). «Программа точечной матрицы с динамическим пороговым контролем, подходящей для анализа геномной ДНК и белковой последовательности». Ген . 167 (1–2): GC1–10. doi : 10.1016/0378-1119 (95) 00714-8 . ISSN 0378-1119 . PMID 8566757 .
- ^ Мудрый, MJ (2001). «0j.py: программный инструмент для белков с низкой сложности и белковых доменов» . Биоинформатика . 17 (Suppl 1): S288–295. doi : 10.1093/bioinformatics/17.suppl_1.s288 . ISSN 1367-4803 . PMID 11473020 .
- ^ Пеллегрини, Марко; Ренда, Мария Елена; Vecchio, Alessio (2012-03-21). «Обнаружение нечетких аминокислотных тандемных повторений в последовательностях белков» . BMC Bioinformatics . 13 (3): S8. doi : 10.1186/1471-2105-13-S3-S8 . ISSN 1471-2105 . PMC 3402919 . PMID 22536906 .
- ^ Ричард, Франсуа Д.; Каджава, Андрей В. (2014-06-01). «Trdistiller: быстрый фильтр для обогащения наборов данных последовательностей с белками, содержащими тандемные повтора». Журнал структурной биологии . 186 (3): 386–391. doi : 10.1016/j.jsb.2014.03.013 . ISSN 1047-8477 . PMID 24681324 .
- ^ Джордж, Ричард А.; Херинга, Джаап (октябрь 2000 г.). «Repro Server: поиск внутренней последовательности белка повторяется через Интернет». Тенденции в биохимических науках . 25 (10): 515–517. doi : 10.1016/s0968-0004 (00) 01643-1 . ISSN 0968-0004 . PMID 11203383 .
- ^ Дели Вьет, Фуонг; Рош, Даниэль Б.; Каджава, Андрей В. (2015-09-14). «Тапо: комбинированный метод для идентификации тандемных повторений в белковых структурах» . Письма Febs . 589 (19 пт а): 2611–2619. doi : 10.1016/j.febslet.2015.08.025 . ISSN 1873-3468 . PMID 26320412 .
- ^ Тай, Чин-Хиен; Пол, Рохит; KC, Dukka; Шиллинг, Джеффри Д.; Lee, Byungkook (2014-07-01). «Symd WebServer: платформа для обнаружения внутренних симметричных белковых структур» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (Проблема веб -сервера): W296 - W300. doi : 10.1093/nar/gku364 . ISSN 0305-1048 . PMC 4086132 . PMID 24799435 .
- ^ Уолш, Ян; Sirocco, Francesco G.; Минервини, Джованни; Di Domenico, Tomás; Феррари, Карло; Tosatto, Silvio CE (2012-09-08). «Рафаэль: распознавание, периодичность и назначение вставки соленоидных белковых составов» . Биоинформатика . 28 (24): 3257–3264. Doi : 10.1093/bioinformatics/bts550 . ISSN 1460-2059 . PMID 22962341 .