Складка узла трилистника
Складка узла-трилистника представляет собой белковую складку , в которой основная цепь белка скручена в форму узла-трилистника . «Неглубокие» узлы, в которых хвост полипептидной цепи проходит через петлю лишь на несколько остатков, встречаются редко, а «глубокие» узлы, в которых через петлю проходит много остатков, встречаются крайне редко. Глубокие сучки-трилистники были обнаружены в суперсемействе SPOUT . [1] включая белки метилтрансферазы , участвующие в посттранскрипционной модификации РНК во всех трех доменах жизни , включая бактерию Thermus thermophilus [2] и белки, [3] в архее [1] и у эукариот . [4]
Во многих случаях узел-трилистник является частью активного центра или сайта связывания лиганда и имеет решающее значение для активности фермента, в котором он появляется. До открытия первого завязанного белка считалось, что процесс сворачивания белка не может эффективно создавать глубокие узлы в белковых остовах. сворачивания Исследования кинетики белка димерного Haemophilus influenzae показали, что сворачивание белков узла-трилистника может зависеть от изомеризации пролина . [5] Вычислительные алгоритмы были разработаны для идентификации узловатых белковых структур, как для сканирования банка данных белков на предмет ранее не обнаруженных естественных узлов, так и для выявления узлов в прогнозах структуры белка , где они вряд ли точно воспроизведут структуру в нативном состоянии из-за редкости узлов. в известных белках. [6] Ноттины — это небольшие, разнообразные и стабильные белки, обладающие важным потенциалом для разработки лекарств. Их можно разделить на 30 семейств, которые охватывают широкий спектр последовательностей (1621 секвенированная), трехмерных структур (155 решенных) и функций (> 10). Сходство между узлами находится в основном между 20% и 40% идентичностью последовательностей и отклонениями основной цепи от 1,5 до 4 А, хотя все они имеют плотно завязанное дисульфидное ядро. Эта важная изменчивость, вероятно, возникает из-за очень разнообразных петель, которые соединяют последовательные узловатые цистеины . Предсказание структурных моделей для всех последовательностей ноттина открыло бы новые направления для анализа сайтов взаимодействия и обеспечило бы лучшее понимание структурной и функциональной организации белков, разделяющих этот каркас. [7]
Домен трилистника
[ редактировать ]| Домен трилистника (P-типа) | |||
|---|---|---|---|
 Структура панкреатического спазмолитического полипептида. [8] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Трилистник | ||
| Пфам | PF00088 | ||
| ИнтерПро | IPR000519 | ||
| УМНЫЙ | SM00018 | ||
| PROSITE | PDOC00024 | ||
| СКОП2 | 1псп / СКОПе / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00111 | ||
| |||
Домен трилистника (P-типа) представляет собой богатый цистеином домен , содержащий примерно сорок пять аминокислотных остатков, обнаруженный в некоторых внеклеточных эукариотических белках. [9] [10] [11] [12] Он известен как домен «P», «трилистник» или «TFF» и содержит шесть цистеинов, связанных тремя дисульфидными связями со связностью 1–5, 2–4, 3–6.
Домен был обнаружен во многих внеклеточных эукариотических белках. [9] [11] [12] включая белок pS2 ( TFF1 ) – белок, секретируемый слизистой оболочкой желудка ; спазмолитический полипептид (SP) ( TFF2 ), белок, состоящий примерно из 115 остатков, который ингибирует перистальтику желудочно-кишечного тракта и желудочной кислоты секрецию ; кишечный фактор трилистника (ITF) ( TFF3 ); желудочные белки Xenopus laevis xP1 и xP4; xenopus покровные муцины A.1 (препроспазмолизин) и C.1, белки, которые могут участвовать в защите от микробных инфекций, защищая эпителий от внешней среды; белок кожи xenopus xp2 (или APEG); Zona pellucida белок B, связывающий сперму (ZP-B); кишечная -изомальтаза ( EC 3.2.1.48/EC ; 3.2.1.10 сахараза ), связанный с мембранами позвоночных, многофункциональный ферментный комплекс, который гидролизует сахарозу, мальтозу и изомальтозу и лизосомальная альфа-глюкозидаза ( EC 3.2.1.20 ).
Примеры
[ редактировать ]Белки, кодирующие гены человека, содержащие домен трилистника, включают:
История
[ редактировать ]Был доступен веб-сервер pKNOT для обнаружения узлов в белках, а также для предоставления информации о связанных белках в Банке данных белков . [13]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Зарембинский, Томас И.; Ким, Ёнчан; Петерсон, Келли; Кристендат, Динеш; Дхарамси, Акил; Эроусмит, Шерил Х.; Эдвардс, Алед М.; Иоахимяк, Анджей (2002). «Глубокий узел-трилистник, участвующий в связывании РНК, обнаруженный в архебактериальном белке» . Белки: структура, функции и биоинформатика . 50 (2): 177–183. дои : 10.1002/прот.10311 . ПМК 2792022 . ПМИД 12486711 .
- ^ Широузу, Микако, Ишитани, Рюитиро; Тамакоши, Масатада; Чиджимацу, Кодзи; Васильев, Дмитрий Г.; Иноуэ, Ёринао; Ёкояма, Сигэюки (2002). «Фермент с глубоким трилистником для архитектуры активного центра». Acta Crystallographica Раздел D Биологическая кристаллография . 58 (7): 1129–1137 10.1107 / s0907444902006601 . : doi .
- ^ Нуреки, Осаму; Ватанабэ, Кадзунори; Фукай, Сюя; Исии, Рёхей; Эндо, Яэта; Хори, Хироюки; Ёкояма, Сигэюки (2004). «Структура глубокого узла для построения активного сайта и сайта связывания кофактора фермента модификации тРНК» . Структура . 12 (4): 593–602. дои : 10.1016/j.str.2004.03.003 . ПМИД 15062082 .
- ^ Леллиот, Н.; Бонсак, Монтана; Грайль, М.; Толлерви, Д.; Ван Тилберг, Х. (2007). «Фактор синтеза дрожжевых рибосом Emg1 является новым членом суперсемейства метилтрансфераз альфа/бета-узла» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (2): 629–639. дои : 10.1093/нар/gkm1074 . ПМК 2241868 . ПМИД 18063569 .
- ^ Маллам, Анна Л.; Джексон, Софи Э. (2006). «Исследование узлов природы: путь сворачивания завязанного гомодимерного белка». Журнал молекулярной биологии . 359 (5): 1420–1436. дои : 10.1016/j.jmb.2006.04.032 . ПМИД 16787779 .
- ^ Хатиб, Фирас; Вейраух, Мэтью Т.; Рол, Кэрол А. (2006). «Быстрое обнаружение узлов и применение для прогнозирования структуры белка» . Биоинформатика . 22 (14): е252–е259. doi : 10.1093/биоинформатика/btl236 . ПМИД 16873480 .
- ^ Грейси, Жером; Чиш, Лоран (2010). «Оптимизация структурного моделирования для конкретного белкового каркаса: Knottins или ингибиторные цистиновые узлы» . БМК Биоинформатика . 11 :535. дои : 10.1186/1471-2105-11-535 . ПМЦ 2984590 . ПМИД 21029427 .
- ^ Гаджхеде М., Петерсен Т.Н., Хенриксен А. и др. (декабрь 1993 г.). «Панкреатический спазмолитический полипептид: первая трехмерная структура члена семейства пептидов трилистника млекопитающих». Структура . 1 (4): 253–62. дои : 10.1016/0969-2126(93)90014-8 . ПМИД 8081739 .
- ^ Jump up to: а б Отто Б., Райт Н. (1994). «Пептиды трилистника. Восходящий клевер». Современная биология . 4 (9): 835–838. дои : 10.1016/S0960-9822(00)00186-X . ПМИД 7820556 . S2CID 11245174 .
- ^ Тим Л., Райт Н.А., Хоффманн В., Отто В.Р., Рио MC (1997). «Идет клевер: пептиды домена семейства факторов трилистника (TFF), миграция клеток и рак» . Письма ФЭБС . 408 (2): 121–123. дои : 10.1016/S0014-5793(97)00424-9 . ПМИД 9187350 . S2CID 26946754 .
- ^ Jump up to: а б Борк П. (1993). «Домен трилистника в основном белке зоны пеллюцида кролика» . Белковая наука . 2 (4): 669–670. дои : 10.1002/pro.5560020417 . ПМК 2142363 . ПМИД 8518738 .
- ^ Jump up to: а б Хоффманн В., Хаузер Ф. (1993). «P-домен или мотив трилистника: роль в обновлении и патологии слизистого эпителия?». Тенденции биохимических наук . 18 (7): 239–243. дои : 10.1016/0968-0004(93)90170-R . ПМИД 8267796 .
- ^ Лай, Ю.-Л.; Йен, Южная Каролина; Ю, С.-Х.; Хван, Ж.-К. (2007). «pKNOT: белковый веб-сервер KNOT» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (проблема с веб-сервером): W420–W424. дои : 10.1093/нар/gkm304 . ЧВК 1933195 . ПМИД 17526524 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Библиография
[ редактировать ]- Ткачук К.Л., Дунин-Горкавич С., Пурта Е., Буйницкий Ю.М. (2007). Структурная и эволюционная биоинформатика суперсемейства метилтрансфераз SPOUT. БМК Биоинформатика . 8:73