Чаша мотив

Чаша мотив
Чаша мотив
Идентификаторы
Символ	Чаша_2
Пфам	PF07646
Пфам Клан	CL0186
ИнтерПро	ИПР011498
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1гоф / СКОПе / СУПФАМ
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Чаша мотив
Чаша мотив
	Структура галактозооксидазы, содержащей повторы Кельха.
Идентификаторы
Символ	Чаша_1
Пфам	PF01344
ИнтерПро	ИПР006652
УМНЫЙ	Чаша
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1гоф / СКОПе / СУПФАМ
Суперсемейство OPM	319
белок OPM	3ii7
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Галактозооксидаза, центральный домен

Идентификаторы

Символ

Чаша_3

Пфам

ПФ13415

Пфам Клан

CL0186

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Галактозооксидаза, центральный домен

Идентификаторы

Символ

Чаша_4

Пфам

ПФ13418

Пфам Клан

CL0186

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Чаша мотив

Идентификаторы

Символ

Чаша_5

Пфам

ПФ13854

Пфам Клан

CL0186

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Чаша мотив

Идентификаторы

Символ

Чаша_6

Пфам

PF13964

Пфам Клан

CL0186

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Мотив Кельха — это участок белковой последовательности, широко встречающийся в белках бактерий и эукариот . ^{[ 2 ]} Этот мотив последовательности состоит примерно из 50 аминокислотных остатков, которые образуют структуру четырехцепочечного «лезвия» бета-листа . Этот мотив последовательности встречается от пяти до восьми тандемных копий на белок, которые складываются вместе, образуя более крупную круглую соленоидную структуру, называемую бета-пропеллера доменом .

Белки, содержащие мотивы Кельха

Мотив Кельха широко встречается у эукариотических и бактериальных видов. Примечательно, что геном человека содержит около 100 белков, содержащих мотив Кельха. В отдельных белках этот мотив встречается несколько раз. Например, этот мотив появляется 6 раз в дрозофилы регуляторном белке яйцевой камеры . Этот мотив также обнаружен в мышином белке MIPP. ^{[ 3 ]} и в ряде поксвирусов . Кроме того, повторы Кельха были обнаружены при альфа- и бета-скрупине. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} галактозооксидаза гриба Dactylium dendroides , ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} а в Escherichia coli белке NanM - мутаротаза сиаловой кислоты . ^{[ 8 ]}

Структура

Структура галактозооксидазы показывает, что повторяющийся мотив последовательности Кельха соответствует 4-нитевому антипараллельному мотиву бета-листа, который образует повторяющуюся единицу в структурной складке «супербочонок», обычно известной как бета-пропеллер. ^{[ 9 ]}

Функция

Известные функции кельхсодержащих белков разнообразны:

скруин представляет собой белок, сшивающий актин;
галактозооксидаза катализирует окисление гидроксильной группы в положении С6 D-галактозы;
нейраминидаза гидролизует остатки сиаловой кислоты из гликопротеинов;
NanM представляет собой мутаротазу сиаловой кислоты, участвующую в эффективном использовании сиаловой кислоты бактериями;
kelch может выполнять цитоскелетную функцию, поскольку он локализован в богатых актином кольцевых каналах, которые соединяют 15 питающих клеток с развивающимся ооцитом у дрозофилы. ^{[ 4 ]}

См. также

Ссылки

^ Ито Н., Филлипс С.Е., Стивенс С. и др. (март 1991 г.). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная с помощью кристаллической структуры 1,7 А галактозооксидазы». Природа . 350 (6313): 87–90. дои : 10.1038/350087a0 . ПМИД 2002850 . S2CID 4345713 .
^ Адамс Дж., Келсо Р., Кули Л. (январь 2000 г.). «Суперсемейство белков повторов Кельха: двигатели клеточной функции». Тенденции клеточной биологии . 10 (1): 17–24. дои : 10.1016/S0962-8924(99)01673-6 . ПМИД 10603472 .
^ Сюэ Ф, Кули Л (1993). «Кельх кодирует компонент межклеточных мостиков в яйцевых камерах дрозофилы» . Клетка . 72 (5): 681–693. дои : 10.1016/0092-8674(93)90397-9 . ПМИД 8453663 .
^ Jump up to: ^а ^б Уэй М., Сандерс М., Мацудайра П., Чафель М., Найт А., Ту Ю.Х. (1995). «Бета-Скруин, гомолог белка, сшивающего актин, локализован в акросомальном пузырьке сперматозоидов Limulus». Дж. Клеточная наука . 108 (10): 3155–3162. дои : 10.1242/jcs.108.10.3155 . ПМИД 7593276 .
^ Уэй М., Сакаи Дж., Сандерс М., Гарсия С., Мацудайра П. (1995). «Последовательность и доменная организация скруина, белка, сшивающего актин в акросомальном отростке сперматозоида Limulus» . Дж. Клеточная Биол . 128 (1): 51–60. дои : 10.1083/jcb.128.1.51 . ПМК 2120335 . ПМИД 7822422 .
^ Дулиттл РФ, Борк П. (1994). «Мотив Drosophila kelch происходит от общей ферментативной складки». Дж. Мол. Биол . 236 (5): 1277–1282. дои : 10.1016/0022-2836(94)90056-6 . ПМИД 8126718 .
^ Кин Дж.Н., Ито Н., Филлипс С.Е., Стивенс С., Огель З.Б., Макферсон М.Дж., Ядав К.Д., Ноулз П.Ф. (1991). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная с помощью кристаллической структуры 1,7 А галактозооксидазы». Природа . 350 (6313): 87–90. дои : 10.1038/350087a0 . ПМИД 2002850 . S2CID 4345713 .
^ Севери Э., Мюллер А., Поттс-младший, Лич А., Уильямсон Д., Уилсон К.С., Томас Г.Х. (2008). «Мутаротация сиаловой кислоты катализируется белком бета-пропеллера YjhT Escherichia coli » . Ж. Биол. Хим . 283 (8): 4841–4849. дои : 10.1074/jbc.m707822200 . ПМИД 18063573 .
^ Ито Н., Филлипс С.Е., Ядав К.Д., Ноулз П.Ф. (1994). «Кристаллическая структура свободнорадикального фермента галактозооксидазы». Дж. Мол. Биол . 238 (5): 794–814. дои : 10.1006/jmbi.1994.1335 . ПМИД 8182749 .

Внешние ссылки

ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_HCF-1_HBM_1

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR006652.

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR011498.

[pmid2002850-1] Ито Н., Филлипс С.Е., Стивенс С. и др. (март 1991 г.). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная с помощью кристаллической структуры 1,7 А галактозооксидазы». Природа . 350 (6313): 87–90. дои : 10.1038/350087a0 . ПМИД 2002850 . S2CID 4345713 .

[pmid10603472-2] Адамс Дж., Келсо Р., Кули Л. (январь 2000 г.). «Суперсемейство белков повторов Кельха: двигатели клеточной функции». Тенденции клеточной биологии . 10 (1): 17–24. дои : 10.1016/S0962-8924(99)01673-6 . ПМИД 10603472 .

[PUB00000885-3] Сюэ Ф, Кули Л (1993). «Кельх кодирует компонент межклеточных мостиков в яйцевых камерах дрозофилы» . Клетка . 72 (5): 681–693. дои : 10.1016/0092-8674(93)90397-9 . ПМИД 8453663 .

[PUB00003094-4] Jump up to: ^а ^б Уэй М., Сандерс М., Мацудайра П., Чафель М., Найт А., Ту Ю.Х. (1995). «Бета-Скруин, гомолог белка, сшивающего актин, локализован в акросомальном пузырьке сперматозоидов Limulus». Дж. Клеточная наука . 108 (10): 3155–3162. дои : 10.1242/jcs.108.10.3155 . ПМИД 7593276 .

[PUB00003079-5] Уэй М., Сакаи Дж., Сандерс М., Гарсия С., Мацудайра П. (1995). «Последовательность и доменная организация скруина, белка, сшивающего актин в акросомальном отростке сперматозоида Limulus» . Дж. Клеточная Биол . 128 (1): 51–60. дои : 10.1083/jcb.128.1.51 . ПМК 2120335 . ПМИД 7822422 .

[PUB00003318-6] Дулиттл РФ, Борк П. (1994). «Мотив Drosophila kelch происходит от общей ферментативной складки». Дж. Мол. Биол . 236 (5): 1277–1282. дои : 10.1016/0022-2836(94)90056-6 . ПМИД 8126718 .

[PUB00004093-7] Кин Дж.Н., Ито Н., Филлипс С.Е., Стивенс С., Огель З.Б., Макферсон М.Дж., Ядав К.Д., Ноулз П.Ф. (1991). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная с помощью кристаллической структуры 1,7 А галактозооксидазы». Природа . 350 (6313): 87–90. дои : 10.1038/350087a0 . ПМИД 2002850 . S2CID 4345713 .

[8] Севери Э., Мюллер А., Поттс-младший, Лич А., Уильямсон Д., Уилсон К.С., Томас Г.Х. (2008). «Мутаротация сиаловой кислоты катализируется белком бета-пропеллера YjhT Escherichia coli » . Ж. Биол. Хим . 283 (8): 4841–4849. дои : 10.1074/jbc.m707822200 . ПМИД 18063573 .

[PUB00003324-9] Ито Н., Филлипс С.Е., Ядав К.Д., Ноулз П.Ф. (1994). «Кристаллическая структура свободнорадикального фермента галактозооксидазы». Дж. Мол. Биол . 238 (5): 794–814. дои : 10.1006/jmbi.1994.1335 . ПМИД 8182749 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

v т и Белковые тандемные повторы
Фиброзный:	Спиральная катушка Коллагеновая спираль
Удлиненный :	Альфа-соленоид Анкирин повтор Броненосец повторить Эффектор, подобный активатору транскрипции Бета-соленоид Бета-спираль Антифризный белок ТЕПЛО повтор Богатый лейцином повтор Пентапептидный повтор Тетратрикопептидный повтор Складка узла трилистника
Закрыто :	Бета-ствол Бета-трилистник Бета-пропеллер Чаша мотив КОМАНДА бочка WD40 повтор
Бусины на нитке:	Суши-домен
См. также:	Повторяющаяся последовательность (ДНК)