Комплект Хеликс
Пучок спиралей представляет собой небольшую белковую складку, состоящую из нескольких альфа-спиралей , которые обычно почти параллельны или антипараллельны друг другу.
Трехспиральные пучки
[ редактировать ]
Трехспиральные пучки являются одними из самых маленьких и самых быстрых из известных структурных доменов, сворачивающихся кооперативно. [1] Пучок трех спиралей в домене головного убора виллины имеет длину всего 36 аминокислот и является обычным предметом изучения в молекулярно-динамическом моделировании, поскольку время его сворачивания в микросекундном масштабе находится в пределах временных масштабов, доступных для моделирования. [2] [3] состоящий из 40 остатков, Дополнительный белок ВИЧ, имеет очень похожую структуру и также стал предметом обширных исследований. [4] Не существует общего мотива последовательности, связанного с трехспиральными пучками, поэтому их нельзя обязательно предсказать только на основе последовательности. Трехспиральные пучки часто встречаются в актин-связывающих белках и в ДНК-связывающих белках .
Четырехспиральные пучки
[ редактировать ]Четырехспиральные пучки обычно состоят из четырех спиралей, упакованных в спиральную структуру со стерически плотноупакованным гидрофобным ядром в центре. Пары соседних спиралей часто дополнительно стабилизируются солевыми мостиками между заряженными аминокислотами. Оси спиралей обычно ориентированы примерно на 20 градусов относительно соседних спиралей, что гораздо меньше, чем в более крупной спиральной структуре глобиновой складки . [5]
Конкретная топология спиралей зависит от белка — спирали, соседние по последовательности, часто антипараллельны , хотя между двумя парами параллельных спиралей также можно организовать антипараллельные связи. Поскольку димерные спиральные спирали сами по себе относительно стабильны, четырехспиральные пучки могут быть димерами пар спиральных спиралей, как в белке Rop . Четырехспиральный пучок может иметь термическую стабильность более 100 °С. Другие примеры четырехспиральных пучков включают цитохром , ферритин , гормон роста человека , цитокин , [5] и С-конец Lac-репрессора . Четырехспиральный пучок оказался привлекательной мишенью для дизайна белков de novo , причем многочисленные белки четырехспирального пучка de novo были успешно разработаны рациональными методами. [6] и по комбинаторике [7] методы. Хотя последовательность не консервативна среди четырехспиральных пучков, структура последовательности имеет тенденцию отражать структуру спиральных структур, в которых каждый четвертый и седьмой остаток является гидрофобным.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Викстром, Л; Окур, А; Песня, К; Хорнак, В; Роли, ДП; Зиммерлинг, КЛ. (2006). «Развернутое состояние спирального субдомена головы злодея: вычислительные исследования роли локально стабилизированной структуры» . Дж Мол Биол . 360 (5): 1094–107. дои : 10.1016/j.jmb.2006.04.070 . ПМК 4805113 . ПМИД 16797585 .
- ^ Дуань, Ю; Коллман, Пенсильвания. (1998). «Пути к промежуточному продукту сворачивания белка, наблюдаемые при моделировании в водном растворе за 1 микросекунду». Наука . 282 (5389): 740–4. Бибкод : 1998Sci...282..740D . дои : 10.1126/science.282.5389.740 . ПМИД 9784131 .
- ^ Джаячандран, Дж; Вишал, В; Панде, ВС. (2006). «Использование массово-параллельного моделирования и марковских моделей для изучения сворачивания белка: изучение динамики головного убора злодея» . J Chem Phys . 124 (16): 164902. Бибкод : 2006JChPh.124p4902J . дои : 10.1063/1.2186317 . ПМИД 16674165 .
- ^ Эржес, Т; Венцель, В. (2005). «Складывание трехспирального белка in silico и характеристика его ландшафта свободной энергии в полноатомном силовом поле». Преподобный Летт по физике . 94 (1): 018101. arXiv : физика/0310146 . Бибкод : 2005PhRvL..94a8101H . doi : 10.1103/PhysRevLett.94.018101 . ПМИД 15698135 . S2CID 1477100 .
- ^ Jump up to: а б Брэнден С., Туз Дж. (1999). Введение в структуру белка 2-е изд. Издательство Garland: Нью-Йорк, штат Нью-Йорк.
- ^ Риган, Л.; ДеГрадо, ВФ (1988). «Характеристика спирального белка, созданного на основе первых принципов». Наука . 241 (4868): 976–978. Бибкод : 1988Sci...241..976R . дои : 10.1126/science.3043666 . ПМИД 3043666 .
- ^ Хехт, штат Массачусетс; ДАС, А; Иди, А; Брэдли, Л.Х.; Вэй, Ю (2004). «Белки de novo из созданных комбинаторных библиотек» . Белковая наука . 13 (7): 1711–1723. дои : 10.1110/ps.04690804 . ПМК 2279937 . ПМИД 15215517 .