База данных токсинов и токсинов-мишеней

База данных токсинов и токсинов-мишеней
Содержание
Описание	Токсины и целевая база данных токсинов
Типы данных ; захвачен	Маломолекулярные яды, токсичные соединения и токсины, химическая структура, описания токсичных соединений, химическая систематика, мишени и переносчики токсинов, последовательности белков-мишеней, механизмы действия, смертельные дозы, химические свойства, номенклатура, синонимы, спектры ЯМР, спектры МС, регуляция генов , концентрации
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты и Инновационный центр метаболомики
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование	T3DB: база данных токсичных экспозомов.
Дата выпуска	2009
Доступ
Веб-сайт	http://www.t3db.ca
URL-адрес загрузки	http://www.t3db.ca/downloads
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Каждые 3-4 года с периодическими исправлениями и обновлениями.
Политика курирования	Курируется вручную

База данных токсинов и токсинов-мишеней (T3DB) , ^[1]^[2] также известная как токсичных экспосом База данных , представляет собой свободно доступную онлайн-базу данных обычных веществ, токсичных для человека, а также их белков , ДНК или органов- мишеней . В настоящее время в базе данных содержится около 3700 токсичных соединений или ядов, описанных почти 42 000 синонимами. В этот список входят различные группы токсинов , в том числе распространенные загрязнители , пестициды , лекарства , пищевые токсины, бытовые и промышленные токсины, токсины сигарет и уремические токсины . Эти токсичные вещества связаны с 2086 соответствующими целевыми записями белков/ДНК. Всего насчитывается 42 433 токсических вещество-токсиновых целевых ассоциации. Каждая запись о токсичном соединении (ToxCard) в T3DB содержит около 100 полей данных и содержит такую информацию, как химические свойства и дескрипторы, механизмы действия , значения токсичности или смертельной дозы , молекулярные и клеточные взаимодействия, медицинскую информацию (симптомы и лечение) (рис. 1). –3), ЯМР и МС-спектры , а также гены с повышающей и понижающей регуляцией . Эта информация была извлечена из более чем 18 000 источники , к которым относятся другие базы данных , правительственные документы, книги и научная литература.

Основное внимание в T3DB уделяется выявлению механизмов токсичности и выявлению белков-мишеней для распространенных токсичных веществ. Хотя существует ряд других баз данных по токсичным соединениям, их упор делается на охват большого количества химических соединений, которые почти никогда не встречаются за пределами химической лаборатории. T3DB пытается собирать данные только о тех токсичных веществах, которые имеются в большом количестве или широко используются и были обнаружены или измерены у людей. T3DB полностью доступен для поиска и поддерживает обширный поиск по тексту, последовательности, химической структуре , реляционные запросы и спектральный поиск. Он создан по образцу Базы данных метаболомов человека ( HMDB ) и DrugBank и тесно связан с ними . Потенциальные применения T3DB включают метаболомику и исследования воздействия на окружающую среду, прогнозирование метаболизма токсичных соединений , прогнозирование взаимодействия токсинов и лекарств, а также общую осведомленность о токсичных веществах.

Объем и доступ

Все данные в T3DB не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные T3DB доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Уишарт, Д ; Арндт Д; Пон А; Саджед Т; Го AC; Джумбу Ю; Нокс С; Уилсон М; Лян Ю; Грант Дж; Лю Ю; Голдансаз С.А.; Раппапорт СМ. (январь 2015 г.). «T3DB: база данных токсичных экспозомов» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D928-34. дои : 10.1093/nar/gku1004 . ПМЦ 4383875 . ПМИД 25378312 .
^ Лайм; Пон А; Джумбу Ю; Нокс С; Шривастава С; Го AC; Неве V; Уишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: подробно аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/нар/gkp934 . ПМЦ 2808899 . ПМИД 19897546 .

[pmid25378312-1] Jump up to: ^а ^б Уишарт, Д ; Арндт Д; Пон А; Саджед Т; Го AC; Джумбу Ю; Нокс С; Уилсон М; Лян Ю; Грант Дж; Лю Ю; Голдансаз С.А.; Раппапорт СМ. (январь 2015 г.). «T3DB: база данных токсичных экспозомов» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D928-34. дои : 10.1093/nar/gku1004 . ПМЦ 4383875 . ПМИД 25378312 .

[pmid19897546-2] Лайм; Пон А; Джумбу Ю; Нокс С; Шривастава С; Го AC; Неве V; Уишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: подробно аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/нар/gkp934 . ПМЦ 2808899 . ПМИД 19897546 .

[1]

[2]