Репликация с помощью катящейся шпильки
Репликация вращающейся шпильки ( RHR ) — это однонаправленная форма репликации ДНК со смещением цепи , используемая парвовирусами, группой вирусов, составляющих семейство Parvoviridae . Парвовирусы имеют геномы с линейной одноцепочечной ДНК (оцДНК), в которых кодирующая часть генома окружена теломерами на каждом конце, которые образуют шпильки . Во время RHR эти шпильковые петли неоднократно разворачиваются и переворачиваются, изменяя направление репликации ДНК, так что репликация непрерывно происходит вперед и назад по всему геному. RHR инициируется и завершается эндонуклеазой, кодируемой парвовирусами, которая по-разному называется NS1 или Rep, и RHR аналогична репликации по катящемуся кругу , которая используется вирусами оцДНК, имеющими кольцевые геномы.
клетки-хозяина Прежде чем начинается RHR, ДНК-полимераза преобразует геном в дуплексную форму, в которой кодирующая часть является двухцепочечной и соединена с концевыми шпильками. Отсюда информационная РНК (мРНК), кодирующая белок вирусного инициатора, транскрибируется и транслируется для синтеза белка. Белок-инициатор запускает RHR путем связывания и разрыва генома в области, прилегающей к шпильке, называемой источником, и создания репликационной вилки с помощью своей геликазной активности. Надрезание приводит к тому, что шпилька разворачивается в линейную, вытянутую форму. Затем теломера реплицируется, и обе нити теломеры снова сгибаются, принимая исходную форму. Это меняет положение репликационной вилки, переключая шаблоны на другую цепь и двигаясь в противоположном направлении. При достижении другого конца происходит тот же процесс разворачивания, репликации и повторного сворачивания.
Парвовирусы различаются тем, являются ли обе шпильки одинаковыми или разными. Гомотеломерные парвовирусы, такие как аденоассоциированные вирусы (AAV), т.е. те, которые имеют идентичные или похожие теломеры, имеют оба конца, реплицированные посредством терминального разрешения - ранее описанного процесса. Гетеротеломерные парвовирусы, такие как минутный вирус мышей (MVM), т.е. те, которые имеют разные теломеры, имеют один конец, реплицируемый посредством терминального разрешения, а другой - посредством асимметричного процесса, называемого разрешением соединения. Во время разрешения асимметричного соединения дуплексная расширенная форма теломеры реорганизуется в соединение крестообразной формы , и правильная ориентация теломер воспроизводится на нижнем плече крестообразной формы. В результате РГР синтезируется репликативная молекула, содержащая многочисленные копии геномов. Белок-инициатор периодически вырезает геномы оцДНК потомства из этого репликативного конкатемера.
Фон
[ редактировать ]Парвовирусы — это семейство ДНК-вирусов , геномы которых имеют одноцепочечную ДНК (оцДНК), заключенные в прочные икосаэдрические белковые капсиды диаметром 18–26 нанометров (нм). [ 1 ] В отличие от большинства других вирусов с оцДНК, которые имеют кольцевые геномы, образующие петлю, парвовирусы имеют линейные геномы с короткими концевыми последовательностями на каждом конце генома. Эти концы способны образовывать структуры, называемые шпильками или петлями шпилек, и состоят из коротких несовершенных палиндромов. [ 2 ] [ 3 ] Длина кодирующей области генома варьируется от вируса к вирусу, а длина концов составляет 116–550 нуклеотидов (нт) каждый. Последовательности шпилек предоставляют большую часть цис -действующей информации, необходимой для репликации и упаковки ДНК. [ 1 ] [ 4 ]
Геномы парвовирусов могут иметь как положительный, так и отрицательный смысл . Некоторые виды, такие как аденоассоциированные вирусы (AAV), такие как AAV2, упаковывают в вирионы примерно равное количество цепей с положительным и отрицательным смыслом, другие, такие как микровирус мышей (MVM), отдают предпочтение упаковке отрицательных смысловые нити, а другие имеют разные пропорции. [ 4 ] Из-за этого несоответствия 5'-конец (обычно произносится как «конец с пятью штрихами») цепи, кодирующей неструктурные белки, называется «левым концом», а 3'-конец (обычно произносится как «конец с тремя штрихами»). ") называется "правым концом". [ 3 ] Что касается цепи с отрицательным смыслом, то 3’-конец является левой стороной, а 5’-конец – правой стороной. [ 4 ] [ 5 ]
Парвовирусы реплицируют свои геномы посредством процесса, называемого репликацией шпильки (RHR), который представляет собой однонаправленную форму репликации ДНК со смещением цепи. Перед репликацией кодирующая часть генома оцДНК преобразуется в форму двухцепочечной ДНК (дцДНК), которая затем расщепляется вирусным белком для инициации репликации. Последовательное разворачивание и перескладывание концов шпильки меняет направление синтеза, что позволяет репликации проходить вперед и назад по геному для синтеза промежуточного продукта ДНК непрерывной дуплексной репликативной формы (RF). Затем геномы оцДНК потомства вырезают из промежуточного RF-продукта. [ 4 ] [ 6 ] Хотя общие аспекты RHR сохраняются у разных родов и видов, точные детали, вероятно, различаются. [ 7 ]
Геномы парвовируса имеют отдельные начальные точки репликации, которые содержат палиндромные последовательности ДНК. Эти последовательности способны чередовать меж- и внутрицепочечные спаривания оснований во время репликации и служат самопраймирующими теломерами на каждом конце генома. [ 2 ] Они также содержат два ключевых сайта, необходимых для репликации, используемых белком-инициатором: сайт связывания и сайт расщепления. [ 8 ] Последовательности теломер обладают значительной сложностью и разнообразием, что позволяет предположить, что у многих видов они выполняют дополнительные функции. [ 1 ] [ 9 ] Например, в MVM левая шпилька содержит сайты связывания факторов транскрипции, которые модулируют экспрессию генов соседнего промотора . В случае AAV шпильки могут связываться с комплексами MRE11/Rad50/NBS1 (MRN) и гетеродимерами Ku70/80, которые участвуют в распознавании и восстановлении ДНК. [ 5 ] Однако в целом они имеют одну и ту же базовую структуру: несовершенные палиндромы, в которых область, полностью или преимущественно спаренная основаниями, заканчивается осевой симметрией. Эти палиндромы могут складываться в различные структуры, такие как Y-образная структура и крестообразная структура. Во время репликации концы действуют как шарниры, в которых несовершенно спаренные основания или частично крестообразные области, окружающие ось, обеспечивают благоприятную среду для разворачивания и повторного сворачивания шпильки. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]
Некоторые парвовирусы, такие как AAV2, являются гомотеломерными, то есть две палиндромные теломеры похожи или идентичны и образуют часть более крупных (инвертированных) последовательностей концевых повторов ((I)TR). Таким образом, репликация на каждом концевом окончании аналогична. Другие парвовирусы, такие как MVM, являются гетеротеломерными, то есть имеют две физически разные теломеры. В результате гетеротеломерные парвовирусы имеют тенденцию иметь более сложный процесс репликации, поскольку две теломеры имеют разные процессы репликации. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] В общем, гомотеломерные парвовирусы реплицируют оба конца посредством процесса, называемого терминальным разрешением, тогда как гетеротеломерные парвовирусы реплицируют один конец посредством терминального разрешения, а другой конец - посредством асимметричного процесса, называемого разрешением соединения. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 10 ] В следующей таблице показано, является ли род гетеро- или гомотеломерным, а также другие геномные характеристики. [ 4 ]
Общий процесс
[ редактировать ]Весь процесс репликации шпильки, который имеет отдельные последовательные стадии, можно резюмировать следующим образом: [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ]
- 1. Кодирующая часть генома реплицируется, начиная с 3'-конца 3'-шпильки, который действует как праймер , и продолжается до тех пор, пока вновь синтезированная цепь не соединится с 5'-концом 5'-шпильки. , создавая дуплексную молекулу ДНК, имеющую две цепи кодирующей части генома.
- 2. мРНК, кодирующая белок-инициатор репликации вируса, транскрибируется и впоследствии транслируется для синтеза белка.
- 3. Белок-инициатор связывается и расщепляет ДНК в участке, называемом началом, в результате чего шпилька разворачивается в линейную, вытянутую форму. В то же время белок-инициатор устанавливает репликационную вилку со своей геликазной активностью.
- 4. Шпилька удлиненной формы реплицируется, создавая инвертированную копию теломеры на вновь синтезированной цепи.
- 5. Две нити этого конца снова сворачиваются в две шпильки, которые перемещают репликационную вилку, переключая шаблоны и двигаясь в противоположном направлении.
- 6. Репликация ДНК продолжается линейно от одного конца к другому, используя противоположную цепь в качестве матрицы.
- 7. Достигнув другого конца, шпилька этого конца разворачивается и снова сворачивается, чтобы скопировать окончание и еще раз поменять местами шаблоны и изменить направление репликации. Эта двусторонняя репликация постоянно повторяется, создавая конкатемер множества копий генома.
- 8. Вирусный белок-инициатор периодически вырезает отдельные нити геномной ДНК из репликативного конкатемера.
- 9. Вырезанные геномы оцДНК упаковываются во вновь сконструированные вирусные капсиды.
Подготовка к репликации
[ редактировать ]При проникновении в клетку связка длиной около 24 нуклеотидов, которая прикрепляет вирусный белок NS1, необходимый для репликации, к вириону, отщепляется от вириона, чтобы позже снова прикрепиться. [ 3 ] После проникновения в клетку вирионы накапливаются в ядре клетки , в то время как геном все еще содержится внутри капсида. Эти капсиды могут быть переконфигурированы в открытое или переходное состояние во время входа. Точный механизм выхода генома из капсида неясен. [ 9 ] Было высказано предположение, что для AAV ядерные факторы разбирают капсид, тогда как для MVM кажется, что геном выбрасывается в направлении 3'-к-5' из отверстия в капсиде, называемого порталом. [ 5 ]
У парвовирусов отсутствуют гены, способные побуждать покоящиеся клетки вступать в фазу синтеза ДНК (S-фазу). Кроме того, голая оцДНК, вероятно, будет нестабильной, воспринимается клеткой-хозяином как чужеродная или неправильно реплицируется при репарации ДНК хозяина . По этим причинам геном должен либо быстро преобразоваться в менее обструктивную и более стабильную дуплексную форму, либо сохраняться внутри капсида до тех пор, пока он не освободится от покрытия во время S-фазы. Обычно происходит последнее, и вирион остается молчащим в ядре до тех пор, пока клетка-хозяин сама не войдет в S-фазу. В течение этого периода ожидания вирионы могут использовать определенные стратегии, чтобы обойти защитные механизмы хозяина, чтобы защитить свои шпильки и ДНК для достижения S-фазы. [ 9 ] хотя неясно, как это происходит. [ 4 ] Поскольку геном упакован в виде оцДНК, перед экспрессией гена необходимо создание комплементарной цепи . [ 5 ] [ 9 ]
ДНК-полимеразы способны синтезировать ДНК только в направлении от 5' к 3', и для начала синтеза им требуется праймер пары оснований. Парвовирусы устраняют эти ограничения, используя свои концы в качестве праймеров для синтеза комплементарных цепей. [ 9 ] 3'-гидроксильный конец левого (3'-конца) соединяется с внутренним основанием, запуская первоначальный синтез ДНК, что приводит к преобразованию генома оцДНК в его первую дуплексную форму. [ 1 ] [ 7 ] Это мономерная двухцепочечная молекула ДНК, в которой две цепи ковалентно сшиты друг с другом на левом конце единственной копией вирусной теломеры. Синтез дуплексной формы предшествует экспрессии NS1, поэтому, когда репликационная вилка во время начального синтеза комплементарной цепи достигает правого (5') конца, она не смещает и не копирует правую шпильку. Это позволяет ковалентно связать 3'-конец новой цепи ДНК с 5'-концом правой шпильки с помощью лигазы хозяина, тем самым создавая дуплексную молекулу. На этом этапе повторно синтезируется связующая последовательность, которая присутствовала до проникновения вируса в клетку. [ 6 ]
Основные вирусные белки и начало
[ редактировать ]Как только инфицированная клетка переходит в S-фазу, геномы парвовируса преобразуются в дуплексную форму с помощью механизма репликации хозяина, и мРНК, кодирующая неструктурные (NS) белки, транскрибируется, начиная с вирусного промотора (P4 для MVM). [ 4 ] [ 5 ] [ 9 ] Один из этих NS-белков обычно называется NS1, а также Rep1 или Rep68/78 для рода Dependoparvovirus , к которому принадлежит AAV. [ 4 ] NS1 представляет собой сайт-специфичный ДНК-связывающий белок, который действует как белок-инициатор репликации. [ 9 ] посредством никазной активности. [ 15 ] Он также опосредует удаление обоих концов генома из дуплексных RF-промежуточных продуктов посредством реакции переэтерификации , которая вводит разрыв в определенные последовательности дуплексного происхождения. [ 4 ] Ключевые компоненты NS1 включают эндонуклеазный домен HUH по направлению к N-концу белка и хеликазу суперсемейства 3 (SF3) по направлению к C-концу . [ 16 ] а также активность АТФазы. [ 1 ] Он связывается с оцДНК, РНК и сайт-специфично на дуплексной ДНК при повторении тетрануклеотидной последовательности 5'-ACCA-3' 1–3 . [ 1 ] [ 9 ] Эти последовательности присутствуют в сайтах начала репликации вируса и повторяются во многих сайтах по всему геному в более или менее дегенеративных формах. [ 15 ]
NS1 разрывает ковалентно замкнутую правую концевую теломеру посредством реакции переэтерификации, в результате которой 3'-нуклеотид со спаренными основаниями высвобождается в виде свободного гидроксила (-OH). [ 4 ] Этой реакции способствует ДНК-связывающий белок хозяина из семейства высокомобильной группы 1/2 (HMG1/2), который осуществляется в точке начала репликации, OriR , которая была создана с помощью последовательностей в правой шпильке и непосредственно рядом с ней. Левый конец теломеры MVM, гетеротеломерного парвовируса, содержит последовательности, которые могут давать начало репликации в дуплексных промежуточных продуктах более высокого порядка, но эти последовательности неактивны на шпильочном конце мономерной молекулы, поэтому NS1 всегда инициирует репликацию справа. конец. [ 6 ]
3'-ОН, который освобождается в результате разрыва, действует как праймер для ДНК-полимеразы, запускающий синтез комплементарной цепи. [ 8 ] в то время как NS1 остается ковалентно связанным с 5'-концом через остаток тирозина . [ 1 ] Следовательно, копия NS1 остается прикрепленной к 5'-концу всей RF и ДНК потомства во время репликации, упаковки и высвобождения вириона. [ 4 ] [ 6 ] NS1 способен связываться с этим конкретным сайтом только путем сборки в гомодимеры или мультимеры более высокого порядка, что происходит естественным образом с добавлением аденозинтрифосфата ( АТФ), которое, вероятно, опосредовано геликазным доменом NS1. Исследования in vivo показали, что NS1 может образовывать различные олигомерные состояния, но, скорее всего, он собирается в гексамеры, выполняя функции как эндонуклеазного домена, так и геликазного домена. [ 15 ]
Считается, что, начиная с места надреза, NS1 организует репликационную вилку и действует как репликативная 3'-5'-хеликаза. Рядом с С-концом NS1 содержит кислый домен активации транскрипции. Этот домен усиливает транскрипцию, начиная с вирусного промотора (P38 для MVM), когда NS1 связывается с серией 5'-ACCA-3' мотивов, называемых последовательностью tar , расположенных выше (к 5'-концу) промоторной единицы, а также посредством взаимодействия с NS1 и различными факторами транскрипции. [ 15 ] NS1 также рекрутирует комплекс клеточного белка репликации A (RPA), который необходим для создания новой репликационной вилки, а также для связывания и стабилизации смещенных одиночных цепей. [ 6 ]
Хотя NS1 является единственным неструктурным белком, необходимым для всех парвовирусов, у некоторых есть другие отдельные белки, необходимые для репликации. Что касается MVM, NS2, по-видимому, перепрограммирует клетку-хозяина для эффективной амплификации ДНК, синтеза одноцепочечного потомства, сборки капсида и экспорта вирионов, хотя, по-видимому, он не участвует напрямую в этих процессах. NS2 первоначально накапливается в три раза быстрее, чем NS1, в ранней S-фазе, но быстро преобразуется по протеосомно-опосредованному пути. По мере развития инфекционного цикла NS2 становится менее распространенным, поскольку транскрипция, управляемая P38, становится более заметной. [ 15 ] Другим примером является ядерный фосфопротеин NP1 бокавирусов, который, если не синтезируется, приводит к образованию нежизнеспособных геномов потомства. [ 5 ]
По мере накопления вирусных NS-белков они захватывают аппарат репликации клетки-хозяина, прекращая синтез ДНК клетки-хозяина и вызывая начало амплификации вирусной ДНК. Помехи в репликации ДНК хозяина могут быть обусловлены прямым воздействием на белки репликации хозяина, которые не необходимы для репликации вируса, обширным разрывом ДНК хозяина или реструктуризацией ядра во время вирусной инфекции. На ранних стадиях инфекции парвовирусы создают в ядре очаги репликации, которые называются автономными тельцами репликации, ассоциированными с парвовирусом (APAR). NS1 локализуется вместе с репликацией вирусной ДНК в этих структурах с другими клеточными белками, необходимыми для синтеза вирусной ДНК. [ 15 ] в то время как другие комплексы, не необходимые для репликации, изолируются от тел APAR. Точный способ включения или исключения белков из тел APAR неясен и, по-видимому, варьируется от вида к виду и между типами клеток. [ 5 ] По мере прогрессирования инфекции микродомены APAR начинают объединяться с другими, ранее отдельными ядерными тельцами, образуя все более крупные ядерные включения , где происходит репликация вируса и сборка вириона. После начала S-фазы клетка-хозяин вынуждена синтезировать вирусную ДНК и не может покинуть S-фазу. [ 17 ]
Начало правого конца MVM
[ редактировать ]Правая шпилька MVM содержит 248 нуклеотидов. [ 10 ] организованы в крестообразную форму. [ 1 ] Эта область почти идеально спарена: всего три неспаренных основания на оси и несовпадающая область, расположенная на расстоянии 20 нуклеотидов от оси. Вставка из трех нуклеотидов, AGA или TCT, на одной цепи разделяет противоположные пары сайтов связывания NS1, создавая палиндром длиной в 36 пар оснований, который может принимать альтернативную крестообразную конфигурацию. Ожидается, что такая конфигурация дестабилизирует дуплекс, что облегчит его работу в качестве шарнира. Несовпадение неспаренных оснований, а не самой трехнуклеотидной последовательности, может способствовать нестабильности дуплексной ДНК. [ 10 ]
Полностью дуплексные линейные формы правой концевой последовательности шпильки также функционируют как NS1-зависимые начала. Однако для многих парвовирусных теломер для функции происхождения требуется только сайт связывания инициатора рядом с сайтом разрыва, так что минимальные последовательности, необходимые для разрыва, имеют длину менее 40 пар оснований. Для MVM минимальное начало правого конца составляет около 125 пар оснований в длину и включает большую часть последовательности шпильки, поскольку задействованы как минимум три элемента узнавания: сайт разрыва 5'-CTWWTCA-3' (элемент 1), расположенный на семь нуклеотидов выше по ходу транскрипции. из дуплексного сайта связывания NS1 (элемент 2), который ориентирован так, чтобы прикрепленный комплекс NS1 простирался над местом разрыва, и второго сайта связывания NS1 (элемент 3), который примыкает к оси шпильки. [ 10 ]
Второй сайт связывания находится на расстоянии более 100 пар оснований от места разрыва, но необходим для NS1-опосредованного расщепления. [ 10 ] In vivo существует небольшое изменение положения разрыва, плюс или минус один нуклеотид, причем одно положение является предпочтительным. Во время разрыва этот сайт, вероятно, экспонируется как одна цепь и потенциально стабилизируется как минимальная стебель-петля за счет инвертированных тетрануклеотидных повторов по бокам сайта. Оптимальные формы сайта связывания NS1 содержат по меньшей мере три тандемные копии последовательности 5'-АССА-3'. Умеренные изменения этих мотивов оказывают лишь небольшое влияние на аффинность, что позволяет предположить, что каждый тетрануклеотидный мотив распознается разными молекулами в комплексе NS1. Сайт связывания NS1, который размещает NS1 над сайтом разрыва в правом конце, является сайтом с высоким сродством. [ 18 ]
С АТФ NS1 асимметрично связывается с вышеупомянутой последовательностью, защищая область длиной 41 пару оснований от переваривания. Этот след простирается всего на пять нуклеотидов за пределы 3'-конца повтора АССА, но на 22 нуклеотида за пределы 5'-конца, так что след заканчивается на 15 нуклеотидов за пределами сайта разрыва, что помещает NS1 в положение для разрыва источника. Никение происходит только в том случае, если второй, удаленный сайт связывания NS1 также присутствует в источнике и весь комплекс активируется добавлением HMG1. [ 18 ]
В отсутствие NS1 HMG1 независимо связывает последовательность шпильки, заставляя ее изгибаться, не защищая какую-либо область от переваривания. HMG1 также может напрямую связываться с NS1 и опосредовать взаимодействия между молекулами NS1, связанными с элементами узнавания в источнике, поэтому он важен для образования комплекса расщепления. Способность осевой области реконфигурироваться в крестообразную форму, по-видимому, не важна в этом процессе. Расщепление зависит от правильного расположения исходных элементов, поэтому добавления и удаления могут быть смертельными, тогда как замены можно допустить. Добавление HMG1, по-видимому, лишь незначительно корректирует последовательности, защищенные NS1, но конформация промежуточной ДНК меняется, сворачиваясь в двойную спиральную петлю, которая простирается примерно на 30 пар оснований через богатый гуанином элемент в стебле шпильки. Между этим элементом и сайтом разрыва в петлю входят пять тимидиновых остатков, а сбоку от этого сайта имеется участок, содержащий множество чередующихся остатки аденина и тимина , что, вероятно, увеличивает гибкость. Создание петли, вероятно, позволяет концу принять определенную трехмерную структуру, необходимую для активации никазы, поскольку точки отсчета, которые не могут реконфигурироваться в двойную спиральную петлю после добавления HMG1, не подвергаются разрыву. [ 18 ]
Разрешение терминала
[ редактировать ]После разрыва на вновь обнаженном 3'-нуклеотиде образуется репликационная вилка, которая начинает разворачиваться и копировать правую шпильку посредством серии реакций плавления и повторного отжига. [ 9 ] [ 18 ] Этот процесс начинается, когда NS1 надрезает внутренний конец исходной шпильки. Затем терминальная последовательность копируется в противоположном направлении, в результате чего создается инвертированная копия исходной последовательности. [ 9 ] Конечным результатом является дуплексный терминал расширенной формы, который содержит две копии терминальной последовательности. [ 18 ] Хотя для этого необходим NS1, неясно, опосредовано ли разворачивание его геликазной активностью перед вилкой или дестабилизацией дуплекса после связывания ДНК в одном из его 5'-(ACCA) n -3' сайтов узнавания. [ 6 ] Этот процесс обычно называют терминальным разрешением, а также шпильочным переносом или шпильочным разрешением. [ 6 ] [ 9 ] Терминальное разрешение происходит с каждым раундом репликации, поэтому геномы потомства содержат равное количество каждой терминальной ориентации. Эти две ориентации называются «флип» и «флоп». [ 5 ] [ 6 ] и может быть представлен как R и r, или B и b для переворота и переворота правой концевой теломеры, и L и l, или A и a, для переворота и переворота левого конца теломеры. [ 7 ] [ 19 ] Поскольку терминальные палиндромы парвовирусов несовершенны, легко определить, какая ориентация какая. [ 1 ]
Дуплексные теломеры удлиненной формы, генерируемые во время терминального разрешения, плавятся, опосредованно NS1 с гидролизом АТФ , заставляя отдельные нити складываться обратно сами по себе, создавая структуры-шпильки «кроличьи уши», которые имеют переворачивающиеся концы. Для этого необходима хеликазная активность NS1, а также его сайт-специфическая связывающая активность, последняя из которых позволяет NS1 связываться с симметричными копиями сайтов связывания NS1, которые окружают ось конца расширенной формы. [ 10 ] [ 20 ]
Формирование кроличьего уха позволяет 3'-нуклеотиду вновь синтезированной цепи ДНК спариваться с внутренним основанием, которое перемещает репликационную вилку в маневре переключения цепи, который запускает синтез дополнительных линейных последовательностей. [ 10 ] Переключение от синтеза ДНК к формированию кроличьего уха в конце терминального разрешения может потребовать различных типов комплексов NS1. Альтернативно, комплекс NS1 может оставаться интактным во время этого переключения, будучи готовым начать синтез смещения стойки после рефолдинга в уши кролика. [ 20 ] После изменения положения репликационной вилки репликация продолжается в направлении левого конца, используя вновь синтезированную цепь ДНК в качестве матрицы. [ 7 ]
На левом конце генома NS1, вероятно, необходим для разворачивания шпильки. NS1, по-видимому, непосредственно участвует в плавлении и реконфигурации образующихся левых концевых дуплексов расширенной формы в структуры уха кролика, хотя эта реакция, по-видимому, менее эффективна, чем на правом конце. Для MVM последовательно генерируются димерные и тетрамерные конкатемеры генома. В этих конкатемерах чередующиеся геномы единичной длины сливаются посредством палиндромного соединения в ориентации левого конца к левому концу и правого конца к правому концу. [ 1 ] [ 10 ] В целом, RHR приводит к тому, что кодирующие последовательности генома копируются в два раза чаще, чем его концы. [ 1 ] [ 7 ] [ 10 ] Как линейная, так и шпилечная конфигурации правого конца теломер поддерживают инициацию RHR, поэтому разрешение дуплексных право-концевых соединений с правым концом может происходить симметрично на дуплексной последовательности спаренных оснований или после того, как этот комплекс расплавляется и реконфигурируется в две шпильки. Неясно, какая из этих двух реакций встречается чаще, поскольку обе, по-видимому, дают одинаковые результаты. [ 20 ]
У AAV каждая теломера имеет длину 125 оснований и способна сворачиваться в Т-образную шпильку. AAV содержит ген Rep, который кодирует четыре белка Rep, два из которых, Rep68 и Rep78, действуют как белки-инициаторы репликации и выполняют те же функции, такие как активность никазы и геликазы, что и NS1. Они распознают и связываются с последовательностью (GAGC) 3 в области ствола на конце и отрезают сайт на расстоянии 20 оснований, называемый trs . Тот же процесс разрешения терминала, что и MVM, выполняется для AAV, но на обоих концах. Два других белка Rep, Rep52 и Rep40, не участвуют в репликации ДНК, но участвуют в синтезе потомства. Репликация AAV зависит от вируса-помощника, который представляет собой аденовирус или вирус герпеса, который коинфицирует клетку. При отсутствии коинфекции геном AAV интегрируется в ДНК клетки-хозяина до тех пор, пока не произойдет коинфекция. [ 1 ]
Общее правило состоит в том, что парвовирусы с идентичными концами, т.е. гомотеломерные парвовирусы, такие как AAV и B19, реплицируют оба конца путем разрешения концов, генерируя одинаковое количество переворотов и переворотов каждой теломеры. [ 1 ] [ 4 ] [ 6 ] Парвовирусы, которые имеют разные концы, т.е. гетеротеломерные парвовирусы, такие как MVM, реплицируют один конец за счет разрешения терминала, а другой конец за счет разрешения асимметричного соединения, что сохраняет ориентацию одной последовательности и требует различных структурных механизмов и кофакторов для активации никазы NS1. [ 4 ] [ 10 ] Промежуточные соединения ДНК AAV, содержащие ковалентно связанные смысловые и антисмысловые цепи, образуют геномные конкатемеры в денатурирующих условиях, что указывает на то, что репликация AAV также синтезирует дуплексные конкатемеры, которые требуют некоторой формы разрешения соединений. [ 10 ]
Левый конец MVM
[ редактировать ]В геномах MVM с отрицательным смыслом левая шпилька имеет длину 121 нуклеотид и существует в одной ориентации перевернутой последовательности. Эта теломера имеет Y-образную форму и содержит небольшие внутренние палиндромы, которые складываются в «уши» Y, дуплексную область стебля длиной 43 нуклеотида, прерываемую асимметричным остатком тимидина, и несовпадающую «пузырьковую» последовательность, в которой 5 Последовательность '-GAA-3' на внутреннем плече противоположна последовательности 5'-GA-3' на внешней цепи. [ 1 ] [ 20 ] Последовательности в этой шпильке участвуют как в репликации, так и в регуляции транскрипции. Элементы, участвующие в этих двух функциях, разделяют два плеча шпильки. [ 20 ]
Левый конец теломеры MVM и, вероятно, всех гетеротеломерных парвовирусов не может функционировать как точка начала репликации в своей шпилечной конфигурации. Вместо этого единственное начало нижней цепи создается, когда шпилька разворачивается, удлиняется и копируется с образованием дуплексной последовательности спаренных оснований, которая охватывает соседние геномы в димере RF. Внутри этой структуры последовательность внешнего плеча, окружающего GA/TC, [ 1 ] динуклеотид служит ориджином, OriL TC . Эквивалентная последовательность GAA/TTC на внутреннем плече, содержащая пузырьковый тринуклеотид, называемый OriL GAA , не служит источником происхождения. Вместо этого внутреннее плечо и шпилька на конце, по-видимому, функционируют как вышестоящие контрольные элементы для вирусного транскрипционного промотора P4. Кроме того, способность отделять одну руку от надреза оказывается важной для репликации. [ 20 ]
Минимальное линейное начало левого конца имеет длину около 50 пар оснований и простирается от двух мотивов 5'-ACGT-3', расположенных на расстоянии пяти нуклеотидов друг от друга на одном конце, до положения в семь пар оснований за пределами сайта разрыва. Сама последовательность GA пузырька относительно не важна, но пространство, которое она занимает, необходимо для функционирования источника. [ 1 ] [ 20 ] В источнике есть три последовательности узнавания: сайт связывания NS1, который ориентирует комплекс NS1 по сайту разрыва 5'-CTWWTCA-3', который расположен на 17 нуклеотидов ниже (к 3'-концу), и две ACGT мотивы. Эти мотивы связывают гетеродимерный клеточный фактор, называемый либо фактором инициации парвовируса (PIF), либо белком, связывающим элементы, модулирующие глюкокортикоиды (GMEB). [ 21 ]
PIF представляет собой сайт-специфический ДНК-связывающий гетеродимерный комплекс, который содержит две субъединицы, p96 и p79, и действует как модулятор транскрипции в клетке-хозяине. Он связывается с ДНК через складку KDWK и распознает два полусайта ACGT. Расстояние между этими сайтами может значительно варьироваться для PIF: от одного до девяти нуклеотидов, при этом оптимальное расстояние составляет шесть. PIF стабилизирует связывание NS1 с активной формой левого конца OriL TC , но не с неактивной формой OriL GAA , поскольку два комплекса способны устанавливать контакт через пузырьковый бинуклеотид. Левая шпилька всех остальных видов рода Protoparvovirus . [ примечание 6 ] из которых принадлежит MVM, имеют пузырьковую асимметрию и сайты связывания PIF, хотя и с небольшими изменениями в расстоянии. Это говорит о том, что все они имеют схожий механизм сегрегации по происхождению. [ 21 ]
Разрешение асимметричного перехода
[ редактировать ]Из-за расположения активного источника OriL TC в димерном соединении синтез новых копий левой концевой шпильки в правильной, ieflip, ориентации не является простым, поскольку репликационная вилка, движущаяся от этого места через структуру линейного мостика, должна синтезировать новая ДНК в ориентации флопа. Вместо этого левое соединение димера MVM разрешается асимметрично в процессе, который создает крестообразный промежуточный продукт. Этот маневр достигает двух целей: он позволяет синтезировать новую ДНК в правильной ориентации последовательности и создает структуру, которая может быть решена с помощью NS1. Эта «гетерокручеобразная» модель синтеза предполагает, что разрешение обусловлено активностью геликазы NS1 и зависит от присущей дуплексному палиндрому нестабильности, свойства, которое позволяет ему переключаться между линейной и крестообразной конфигурациями. [ 21 ]
NS1 первоначально вводит одноцепочечный разрыв в OriL TC в B («правом») плече соединения и ковалентно присоединяется к ДНК на 5'-стороне разрыва, обнажая 3'-нуклеотид со спаренными основаниями. Тогда могут произойти два результата, в зависимости от скорости, с которой собирается репликационная вилка. Если сборка быстрая, то, пока соединение находится в своей линейной конфигурации, синтез «сквозного чтения» копирует верхнюю цепь, которая регенерирует дуплексное соединение и вытесняет цепь с положительным смыслом, которая возвращается в репликативный пул. Это способствует амплификации ДНК MVM, но не приводит к синтезу новых концевых последовательностей в правильной ориентации или к разрешению соединений. [ 22 ]
Для создания разрешимой структуры за первоначальным надрезом должно последовать плавление и перестройка димерного соединения в крестообразную форму. Это обусловлено хеликазной активностью 3'-5' 5'-связанного комплекса NS1. Как только эта крестообразная форма распространяется и включает последовательности за пределами сайта разрыва, экспонированный праймер в сайте разрыва в OriL TC подвергается переключению матрицы путем отжига с его комплементом в нижнем плече крестообразной формы. Если после этого момента собирается вилка, то последующий синтез разворачивается и копирует нижнее крестообразное плечо. Это создает гетерокрестообразный промежуточный продукт, который содержит вновь синтезированную теломеру в ориентации перевернутой последовательности, которая прикреплена к нижней цепи плеча B. [ 22 ] Этот модифицированный переход называется MJ2. [ 23 ]
Нижнее плечо MJ2 представляет собой дуплексный палиндром расширенной формы, который по существу идентичен палиндромам, генерируемым во время терминального разрешения. Как только MJ2 синтезируется, предплечье становится восприимчивым к образованию кроличьих ушей. При этом 3'-нуклеотид вновь синтезированной копии нижнего плеча перемещается так, что он соединяется с внутренними последовательностями на B-плече соединения, запуская синтез замещения цепи. Если на этом 3'-нуклеотиде создается репликационная вилка, то нижняя цепь плеча B копируется, создавая промежуточное соединение, называемое MJ1, и постепенно вытесняя верхнюю цепь. Это приводит к высвобождению вновь синтезированной оборотной последовательности B (B-ta). Остаточная крестообразная форма, называемая δJ, частично одноцепочечная в верхней части плеча B и содержит неповрежденную верхнюю цепь соединения, соединенную с нижней цепью плеча A («левого»), с неповрежденной копией плеча B. левая шпилька, заканчивающаяся 5'-комплексом NS1. Поскольку δJ несет геликазу NS1, предполагается, что она периодически меняет конфигурацию. [ 22 ] [ 23 ]
Следующий шаг менее определен, но его можно предположить на основе того, что известно о процессе на данный момент. Ожидается, что геликаза NS1 создаст динамическую структуру, в которой сайт разрыва в δJ на обычно неактивной стороне A временно, но неоднократно подвергается воздействию в одноцепочечной форме во время реаранжировок дуплекс-шпилька, что позволяет NS1 задействовать сайт разрыва. в происхождении OriL GAA без помощи кофактора. Разрез оставит NS1 ковалентно прикрепленным к положительной смысловой цепи «B» δJ и приведет к высвобождению этой цепи. Никинг также оставляет открытым 3'-нуклеотид с парой оснований на цепи «А» δJ для запуска синтеза ДНК. Если здесь образуется репликационная вилка, то цепь А разворачивается и копируется, создавая свою дуплексную расширенную форму. [ 23 ]
Когда геномы MVM реплицируются in vivo , вышеупомянутый разрыв может не произойти, поскольку оба конца димерной репликативной формы содержат эффективное количество шпилечных ориджинов на правом конце. Следовательно, репликационные вилки могут продвигаться назад к димерному соединению от правого конца генома, копируя верхнюю цепь B-плеча перед окончательным разрывом разрешения. Это обходит разрешение димерного мостика и перерабатывает верхнюю цепь в пул реплицирующихся дуплексных димеров. В близкородственном вирусе LuIII одноцепочечный разрыв высвобождает цепь с положительным смыслом, причем ее левый конец находится в флоп-ориентации. В отличие от MVM, LuIII упаковывает цепочки обоих смыслов с одинаковой частотой. В прядях с отрицательным смыслом все заколки на левом конце имеют перевернутую ориентацию, тогда как в прядях с положительным смыслом имеется равное количество перевернутых и перевернутых ориентаций. По сравнению с MVM, LuIII содержит вставку из двух оснований непосредственно 3' от сайта разрыва в правом начале координат, что снижает его эффективность. Из-за этого снижение эффективности сборки репликационной вилки на правом конце генома может способствовать одноцепочечному разрыву, давая ему больше времени для возникновения. [ 23 ]
Синтез потомства
[ редактировать ]Отдельные геномы потомства вырезаются из геномных репликативных конкатемеров, начиная с введения разрывов в источниках репликации, обычно с помощью белка-инициатора репликации. Это приводит к созданию новых репликационных вилок, которые реплицируют теломеры в сочетании терминального разрешения и разрешения соединений и вытесняют отдельные геномы оцДНК из репликативной молекулы. [ 7 ] [ 20 ] В конце этого процесса теломеры загибаются внутрь, образуя шпильки на вырезанных геномах. Концы расширенной формы, созданные во время вырезания, напоминают молекулы расширенной формы до терминального разрешения, поэтому их можно расплавить и снова сложить в кроличьи уши для дополнительных раундов репликации. [ 1 ] Таким образом, внутри инфицированной клетки могут возникнуть многочисленные репликативные конкатемеры. [ 7 ]
Смещение геномов оцДНК потомства происходит либо преимущественно или исключительно во время активной репликации ДНК, либо при сборке клетками вирусных частиц. Таким образом, смещение одиночных нитей может быть связано с упаковкой вирусной ДНК в капсиды. Более ранние исследования показали, что предварительно собранная вирусная частица может изолировать геном в направлении от 5’ к 3’, когда она вытесняется из вилки, но более поздние исследования показывают, что упаковка выполняется в направлении от 3’ к 5’. хеликазой NS1 с использованием вновь синтезированных одиночных нитей. [ 24 ]
Неясно, высвобождаются ли эти одиночные нити в нуклеоплазму так, что упаковочные комплексы физически отделены от комплексов репликации, или же промежуточные соединения репликации служат субстратами как репликации, так и упаковки. В последнем случае вновь вытесненные геномы потомства будут сохраняться в репликационном комплексе посредством взаимодействия между их 5'-связанными молекулами NS1 и NS1 или капсидными белками, которые физически связаны с реплицирующейся ДНК. [ 24 ] Геномы вставляются в капсид через вход, называемый порталом, расположенный на одной из пятикратных осей икосаэдра капсида. [ 4 ] что, возможно, противоположно открытию, из которого геномы изгоняются в начале цикла репликации. [ 5 ]
Выбор цепей для инкапсидации, вероятно, не включает в себя специфические сигналы упаковки, но может быть предсказуем с помощью математической модели кинетического переноса шпилек (KHT), которая объясняет распределение цепей и терминальных конформаций упакованных геномов с точки зрения эффективности, с которой каждый тип терминуса может подвергаться реакциям, которые позволяют его копировать и реформировать. Другими словами, модель KHT постулирует, что относительная эффективность, с которой два конца генома разрешаются и реплицируются, определяет распределение амплифицированных промежуточных продуктов репликации, создаваемых во время инфекции, и, в конечном итоге, эффективность, с которой вырезаются оцДНК характерной полярности и терминальных ориентаций, которые затем быть упакованы с одинаковой эффективностью. [ 4 ] [ 24 ]
Предпочтительное удаление определенных геномов проявляется только во время упаковки. Следовательно, среди парвовирусов, упаковывающих односмысловые цепи, репликация, по-видимому, является двухфазной. На ранних стадиях обе смысловые нити отсекаются. Далее следует переключение в режим репликации, который позволяет осуществлять эксклюзивный синтез одного смысла для упаковки. Модифицированная форма модели KHT, называемая моделью предпочтительного смещения цепи, предполагает, что вышеупомянутое переключение репликации вызвано началом упаковки, поскольку субстратом для упаковки, вероятно, является недавно замещенная молекула ДНК. [ 24 ] Для гетеротеломерных парвовирусов дисбаланс запуска приводит к преимущественному смещению отрицательных смысловых цепей из правого конца. Таким образом, относительная частота смысловых цепей в упакованных вирионах может быть использована для вывода о типе механизма разрешения, используемого во время удаления. [ 5 ]
Вскоре после начала S-фазы трансляция вирусной мРНК приводит к накоплению капсидных белков в ядре. Эти белки образуют олигомеры, которые собираются в неповрежденные пустые капсиды. После инкапсидации полные вирионы могут быть экспортированы из ядра наружу клетки до распада ядра. Нарушение среды клетки-хозяина может также произойти на более позднем этапе инфекции. клеток Это приводит к лизису посредством некроза или апоптоза , в результате чего вирионы высвобождаются наружу клетки. [ 4 ] [ 17 ]
Сравнение с репликацией по катящемуся кругу
[ редактировать ]Многие небольшие репликоны, имеющие кольцевые геномы, такие как кольцевые вирусы оцДНК и кольцевые плазмиды, реплицируются посредством репликации по катящемуся кругу (RCR), которая представляет собой однонаправленную форму репликации ДНК со смещением цепи, аналогичную RHR. При RCR последовательные циклы репликации, которые происходят по петле вокруг генома, инициируются и завершаются сайт-специфическими одноцепочечными разрывами, создаваемыми эндонуклеазой, кодируемой репликоном, по-разному называемой никазой, релаксазой, мобилизационным белком (mob), трансэстераза, или репликационный белок (Rep). Белок-инициатор репликации парвовирусов генетически связан с этими другими эндонуклеазами. [ 17 ]
Белки-инициаторы RCR содержат три мотива, которые считаются важными для репликации. Два из них сохраняются в белках-инициаторах парвовируса: кластер HUHUUU, который, как предполагается, связывается с Mg. 2+
ион, необходимый для разрыва, и мотив YxxxK, который содержит остаток тирозина в активном центре, который атакует фосфодиэфирную связь целевой ДНК. В отличие от белков-инициаторов RCR, которые могут соединять цепи ДНК, белки-инициаторы RHR имеют лишь рудиментарные следы способности выполнять лигирование. [ 17 ]
RCR начинается, когда белок-инициатор разрывает цепь ДНК в определенной последовательности в области начала репликации. Это осуществляется посредством реакции переэтерификации, которая образует 5'-фосфатную связь, которая соединяет ДНК с тирозином активного центра и освобождает 3'-концевой гидроксил (3'-ОН), прилегающий к месту разрыва. 3'-конец затем используется в качестве праймера для ДНК-полимеразы хозяина для начала репликации, в то время как белок-инициатор остается прикрепленным к 5'-концу «исходной» цепи. После одного цикла репликации вокруг кольцевого генома белок-инициатор возвращается к месту разрыва, т.е. к исходному инициаторному комплексу, оставаясь все еще прикрепленным к родительской цепи, и атакует регенерированный участок дуплексного разрыва или в некоторых случаях ближайший второй сайт путем посредством топоизомеразоподобной реакции соединения-разрыва. [ 17 ]
В ходе вышеупомянутой реакции белок-инициатор расщепляет новый участок разрыва и переносится через аналогичную фосфодиэфирную связь. Таким образом, он прикрепляется к новому 5'-концу при лигировании 5'-конца первой цепи, к которой он первоначально был прикреплен, к 3'-концу той же цепи. Этот второй механизм варьируется в зависимости от репликона. Некоторые репликоны, такие как вирус ΦX174, содержат второй активный остаток тирозина в белке-инициаторе. Другие используют аналогичный тирозин активного центра во втором белке-инициаторе, который присутствует как часть мультимерного комплекса никазы. [ 17 ]
Эта вторая реакция разрыва может произойти после одной петли или могут возникнуть последовательные петли, в которых создается конкатемер, содержащий несколько копий генома. Результатом этого разрыва является то, что смещенные геномы отделяются от репликативной молекулы. Эти копии генома лигируются и могут быть либо инкапсидированы в капсиды потомства, при условии, что они мономерны, либо преобразованы в ковалентно-замкнутую двухцепочечную форму с помощью ДНК-полимеразы хозяина для дальнейшей репликации. В то время как RHR обычно включает репликацию обеих смысловых цепей в непрерывном процессе, RCR имеет синтез комплементарной цепи, а синтез геномной цепи происходит отдельно. [ 7 ]
Стратегии, используемые в RHR для взаимодействия с ником, также присутствуют в RCR. Большинство источников RCR имеют форму дуплексной ДНК, которую необходимо расплавить перед надрезом. Инициаторы RCR достигают этого путем связывания со специфическими ДНК-связывающими последовательностями в источнике, расположенном рядом с сайтом инициации. [ 17 ] Последний участок затем плавится в процессе, который потребляет АТФ и чему способствует способность разделенных нитей реконфигурироваться в структуры «стебель-петля». В этих структурах сайт Ника представлен в открытой петле. Подобно белкам-инициаторам RHR, многие белки-инициаторы RCR обладают геликазной активностью, которая позволяет им плавить ДНК перед разрывом и служить хеликазой от 3' до 5' в репликационной вилке. [ 19 ]
Примечания
[ редактировать ]- ^ В 2019 году род Ambidensovirus был разделен на шесть одноименных родов с префиксами Aqu- , Blatt- , Hemi- , Pefu- , Proto- и Scindo- . Эти роды включены в Cotmore, et al. (2019) под названием бывшего рода.
- ^ Этот род включен в Cotmore, et al. (2019) как вид Orthopteran densovirus 1 , который был переименован и признан единственным видом этого рода.
- ^ Этот род включен в Cotmore, et al. (2019) под прежним названием Brevidensovirus .
- ^ Этот род включен в Cotmore, et al. (2019) под прежним названием Hepadensovirus .
- ^ Этот род включен в Cotmore, et al. (2019) под прежним названием Penstyldensovirus .
- ^ Этот род включен в Kerr, et al. под прежним названием парвовирус .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д Котмор С.Ф., Таттерсолл П. (1996). «Репликация ДНК парвовируса» (PDF) . Архив монографий Колд-Спринг-Харбор . 31 : 799–813. doi : 10.1101/0.799-813 (неактивен 31 января 2024 г.) . Проверено 14 января 2021 г.
{{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка ) - ^ Jump up to: а б с д Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 171.
- ^ Jump up to: а б с д и Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 172.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т Котмор С.Ф., Агбандже-МакКенна М., Канути М., Чиорини Дж.А., Эйс-Хубингер А.М., Хьюз Дж., Мицш М., Модха С., Ольястро М., Пензес Дж.Дж., Пинтель DJ, Цю Дж., Содерлунд-Венермо М., Таттерсолл П., Тийссен П. 2010-2011 (март 2019). «Профиль таксономии вируса ICTV: Parvoviridae» . Джей Ген Вирол 100 (3): 367–368. дои : 10.1099/jgv.0.001212 . ПМК 6537627 . ПМИД 30672729 . Получено 14 января.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л Котмор С.Ф., Таттерсолл П. (1 февраля 2013 г.). «Разнообразие парвовирусов и реакция на повреждение ДНК» . Колд Спринг Харб Перспектива Биол . 5 (2): а012989. doi : 10.1101/cshperspect.a012989 . ПМЦ 3552509 . ПМИД 23293137 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 177.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я Мартин Д.П., Бьяджини П., Лефевр П., Голден М., Руманек П., Варсани А. (сентябрь 2011 г.). «Рекомбинация в эукариотических одноцепочечных ДНК-вирусах» . Вирусы . 3 (9): 1699–1738. дои : 10.3390/v3091699 . ПМК 3187698 . ПМИД 21994803 .
- ^ Jump up to: а б Вавжиняк П., Плученничак Г., Бартосик Д. (30 ноября 2017 г.). «Различные аспекты репликации по катящемуся кругу и ее многофункциональных белков-инициаторов» . Передний микробиол . 8 : 2353. дои : 10.3389/fmicb.2017.02353 . ПМЦ 5714925 . ПМИД 29250047 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 173.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 179.
- ^ Ли К., Падула М.П., Пинелло Н., Уильямс С.Х., О'Рурк М.Б., Фумагалли М.Дж., Оркин Дж.Д., Сонг Р., Шабан Б., Бреннер О., Пиманда Дж.Е., Венингер В., Соуза В.М., Мелин А.Д., Вонг Дж.Дж., Крим М.Дж., Монетт С., Родигер Б., Джолли СиДжей. «Мышиные и родственные им чаппарвовирусы являются нефротропными и производят новые вспомогательные белки в инфицированных почках» . ПЛОС Патог . 16 (1): e1008262. дои : 10.1371/journal.ppat.1008262 . ПМК 6999912 . ПМИД 31971979 .
- ^ Пензес Дж.Дж., де Соуза В.М., Агбандже-МакКенна М., Гиффорд Р.Дж. (6 июня 2019 г.). «Древняя линия сильно расходящихся парвовирусов заражает как позвоночных, так и беспозвоночных-хозяев» . Вирусы . 11 (6): 525. дои : 10.3390/v11060525 . ПМК 6631224 . ПМИД 31174309 .
- ^ Канути М., Эйс-Хюбингер А.М., Дейс М., де Врис М., Дрекслер Дж.Ф., Оппонг С.К., Мюллер М.А., Клозе С.М., Веллингхаузен Н., Коттонтейл В.М., Калко Е.К., Дростен С., ван дер Хук Л. (2011). «Два новых парвовируса у плодоядных летучих мышей Нового и Старого Света» . ПЛОС ОДИН . 6 (12): e29140. Бибкод : 2011PLoSO...629140C . дои : 10.1371/journal.pone.0029140 . ПМК 3246463 . ПМИД 22216187 .
- ^ Канути М., Уильямс К.В., Гади С.Р., Джеббинк М.Ф., Оуде Маннинк Б.Б., Джазаэри Фарсани С.М., Каллен Дж.М., ван дер Хук Л. (1 декабря 2014 г.). «Стойкая виремия, вызванная новым парвовирусом, у медленного лори (Nycticebus coucang) с диффузной гистиоцитарной саркомой» . Передний микробиол . 5 : 655. дои : 10.3389/fmicb.2014.00655 . ПМК 4249460 . ПМИД 25520709 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 174.
- ^ Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж.Х. (18 октября 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполнив все основные таксономические ранги для вирусов с оцДНК» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 14 января 2021 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 175.
- ^ Jump up to: а б с д и Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 180.
- ^ Jump up to: а б Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 176.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 181.
- ^ Jump up to: а б с Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 182.
- ^ Jump up to: а б с Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 183.
- ^ Jump up to: а б с д Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 184.
- ^ Jump up to: а б с д Керр, Котмор и Блум 2005 , с. 185.
Библиография
[ редактировать ]- Керр Дж., Котмор С., Блум М.Э. (25 ноября 2005 г.). Парвовирусы . ЦРК Пресс. стр. 171–185. ISBN 9781444114782 .