МирГенДБ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | MirGeneDB — это база данных генов микроРНК, созданных вручную, которые были проверены и аннотированы экспертами. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Арктический университет Норвегии , Лаборатория науки ради жизни , Университетская больница Осло , Дартмутский колледж |
| Авторы | Бастиан Фромм и Кевин Дж. Петерсон |
| Первичное цитирование | Бастиан Фромм, Эйрик Хойе, Диана Доманска, Сянфу Чжун, Эрнесто Апарисио-Пуэрта, Владимир Овчинников, Синан Уму, Питер Дж. Шабо, Вэньцзин Канг, Мортеза Асланзаде, Марсель Тарбье, Эмилио Мармол-Санчес, Джанвито Ургезе, Моравитен Йоханвисен, Э. Ховисен, Майкл Хакенберг, Марк Р. Фридлендер, Кевин Дж. Петерсон, MirGeneDB 2.1: к полной выборке всех основных типов животных, Исследования нуклеиновых кислот, 2021, https://doi.org/10.1093/nar/gkab1101 |
| Дата выпуска | 2015, 2020, 2021 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.mirgenedb.org/ |
| Разнообразный | |
| Версия | 2.1 |
| Политика курирования | руководство |
MirGeneDB — это база данных генов микроРНК, созданных вручную, которые были проверены и аннотированы, как первоначально описано Fromm et al. 2015 год [ 1 ] и Фромм и др. 2020. [ 2 ] МирГенеБД 2.1 [ 3 ] включает более 16 000 записей генов микроРНК, представляющих более 1500 семейств микроРНК из 75 видов многоклеточных животных и опубликованных в выпуске базы данных NAR 2022 года. Все микроРНК можно просматривать, искать и загружать.
- Эутерия (плацентарные млекопитающие)
- Человек (Homo sapiens) (567 генов, 268 семейств)
- Макака-резус (Macaca mulatta) (520 генов, 235 семейств)
- Домовая мышь (Mus musculus) (452 гена, 224 семейства)
- Норвежская крыса (Rattus norvegicus) (420 генов, 189 семейств)
- Морская свинка (Cavia porcellus) (402 гена, 184 семейства)
- Кролик (Oryctolagus cuniculus) (391 ген, 185 семейств)
- Собака (Семейная собака) (455 генов, 211 семейств)
- Корова (Bos taurus) (459 генов, 214 семейств)
- Девятипоясной броненосец (Dasypus novemcinctus) (380 генов, 169 семейств)
- Еж малый тенрек (Echinops telfairi) (350 генов, 166 семейств)
- Метатерия (сумчатые млекопитающие)
- Тасманский дьявол (Sarcophilus harrisii) (465 генов, 161 семейство)
- Серый короткохвостый опоссум (Monodelphis Domestica) (505 генов, 171 семейство)
- Монотрематы
- Утконос (Ornithorhynchus anatinus) (402 гена, 149 семейств)
- Авес (Птицы)
- Курица (Gallus Gallus) (286 генов, 136 семейств)
- Сизый голубь (Columba livia) (257 генов, 121 семейство)
- Зебра-зяблик (Taeniopygia Guttata) (257 генов, 115 семейств)
- Crocodylia (Аллигаторы и крокодилы)
- Американский аллигатор (Alligator Mississippiensis) (283 гена, 113 семейств)
- Черепахи
(Turtles)
- Западная расписная черепаха (Chrysemys picta bellii) (301 ген, 124 семейства)
- Чешуйчатые (ящерицы и змеи)
- Зеленая ящерица анол (Anolis carolinensis) (267 генов, 118 семейств)
- Бирманский питон (Python bivittatus) (248 генов, 96 семейств)
- Японский геккон Шлегеля (Gekko japonicus) (262 гена, 99 семейств)
- Ринхоцефалия (клювы)
- Туатара (Sphenodon punctatus) (225 генов, 102 семейства)
- Анура (лягушки и жабы)
- Африканская шпорцевая лягушка (Xenopus laevis) (505 генов, 118 семейств)
- Тропическая шпорцевая лягушка (Xenopus тропический) (355 генов, 106 семейств)
- Гимнофиона (Апода)
- Микроцецилии (Microcaecilia unicolor) (245 генов, 97 семейств)
- Актиниста (целаканты)
- Целакант (Latimeria chalumnae) (232 гена, 91 семейство)
- Телеостия (костистая рыба)
- Иглобрюх (Tetraodon nigroviridis) (287 генов, 97 семейств)
- Треска (Gadus morhua) (338 генов, 120 семейств)
- Азиатский болотный угорь (Monopterus albus) (343 гена, 108 семейств)
- Рыбка данио (Danio rerio) (414 генов, 113 семейств)
- Холостей (Гарс и Боуфинс)
- Жак пятнистый (Lepisosteus oculatus) (273 гена, 104 семейства)
- Chondrichthyes (хрящевая рыба)
- Облачная кошачья акула (Scyliorhinus torazame) (248 генов, 91 семейство)
- Австралийская акула-призрак (Callorhinchus milii) (271 ген, 110 семейств)
- Круглоротые
- Прибрежная миксина (Eptatretus burgeri) (180 генов, 77 семейств)
- Морская минога (Petromyzon marinus) (216 генов, 83 семейства)
- Урохордата (морские асцидии)
- Морская асцидия (Ciona кишечная) (107 генов, 72 семейства)
- Цефалохордовые (Amphioxus)
- Флоридский ланцетник (Branchiostoma floridae) (130 генов, 73 семейства)
- Ланцетник европейский (Branchiostoma lanceolatum) (202 гена, 77 семейств)
- полухордовые
- Саккоглоссус (Saccoglossus kowalevskie) (78 генов, 50 семейств)
- Птиходера (Ptychodera flava) (87 генов, 53 семейства)
- Иглокожие
- Пурпурный морской еж (Strongylocentrotus purpuratus) (60 генов, 44 семейства)
- Морская звезда-нетопырь (Patiria miniata) (59 генов, 40 семейств)
- Ксенотурбелла
- Ксенотурбелла (Xenoturbella bocki) (46 генов, 31 семейство)
- Шестиногие (Насекомые)
- Плодовая мушка (Drosophila melanogaster) (161 ген, 99 семейств)
- Плодовая мушка (Drosophila simulans) (159 генов, 97 семейств)
- Плодовая мушка (Drosophila yakuba) (148 генов, 88 семейств)
- Плодовая мушка (Drosophila ananassae) (159 генов, 101 семейство)
- Плодовая мушка (Drosophila mojavensis) (162 гена, 102 семейства)
- Комар желтой лихорадки (Aedes aegypti) (118 генов, 70 семейств)
- Бабочка-длиннокрылка (Heliconius melpomene) (130 генов, 79 семейств)
- Красный мучной жук (Tribolium castaneum) (191 ген, 88 семейств)
- Таракан (Blattella germanica) (144 гена, 86 семейств)
- Ракообразные
- Обыкновенная водяная блоха (Daphnia pulex) (83 гена, 59 семейств)
- Большая обыкновенная водяная блоха (Daphnia magna) (80 генов, 56 семейств)
- Хелицерата
- Олений клещ (Ixodes scapularis) (64 гена, 52 семейства)
- Аризонский коровой скорпион (Centruroidesculpturatus) (101 ген, 44 семейства)
- Атлантический мечехвост (Limulus polyphemus) (293 гена, 55 семейств)
- Нематоды
- Круглый червь (Caenorhabditis elegans) (145 генов, 90 семейств)
- Круглый червь (Caenorhabditis briggsae) (186 генов, 89 семейств)
- Большой круглый червь (Ascaris suum) (96 генов, 53 семейства)
- Аннелиды
- Многощетинковый червь (Capitella teleta) (102 гена, 69 семейств)
- Обыкновенный клеймен (Eisenia fetida) (193 гена, 66 семейств)
- Моллюска
- Совиное блюдо (Lottia gigantea) (82 гена, 54 семейства)
- Тихоокеанская устрица (Crassostrea gigas) (137 генов, 60 семейств)
- Наутилус камерный (Nautilus pompilius) (78 генов, 60 семейств)
- Гавайский бобтейл-кальмар (Euprymna scolopes) (147 генов, 113 семейств)
- Калифорнийский двуточечный осьминог (Octopus bimaculoides) (173 гена, 136 семейств)
- Осьминог обыкновенный (Octopus vulgaris) (177 генов, 135 семейств)
- Брахиоподы
- Лингула (Lingula anatina) (106 генов, 51 семейство)
- Платихельминты
- Пресноводная планария (Schmidtea mediterranea) (107 генов, 45 семейств)
- коловратка
- Коловушка (Brachionus plicatilis) (47 генов, 35 семейств)
- Книдарийцы
- Звездочка актинии (Nematostella vectensis) (30 генов, 24 семейства)
- Пресноводный полип (Hydra vulgaris) (26 генов, 23 семейства)
- Порифера
- Амфимедон (Amphimedon queenslandica) (8 генов, 7 семейств)
- Пресноводная губка Мюллера (Ephydatia muelleri) (7 генов, 5 семейств)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Фромм, Бастиан; Биллипп, Тайлер; Пек, Лиам Э.; Йохансен, Мортен; Тарвер, Джеймс Э.; Кинг, Бенджамин Л.; Ньюкомб, Джеймс М.; Семпере, Лоренцо Ф.; Флэтмарк, Кьерсти; Ховиг, Эйвинд; Петерсон, Кевин Дж. (23 ноября 2015 г.). «Единая система аннотации генов микроРНК позвоночных и эволюция микроРНК человека» . Ежегодный обзор генетики . 49 (1): 213–242. doi : 10.1146/annurev-genet-120213-092023 . ISSN 0066-4197 . ПМЦ 4743252 . ПМИД 26473382 .
- ^ Фромм, Бастиан; Доманска, Диана; Хайе, Эйрик; Овчинников Владимир; Кан, Вэньцзин; Апарисио-Пуэрта, Эрнесто; Йохансен, Мортен; Флэтмарк, Кьерсти; Матье, Энтони; Ховиг, Эйвинд; Хакенберг, Майкл (08 января 2020 г.). «MirGeneDB 2.0: комплемент микроРНК многоклеточных животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д132–Д141. дои : 10.1093/nar/gkz885 . ISSN 0305-1048 . ПМК 6943042 . ПМИД 31598695 .
- ^ Фромм, Бастиан; Хойе, Эйрик; Доманска, Диана; Чжун, Сянфу; Дверь-привидение, Эрнест; Овчинников Владимир; Уму, Синан У; Шабо, Питер Дж; Кан, Вэньцзин; Асланзаде, Мортис; Тарбье, Марсель (25 ноября 2021 г.). «MirGeneDB 2.1: к полной выборке всех основных типов животных » Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д204–Д210. дои : 10.1093/nar/gkab1101 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 8728216 . ПМИД 34850127 .