Дэвид Пенни
Дэвид Пенни | |
---|---|
Рожденный | Таумарунуи , Новая Зеландия | 28 сентября 1938 г.
Умер | 20 мая 2024 г. Пальмерстон-Норт , Новая Зеландия | (85 лет)
Альма-матер | |
Награды |
|
Научная карьера | |
Поля | Теоретическая биология |
Учреждения | |
Докторанты | Барбара Р. Холланд [1] Майк Стил [2] |
Эдвард Дэвид Пенни CNZM FRSNZ (28 сентября 1938 — 20 мая 2024) — новозеландский биолог- теоретик и эволюционист . Он исследовал природу эволюционных преобразований и опубликовал множество публикаций в области филогенетического древа , генетики и эволюционной биологии . Вклад Пенни в науку был отмечен несколькими наградами и наградами, а также принят в Национальную академию наук .
Образование и карьера
[ редактировать ]Пенни родилась в Таумарунуи и получила образование в средней школе для мальчиков Нью-Плимута , а затем получила степень бакалавра по ботанике и химии в Кентерберийском университете . Он защитил докторскую диссертацию по ботанике в Йельском университете в 1965 году, а затем работал научным сотрудником в Университете Макмастера . [3] Он вернулся в Новую Зеландию в 1966 году и присоединился к сотрудникам Университета Мэсси на факультете биологии растений, Школе биологических наук, Институте молекулярных биологических наук и Институте фундаментальных наук, а в 2005 году Пенни был назван заслуженным профессором. [3] С 2002 по 2010 год Пенни был соруководителем Центра Аллана Уилсона , одного из первых новозеландских центров передового опыта исследований , расположенного в Университете Мэсси. До своего закрытия в 2015 году центр занимался исследованием эволюции и экологии растений и животных Новой Зеландии и Тихого океана. После выхода на пенсию в 2017 году Пенни получил звание почетного профессора Университета Мэсси. [3]
Избранные исследования
[ редактировать ]Исследования Пенни были сосредоточены на теоретической биологии, молекулярной эволюции , эволюции человека и истории науки. [3]
Ранние работы
[ редактировать ]В 1970-х годах Пенни изучал, как генетическую информацию обо всех формах жизни можно использовать для исследования таких вопросов, как происхождение жизни, возникновение эволюции и отношения между видами и сообществами. Он помог разработать «математические методы и компьютерные программы для анализа последовательностей ДНК и построения эволюционных деревьев… [развивая]… новые идеи, подтверждающие идею о том, что люди эволюционировали в Африке, а затем мигрировали из Африки и что первые формы жизни были на основе более простой молекулы РНК, а не ДНК». [4] [5] В 1998 году он стал соавтором статьи, в которой представил убедительные основанные на ДНК доказательства того, что маори в Новую Зеландию включала от 50 до 100 женщин . миграция путешествия, воссоздающие ранние трансокеанские путешествия». [6]
Филогенетические деревья
[ редактировать ]Было сказано, что статья « Построение филогенетических деревьев» (1967 г.) [7] именно это впервые заинтересовало Пенни прослеживанием процесса эволюции. [8] Один из авторов этой статьи, Уолтер Фитч, в 1988 году отметил, что вдохновением для их исследования 1967 года была разработка компьютерной программы, которая могла бы взломать генетический код и создать «молекулярную палеонтологическую запись в белках и нуклеиновых кислотах». [9] Ранние исследования Пенни бросили вызов теориям эволюции того времени. Стремясь прояснить надежную основу классификации, в 1982 году он вступил в полемику о том, следует ли выражать отношения между организмами в «эволюционных терминах или в кластерах, основанных на общем сходстве», и пришел к выводу, что сохранение исходных данных поддерживает правильную классификацию. [10]
Пенни участвовал в исследовательских группах, изучавших методы построения деревьев. В 1985 году он участвовал в работе по оценке их надежности, и в исследовательской работе был сделан вывод, что необходим баланс между традиционным подходом « взвешивания символов » и компьютерным подходом, использующим растущее понимание числовой таксономии . [11] Другая статья 1992 года, отмечая временами надежность традиционных методов, также представила новый подход. Это было известно как LogDet и, по словам авторов статьи, «[позволяло] методам выбора дерева последовательно восстанавливать правильное дерево, когда последовательности развиваются в соответствии с простыми асимметричными моделями... производят последовательности различного нуклеотидного состава... и более реалистичнее, чем большинство стандартных моделей». [12] В 1993 году он стал соавтором исследовательской работы, в которой утверждалось, что методы построения эволюционных деревьев достигли прогресса. В реферате авторы объяснили сигналы макромолекул из общей истории и уточнили цель исследования: обсудить методы, которые были «эффективными (быстрыми), последовательными, мощными, надежными и фальсифицируемыми» для построения эволюционных деревьев из эти паттерны или сигналы. В документе сделан вывод, что большинство методов вывода деревьев нуждаются в исправлениях, но «признание того, что методы могут быть одновременно эффективными и последовательными [было] также полезно». [13]
Эволюция эукариотов
[ редактировать ]Статья, написанная в соавторстве с Пенни в 2006 году, [14] бросила вызов преобладавшему в то время мнению, что эукариоты возникли в результате геномов слияния архей и бактерий, предполагая, что они «с большей вероятностью были уменьшены за счет потери последовательностей и клеточного упрощения после возможного появления хищных эукариот». [15] : стр. 12 Это исследование было важным, поскольку оно предположило, что современные эукариотные и прокариотные клетки долгое время следовали разными эволюционными траекториями, подтверждая, «что эволюция не происходит монотонно от более простого к более сложному». [14] Пенни рассказал NBC News, что результаты могут кого-то удивить, но подчеркнул, что существует мало свидетельств того, что теория слияния объясняет «особые генетические и клеточные особенности эукариот». Он предположил, что это пример эволюции, идущей «назад, в сторону и иногда вперед». [16] Группа международных ученых оспорила выводы статьи 2006 года. Они утверждали, что авторы «выдвинули предвзятые мнения», которые представляли « раннюю интронную (и эукариотную ) точку зрения на раннюю эволюцию, которая была распространена в 1980 году и которая была показана традиционными научными критериями как несостоятельная более десяти лет назад». [17] : стр.542-543 В том же журнале Пенни и др. ответил, что новая информация клеточной и молекулярной геномики предоставила ранее недоступную информацию о происхождении эукариот. Они согласились, что «все еще преждевременно делать выбор между первыми, ранними или поздними интронами... тем не менее, наш основной вывод заключается в том, что имеется хороший прогресс в понимании сложности предковой эукариотической клетки». [17] : стр.543
Пенни также был частью исследовательской группы, которая изучала теории происхождения эукариот и отметила, что некоторые из них игнорируют историю жизни и экологические принципы, и было необходимо оспорить предсказания о том, что в ранней жизни был длительный период без хищников . Авторы пришли к выводу, что их результаты «согласуются с ожиданием того, что способность получать энергию за счет поглощения других одноклеточных клеток развилась на ранних этапах эволюции… таким образом, исходя из первых принципов, маловероятно, что когда-либо существовал длительный период (1–3 миллиарда лет), когда не было хищников, которые жили, поглощая более мелкие клетки». Это имело значение при рассмотрении наиболее вероятного времени появления эукариот и поставило под сомнение точку зрения о том, что эти клетки возникли где-то между 9,85–2,75 миллиарда лет назад. Исходя из того, что фагоцитирующие хищники были почти исключительно эукариотами, в статье утверждалось, что они существовали на более ранних стадиях эволюции. [18]
Эволюция птиц
[ редактировать ]После работы в качестве члена группы, исследующей эволюцию птиц в 2008 году, Пенни стал соавтором статьи, которая подтвердила наличие проблем в этой области для биологов-эволюционистов. Авторы заявили, что отчасти это произошло из-за того, что учёных ввели в заблуждение «конвергенция морфологии… [и]… проблем и филогении, основанных на коротких последовательностях ДНК». В документе также предпринята попытка решить проблемы, связанные с «отношениями между кладами и временем эволюции птиц», и на основе филогенетических данных сделан вывод, что «семь видов Метав не имеют общей эволюционной истории внутри Неоавов ». [19] Разрешение споров вокруг понимания эволюционных взаимоотношений между современными птицами из-за этой политомии у основания неонавов находится в центре внимания более поздних исследований, в которых участвовал Пенни. Новые разработки, предложенные в этой статье, включают снижение уровня шума и более точное использование формул для поиска предопределенных группировок в оптимальном дереве. Примечательно, что исследование сообщило о существовании девяти новых митохондриальных геномов , [которые] «поддерживают значительную диверсификацию по крайней мере 12 линий неоптиц в позднем меловом периоде ». [20] Пенни также участвовала в исследовании 2010 года, которое показало, что некоторые бескилевые гнездились и, следовательно, ранее летали. [21] Один из примеров: вымерший моа , тесно связанный с породой птиц тинаму из Южной Америки, по словам Пенни, возможно, прилетел или «был занесен ветром в Новую Зеландию через Антарктиду, прежде чем он замерз». [22]
Происхождение наземных растений
[ редактировать ]В статье, соавтором которой выступил Пенни в 1995 году, отмечалось, что необходимо больше геномных данных, чтобы «установить и прояснить эволюционные связи... чтобы точно оценить филогенетические деревья... [для]... происхождения наземных растений как предпосылки для понимание перехода от водной среды обитания растений к наземной». [23] : стр.137 В документе оспаривается мнение о том, что изменчивость генных деревьев из разных ядерных генов может привести к выводу о «супергенном» дереве, и предлагается учитывать высокий уровень изменчивости (герогенности) генных деревьев в исследованиях происхождения наземных растений. . Вывод заключался в том, что исследования показали, что «метод объединения различных подмножеств данных последовательно свидетельствует о том, что предки Zygnematales являются ближайшими родственниками наземных растений». [23] : стр.139 Пенни была частью команды, которая в 2013 году продолжила исследование связи между зелеными водорослями и эволюцией наземных растений. В статье об исследовании, соавтором которой является Пенни, сделан вывод, что после анализа набора данных о геноме хлоропластов « только Zygnematales или клада, состоящая из Coleochaetales плюс Zygnematales, [являются] ближайшими ныне живущими родственниками наземных растений». [24]
Вирусы
[ редактировать ]В 1989 году группа с участием Пенни использовала науку об эволюционных деревьях для анализа последовательностей цепи H1 человеческих вирусов и пришла к выводу, что их результаты «согласуются с биологической (эволюционной) моделью». [25] К 2006 году исследователи, в том числе Пенни, описали молекулярную эпидемиологию респираторно-синцитиального вируса (РСВ), предоставив ключевую информацию, которая поможет разработать вакцину против РСВ и разработать новые стратегии лечения. [26] Частота заражения вирусом гепатита С на островах западной части Тихого океана была проверена в 2013 году, и в статье, соавтором которой является Пенни, выдвинута гипотеза о том, что «генотипы 1 и/или 4 [циркулировали] среди жителей островов южной части Тихого океана и что эти люди [были] генетически предрасположены к спонтанному разрешению инфекции ВГС, чем к тому, чтобы стать хроническими носителями». Однако исследователи предположили, что «распространенность и преобладание ВГС [сделали] его глобальной проблемой здравоохранения, и точные эпидемиологические данные должны лежать в основе любых усилий по предотвращению передачи вируса и контролю над ним». [27]
Взгляды на теорию эволюции
[ редактировать ]Пенни сказала Ким Хилл на RNZ в 2008 году, что любая модель, которую не удалось протестировать, не имела «большой пользы». [28] и в статье, соавтором которой он был в 1982 году, рассматривались утверждения Карла Поппера о том, что «дарвинизм [не был] проверяемой научной теорией». В исследовании была предпринята попытка проверить теорию эволюции путем сравнения филогенетических деревьев, заняв научную позицию и предложив программу, которая теоретически могла бы опровергнуть даже существование эволюционных деревьев. Он пришел к выводу, что, поскольку это была «фальсифицируемая гипотеза», она действительно соответствовала критериям научных теорий и могла поддерживать теорию эволюции, не учитывая при этом механику эволюции. [29] В 1986 году Пенни и Майкл Хенди написали главу в книге «Очарование статистики» . Они пересмотрели утверждение Карла Поппера о том, что теорию эволюции нельзя проверить как научную теорию из-за трудностей с предсказаниями событий прошлого, и пришли к выводу, что «статистика может использоваться для проверки уникальных событий, произошедших в прошлом». ". [30] Эти дебаты должны были стать постоянной темой в работе Пенни. В 1991 году он участвовал в исследовании, целью которого было однозначно определить, может ли эволюционная теория соответствовать критериям Поппера для демаркации науки. Путем сравнения деревьев из одних и тех же таксонов, но из «разных наборов данных» работа обнаружила, что авторы пришли к выводу, что теория о том, что одной последовательности достаточно, чтобы восстановить всю историю жизни, остается «мифом об универсальном дереве». . [31] В 2003 году он стал соавтором статьи, в которой признал, что доказательство теории эволюции представляет трудности, но отметил, что «проблемы, связанные с проверяемостью эволюционной теории, могут быть решены с помощью более качественной науки… [редко]… одного окончательного теста. ...[скорее всего, с]..конкретными тестами, которые приведут к проверяемым прогнозам». [32]
Пенни сказал, что то, что стало известно как древо жизни , имеет библейское происхождение, а не фразу, впервые использованную Дарвином, хотя он и назвал это «полезным сравнением». Пенни утверждал, что вместо использования концепции древа жизни Дарвин называл свою теорию «происхождением с модификациями», которая, возможно, включала в себя идею эволюционного древа, но технически больше касалась циклов, возникающих в результате « гибридизации , эндосимбиотического переноса генов , латерального перенос генов , рекомбинация, сортировка линий , сложности генеалогических отношений... [подчеркивая, например]... преемственность между популяциями, подвидами и родственными видами». [33]
Ассоциации
[ редактировать ]Пенни был президентом Ассоциации ученых Новой Зеландии с 1989 по 1991 год. [34]
Смерть
[ редактировать ]Пенни умерла в Палмерстон-Норт 20 мая 2024 года в возрасте 85 лет. [35] [36]
Почести и награды
[ редактировать ]В 1990 году Пенни была избрана членом Королевского общества Новой Зеландии . [37] В 2000 году он был награжден медалью Марсдена за выдающиеся заслуги перед наукой в Новой Зеландии и на международном уровне, где он пользовался широким признанием и сетью сотрудников, а также был отмечен за «стипендию младшего специалиста в Мертон-колледже, Оксфорд, и Дарвин-колледж в Кембридже, а также в качестве бывшего президента Общество молекулярной биологии и эволюции». [4]
В 2004 году Пенни получил медаль Резерфорда за вклад в теоретическую биологию, молекулярную эволюцию и анализ ДНК. [38]
Пенни был назначен кавалером Новозеландского ордена за заслуги перед Новым годом 2006 года за заслуги перед наукой. [39] В годовом отчете Института молекулярных биологических наук за 2007 год отмечалось, что эта награда присуждается «тех людям, которые в любой области деятельности оказали достойные услуги Короне и нации или которые отличились своим выдающимся положением, талантами, вкладом или другими заслугами». . [15] : стр.6
В 2018 году Пенни стала третьим новозеландцем, получившим звание иностранного сотрудника Национальной академии наук . [3]
Вклад Пенни в науку получил широкое признание современников. Питер Локхарт из Университета Мэсси сказал, что Пенни внес «пожизненный и продолжительный вклад в изучение молекулярной эволюции … [и]… его работа характеризуется большим любопытством, интуицией и способностью пересекать дисциплины. В частности, он неоднократно демонстрировал сверхъестественную способность находить инновационные решения проблем и видеть доказательства, которые в конечном итоге откроют математики». [3] Майк Стил из Кентерберийского университета в 2009 году написал в своей благодарственной статье в журнале New Zealand Science Review, что «формула Пенни [осталась] самым замечательным выражением в закрытой форме для любого класса филогенетических деревьев в эволюционной биологии». [3]
Дальнейшие публикации
[ редактировать ]- Эволюция сейчас (2017). [40] Эта книга Пенни была описана как «представляющая исторический взгляд на эволюцию… [призывающая]… к «истинному уважению» к научным знаниям». [41] Другой рецензент начал с того, что отметил Пенни как «старейшину новозеландской науки, всемирно признанного, высоко награждаемого и широко цитируемого теоретика и молекулярного биолога, который всю жизнь увлекался эволюцией». В обзоре сделан вывод, что книга представляет собой «познавательную и развлекательную экскурсию по мышлению одного из величайших новозеландских ученых-эволюционистов… [и]… излагает ключевые шаги на пути к нашему современному пониманию эволюции, рассматривает некоторые большие картины, которые появляются в этой области, и выявляют основные вопросы, которые остаются». [42]
- Сотрудничество и эгоизм возникают в ходе молекулярной эволюции (2014). [43] Эта статья Пенни бросила вызов понятию «эгоистичного гена» в эволюционной теории и доказала, что «на макромолекулярном уровне генов и белков кооперативный аспект эволюции [был] более очевиден… [потому что]… тысячи белков должны функционировать вместе интегрированным образом, чтобы использовать и производить множество молекул, необходимых для функционирования клетки». [43] : стр.1 В своей рецензии на статью Билл Мартин из Дюссельдорфского университета (Германия) сказал, что, хотя выводы Пенни «не новы… эссе [было] достойным вкладом в историю». [43] : стр.6 Другой рецензент, Энтони Пул из Кентерберийского университета, сказал, что рукопись является своевременным обновлением и переосмыслением идеи. Он предложил, что дополнительные вопросы для обсуждения включают изучение проделанной работы, которая показала, что «сотрудничество может происходить на более высоком уровне, даже если [была] конкуренция между людьми на более низком уровне» и как разделение может избежать попадания в приписывающую агентность. Пенни ответил и согласился с расширением обсуждения, а также отметил, что некоторые примеры, приведенные Пулом, показывающие взаимодействие между организмами, были полезны. [43] : стр. 7-8
- Наша относительная генетика (2004). [44] Пенни написала эту журнальную статью как обсуждение исследования, проведенного другими, о том, может ли геномная последовательность шимпанзе предоставить информацию о том, как генетическая конституция людей могла возникнуть в результате микроэволюции с упором на реальные гены, а не на регуляцию генов. . Он пришел к выводу, что если бы между нами, нашими предками и человекообразными обезьянами существовал «генетический континуум… [тогда]… эти процессы [были] генетически достаточными, чтобы полностью объяснить уникальность человека – и это был бы мой кандидат на роль главная научная проблема, решенная в первом десятилетии нового тысячелетия». [44]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Голландия, Барбара Рут (2001). Эволюционный анализ больших наборов данных: деревья и не только: диссертация, представленная в частичном выполнении требований для получения степени доктора философии по математике в Университете Мэсси (докторская диссертация). Университет Мэсси.
- ^ Сталь, Майкл Энтони (1989). Распределения на двухцветных эволюционных деревьях: диссертация, представленная в частичном выполнении требований для получения степени доктора философии по математике в Университете Мэсси (докторская диссертация). Университет Мэсси.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д и ж г «Почетный профессор присоединяется к известной академии США» . Университет Мэсси. Архивировано из оригинала 4 мая 2018 года . Проверено 30 января 2019 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Медаль Марсдена» . Новозеландская ассоциация ученых NZAS . Архивировано из оригинала 24 декабря 2018 года . Проверено 20 мая 2022 г.
- ^ Пенни, Дэвид; и др. (1995). «Улучшенный анализ последовательностей мтДНК человека подтверждает недавнее африканское происхождение Homo sapiens» (PDF) . Молекулярная биология и эволюция . 12 (5). Издательство Оксфордского университета (OUP): 863–882. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040263 . ISSN 1537-1719 . ПМИД 7476132 . Архивировано (PDF) из оригинала 14 мая 2022 года.
- ^ Мюррей-Макинтош, Розалинд П.; и др. (21 июля 1998 г.). «Тестирование моделей миграции и оценка размера основной популяции в Полинезии с использованием последовательностей мтДНК человека» . ПНАС . 95 (15): 9047–9052. Бибкод : 1998PNAS...95.9047M . дои : 10.1073/pnas.95.15.9047 . ПМК 21200 . ПМИД 9671802 .
- ^ Фитч, Уолтер М.; Марголиаш, Эмануэль (20 января 1967 г.). «Построение филогенетических деревьев» . Наука . 155 (2760). Американская ассоциация содействия развитию науки: 279–284. Бибкод : 1967Sci...155..279F . дои : 10.1126/science.155.3760.279 . JSTOR 1720651 . ПМИД 5334057 . Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года.
- ^ «Э. Дэвид Пенни» . Национальная академия наук . Справочник участников. Архивировано из оригинала 24 марта 2019 года . Проверено 18 мая 2022 г.
- ^ Fitch, Уолтер М. (4 июля 1988 г.). «Классика цитирования на этой неделе: Фитч и Марголиаш Построение филогенетических деревьев » (PDF) . Текущее содержание (27). Архивировано (PDF) из оригинала 24 апреля 2005 г.
- ^ Пенни, Дэвид (21 мая 1982 г.). «К основе классификации: неполнота мер расстояния, анализ несовместимости и фенетическая классификация» . Журнал теоретической биологии . 96 (2): 129–142. Бибкод : 1982JThBi..96..129P . дои : 10.1016/0022-5193(82)90216-8 . ПМИД 7121024 . Архивировано из оригинала 24 января 2022 года . Проверено 19 мая 2022 г.
- ^ Пенни, Дэвид; Хенди, доктор медицины (июнь 1985 г.). «Тестирование методов построения эволюционного дерева» . Кладистика . 1 (3): 266–278. дои : 10.1111/j.1096-0031.1985.tb00427.x . ПМИД 34965674 . S2CID 84162845 . Архивировано из оригинала 19 мая 2022 года.
- ^ Локхарт, Питер Дж.; Стил, Майкл А.; Хенди, Майкл Д.; Пенни (1994). «Восстановление эволюционных деревьев в рамках более реалистичной модели эволюции последовательностей» . Молекулярная биология и эволюция . 11 (4): 605–612. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136 . ПМИД 19391266 . Архивировано из оригинала 19 мая 2022 года.
- ^ Пенни, Дэвид; и др. (1993). «Некоторые недавние успехи в методах построения эволюционных деревьев, Новозеландский журнал ботаники» . Новозеландский журнал ботаники . 31 (3): 275–288. дои : 10.1080/0028825X.1993.10419505 . Архивировано из оригинала 1 июля 2022 года.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Курляндия, КГ; Коллинз, LJ; Пенни, Д. (июнь 2006 г.). «Геномика и нередуцируемая природа клеток эукариот» . Наука . 312 (5776): 1011–1014. Бибкод : 2006Sci...312.1011K . дои : 10.1126/science.1121674 . ПМИД 16709776 . S2CID 30768101 . Архивировано из оригинала 20 мая 2022 года.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Годовой отчет Института молекулярных биологических наук (PDF) (Отчет). 2007. Архивировано (PDF) из оригинала 23 февраля 2013 года . Проверено 20 мая 2022 г.
- ^ Хэм, Бекки (19 мая 2006 г.). «Может ли эволюция сделать вещи менее сложными?» . Новости Эн-Би-Си . Архивировано из оригинала 18 мая 2021 года . Проверено 21 мая 2022 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Мартин, В.; Даган, Т.; Кунин Е.В.; Дипиппо, JL; Гогартен, JP; Лейк, JA (27 апреля 2007 г.). Кавана, Этта (ред.). «Письма: Эволюция эукариотов – Ответ» . Наука . 316 (5824): 542–543. дои : 10.1126/science.316.5824.542c . ПМИД 17463271 . S2CID 42994518 . Архивировано из оригинала 22 мая 2022 года.
- ^ де Нуайер, Сильвестр; Холланд, Барбара Р.; Пенни, Дэвид (июнь 2009 г.). «Появление хищников в молодости: Эдемского сада не было» . ПЛОС ОДИН . 4 (6): е5507. Бибкод : 2009PLoSO...4.5507D . дои : 10.1371/journal.pone.0005507 . ПМК 2685975 . ПМИД 19492046 .
- ^ Морган-Ричардс, Мэри; и др. (23 января 2008 г.). «Эволюция птиц: тестирование клады Метавес с шестью новыми митохондриальными геномами» . Эволюционная биология BMC . 8 (20): 20. Бибкод : 2008BMCEE...8...20M . дои : 10.1186/1471-2148-8-20 . ПМК 2259304 . ПМИД 18215323 .
- ^ Пратт, Рене К.; и др. (2009). «На пути к решению проблемы глубокой филогении Neoaves: данные, усиление сигнала и предпосылки» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 313–326. дои : 10.1093/molbev/msn248 . hdl : 1885/57145 . ПМИД 18981298 . Архивировано из оригинала 24 ноября 2022 года.
- ^ Филлипс, Мэтью Дж.; Гибб, Джиллиан С.; Кримп, Элизабет А.; Пенни, Дэвид (январь 2010 г.). «Тинамус и моа собираются вместе: анализ последовательности митохондриального генома показывает независимую потерю способности летать среди ратитов» . Систематическая биология . 59 (1): 90–107. дои : 10.1093/sysbio/syp079 . ПМИД 20525622 . Архивировано из оригинала 22 мая 2022 года.
- ^ Университет Мэсси (2 февраля 2010 г.). «ДНК предполагает, что Моа когда-то летал» . Физическая орг . Архивировано из оригинала 28 июля 2015 года . Проверено 23 мая 2022 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Чжун, Боцзянь; Линьхуа, Солнце; Пенни, Дэвид (июль 2015 г.). «Происхождение наземных растений: филогеномическая перспектива» . Эволюционная биоинформатика онлайн . 11 (11): 137–41. дои : 10.4137/EBO.S29089 . ПМЦ 4498653 . ПМИД 26244002 . Архивировано из оригинала 22 мая 2022 года.
- ^ Чжун, Боцзянь; и др. (17 октября 2013 г.). «Водоросли-стрептофиты и вопрос происхождения наземных растений с использованием гетерогенных моделей с тремя новыми геномами хлоропластов водорослей» . Молекулярная биология и эволюция . 31 (1): 177–183. дои : 10.1093/molbev/mst200 . ПМИД 24136916 . Архивировано из оригинала 19 мая 2022 года.
- ^ Хендерсон, ИМ; Хенди, Майкл Д.; Денни, Дэвид (9 октября 1989 г.). «Вирусы гриппа, кометы и наука об эволюционных деревьях» . Журнал теоретической ботаники . 3 (9): 289–303. Бибкод : 1989JThBi.140..289H . дои : 10.1016/S0022-5193(89)80087-6 . ПМИД 2615399 . Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года.
- ^ Мэтисон, Джеймс В.; и др. (2006). «Отличительные закономерности эволюции между подгруппами A и B респираторно-синцитиального вируса из новозеландских изолятов, собранных за тридцать семь лет» . Журнал медицинской вирусологии . 78 (10): 1354–1364. дои : 10.1002/jmv.20702 . ПМИД 16927286 . S2CID 7701907 . Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года.
- ^ Харрисон, Г. Л. Эбби; и др. (20 августа 2013 г.). Худяков, Юрий Евгеньевич (ред.). «Частота заражения вирусом гепатита С и гаплотипами IL28B в Папуа-Новой Гвинее, Фиджи и Кирибати» . ПЛОС ОДИН . 8 (8). Публичная научная библиотека (PLoS): e66749. Бибкод : 2013PLoSO...866749H . дои : 10.1371/journal.pone.0066749 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3748064 . ПМИД 23976941 . Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года.
- ^ «Дэвид Пенни: биология и генетика» . Радио Новой Зеландии. 17 марта 2011 г. Архивировано из оригинала 7 февраля 2018 г. Проверено 30 января 2019 г.
- ^ Пенни, Дэвид; Фулдс, ЛР; Хенди, доктор медицины (20 мая 1982 г.). «Проверка теории эволюции путем сравнения филогенетических деревьев, построенных из пяти различных белковых последовательностей» . Природа . 297 (5863): 197–200. Бибкод : 1982Natur.297..197P . дои : 10.1038/297197a0 . ПМИД 7078635 . S2CID 4270111 . [ мертвая ссылка ] Все URL
- ^ Хенди, Майкл Д.; Пенни, Дэвид (1986). «Как теория эволюции могла быть опровергнута, но это не так». Увлечение статистикой . дои : 10.1201/9781003065388 . ISBN 9781003065388 . S2CID 243399147 . Архивировано из оригинала 5 июня 2022 года.
- ^ Пенни, Дэвид; Хенди, Майкл Д.; Сталь, Майкл А. (1991). «Проверка теории происхождения» (PDF) . Филогенетический анализ последовательностей ДНК : 154–183. Архивировано (PDF) из оригинала 17 января 2015 года . Проверено 23 мая 2022 г.
- ^ Пенни, Дэвид; Хенди, Майкл Д.; Пул, Энтони М. (2003). «Проверка фундаментальных эволюционных гипотез» . Журнал теоретической биологии . 223 (3): 377–385. Бибкод : 2003JThBi.223..377P . дои : 10.1016/S0022-5193(03)00099-7 . ПМИД 12850457 . Архивировано из оригинала 30 сентября 2023 года . Проверено 1 октября 2023 г.
- ^ Пенни, Дэвид (июль 2011 г.). «Теория происхождения Дарвина с модификациями в сравнении с библейским древом жизни» . ПЛОС Биология . 9 (7): e1001096. дои : 10.1371/journal.pbio.1001096 . ПМК 3130011 . ПМИД 21750664 . Архивировано из оригинала 25 июня 2022 года.
- ^ «Бывшие президенты» (PDF) . Новозеландская ассоциация ученых. 17 марта 2011 г. Архивировано (PDF) из оригинала 25 января 2022 г. . Проверено 15 ноября 2021 г.
- ^ «Некролог Дэвида Пенни» . Новозеландский Вестник . 25 мая 2024 г. Проверено 24 мая 2024 г.
- ^ «Умер всемирно признанный учёный из Университета Мэсси» . Стандарт Манавату . 29 мая 2024 г. Проверено 30 мая 2024 г.
- ^ «Королевское общество Те Апаранги, наши коллеги по связям с общественностью» . Королевское общество Те Апаранги. Архивировано из оригинала 2 января 2022 года . Проверено 30 января 2019 г.
- ^ «Кавалеры медали Резерфорда» . Королевское общество Те Апаранги . Архивировано из оригинала 30 апреля 2017 года . Проверено 20 мая 2022 г.
- ^ «Новогодние почести» . Новозеландский вестник Те Кахити о Аотеароа . 13 января 2006 г. Архивировано из оригинала 22 января 2015 г. . Проверено 20 мая 2022 г.
- ^ Пенни, Дэвид (2017). Эволюция сейчас . Новая Зеландия: Кслибрис. ISBN 9781499099317 .
- ^ Даймонд, Роберт (2017). «Дэвид Пенни бросает вызов «антинаучным» взглядам в своей последней книге» (рецензия на книгу) . Бродвейский мир . Архивировано из оригинала 21 мая 2022 года.
- ^ Крэмптон, Джеймс (2018). «Эволюция сегодня» (Рецензия на книгу) . Журнал Королевского общества Новой Зеландии . 48 (4): 291–293. Бибкод : 2018JRSNZ..48..291C . дои : 10.1080/03036758.2017.1392325 . S2CID 220463666 . Архивировано из оригинала 21 мая 2022 г. Альтернативный URL.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с д Пенни, Дэвид (ноябрь 2014 г.). «Сотрудничество и эгоизм возникают в ходе молекулярной эволюции» . Биология Директ . 10 (1): 26. дои : 10.1186/s13062-014-0026-5 . ПМК 4266915 . PMID 25486885 . Архивировано из оригинала 23 мая 2022 года.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Пенни, Дэвид (15 января 2004 г.). «Наша родственная генетика» . Природа . 427 (6971): 208–209. дои : 10.1038/427208a . ПМИД 14724623 . S2CID 4341090 . Архивировано из оригинала 1 июля 2022 года.
- 1938 рождений
- 2024 смерти
- Биологи Новой Зеландии
- Молекулярные биологи Новой Зеландии
- Новозеландские генетики
- Академический состав Университета Мэсси
- Лауреаты медали Резерфорда
- Иностранные сотрудники Национальной академии наук
- Выпускники Кентерберийского университета
- Выпускники Йельского университета
- Кавалеры Новозеландского ордена «За заслуги»
- Члены Королевского общества Новой Зеландии
- Люди, получившие образование в средней школе для мальчиков Нью-Плимута