Генный дизайнер
 Gene Designer Sequence View позволяет манипулировать элементами последовательности, выбором кодонов и олигонуклеотидов положениями . Быстрый поиск мотивов последовательности , сайтов рестрикции и открытых рамок считывания . | |
| Разработчик(и) | АТУМ |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2006 год |
| Стабильная версия | 2.01.191
/ 9 октября 2015 г |
| Операционная система | Windows , macOS , Linux |
| Платформа | х86 , х86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | молекулярной биологии Инструментарий |
| Лицензия | Бесплатная программа , необходима регистрация |
| Веб-сайт | www |
Gene Designer — это компьютерный пакет программного обеспечения для биоинформатики . [ 1 ] [ 2 ] Он используется молекулярными биологами из академических кругов, правительства, а также фармацевтической, химической, сельскохозяйственной и биотехнологической промышленности для проектирования, [ 3 ] клонировать и проверять генетические последовательности. Это проприетарное программное обеспечение , распространяемое как бесплатное программное обеспечение, требующее регистрации.
Функции
[ редактировать ]Gene Designer позволяет молекулярным биологам управлять полным процессом проектирования генов в одном приложении, используя ряд инструментов проектирования.
- Алгоритмы in silico клонирования , оптимизации кодонов , обратной трансляции и праймеров. разработки
- Графическое молекулярное представление для отображения, аннотирования и редактирования конструкций.
- Настраиваемая база данных для хранения, управления и отслеживания генетических элементов, генов и конструкций.
- Интерфейс перетаскивания для перемещения элементов последовательности внутри или между конструкциями (запатентованная функция)
- Функция поиска мотивов последовательности , сайтов рестрикции и открытых рамок считывания.
- Оптимизация кодонов для производства рекомбинантных белков в любом организме с использованием нескольких алгоритмов
- Удалить или добавить сайты рестрикции или другие мотивы последовательности.
- Перекодировать открытые рамки считывания
- Проверьте рамки трансляции и места слияния.
- Создавайте олигонуклеотиды для секвенирования праймеров , включая калькулятор точки плавления в реальном времени.
- Инструмент клонирования с возможностью перетаскивания для вырезания, объединения и клонирования вставок и векторов.
Использование преподавателями и студентами
[ редактировать ]Это бесплатное программное обеспечение было включено в учебные программы классных и лабораторных занятий по синтетической биологии, системной биологии, биоинженерии и биоинформатике. Студенты создают и завершают проекты, которые управляют всем процессом проектирования генов в одном приложении, используя ряд инструментов проектирования.
Примеры использования в учебных программах:
- Курс синтетической фотоники; Университет штата Юта, Инженерный колледж [ 4 ]
- Лабораторный проект с использованием Gene Designer 2.0 [ 5 ]
- Обзор урока системной биологии [ 6 ]
- Обзор урока синтетической биологии [ 7 ]
- Студенческие проекты [ 8 ]
См. также
[ редактировать ]- Биоинформатика
- Вычислительная биология
- Синтез генов
- Вектор (молекулярная биология) , Вектор ДНК , Вектор клонирования , Вектор экспрессии
- Карта ограничений
- Молекулярное клонирование
- Список программного обеспечения для биоинформатики с открытым исходным кодом
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вильялобос, Алан; Несс, Джон Э; Густавссон, Клаас; Миншалл, Джереми; Говиндараджан, Шридхар (2006). «Генный дизайнер: инструмент синтетической биологии для создания искусственных сегментов ДНК» . БМК Биоинформатика . 7 : 285. дои : 10.1186/1471-2105-7-285 . ПМЦ 1523223 . ПМИД 16756672 .
- ^ Вильялобос, Алан; Уэлч, Марк; Миншалл, Джереми (2012). «In Silico Дизайн функциональных конструкций ДНК». В Пекку, Жан (ред.). Синтез генов: методы и протоколы . Методы молекулярной биологии. Том. 852. стр. 197–213. дои : 10.1007/978-1-61779-564-0_15 . ISBN 978-1-61779-563-3 . ПМИД 22328435 .
- ^ Уэлч, М; Вильялобос, А; Густафссон, К; Миншалл, Дж (2011). «Разработка генов для успешной экспрессии белков». В Фойгте, Кристофер (ред.). Синтетическая биология, Часть B: Компьютерное проектирование и сборка ДНК . Методы энзимологии. Том. 498. стр. 43–66. дои : 10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6 . ISBN 9780123851208 . ПМИД 21601673 .
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010 [ мертвая ссылка ]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology_Laboratory [ мертвая ссылка ]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology [ мертвая ссылка ]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Synthetic_Biology [ мертвая ссылка ]
- ^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Student_Projects [ мертвая ссылка ]