Список программного обеспечения для биоинформатики с открытым исходным кодом

Это список компьютерного программного обеспечения , созданного для биоинформатики и выпущенного по лицензиям на программное обеспечение с открытым исходным кодом, со статьями в Википедии.

Программное обеспечение	Описание	Платформа	Лицензия	Разработчик
.NET Кино	Независимый от языка набор инструментов, созданный с использованием Microsoft 4.0 .NET Framework для помощи разработчикам, исследователям и ученым.	.NET Framework	Апач	Совместный проект
АМФОРА	Программное обеспечение для метагеномного анализа	Линукс	лицензия GPL	?
На датчике	Компонентная структура рабочего процесса для анализа данных	Linux , MacOS , Windows	лицензия GPL	Университет Хельсинки
Аскалаф Дизайнер	Компьютерная программа для молекулярного моделирования общего назначения для молекулярного дизайна и моделирования.	?	лицензия GPLv2	Гибкая молекула
АвтоДок	Набор инструментов автоматизированной стыковки	?	лицензия GPL	?
Авогадро	Редактор молекул и визуализатор на основе C++ ( Qt ) для вычислительной химии, молекулярного моделирования, биоинформатики, материаловедения и смежных областей.	?	лицензия GPL	?
BEDинструменты	«Геномная арифметика» — манипулирование наборами координат и извлечение последовательностей из BED-файла.	Линукс	С	QuinlanLab , Университет Юты
Биоклипс	Визуальная платформа для химио- и биоинформатики на базе Eclipse Rich Client Platform (RCP)	?	Затмение Публичное	Проект Биоклипс
Биопроводник	R (язык программирования) Набор инструментов языка	Linux , MacOS , Windows	Художественный 2.0	Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона
БиоЯва	Функции библиотеки Java для управления последовательностями, белковыми структурами, анализаторами файлов, совместимости CORBA, распределенной системы аннотаций (DAS), доступа к AceDB, динамического программирования и простых статистических процедур.	Linux , MacOS , Windows	LGPL v2.1	Открытый фонд биоинформатики
БиоJS	JavaScript Библиотека компонентов для визуализации биологических данных	Веб-браузер	Апач	?
БиоМОБИ	Реестр веб-сервисов	Веб-браузер	Художественный	Открытый фонд биоинформатики
БиоПерл	Perl Инструментарий языка	Кросс-платформенный	Художественный , GPL	Открытый фонд биоинформатики
БиоPHP	Набор инструментов языка PHP с классами для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания, анализа баз данных и других инструментов биоинформатики.	Кросс-платформенный	Лицензия GPL v2	Открытый фонд биоинформатики
Биопитон	Python Инструментарий языка	Кросс-платформенный	Биопитон	Открытый фонд биоинформатики
БиоРубин	Ruby Инструментарий языка	?	GPL v2 или Ruby	Открытый фонд биоинформатики
ВЗРЫВ	Алгоритм и программа для сравнения информации о первичных биологических последовательностях, включая последовательности ДНК и белков.	Кросс-платформенный	Общественное достояние	Национальный центр биотехнологической информации
CP2K	Выполняйте атомистическое моделирование твердотельных, жидких, молекулярных и биологических систем, написанное на Фортране 2003.	?	Лицензия GPL и LGPL	Бесплатная версия GNU GPLv2 с открытым исходным кодом или более поздняя версия.
ЭМБОСС	Набор пакетов для секвенирования, поиска и т.п., написанных на C.	?	Лицензия GPL и LGPL	Совместный проект
Галактика	научного документооборота и интеграции данных Система	Unix-подобный	Академический бесплатно	Совместный проект
Генный шаблон	Система научного рабочего процесса , обеспечивающая доступ к сотням инструментов геномного анализа.	Unix-подобный (публичный сервер); Linux , MacOS , Windows	С	Институт Броуда , Калифорнийский университет в Сан-Диего
Геворстак	геномных интеграции Платформа данных	Linux , MacOS , Windows	Лицензия GeWorkbench	Колумбийский университет
ГМОД	Инструментарий для решения многих распространенных проблем в биологических базах данных	Unix-подобный (сервер), веб-браузер (клиент)	Зависит от инструмента	Совместный проект
ГенГИС	Приложение, позволяющее объединять данные цифровой карты с информацией о биологических последовательностях, собранной из окружающей среды.	Windows , macOS	лицензия GPL	Совместный проект
Геномное пространство	Централизованное веб-приложение, которое обеспечивает преобразование форматов данных и упрощает связь с другими инструментами биоинформатики.	Веб-браузер	LGPL	Broad Institute , совместный проект
Нежный	Эквивалент собственной разработки Vector NTI — инструмента для анализа и редактирования ДНК файлов последовательностей .	?	лицензия GPL	Магнус Манске
ГРОМАКС	Пакет молекулярной динамики в основном предназначен для моделирования белков, липидов и нуклеиновых кислот.	Linux , MacOS , Windows	Общий паблик 1.0	Геновиз
Интегрированный браузер генома	на основе Java Настольный браузер генома	Linux , MacOS , Windows	Общий паблик 1.0	Геновиз
ИнтерМайн	Обширная система хранилища данных для анализа и интеграции наборов биологических данных, написанных на Java и JavaScript.	Кросс-платформенный	LGPL	Кембриджский университет
Сервер LabKey	Программная платформа позволяет организациям интегрировать, анализировать и обмениваться сложными биомедицинскими данными.	Linux , MacOS , Windows	Апач	Фонд программного обеспечения LabKey
ЛАММПС	Программа молекулярной динамики, написанная на C++.	Linux , MacOS , Windows	Апач	Сандианские национальные лаборатории.
мать	Программное обеспечение для анализа 16S рРНК данных последовательности ампликона гена	Linux , MacOS , Windows	лицензия GPL	Мичиганский университет
ПутьVisio	Настольное программное обеспечение для рисования, анализа и визуализации биологических путей.	Linux , MacOS , Windows	Апач 2.0	Маастрихтский университет
Апельсин	на основе компонентов, Пакет программного обеспечения для анализа данных и машинного обучения написанный на C++, включающий интерфейс визуального программирования для исследовательского анализа данных и интерактивной визуализации , а также Python привязки и библиотеки для написания сценариев.	Linux , MacOS , Windows	лицензия GPL	Университет Любляны
SAMtools	Утилиты для взаимодействия с данными высокопроизводительного секвенирования и выравнивания в формате sam/bam	Юникс / Линукс	С	Совместный проект
Мыльный набор	Набор инструментов для сборки, выравнивания и анализа секвенирования нового поколения данных с коротким считыванием.	Юникс / Линукс , macOS	лицензия GPL	БГИ
Городской пакет	Сборка, редактирование и анализ последовательности, в основном состоящая из разрыва 4, разрыва 5 и вращения. Написан на C, C++, Fortran и Tcl.	Linux , MacOS , Windows	БСД	Wellcome Trust Sanger Institute , Совет медицинских исследований
Верстак для таверны	Инструмент для проектирования и выполнения рабочих процессов	Linux , MacOS , Windows	LGPL	myGrid
T-REX (веб-сервер)	Вывод, проверка и визуализация филогенетических деревьев и филогенетических сетей	Веб-браузер , Windows	?	Университет Квебека в Монреале
ГЕН	Интегрированные инструменты биоинформатики, написанные на C++ ( Qt )	Linux , MacOS , Windows	Лицензия GPL 2	Юнипро
Юнипепт	Метапротеомный анализ биоразнообразия, написанный на Ruby и JavaScript.	Веб-браузер	С	Гентский университет
водка	Пакет грубого моделирования для молекулярной динамики, написанный на C++, Perl, BASH.	Linux , macOS , Windows , любая другая разновидность Unix.	Лицензия Апач 2.0	Институт Макса Планка исследований полимеров

См. также

• Список программного обеспечения для выравнивания последовательностей
• Список медицинского программного обеспечения с открытым исходным кодом
• Список программного обеспечения для биомедицинской кибернетики
• Список бесплатного программного обеспечения для здоровья
• Список программного обеспечения для генной инженерии
• Список систем молекулярной графики
• Список программного обеспечения для моделирования системной биологии
• Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
• Список фирменного программного обеспечения для биоинформатики

Внешние ссылки

• Бесплатное программное обеспечение по биологии – Каталог свободного программного обеспечения – Фонд свободного программного обеспечения