Винтовое колесо

Спиральное колесо — это тип графика или визуального представления, используемого для иллюстрации свойств альфа-спиралей в белках .

Последовательность , аминокислот нанесена белка, составляющих спиральную область вторичной структуры вращающимся образом, при этом угол поворота между последовательными аминокислотами составляет 100 °, так что окончательное изображение смотрит вниз по оси спирали.

Полярность и характеристики

График показывает, сконцентрированы ли гидрофобные аминокислоты на одной стороне спирали, обычно с полярными или гидрофильными аминокислотами на другой. Такое расположение характерно для альфа-спиралей внутри глобулярных белков , где одна грань спирали ориентирована к гидрофобному ядру , а другая грань ориентирована к поверхности, подвергающейся воздействию растворителя . Также выявляются специфические закономерности, характерные для белковых складок и мотивов стыковки белков , например, при идентификации областей димеризации лейциновой застежки-молнии и спиральных спиралей . Эту проекционную диаграмму часто называют «колесом Эдмундсона» по имени ее изобретателя. ^{[ 1 ]}

Рисование винтовых колес

Спиральные колеса можно рисовать с помощью различных пакетов программного обеспечения, включая helixvis. ^{[ 2 ]} в R , heliquest в R или через сервер HELIQUEST. ^{[ 3 ]}

Ссылки

^ Шиффер М., Эдмундсон А.Б. (1967). «Использование спиральных колес для представления структур белков и идентификации сегментов со спиральным потенциалом» . Биофизический журнал . 7 (2): 121–35. Бибкод : 1967BpJ.....7..121S . дои : 10.1016/S0006-3495(67)86579-2 . ПМК 1368002 . ПМИД 6048867 .
^ Вадхва, Р; Субраманиан, В; Стивенс-Трасс, Р. (2018). «Визуализация альфа-спиральных пептидов в R с помощью helixvis» . Журнал программного обеспечения с открытым исходным кодом . 3 (31): 1008. Бибкод : 2018JOSS....3.1008W . дои : 10.21105/joss.01008 .
^ Готье, Р; Дуге, Д; Антонни, Б; Дрин, Г (2008). «HELIQUEST: веб-сервер для просмотра последовательностей с особыми альфа-спиральными свойствами» . Биоинформатика . 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/биоинформатика/btn392 . ПМИД 18662927 .

Дальнейшее чтение

Гора ДМ (2004). Биоинформатика: анализ последовательностей и генома (2-е изд.). Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор. ISBN 0-87969-712-1 .

Внешние ссылки

Менее традиционные, более красочные колеса. Архивировано 15 июля 2019 г. на Wayback Machine (требуется Macromedia Flash ).
DrawCoil 1.0
Проекции спирального колеса, Калифорнийский университет в Риверсайде
NetWheels, высококачественные проекции спиральных колес и сетки. Архивировано 22 февраля 2020 г. на Wayback Machine.
Высококачественные винтовые колеса цвета R.

Эта по биохимии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Шиффер М., Эдмундсон А.Б. (1967). «Использование спиральных колес для представления структур белков и идентификации сегментов со спиральным потенциалом» . Биофизический журнал . 7 (2): 121–35. Бибкод : 1967BpJ.....7..121S . дои : 10.1016/S0006-3495(67)86579-2 . ПМК 1368002 . ПМИД 6048867 .

[2] Вадхва, Р; Субраманиан, В; Стивенс-Трасс, Р. (2018). «Визуализация альфа-спиральных пептидов в R с помощью helixvis» . Журнал программного обеспечения с открытым исходным кодом . 3 (31): 1008. Бибкод : 2018JOSS....3.1008W . дои : 10.21105/joss.01008 .

[3] Готье, Р; Дуге, Д; Антонни, Б; Дрин, Г (2008). «HELIQUEST: веб-сервер для просмотра последовательностей с особыми альфа-спиральными свойствами» . Биоинформатика . 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/биоинформатика/btn392 . ПМИД 18662927 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]