База данных метаболомов E. Coli

База данных метаболомов
Содержание
Описание	Структуры метаболитов E. coli, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности ферментов и переносчиков E. coli, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР метаболитов, спектры ГХ-МС метаболитов, спектры ЖХ-МС метаболитов
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование
Доступ
Веб-сайт	http://www.ecmdb.ca
URL-адрес загрузки	http://www.ecmdb.ca/downloads
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Каждые 2-3 года с периодическими исправлениями и обновлениями.
Политика курирования	Курируется вручную

База данных метаболомов E. coli (ECMDB) ^[1] представляет собой свободно доступную онлайн-базу данных низкомолекулярных метаболитов, обнаруженных или продуцируемых Escherichia coli ( штамм E. coli K12, MG1655). Escherichia coli , возможно, является наиболее изученной бактерией на Земле и служит «модельным микробом» в микробиологических уже более 60 лет исследованиях. ECMDB — это, по сути, «омическая» энциклопедия E. coli , содержащая подробные данные о геноме , протеоме и метаболоме E. coli . ECMDB является частью набора баз данных метаболомики конкретных организмов, который включает DrugBank , HMDB , YMDB. и СМПБД . База данных ECMDB, являющаяся ресурсом по метаболомике, предназначена для облегчения исследований в области метаболомики кишечника/микробиома и метаболомики окружающей среды . ECMDB содержит два типа данных: 1) химические данные и 2) данные молекулярной биологии и/или биохимии. Химические данные включают более 2700 структур метаболитов с подробными описаниями метаболитов, а также почти 5000 спектров ЯМР, ГХ-МС и ЖХ-МС, соответствующих этим метаболитам. Биохимические данные включают около 1600 последовательностей белков (и ДНК) и более 3100 биохимических реакций, связанных с этими метаболитами. ^[1] Каждая запись о метаболите в ECMDB содержит более 80 полей данных, из которых примерно 65% информации посвящено химическим данным, а остальные 35% информации посвящены ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных связаны гиперссылками с другими базами данных ( KEGG , PubChem , MetaCyc , ChEBI , PDB , UniProt и GenBank ). ECMDB также имеет множество апплетов для просмотра структуры и путей. База данных ECMDB предлагает ряд поисковых запросов по тексту, последовательности, спектрам, химической структуре и реляционным запросам. Более подробно они описаны ниже.

Доступ к базе данных

Содержимое ECMDB можно исследовать или искать с помощью различных инструментов, ориентированных на базу данных. Поле текстового поиска (расположенное вверху каждой страницы ECMDB) позволяет пользователям выполнять общий текстовый поиск по текстовым данным базы данных, включая имена, синонимы, номера и идентификаторы. В базе данных ECMDB используется программный инструмент под названием «Эластичный поиск», который позволяет допускать орфографические ошибки и нечеткое сопоставление текста. Используя текстовый поиск, пользователи могут выбирать метаболиты или белки в поле «поиск», используя раскрывающееся окно, расположенное в правой части поля текстового поиска. Таким образом, можно ограничить поиск и возвращать результаты только для тех элементов, которые связаны с метаболитами E. coli или белками E. coli. ECMB имеет 7 выбираемых вкладок, расположенных вверху каждой страницы, включая: 1) Главная страница; 2) Просмотр; 3) Поиск; 4) О; 5) Помощь; 6) Загрузки и 7) Свяжитесь с нами. Браузер ECMDB (доступный через вкладку «Обзор») можно использовать для просмотра базы данных и повторной сортировки ее содержимого. Доступны шесть различных вариантов просмотра: 1) Обзор метаболитов (рис. 1); 2) Обзор белков; 3) Обзор реакции (рис. 2); 4) Обзор пути (рис. 3); 5) Обзор классов; и 6) Обзор концентрации. При выборе определенного параметра «Обзор» содержимое ECMDB может отображаться в сводном табличном формате, при этом идентификаторы, имена и другие данные ECMDB отображаются в пересортируемых таблицах. При нажатии на кнопку ECMDB MetaboCard или ProteinCard отобразится полное содержимое данных для соответствующего метаболита (рис. 4) или соответствующего белка. ECMDB также предлагает ряд вариантов поиска, перечисленных под ссылкой «Поиск». К ним относятся: 1) Химический запрос; 2) Текстовый запрос; 3) Поиск последовательности; 4) Экстрактор данных; и 4 других инструмента спектрального поиска МС или ЯМР. Опция Chem Query позволяет пользователям рисовать или вводить (через строку SMILES) химическое соединение и искать в ECMDB метаболиты, похожие или идентичные запрашиваемому соединению. Поиск последовательности можно использовать для выполнения Последовательность BLAST (белка) выполняет поиск по всем последовательностям белков, содержащимся в ECMDB. Этот инструмент поиска поддерживает запросы BLAST с одной и несколькими последовательностями (т. е. весь протеом). Также возможно выполнить подробный спектральный поиск эталонных соединений ЯМР и МС спектральных данных ECMDB через ссылки поиска спектров МС, МС/МС , ГХ/МС и ЯМР ECMDB . Эти инструменты предназначены для поддержки идентификации и характеристики бактериальных (в основном E. coli) метаболитов с использованием ЯМР-спектроскопии , ГХ-МС-спектрометрии и ЖХ-МС-спектрометрии . База данных ECMDB также содержит большое количество статистических таблиц с подробной информацией не только о ее содержании, но и об E. coli в целом. В частности, на вкладке «О программе» раздел «Количество и статистика E. coli» содержит сотни интересных фактов об E. coli и физиологии E. coli. Многие компоненты ECMDB полностью доступны для загрузки, включая большую часть текстовых данных, химических структур и данных о последовательностях. Их можно получить, нажав кнопку «Загрузить», пролистав различные файлы и выбрав соответствующие гиперссылки.

Объем и доступ

Все данные в ECMDB не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные ECMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Го, AC; Джуисон Т; Уилсон М; Лю Ю; Нокс С; Джумбу Ю; Ло П; Мандал Р; Кришнамурти Р; Уишарт Д.С. (январь 2013 г.). «ECMDB: База данных метаболомов E. coli» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D625–30. дои : 10.1093/nar/gks992 . ПМЦ 3531117 . ПМИД 23109553 .

[pmid23109553-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с Го, AC; Джуисон Т; Уилсон М; Лю Ю; Нокс С; Джумбу Ю; Ло П; Мандал Р; Кришнамурти Р; Уишарт Д.С. (январь 2013 г.). «ECMDB: База данных метаболомов E. coli» . Нуклеиновые кислоты Рез . 41 (Проблема с базой данных): D625–30. дои : 10.1093/nar/gks992 . ПМЦ 3531117 . ПМИД 23109553 .

[1]