Домен Куб
| Домен Куб | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | Нога | ||
| Pfam | PF00431 | ||
| InterPro | IPR000859 | ||
| PROSITE | PDOC00758 | ||
| Краткое содержание | 1sfp / scope / supfam | ||
| CDD | CD00041 | ||
| |||
Домен Cub является эволюционно консервативным белковым доменом . Домен Cub (для комплемента C1R/C1S, UEGF, BMP1) представляет собой структурный мотив из приблизительно 110 остатков, обнаруженных почти исключительно во внеклеточных и плазматических мембране белках, многие из которых регулируются развитием. [ 1 ] [ 2 ] Эти белки участвуют в разнообразном диапазоне функций, включая активацию комплемента, паттерн развития, восстановление ткани, на управление аксонов и ангиогенез, передачу сигналов клеток, оплодотворение, гемостаз, воспаление, нейротрансмиссия, рецептор-опосредованное эндоцитоз и подавление опухоли. [ 3 ] Многие куб, содержащие белки-это пептидазы, принадлежащие к семействам пептидазы Merops M12A (астацина) и S1A (химотрипсин).
Примеры
[ редактировать ]Белки, содержащие домен Cub, включают:
- Подкомпоненты комплемента млекопитающих C1S/C1R, которые образуют кальций-зависимый комплекс C1, первый компонент классического пути системы комплемента.
- Cricetidae sp. (Хомять) Serine Protease CASP, которая разлагает коллаген I и IV типа I и IV в присутствии кальция.
- Компонент активации комплемента млекопитающих (RARF), активирующий млекопитающим (RARF), протеаза, которая расщепляет компонент C4 комплемента.
- позвоночных Энтеропептидаза ( EC 3.4.21.9 ), мембранный белок типа II на границе кишечной кисти, который активирует трипсиноген.
- Морфогенный белок 1 кости позвоночных ( BMP-1 ), белок, который индуцирует образование хряща и кости и экспрессирует активность металлуендопептидазы.
- Морские белки бластула BP10 и пролет.
- C. Элеганы Гипотетические белки F42A10.8 и R151.5.
- Нейропилин (A5 антиген), независимая от кальция молекула клеточной адгезии, которая функционирует во время образования определенных нейрональных цепей.
- Фибропеллины I и III из Strongylocentrotus purpuratus (фиолетовый морской ежи).
- Гиалуронат-связывающий белок млекопитающего TSG-6 (или PS4), белок, индуцированный сывороткой и фактором роста.
- Спермадгезины млекопитающих.
- Xenopus laevis Эмбриональный белок UVS.2, который экспрессируется во время развития дорсопередачи.
Некоторые из вышеперечисленных белков состоят из каталитического домена вместе с несколькими доменами новички, перемежаемых кальцием связывающими доменами EGF .
Спермадгезин является подразделением семейства доменов Cub и образует основной компонент семенной жидкости млекопитающих . Спермадгезины представляют собой 110–133 аминокислотных полипептидов. [ 4 ] Связывающая активность спермадгезинов, например, гепарин и углеводный связывание обеспечивает их центральную роль в содействии прикреплению сперматозоидов к углеводам групп на гликопротеинах, обнаруженных на поверхности ооцитов. [ 5 ] Спермадгезины от свиней, быков и жеребцов демонстрируют сходство 40–98% в своих аминокислотных последовательностях, и все они обладают дисульфидной связью между соседними остатками цистеина. Полипептиды спермадгезина свиньи кодируются пятью тесно связанными генами. Бывший спермадгезин бычьего спермадгезина зависит от значительно более низкого числа генов, причем только два связаны с экспрессией этого белка в семинальной жидкости бычьей семинарной жидкости. Избыточное генетическое кодирование спермадгезинов наблюдалось у шимпанзе, собак и людей. [ 6 ] Область, коррелирующая с генами спермадгезина в ДНК крысы и мышей, лишены любого кода спермадгезина. Эти изменения в экспрессии и генетическом кодировании спермадгезинов, как видно, являются результатом эволюционных корректировок в генах в результате мутаций и делеций в генетическом материале.
Некоторые домены Cub, по -видимому, участвуют в олигомеризации и/или распознавании субстратов и партнеров по связям. Например, в протеазах комплемента домены CUB опосредуют димеризацию и связывание с коллагеноподобными областями целевых белков (например, C1Q для C1R/C1S). Структура доменов Cub состоит из бета-сандвича с складкой с желе . Почти все домены Cub содержат четыре консервативных цистеина, которые, вероятно, образуют два дисульфидных моста (C1-C2, C3-C4). Домены CUB1 C1S и MAP19 имеют сайты связывания кальция. [ 7 ]
Человеческие гены, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- ATRN , ATRNL1 , BMP1 ,
- C1R , C1RL , C1S , CDCP2 , CSMD1 , CSMD2 , CSMD3 , CUBN , CUZD1 ,
- DCBLD1 , DCBLD2 , DMBT1 , DREG ,
- GPR126 ,
- Quartz1 , Quartz2 ,
- LRP10 , LRP12 , LRP3 ,
- MASP1 , MASP2 , MFRP ,
- NetO1 , NetO2 , NRP1 , NRP2 ,
- OVCH1 , OVCH2 ,
- PCOLCE , PCOLCE2 , PDGFC , PDGFD , PRSS7 ,
- Пандус
- Scube1 , Scube2 , Scube3 , SEZ6 , SEZ6L , SEZ6L2 , ST14 ,
- TLL1 , TLL2 , TMPRSS7 , TNFAIP6
- PSK-2
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Борк П., Бекманн Г. (май 1993). «Домен Куба. Широкий модуль в белках, регулируемых развитием». Журнал молекулярной биологии . 231 (2): 539–45. doi : 10.1006/jmbi.1993.1305 . PMID 8510165 .
- ^ Борк P (апрель 1991). «Компоненты комплемента C1R/C1S, костный морфогенный белок 1 и Xenopus laevis, регулируемый развитием, белковые ультрафиолеты. 2 имеют общие повторения» . Письма Febs . 282 (1): 9–12. doi : 10.1016/0014-5793 (91) 80433-4 . PMID 2026272 . S2CID 33375087 .
- ^ Перри С.Е., Робинсон П., Мелхер А., Квирке П., Бюринг Х.Дж., Кук Г.П., Блэр Г.Е. (март 2007 г.). «Экспрессия домена CUB, содержащего ген белка 1 (CDCP1) в клетках колоректальных опухоли» . Письма Febs . 581 (6): 1137–42. doi : 10.1016/j.febslet.2007.02.025 . PMID 17335815 . S2CID 30701692 .
- ^ Ромеро А., Варела П.Ф., Санз Л., Тёпфер-Петерсен Е., Кальвет Дж.Дж. (март 1996 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеновский дифракционный анализ спермализованной плазмы кабана PSP-I/PSP-II, гетеродимер двух доменов Cub» . Письма Febs . 382 (1–2): 15–7. doi : 10.1016/0014-5793 (96) 00133-0 . HDL : 10261/246550 . PMID 8612739 . S2CID 37515421 .
- ^ Töpfer-Pettersen и, Romero A, Varela PF, Ekhlasi-Hundrieser M, Dostàlovà Z, Sanz L, Calvete JJ (1998). «Спермадгезины: новое семейство белков. Факты, гипотезы и перспективы» . Андрология . 30 (4–5): 217–24. Doi : 10.1111/j.1439-0272.1998.tb01163.x . PMID 9739418 . S2CID 24941844 .
- ^ Haase B, Schlötterer C, Hundrieser ME, Kuiper H, Distl O, Töpfer-Petersen E, Leeb T., Эволюция семейства генов спермадгезина, ген. (2005) 352, P-20-29
- ^ Blanc G, Font B, Eichenberger D, Moreau C, Ricard-Blum S, Hulmes DJ, Moali C (Jun 2007). «Понимание того, как домены CUB могут выполнять определенные функции, разделяя общую складку: консервативные и специфические особенности домена CUB1 способствуют молекулярной основе активности Enhancer-1 Procollagen C-протеиназы» . Журнал биологической химии . 282 (23): 16924–33. doi : 10.1074/jbc.m701610200 . PMID 17446170 .