Jump to content

Адам С. Сипель

Адам Сипель
Рожденный
Адам С. Сипель

( 1972-06-24 ) 24 июня 1972 г. (51 год)
Соединенные Штаты
Альма-матер
Известный эволюционно консервативные последовательности
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Диссертация Сравнительная геномика млекопитающих: модели эволюции и обнаружение функциональных элементов   (2005)
Докторантура Дэвид Хаусслер
Веб-сайт зипеллаб .labsites .cshl .edu

Адам С. Сипел (1972 г.р.) — американский компьютерный биолог, известный своими исследованиями в области сравнительной геномики и популяционной генетики , в частности разработкой статистических методов и программных инструментов для идентификации эволюционно консервативных последовательностей . [1] [2] [3] [4] В настоящее время Сипель является председателем Центра количественной биологии Саймонса и профессором Школы биологических наук Уотсона в лаборатории Колд-Спринг-Харбор . [5]

Образование и карьера [ править ]

Сипель получил степень бакалавра сельскохозяйственной и биологической инженерии в Корнелльском университете в 1994 году, затем до 1996 года работал в Национальной лаборатории Лос-Аламоса . С 1996 по 2001 год он работал разработчиком программного обеспечения в Национальном центре геномных ресурсов в Санта-Фе, одновременно заканчивая Магистр компьютерных наук в Университете Нью-Мексико . Он получил докторскую степень. Он получил степень бакалавра компьютерных наук в Калифорнийском университете в Санта-Крус в 2005 году. С 2006 по 2014 год он работал на факультете Корнельского университета и в 2014 году перешел в лабораторию Колд-Спринг-Харбор .

Исследования [ править ]

Зипель работал над различными проблемами на стыке информатики , статистики , эволюционной биологии и геномики . В Аламосской национальной лаборатории он разработал филогенетические методы выявления рекомбинантных штаммов ВИЧ Лос - . [6] а в Национальном центре геномных ресурсов он руководил разработкой ISYS, технологии интеграции гетерогенных биоинформатических баз данных, инструментов анализа и программ визуализации. [7] Сипель также провел теоретическую работу над алгоритмами реконструкции филогении на основе перестроек генома, работая с Бернаром Море в Университете Нью-Мексико . [8] Когда Зипель оставил разработку программного обеспечения и присоединился к Дэвида Хаусслера лаборатории в Калифорнийском университете в Санта-Крус , он обратился к вычислительным проблемам сравнительной геномики . В группе Хаусслера он разработал несколько методов анализа, основанных на филогенетических скрытых марковских моделях, включая широко используемую программу phastCons для идентификации эволюционно консервативных последовательностей в геномных последовательностях. [9]

В Корнелле исследовательская группа Сипеля продолжала работать над идентификацией и характеристикой консервативных некодирующих последовательностей . Они также изучили быстроразвивающиеся последовательности в обоих кодирующих системах. [10] и некодирование [11] регионы, включая регионы, ускоренные человеком . В последние годы лаборатория Зипеля все больше внимания уделяет генетике человеческой популяции , разрабатывая методы оценки времени в ранней истории человечества, когда основные группы населения впервые разошлись. [12] для измерения влияния естественного отбора на сайты связывания факторов транскрипции, [13] и для оценки вероятности того, что мутации в геноме человека будут иметь последствия для приспособленности. [14] Группа также ведет активную исследовательскую программу в области регуляции транскрипции , осуществляемую в тесном сотрудничестве с Джона Т. Лиса лабораторией .

Общей темой исследований Сипеля является разработка точных математических моделей сложных процессов, посредством которых геномы развиваются с течением времени. Его исследовательская группа использует эти модели вместе с методами информатики и статистики как для того, чтобы заглянуть в прошлое, так и для решения вопросов, имеющих практическое значение для здоровья человека. [15]

Награды и почести [ править ]

Зипель был лауреатом стипендии Гуггенхайма в 2012 году. [15] Он также был награжден стипендией Дэвида и Люсиль Паккард в области науки и техники в 2007 году, стипендией исследовательского факультета Microsoft в 2007 году и стипендией Слоана в 2009 году.

Ссылки [ править ]

  1. Перейти обратно: Перейти обратно: а б Публикации Адама С. Сипеля , проиндексированные Google Scholar
  2. ^ Публикации Адама С. Сипеля, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  3. ^ Брайан Кугер, М.; Пайпс, Л.; Скина, Ф.; Прад, Р.; Зипель, А.; Палермо, Р.; Катце, МГ; Мейсон, CE; Блад, ПД (2014). «Возможность крупномасштабной сборки последовательностей следующего поколения с помощью Blacklight» . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 26 (13): 2157–2166. дои : 10.1002/cpe.3231 . ПМЦ   4185199 . ПМИД   25294974 .
  4. ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК   2212820 . ПМИД   17571346 .
  5. ^ Резюме Адама Сипеля.
  6. ^ Зипель, AC; Халперн, Алабама; Маккен, К; Корбер, Б.Т. (1995). «Компьютерная программа, предназначенная для быстрого скрининга межподтипных рекомбинантных последовательностей ВИЧ типа 1» . Исследования СПИДа и ретровирусы человека . 11 (11): 1413–6. дои : 10.1089/aid.1995.11.1413 . ПМИД   8573400 .
  7. ^ Зипель, А.; Фармер, А.; Толопко А.; Чжуан, М.; Мендес, П.; Бивис, В.; Собрал, Б. (2001). «ISYS: децентрализованный, компонентный подход к интеграции гетерогенных ресурсов биоинформатики». Биоинформатика . 17 (1): 83–94. дои : 10.1093/биоинформатика/17.1.83 . ПМИД   11222265 .
  8. ^ Сипель, AC (2003). «Алгоритм для перечисления обращений сортировки для знаковых перестановок» (PDF) . Журнал вычислительной биологии . 10 (3–4): 575–97. CiteSeerX   10.1.1.114.8797 . дои : 10.1089/10665270360688200 . ПМИД   12935346 .
  9. ^ Зипель, А.; Бехерано, Дж; Педерсен, Дж. С.; Хинрикс, А.С.; Хоу, М; Розенблум, К; Клоусон, Х; Спит, Дж; Хиллиер, LW; Ричардс, С; Вайншток, генеральный директор; Уилсон, РК; Гиббс, РА; Кент, штат Вашингтон; Миллер, В; Хаусслер, Д. (2005). «Эволюционно консервативные элементы в геномах позвоночных, насекомых, червей и дрожжей» . Геномные исследования . 15 (8): 1034–50. дои : 10.1101/гр.3715005 . ПМЦ   1182216 . ПМИД   16024819 .
  10. ^ Косиол, К.; Винарж, Т. Ш.; Да Фонсека, РР; Хубиш, MJ; Бустаманте, CD; Нильсен, Р.; Сипель, А. (2008). «Модели положительного отбора в шести геномах млекопитающих» . ПЛОС Генетика . 4 (8): e1000144. дои : 10.1371/journal.pgen.1000144 . ПМЦ   2483296 . ПМИД   18670650 .
  11. ^ Поллард, Канзас; Хубиш, MJ; Розенблум, КР; Сипель, А. (2009). «Обнаружение степени ненейтрального замещения в филогении млекопитающих» . Геномные исследования . 20 (1): 110–21. дои : 10.1101/гр.097857.109 . ПМЦ   2798823 . ПМИД   19858363 .
  12. ^ Гронау, И.; Хубиш, MJ; Гулько, Б.; Данко, CG; Сипель, А. (2011). «Байесовский вывод о демографии древнего человека на основе отдельных последовательностей генома» . Природная генетика . 43 (10): 1031–4. дои : 10.1038/ng.937 . ПМЦ   3245873 . ПМИД   21926973 .
  13. ^ Арбиса, Л.; Гронау, И.; Аксой, Б.А.; Хубиш, MJ; Гулько, Б.; Кейнан, А.; Сипель, А. (2013). «Общегеномный вывод естественного отбора на сайтах связывания факторов транскрипции человека» . Природная генетика . 45 (7): 723–729. дои : 10.1038/ng.2658 . ПМЦ   3932982 . ПМИД   23749186 .
  14. ^ Гулько, Б.; Хубиш, MJ; Гронау, И.; Сипель, А. (2015). «Метод расчета вероятностей последствий приспособленности для точечных мутаций в геноме человека» . Природная генетика . 47 (3): 276–283. дои : 10.1038/ng.3196 . ПМЦ   4342276 . ПМИД   25599402 .
  15. Перейти обратно: Перейти обратно: а б Профиль Гуггенхайма. Архивировано 18 апреля 2012 г. в Wayback Machine.
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: aa04afcf4c6d3a47a00b4addbba495b2__1701405300
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/aa/b2/aa04afcf4c6d3a47a00b4addbba495b2.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Adam C. Siepel - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)