Адам С. Сипель
Адам Сипель | |
|---|---|
| Рожденный | Адам С. Сипель 24 июня 1972 г. Соединенные Штаты |
| Альма-матер |
|
| Известный | эволюционно консервативные последовательности |
| Награды |
|
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
| Диссертация | Сравнительная геномика млекопитающих: модели эволюции и обнаружение функциональных элементов (2005) |
| Докторантура | Дэвид Хаусслер |
| Веб-сайт | зипеллаб |
Адам С. Сипел (1972 г.р.) — американский компьютерный биолог, известный своими исследованиями в области сравнительной геномики и популяционной генетики , в частности разработкой статистических методов и программных инструментов для идентификации эволюционно консервативных последовательностей . [1] [2] [3] [4] В настоящее время Сипель является председателем Центра количественной биологии Саймонса и профессором Школы биологических наук Уотсона в лаборатории Колд-Спринг-Харбор . [5]
Образование и карьера [ править ]
Сипель получил степень бакалавра сельскохозяйственной и биологической инженерии в Корнелльском университете в 1994 году, затем до 1996 года работал в Национальной лаборатории Лос-Аламоса . С 1996 по 2001 год он работал разработчиком программного обеспечения в Национальном центре геномных ресурсов в Санта-Фе, одновременно заканчивая Магистр компьютерных наук в Университете Нью-Мексико . Он получил докторскую степень. Он получил степень бакалавра компьютерных наук в Калифорнийском университете в Санта-Крус в 2005 году. С 2006 по 2014 год он работал на факультете Корнельского университета и в 2014 году перешел в лабораторию Колд-Спринг-Харбор .
Исследования [ править ]
Зипель работал над различными проблемами на стыке информатики , статистики , эволюционной биологии и геномики . В Аламосской национальной лаборатории он разработал филогенетические методы выявления рекомбинантных штаммов ВИЧ Лос - . [6] а в Национальном центре геномных ресурсов он руководил разработкой ISYS, технологии интеграции гетерогенных биоинформатических баз данных, инструментов анализа и программ визуализации. [7] Сипель также провел теоретическую работу над алгоритмами реконструкции филогении на основе перестроек генома, работая с Бернаром Море в Университете Нью-Мексико . [8] Когда Зипель оставил разработку программного обеспечения и присоединился к Дэвида Хаусслера лаборатории в Калифорнийском университете в Санта-Крус , он обратился к вычислительным проблемам сравнительной геномики . В группе Хаусслера он разработал несколько методов анализа, основанных на филогенетических скрытых марковских моделях, включая широко используемую программу phastCons для идентификации эволюционно консервативных последовательностей в геномных последовательностях. [9]
В Корнелле исследовательская группа Сипеля продолжала работать над идентификацией и характеристикой консервативных некодирующих последовательностей . Они также изучили быстроразвивающиеся последовательности в обоих кодирующих системах. [10] и некодирование [11] регионы, включая регионы, ускоренные человеком . В последние годы лаборатория Зипеля все больше внимания уделяет генетике человеческой популяции , разрабатывая методы оценки времени в ранней истории человечества, когда основные группы населения впервые разошлись. [12] для измерения влияния естественного отбора на сайты связывания факторов транскрипции, [13] и для оценки вероятности того, что мутации в геноме человека будут иметь последствия для приспособленности. [14] Группа также ведет активную исследовательскую программу в области регуляции транскрипции , осуществляемую в тесном сотрудничестве с Джона Т. Лиса лабораторией .
Общей темой исследований Сипеля является разработка точных математических моделей сложных процессов, посредством которых геномы развиваются с течением времени. Его исследовательская группа использует эти модели вместе с методами информатики и статистики как для того, чтобы заглянуть в прошлое, так и для решения вопросов, имеющих практическое значение для здоровья человека. [15]
Награды и почести [ править ]
Зипель был лауреатом стипендии Гуггенхайма в 2012 году. [15] Он также был награжден стипендией Дэвида и Люсиль Паккард в области науки и техники в 2007 году, стипендией исследовательского факультета Microsoft в 2007 году и стипендией Слоана в 2009 году.
Ссылки [ править ]
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Публикации Адама С. Сипеля , проиндексированные Google Scholar
- ^ Публикации Адама С. Сипеля, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Брайан Кугер, М.; Пайпс, Л.; Скина, Ф.; Прад, Р.; Зипель, А.; Палермо, Р.; Катце, МГ; Мейсон, CE; Блад, ПД (2014). «Возможность крупномасштабной сборки последовательностей следующего поколения с помощью Blacklight» . Параллелизм и вычисления: практика и опыт . 26 (13): 2157–2166. дои : 10.1002/cpe.3231 . ПМЦ 4185199 . ПМИД 25294974 .
- ^ Консорциум проекта ENCODE; Бирни Э ; Стаматояннопулос Х.А .; Дутта А ; Гиго Р; Гингерас ТР; Маргулис Э.Х.; Вэн З; Снайдер М; Дермицакис ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE» . Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B . дои : 10.1038/nature05874 . ПМК 2212820 . ПМИД 17571346 .
- ^ Резюме Адама Сипеля.
- ^ Зипель, AC; Халперн, Алабама; Маккен, К; Корбер, Б.Т. (1995). «Компьютерная программа, предназначенная для быстрого скрининга межподтипных рекомбинантных последовательностей ВИЧ типа 1» . Исследования СПИДа и ретровирусы человека . 11 (11): 1413–6. дои : 10.1089/aid.1995.11.1413 . ПМИД 8573400 .
- ^ Зипель, А.; Фармер, А.; Толопко А.; Чжуан, М.; Мендес, П.; Бивис, В.; Собрал, Б. (2001). «ISYS: децентрализованный, компонентный подход к интеграции гетерогенных ресурсов биоинформатики». Биоинформатика . 17 (1): 83–94. дои : 10.1093/биоинформатика/17.1.83 . ПМИД 11222265 .
- ^ Сипель, AC (2003). «Алгоритм для перечисления обращений сортировки для знаковых перестановок» (PDF) . Журнал вычислительной биологии . 10 (3–4): 575–97. CiteSeerX 10.1.1.114.8797 . дои : 10.1089/10665270360688200 . ПМИД 12935346 .
- ^ Зипель, А.; Бехерано, Дж; Педерсен, Дж. С.; Хинрикс, А.С.; Хоу, М; Розенблум, К; Клоусон, Х; Спит, Дж; Хиллиер, LW; Ричардс, С; Вайншток, генеральный директор; Уилсон, РК; Гиббс, РА; Кент, штат Вашингтон; Миллер, В; Хаусслер, Д. (2005). «Эволюционно консервативные элементы в геномах позвоночных, насекомых, червей и дрожжей» . Геномные исследования . 15 (8): 1034–50. дои : 10.1101/гр.3715005 . ПМЦ 1182216 . ПМИД 16024819 .
- ^ Косиол, К.; Винарж, Т. Ш.; Да Фонсека, РР; Хубиш, MJ; Бустаманте, CD; Нильсен, Р.; Сипель, А. (2008). «Модели положительного отбора в шести геномах млекопитающих» . ПЛОС Генетика . 4 (8): e1000144. дои : 10.1371/journal.pgen.1000144 . ПМЦ 2483296 . ПМИД 18670650 .
- ^ Поллард, Канзас; Хубиш, MJ; Розенблум, КР; Сипель, А. (2009). «Обнаружение степени ненейтрального замещения в филогении млекопитающих» . Геномные исследования . 20 (1): 110–21. дои : 10.1101/гр.097857.109 . ПМЦ 2798823 . ПМИД 19858363 .
- ^ Гронау, И.; Хубиш, MJ; Гулько, Б.; Данко, CG; Сипель, А. (2011). «Байесовский вывод о демографии древнего человека на основе отдельных последовательностей генома» . Природная генетика . 43 (10): 1031–4. дои : 10.1038/ng.937 . ПМЦ 3245873 . ПМИД 21926973 .
- ^ Арбиса, Л.; Гронау, И.; Аксой, Б.А.; Хубиш, MJ; Гулько, Б.; Кейнан, А.; Сипель, А. (2013). «Общегеномный вывод естественного отбора на сайтах связывания факторов транскрипции человека» . Природная генетика . 45 (7): 723–729. дои : 10.1038/ng.2658 . ПМЦ 3932982 . ПМИД 23749186 .
- ^ Гулько, Б.; Хубиш, MJ; Гронау, И.; Сипель, А. (2015). «Метод расчета вероятностей последствий приспособленности для точечных мутаций в геноме человека» . Природная генетика . 47 (3): 276–283. дои : 10.1038/ng.3196 . ПМЦ 4342276 . ПМИД 25599402 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Профиль Гуггенхайма. Архивировано 18 апреля 2012 г. в Wayback Machine.
