Рса РНК

Rsa РНК — это некодирующие РНК, обнаруженные у бактерии Staphylococcus aureus . Общее название происходит от их открытия и не подразумевает гомологии . Биоинформатическое сканирование выявило 16 семейств Rsa РНК, названных RsaA-K и RsaOA-OG. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Другие, RsaOH-OX, были обнаружены благодаря подходу RNomic. ^{[ 3 ]} Хотя РНК демонстрировали различные паттерны экспрессии, было показано, что многие из недавно обнаруженных РНК являются Hfq -независимыми и большинство из них содержат мотив C -rich (UCCC). ^{[ 1 ]}

RSAA

Подавляет трансляцию регулятора транскрипции MgrA путем связывания с его мРНК, усиливает образование биопленок и снижает вирулентность бактерий. ^{[ 4 ]} Другие мРНК: включая SsaA-подобные ферменты, участвующие в метаболизме пептидогликана, и секретируемый противовоспалительный белок FLIPr были признаны прямыми мишенями RsaA. ^{[ 5 ]}

рупий

RsaE обнаружен у других представителей рода Staphylococcus, таких как Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus saprophyticus , и является единственной Rsa РНК, обнаруженной за пределами этого рода, у Macrococcus Caseolyticus и Bacillus . У Bacillus subtilis RsaE ранее был идентифицирован как ncr22. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} RsaE также постоянно обнаруживается ниже PepF , который кодирует олигоэндопептидазу F. Функция RsaE была обнаружена с помощью анализа нокаута генов и сверхэкспрессии генов - было обнаружено, что он регулирует экспрессию нескольких ферментов, участвующих в метаболизме, посредством антисмыслового связывания их мРНК . ^{[ 1 ]}^{[ 3 ]}

Было показано, что RsaE регулируется присутствием оксида азота (NO). У Bacillus subtilis он контролирует экспрессию генов, функции которых связаны с окислительным стрессом и окислительно-восстановительными реакциями, и был переименован в RoxS (относящийся к окислительному стрессу). ^{[ 10 ]}

РСАФ

У видов S.aureus RsaF расположен в той же межгенной области, что и RsaE, и перекрывается с 3'-концом RsaE примерно на 20 п.н. В отличие от RsaE, RsaF и его вышележащий ген были идентифицированы только у видов S.aureus . ^{[ 1 ]}

РсаК

RsaK обнаружен в лидерной последовательности мРНК glcA , которая кодирует фермент, участвующий в системе глюкозо-специфической фосфотрансферазы . RsaK также содержит консервативную рибонуклеиновую антитерминаторную систему, распознаваемую белком GclT. ^{[ 11 ]}

РСАИ

РсаОГ ^{[ 2 ]} также переименован в RsaI ^{[ 1 ]} Считается, что он тонко регулирует регуляцию токсина или механизмов инвазии у S. aureus посредством механизмов транс-действия . Его вторичная структура содержит псевдоузел , образованный между двумя высококонсервативными неспаренными последовательностями. ^{[ 6 ]}

Шаблоны выражения

Было обнаружено, что RsaD, EH и I высоко экспрессируются у S. aureus . Уровни экспрессии других РНК Rsa варьировались в различных условиях окружающей среды, например, RsaC индуцировался холодовым шоком , а RsaA индуцировался в ответ на осмотический стресс . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Гены RsaE и RsaF перекрываются у видов S.aureus, но, по-видимому, имеют противоположные паттерны экспрессии. ^{[ 1 ]} Транскрипционная интерференция из-за перекрытия между σ ^А мотив узнавания и потенциальный σ ^Б сайт связывания предлагается как механизм, вызывающий дифференциальную экспрессию двух транскриптов. ^{[ 1 ]}^{[ 12 ]}