Jump to content

пакет R

(Перенаправлено из Комплексной сети архивов R )
большая синяя буква R
Логотип Р

Пакеты R являются расширениями языка статистического программирования R. Пакеты R содержат код, данные и документацию в стандартизированном формате коллекции, который может быть установлен пользователями R, обычно через централизованный репозиторий программного обеспечения , такой как CRAN (Комплексная сеть архивов R). [1] [2] Большое количество пакетов, доступных для R, а также простота их установки и использования были названы основным фактором, способствующим широкому распространению этого языка в науке о данных . [3] [4] [5] [6]

По сравнению с библиотеками других языков программирования пакеты R должны соответствовать относительно строгим спецификациям. [3] Руководство написанию расширений R по [7] определяет стандартную структуру каталогов для исходного кода R, данных, документации и метаданных пакета, что позволяет их устанавливать и загружать с помощью встроенных управления пакетами R. инструментов [3] Пакеты, распространяемые в CRAN, должны соответствовать дополнительным стандартам. [3] [8] По словам Джона Чемберса , хотя эти требования «налагают значительные требования» на разработчиков пакетов, они улучшают удобство использования и долгосрочную стабильность пакетов для конечных пользователей. [3]

Репозитории

[ редактировать ]

Комплексная сеть архивов R (CRAN)

[ редактировать ]
базовая домашняя страница веб-сайта с преимущественно текстом в полях и ссылками синего цвета, с заголовком «Комплексная сеть архивов R» вверху и логотипом языка программирования R в верхнем левом углу.
Домашняя страница Комплексной сети архивов R (CRAN)

Комплексная сеть архивов R (CRAN) — это центральный репозиторий программного обеспечения R , поддерживаемый R Foundation. [9] Он содержит архив последних и предыдущих версий дистрибутива R, документации и добавленных пакетов R. [10] Он включает в себя как исходные пакеты , так и предварительно скомпилированные двоичные файлы для Windows и macOS . [11] По состоянию на ноябрь 2020 г. , доступно более 16 000 пакетов. [12] CRAN была создана Куртом Хорником и Фридрихом Лейшем в 1997 году. [13] [14] с названием, соответствующим другим ранним системам упаковки, таким как выпущен ( Perl в году 1995 CTAN TeX (выпущен в 1992 году) и CPAN ). [15] По состоянию на 2021 год , его до сих пор поддерживают Хорник и команда волонтеров. [9] Главный сайт расположен в Венском университете экономики и бизнеса и зеркально отображается на серверах по всему миру. [10]

Домашняя страница для представлений задач R CRAN

Страница «Просмотры задач» (список тем) на сайте CRAN [16] перечисляет широкий спектр задач (в таких областях, как финансы, генетика, высокопроизводительные вычисления, машинное обучение, медицинская визуализация, метаанализ , социальные науки и пространственная статистика), для которых доступны пакеты R. Другой способ просмотра пакетов CRAN предоставляется Metacran: [17] который также поддерживает списки рекомендуемых, наиболее загружаемых, популярных или наиболее зависимых пакетов.

Количество пакетов CRAN росло в геометрической прогрессии в течение многих лет. [18] и по состоянию на 2018 год в среднем ежедневно делалось 21 представление новых или обновленных пакетов. [6] Поскольку каждая заявка проверяется вручную небольшой командой сопровождающих CRAN, многие из которых, по словам основного разработчика R Питера Далгаарда , «приближаются к пенсионному возрасту», есть опасения, что эта система не является устойчивой в долгосрочной перспективе. [6] Рост CRAN выявил ограничения его инфраструктуры управления зависимостями , в частности тот факт, что предполагается, что зависимости всегда относятся к последней версии пакета, а это означает, что новые выпуски пакетов CRAN всегда должны быть обратно совместимыми . [19] и что пакеты CRAN не могут иметь зависимостей, отличных от CRAN. [20] Это также привело к обеспокоенности по поводу снижения качества упаковок. [21]

MRAN и менеджер пакетов Posit

[ редактировать ]
Домашняя страница сети приложений Microsoft R (MRAN)

Сеть приложений Microsoft R (MRAN) является зеркалом CRAN, поддерживаемой Microsoft , которая основана на нисходящем дистрибутиве R, Microsoft R Open (ранее Revolution R Open). [22] Он также включает в себя архив ежедневных снимков CRAN, известный как «CRAN Time Machine», который позволяет пользователям MRAN обойти ограничения управления версиями зависимостей CRAN путем установки фиксированного набора версий пакета R через контрольную точку пакета. [23] [24] В январе 2023 года Microsoft объявила, что MRAN прекращает свое существование, а связанные с ним веб-сайты и репозитории стали недоступны в июле 2023 года. [25]

Домашняя страница менеджера пакетов Posit

Менеджер пакетов Posit (ранее — Диспетчер пакетов RStudio) — аналогичный инструмент, созданный разработчиками RStudio , который, помимо снимков CRAN, включает в себя архив пакетов R из Bioconductor и Python пакетов из Индекса пакетов Python . [26] Он также распространяет предварительно скомпилированные двоичные пакеты для Linux (в CRAN включены только двоичные файлы Windows и macOS). [27]

Другие репозитории

[ редактировать ]

Проект Bioconductor предоставляет пакеты R для анализа геномных данных. Сюда входят объектно-ориентированные инструменты обработки и анализа данных из Affymetrix , кДНК микроматрицы и высокопроизводительного секвенирования нового поколения. методы [28]

Домашняя страница R-Forge

Р-Фордж, [29] — это центральная платформа для совместной разработки пакетов R, программного обеспечения и проектов, связанных с R. R-Forge также содержит множество неопубликованных бета-пакетов и разрабатываемых версий пакетов CRAN.

[ редактировать ]

R распространяется с пятнадцатью «базовыми пакетами»: base, компилятор, наборы данных, grDevices, графика, сетка, методы, параллель, сплайны, статистика, статистика4, tcltk, инструменты, переводы и утилиты. [30]

Кроме того, существует пятнадцать «рекомендуемых пакетов» от CRAN, которые включены в двоичные дистрибутивы R: KernSmooth, MASS, Matrix, boot, class, кластер, codetools, зарубежный, решетка, mgcv, nlme, nnet, rpart, пространственный и выживание. [30]

Другие пакеты

[ редактировать ]

Группа пакетов под названием tidyverse , которую можно считать «диалектом языка R», становится все более популярной в экосистеме R. По состоянию на 13 июня 2020 г., Метакран [17] перечислил 7 из 8 основных пакетов tidyverse в списке наиболее загружаемых пакетов R. Группа пакетов стремится предоставить целостный набор функций для решения общих задач обработки данных, включая импорт, очистку, преобразование и визуализацию данных (особенно с пакетом ggplot2 ).

Пакеты инфраструктуры R [31] поддержка кодирования и разработки пакетов R, а по состоянию на 4 мая 2021 г., Metacran [17] перечисляет 16 из этих пакетов среди 25 наиболее загружаемых пакетов.

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Хорник, Курт (20 февраля 2020 г.). «Часто задаваемые вопросы по R» . Комплексная сеть архивов R. 7.29: В чем разница между пакетом и библиотекой? Архивировано из оригинала 9 июля 2011 г. Проверено 2 ноября 2020 г. {{cite web}}: CS1 maint: местоположение ( ссылка )
  2. ^ Уикхэм, Хэдли; Брайан, Дженнифер. "Введение". Пакеты R (2-е изд.). Архивировано из оригинала 29 июня 2022 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  3. ^ Перейти обратно: а б с д и Чемберс, Джон М. (2020). «S, R и наука о данных» . Журнал Р. 12 (1): 462–476. дои : 10.32614/RJ-2020-028 . ISSN   2073-4859 . Архивировано из оригинала 01.11.2020 . Проверено 2 ноября 2020 г.
  4. ^ Вэнс, Эшли (6 января 2009 г.). «Аналитики данных, очарованные мощью R» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 2 мая 2021 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  5. ^ Типпманн, Сильвия (29 декабря 2014 г.). «Инструменты программирования: Приключения с R» . Новости природы . 517 (7532): 109–110. дои : 10.1038/517109а . ПМИД   25557714 .
  6. ^ Перейти обратно: а б с Тиме, Ник (2018). «Поколение R» . Значение . 15 (4): 14–19. дои : 10.1111/j.1740-9713.2018.01169.x . ISSN   1740-9713 .
  7. ^ «Написание расширений R» . Комплексная сеть архивов R. Архивировано из оригинала 12 ноября 2020 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  8. ^ «Политика репозитория CRAN» . Комплексная сеть архивов R. Архивировано из оригинала 05.11.2020 . Проверено 2 ноября 2020 г.
  9. ^ Перейти обратно: а б Сопровождающие репозитория CRAN. «Политика репозитория CRAN» . Комплексная сеть архивов R. Р-проект. Архивировано из оригинала 11 ноября 2020 года . Проверено 20 ноября 2020 г.
  10. ^ Перейти обратно: а б Хорник, Курт (20 февраля 2020 г.). «Часто задаваемые вопросы по R» . Комплексная сеть архивов R. 2.1: Что такое CRAN?: R Project. Архивировано из оригинала 9 июля 2011 г. Проверено 20 ноября 2020 г. {{cite web}}: CS1 maint: местоположение ( ссылка )
  11. ^ Сопровождающие репозитория CRAN. «Комплексная сеть архивов R» . Р-проект. Архивировано из оригинала 23 января 2019 года . Проверено 20 ноября 2020 г.
  12. ^ Сопровождающие репозитория CRAN. «CRAN — Дополнительные пакеты» . Комплексная сеть архивов R. КРАН. Архивировано из оригинала 24 ноября 2020 года . Проверено 20 ноября 2020 г.
  13. ^ Хорник, Курт (23 апреля 1997 г.). «АНОНС: КРАН» . r-announce (список рассылки). Архивировано из оригинала 8 марта 2021 г. Проверено 20 ноября 2020 г.
  14. ^ Тиме, Ник (2018). «Поколение R» . Значение . 15 (4): 14–19. дои : 10.1111/j.1740-9713.2018.01169.x . ISSN   1740-9713 .
  15. ^ Фицджеральд, Брайан (9 февраля 2016 г.). «Обзор систем пакетов языков программирования» . Некоторые вещи очевидны . Архивировано из оригинала 09.11.2020 . Проверено 4 мая 2021 г.
  16. ^ «Представления задач CRAN» . cran.r-project.org . Архивировано из оригинала 9 июля 2011 г. Проверено 16 сентября 2018 г.
  17. ^ Перейти обратно: а б с «Метакран» . Архивировано из оригинала 20 апреля 2021 г. Проверено 4 мая 2021 г.
  18. ^ Асай, Мэтт (21 апреля 2016 г.). «Экспоненциальный рост сообщества R с открытым исходным кодом угрожает коммерческим конкурентам» . Техреспублика . Архивировано из оригинала 26 октября 2020 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  19. ^ Оомс, Йерун (2013). «Возможные направления улучшения управления версиями зависимостей в R» . Журнал Р. 5 (1): 197–206. arXiv : 1303.2140 . дои : 10.32614/RJ-2013-019 . ISSN   2073-4859 . S2CID   6791850 . Архивировано из оригинала 19 сентября 2020 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  20. ^ Декан, А.; Менс, Т.; Клаас, М.; Грожан, П. (2016). «Когда GitHub встречает CRAN: анализ проблем зависимости пакетов между репозиториями» . 2016 23-я Международная конференция IEEE по анализу, эволюции и реинжинирингу программного обеспечения (SANER) . Том. 1. С. 493–504. дои : 10.1109/SANER.2016.12 . ISBN  978-1-5090-1855-0 . S2CID   16751624 . Архивировано из оригинала 16 января 2021 г. Проверено 12 мая 2021 г.
  21. ^ Хорник, Курт (2012). «Слишком много пакетов R?» . Австрийский статистический журнал . 41 (1): 59–66–59–66. дои : 10.17713/ajs.v41i1.188 . ISSN   1026-597X . Архивировано из оригинала 26 ноября 2020 г. Проверено 2 ноября 2020 г.
  22. ^ «Добро пожаловать в МРАН» . Сеть приложений Microsoft R. Майкрософт . Архивировано из оригинала 4 мая 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
  23. ^ «Воспроизводимость: использование фиксированных снимков репозитория CRAN» . Сеть приложений Microsoft R. Майкрософт . Архивировано из оригинала 2 мая 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
  24. ^ Смит, Дэвид (22 мая 2019 г.). «Снимки MRAN и вы» . Революции . Революционная аналитика . Архивировано из оригинала 4 мая 2021 г. Проверено 4 мая 2021 г.
  25. ^ «Выход из эксплуатации сети приложений Microsoft R» . techcommunity.microsoft.com . Проверено 15 ноября 2023 г.
  26. ^ Лопп, Шон (07 декабря 2020 г.). «Менеджер пакетов RStudio 1.2.0 — Биокондуктор и PyPI» . Блог RStudio . RStudio . Архивировано из оригинала 4 мая 2021 г. Проверено 4 мая 2021 г.
  27. ^ Лопп, Шон (01 июля 2020 г.). «Анонсируем менеджер общедоступных пакетов и версию 1.1.6» . Блог RStudio . RStudio . Архивировано из оригинала 4 мая 2021 г. Проверено 4 мая 2021 г.
  28. ^ Хубер, В; Кэри, виджей; Джентльмен, Р ; Андерс, С; Карлсон, М; Карвалью, Б.С.; Браво, ХК; Дэвис, С; Гатто, Л; Гирке, Т; Готтардо, Р; Хане, Ф; Хансен, К.Д.; Иризарри, РА ; Лоуренс, М; С любовью, Мичиган; Макдональд, Дж; Обенчайн, В; Олесь, АК; Пажес, Х; Рейес, А; Шеннон, П; Смит, ГК; Тененбаум, Д; Уолдрон, Л; Морган, М (2015). «Организация высокопроизводительного геномного анализа с помощью Bioconductor» . Природные методы . 12 (2). Издательская группа Nature : 115–121. дои : 10.1038/nmeth.3252 . ПМЦ   4509590 . ПМИД   25633503 .
  29. ^ «Р-Фордж: Добро пожаловать» . Архивировано из оригинала 14 сентября 2018 г. Проверено 16 сентября 2018 г.
  30. ^ Перейти обратно: а б Хорник, Курт (20 февраля 2020 г.). «Часто задаваемые вопросы по R» . Комплексная сеть архивов R. 5.1: Какие дополнительные пакеты существуют для R?. Архивировано из оригинала 9 июля 2011 г. Проверено 2 ноября 2020 г. {{cite web}}: CS1 maint: местоположение ( ссылка )
  31. ^ «Р-инфраструктура» . Гитхаб . Архивировано из оригинала 19 мая 2021 г. Проверено 4 мая 2021 г.

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b8b5af86e83f734182116080b414fe07__1721424720
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b8/07/b8b5af86e83f734182116080b414fe07.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
R package - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)