Центр секвенирования генома человека
( Медицинского колледжа Бэйлора генома человека Центр секвенирования BCM -HGSC ) был основан Ричардом А. Гиббсом в 1996 году, когда Медицинский колледж Бэйлора был выбран в качестве одного из шести мировых центров для завершения заключительной фазы международного проекта по геному человека . [ 1 ] [ 2 ] Гиббс является нынешним директором BCM-HGSC.
Он занимает площадь более 36 000 квадратных футов (3300 м²). 2 ), в котором работает более 180 сотрудников, и является одним из трех геномных центров, финансируемых Национальными институтами здравоохранения , которые участвовали в завершении первой последовательности генома человека. BCM-HGSC внес примерно 10 процентов от общего объема проекта за счет секвенирования хромосом 3, 12 и X. [ 3 ] BCM-HGSC сотрудничал с исследователями из энергетики США Министерства Национальной лаборатории Лоуренса Беркли и Celera Genomics для секвенирования первого вида плодовой мухи , Drosophila melanogaster . [ 4 ] BCM-HGSC также завершил работу над вторым видом плодовой мухи ( Drosophila pseudoobscura ), [ 5 ] медоносная пчела ( Apis mellifera ), [ 6 ] и возглавил международный консорциум по секвенированию коричневой норвежской крысы . [ 7 ]
BCM-HGSC впоследствии секвенировал и аннотировал геном коровы ( Bos taurus ), морского ежа , макаки-резуса , валлаби таммара , Dictyostelium discoideum и ряда бактерий, вызывающих серьезные инфекции ( Rickettsia typhi , Enterococcus faecium , Mannheimia haemolytica , и Fusobacterium nucleatum ). BCM-HGSC внес основной вклад в программу сбора генов млекопитающих. [ 8 ] для секвенирования всех кДНК человека , а также Международного проекта картирования гаплотипов ( HapMap ). [ нужна ссылка ]
Другие исследования в рамках BCM-HGSC включают новые молекулярные технологии для картирования и секвенирования, новые химические методы для мечения ДНК, инструменты для манипуляций с ДНК , новые компьютерные программы для анализа геномных данных, гены, экспрессируемые при детских лейкозах , геномные различия, которые приводят к эволюционным изменениям. , роль генетических вариаций хозяина в течении инфекционных заболеваний и молекулярная основа конкретных генетических заболеваний. Здесь было проведено секвенирование для генетической эталонной панели дрозофил (DGRP). DGRP — это совместная работа, начатая Труди Маккей с целью установления общего стандарта для исследований Drosophila melanogaster . HGSC имеет активную программу биоинформатики с исследовательскими проектами с участием биологов и ученых-компьютерщиков. Исследуемые проблемы сосредоточены на разработке инструментов для генерации, манипулирования и анализа данных генома. [ нужна ссылка ]
BCM-HGSC также участвует в Консорциуме по наследственности и здоровью человека в Африке (H3Africa) . Результатом этого сотрудничества стало крупное исследование под руководством Нила Ханчарда , в котором полногеномное секвенирование было проведено у 426 человек из 50 этнолингвистических групп по всей Африке. [ 9 ] В рамках этого исследования было обнаружено более 3 миллионов ранее неописанных вариантов.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Исследовательские центры проекта генома человека» . web.ornl.gov . Проверено 14 февраля 2021 г.
- ^ Бергер, Эрик (28 октября 2007 г.). «Жизненный выбор австралийца поместил Хьюстон на карту генома» . Хрон . Проверено 14 февраля 2021 г.
- ^ «О БЦМ-HGSC» . БЦМ-HGSC . 04.03.2016 . Проверено 14 февраля 2021 г.
- ^ Адамс, Марк Д.; Селникер, Сьюзен Э.; Холт, Роберт А .; Эванс, Шерил А.; Гокейн, Жаннин Д.; Аманатидес, Питер Г.; Шерер, Стивен Э.; Ли, Питер В.; Хоскинс, Роджер А.; Галле, Ричард Ф.; Джордж, Рид А. (24 марта 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster» . Наука . 287 (5461): 2185–2195. Бибкод : 2000Sci...287.2185. . дои : 10.1126/science.287.5461.2185 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 10731132 .
- ^ Ричардс, Стивен; Лю, Юэ; Бетанкур, Брайан Р.; Градецкий, Павел; Летовский, Стэн; Нильсен, Расмус; Торнтон, Кевин; Хубиш, Мелисса Дж.; Чен, Руи; Мейзель, Ричард П.; Куронн, Оливье (январь 2005 г.). «Сравнительное секвенирование генома Drosophila pseudoobscura: эволюция хромосом, генов и цис-элементов» . Геномные исследования . 15 (1): 1–18. дои : 10.1101/гр.3059305 . ISSN 1088-9051 . ПМК 540289 . ПМИД 15632085 .
- ^ Солиньяк, Мишель; Чжан, Лан; Мугель, Флоренция; Ли, Биншань; Вотрен, Доминик; Моннеро, Моник; Корнюэ, Жан-Мари; Уорли, Ким С.; Вайншток, Джордж М.; Гиббс, Ричард А. (19 марта 2007 г.). «Геном Apis mellifera: диалог между картированием связей и сборкой последовательностей» . Геномная биология . 8 (3): 403. doi : 10.1186/gb-2007-8-3-403 . ISSN 1474-760X . ПМК 1868943 . ПМИД 17381825 .
- ^ Гиббс, Ричард А.; Вайншток, Джордж М.; Мецкер, Майкл Л.; Музный, Донна М.; Содергрен, Эрика Дж.; Шерер, Стивен; Скотт, Грэм; Штеффен, Дэвид; Уорли, Ким С.; Берч, Паула Э.; Оквуону, Джеффри (1 апреля 2004 г.). «Последовательность генома коричневой норвежской крысы дает представление об эволюции млекопитающих» . Природа . 428 (6982): 493–521. Бибкод : 2004Natur.428..493G . дои : 10.1038/nature02426 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 15057822 .
- ^ «Команды» . Genecollections.nci.nih.gov . Проверено 14 февраля 2021 г.
- ^ Чоудхури, Ананьо; Аарон, Шон; Боттиг, Лаура Р.; Сенгупта, Дхрити; Бота, Геррит; Бенселлак, Тауфик; Уэллс, Гордон; Кумутини, Джудит; Шрайнер, Дэниел; Факим, Ясмина Дж.; Гура, Аниса В. (октябрь 2020 г.). «Большие глубины африканских геномов определяют миграцию и здоровье людей» . Природа 586 (7831): 741–748. дои : 10.1038/ s41586-020-2859-7 ISSN 1476-4687 . ПМЦ 7759466 . ПМИД 33116287 .