буфер ТЕ

TE-буфер является широко используемым буферным раствором в молекулярной биологии , особенно в процедурах, связанных с ДНК , кДНК или РНК . «TE» происходит из его компонентов: Трис , обычного pH-буфера, и ЭДТА , молекулы, которая хелатирует катионы, такие как Mg. ²⁺. Целью буфера TE является растворение ДНК или РНК, защищая их от деградации.

Рецепт

Типичный рецепт изготовления буфера 1X TE:

10 мМ Трис , довести pH до 8,0 с помощью HCl.
1 мМ ЭДТА , довести pH до 8,0 с помощью NaOH.

Буфер TE также известен как буфер T ₁₀ E ₁ , что можно прочитать как «буфер T ten E one». Для приготовления 100 мл раствора буфера Т ₁₀ Е ₁ смешивают 1 мл 1 М трис-основания (рН 10–11) и 0,2 мл ЭДТА (0,5 М) и доводят бидистиллированной водой до объема 100 мл. Добавьте микролитры высокомолярной HCl, чтобы снизить pH до 8.

На основании исследований нуклеаз , проведенных в 1980-х годах, pH обычно доводят до 7,5 для РНК и 8,0 для ДНК . ^{[ нужна ссылка ]} Предполагается, что соответствующие ДНК- и РНК-нуклеазы менее активны при этих значениях pH, но pH 8,0 можно безопасно использовать для хранения как ДНК, так и РНК. ^{[ нужна ссылка ]}.

ЭДТА дополнительно инактивирует ДНКазу , связываясь с катионами металлов, необходимыми для этого фермента. ^{[ 1 ]}

Геномную и плазмидную ДНК можно хранить в буфере TE при температуре 4 °C (39,2 °F) для кратковременного использования или от -20 °C (-4 °F) до -80 °C (-112 °F) для длительного использования. срок хранения. Следует избегать повторных циклов замораживания-оттаивания. ^{[ 2 ]}

Низкий TE или TE с низким содержанием ЭДТА

Действие буфера TE основано на хелатировании металлов катионов , таких как Mg. ²⁺. Проблема в том, что для ПЦР- полимеразы также требуется Mg. ²⁺ работать, поэтому, если количество ЭДТА слишком велико, это может повлиять на ПЦР. Существует версия буфера TE с в 10 раз меньшим количеством ЭДТА, которая очень часто используется в наборах для судебно-медицинской экспертизы STR. В связи с использованием наборов с мультиплексной амплификацией необходимо иметь меньшее количество ЭДТА в образце, чтобы не мешать Mg . ²⁺ присутствует в реакции. Если для разбавления образца использовать обычный TE-буфер, в профиле ДНК будет наблюдаться дисбаланс, тогда как Low TE будет иметь лучший баланс. Буфер Low TE или буфер TE Low EDTA состоит из 10 мМ трис-HCl (pH 8,0) + 0,1 мМ ЭДТА.

См. также

Буфер LB , литий-боратный буфер, аналогичный буфер, содержащий ионы лития вместо Триса.
Буфер TAE и буфер TBE часто используются в процедурах, связанных с нуклеиновыми кислотами, наиболее распространенным из которых является электрофорез.

Ссылки

pH7,4 TE-буфер = 100 мМ/л Трис (pH 7,4) + 10 мМ/л ЭДТА (pH 8,0) из Молекулярного клонирования: Лабораторное руководство

^ Яги Н, Сатонака К, Хорио М, Симогаки Х, Токуда Ю, Маэда С (1996). «Роль ДНКазы и ЭДТА в деградации ДНК в тканях, фиксированных формальдегидом». Биотехника и гистохимия . 71 (3): 123–129. дои : 10.3109/10520299609117148 . ПМИД 8724437 .
^ Росс; Хейтс, Келли (1990). «Многократное замораживание и оттаивание периферической крови и ДНК в суспензии: влияние на выход и целостность ДНК» . Журнал медицинской генетики . 27 (9): 569–570. дои : 10.1136/jmg.27.9.569 . ПМЦ 1017219 . ПМИД 2231649 .

Внешние ссылки

«OpenWetWare: буфер TE» . Проверено 2 июля 2006 г.

[1] Яги Н, Сатонака К, Хорио М, Симогаки Х, Токуда Ю, Маэда С (1996). «Роль ДНКазы и ЭДТА в деградации ДНК в тканях, фиксированных формальдегидом». Биотехника и гистохимия . 71 (3): 123–129. дои : 10.3109/10520299609117148 . ПМИД 8724437 .

[2] Росс; Хейтс, Келли (1990). «Многократное замораживание и оттаивание периферической крови и ДНК в суспензии: влияние на выход и целостность ДНК» . Журнал медицинской генетики . 27 (9): 569–570. дои : 10.1136/jmg.27.9.569 . ПМЦ 1017219 . ПМИД 2231649 .

[ 1 ]

[ 2 ]