Quaranjavirus
| Quaranjavirus | |
|---|---|
| |
| Вирус реки Цигнет | |
Классификация вирусов 
| |
| (не вмешательство): | Вирус |
| Область : | Рибовирия |
| Королевство: | Orthornavirae |
| Филум: | Денавирикота |
| Сорт: | Inshoviricetes |
| Заказ: | Артикулавиралс |
| Семья: | Orthomyxoviridae |
| Род: | Quaranjavirus |
| Разновидность [ 1 ] | |
Quaranjavirus РНК -вирусов , - это род охваленных одно из семи родов в вирусов семействе Orthomyxoviridae . Геном , как правило , представляет собой одноцепочечную с отрицательным смыслом сегментированную РНК с шестью сегментами. Род содержит два вида: вирус атолла Джонстона и вирус Quaranfil ; Было предложено содержать виды или штаммы, включая вирус реки Сигнет, вирус озера Чад, вирус Тюлека и вирус залива Wellfleet. [ Цитация необходима ] Каранджавирусы преимущественно заражают членистоногие и птицы ; По состоянию на март 2015 года [update], Quaranfil Quaranjavirus является единственным членом рода, который, как было показано, заражает людей. Вирусы Quaranfil позвоночными и Johnston Atoll передаются между клещами , напоминающими , еще членов Thogotovirus одного рода Orthomyxoviridae .
История
[ редактировать ]Вирус Quaranfil был первым изолирован от людей в Египте в 1953 году. [ 2 ] Вирус Атолла Джонстона и вирус озера Чад были впервые выделены от птиц в 1964 и 1969 годах соответственно. [ 3 ] В 1989 году, основываясь на появлении вирусных частиц под электронным микроскопом , HG Zeller и коллеги предположили, что их следует классифицировать как аренавирусы , [ 4 ] Но это не было принято Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV). [ 5 ] [ 6 ] В 2009 году, основываясь на данных последовательности и структуре частиц вируса, Рэйчел Прести и его коллеги предположили, что три вируса должны быть классифицированы как новый род ортомиксовирусов , первоначально названный «Quarjavirus». [ 3 ] Впоследствии были предложены несколько других вирусов в качестве членов рода. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] Род был официально предложен в ICTV в 2012 году под названием «Quaranjavirus», [ 2 ] и официально одобрен этим органом в 2013 году. [ 11 ] [ 12 ]
Номенклатура
[ редактировать ]Вирус Quaranfil назван в честь Quaranfil , одной из деревень недалеко от Каира , из которой был выделен вирус. Вирус атолла Джонстона назван в честь атолла Джонстона в Тихом океане , также где вирус был первым изолирован. [ 2 ] [ 3 ] Название рода сочетает в себе «Quaran», с «Ja» J Ohnston для . [ 2 ]
Вирусология
[ редактировать ]
Вирусная частица охвалена и сферической, яйцевидной или переменной формы, с диаметром, как правило, в диапазоне 80–120 нм . [ 4 ] [ 13 ] [ 14 ] Вирусная частица содержит около десяти гранул, подобных рибосоме , особенность аренавирусов. [ 4 ] Он несет поверхностные проекции по -разному описаны как 4–5 нм в длину [ 4 ] и 10–14 нм в длину и 4–6 нм в диаметре. [ 14 ]
Одноцепочечный правило , , -геном РНК линейный и сегментирован, как с шестью сегментами 0,9–2,4 КБ и общим размером около 11,5 КБ. [ 14 ] Вирус Wellfleet Bay имеет седьмой сегмент 519 нуклеотидов . [ 9 ] Геном кодирует шесть или (в вирусе Wellfleet Bay) семь белков. Субъединицы PA, PB1 и PB2 тримерного РНК -полимеразного фермента кодируются тремя крупнейшими сегментами (1–3), как и у других ортомиксовирусов. оболочки Сегмент 5 кодирует гликопротеин (GP). Белки неизвестной функции кодируются сегментами 4 и 6, [ 2 ] [ 13 ] [ 14 ] которые недавно были предварительно назначены для вирусного нуклеопротеина и матричного белка соответственно. [ 9 ] Сегмент 7 вируса Wellfleet Bay кодирует дополнительный белок неизвестной функции. [ 9 ] Гликопротеин каранджавируса не проявляет сходства с гликопротеинами вируса гриппа ( гемагглютинин и нейрораминидазу ) и вместо этого показывает некоторое сходство с гликопротеином GP64 бакуловирусов , которые инфицируют насекомых, а также гликопротеину, а также . , а также желудочно-летних [ 2 ]
Цикл репликации вируса Quaranfil занимает около 24–36 часов, что сопоставимо с тоготовирусами и медленнее, чем вирусы гриппа. [ 3 ]
Ассортимент хозяев и болезнь
[ редактировать ]Quaranjaviruses заражают хозяева членистороннего и позвоночных . Наиболее распространенными хозяевами членистоногих являются виды мягкого тела (семейство Argasidae ) клещей . [ 9 ] Большинство членов не могут заразить клеточные линии комаров в лаборатории. [ 9 ] В 2015 году были предложены несколько новых членов рода на основе последовательностей РНК, полученных от комаров, мух , других насекомых и неосконского паука. [ 10 ]
Водные птицы, которые гнездятся в колониях, являются наиболее распространенными хозяевами позвоночных, включая Gannets , Terns и Herons . [ 9 ] Вирусы Cygnet River и Wellfleet Bay были связаны с часто лечебным заболеванием у фермерских и диких уток с симптомами, включая диарею и летаргию . [ 7 ] [ 9 ] Большинство тестируемых членов рода могут заразить мышей в лабораторных условиях; Они вызывают серьезную патологию и часто являются смертельными. [ 3 ] [ 4 ] Вирус Quaranfil является единственным членом рода, который, как было показано, заражает людей; Инфекция, как правило, кажется бессимптомной и иногда сообщается, что она связана с легкой лихорадкой. [ 2 ] [ 3 ]
Виды и штаммы
[ редактировать ]Два вида были подтверждены ICTV , вирусом атолла Джонстона и вирусом Quaranfil . [ 15 ] Были также предложены вирус вируса реки Сигнет, вирус озера Чед, вирус Тюлека и вирус залива Wellfleet, принадлежат к роду; [ 3 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Тринадцать дополнительных видов или штаммов, наиболее тесно связанных с вирусом атолла Джонстона, были идентифицированы из ряда членистоногих, основанных на данных РНК. [ 10 ]
| Виды/напряжение | РНК -сегменты | Диаметр (нм) | Векторы | Хозяева позвоночных | Распределение | Рефери |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Ривер Cygnet | мускусная утка | Австралия | [ 7 ] | |||
| Johnston Atoll | 165–200 | Ornithodoros клещей | Цыпленка , мышь | Австралазия, Тихоокеан | [ 3 ] [ 4 ] | |
| Озеро Чад | Мышь , виселлиновая ткача маска | Африка | [ 3 ] | |||
| Quaranfil | ≥6 | 100 или 137–156 | Аргас тикает | Мышь , человеческие, морские птицы | Африка, Азия | [ 3 ] [ 4 ] |
| Tyulek | 6 | Аргас тикает | Азия | [ 8 ] [ 9 ] | ||
| Wellfleet Bay | ≥7 | 90–110 | Обыкновенный Eider | Северная Америка | [ 9 ] |
Вирус Quaranfil и связанные с ними штаммы
[ редактировать ]Вирус Quaranfil был первоначально изолирован в 1953 году от двух детей с легкой лихорадкой в деревнях Квартанфил и Синдбис , недалеко от Каира в Египте. [ 2 ] [ 3 ] Антитела к вирусу были продемонстрированы примерно у 8% людей, отобранных в этом районе, хотя дальнейших случаев симптоматического заболевания не сообщалось. Географический диапазон вируса широкий, также включающий Нигерию и Южную Африку в Африке, а также Афганистан , Ирак , Иран , Кувейт и Йемен на Ближнем Востоке и Азии. Вирус также был выделен из морских птиц и от клещей, таких как мягкий тел Аргас Арбореус . [ 3 ] Было показано, что вирус передается между позвоночными клещами. [ 2 ] В лаборатории это вызывает тяжелые заболевания у мышей. [ 3 ] [ 4 ]
Вирус Cygnet River и Wellfleet Bay
[ редактировать ]Вирус реки Сигнет был выделен в 2010 году из эмбрионированных яиц московической утки ( Cairina Moschate ) из реки Cygnet , остров Кенгуру в Австралии. Вирус был связан с вспышкой тяжелых заболеваний у фермерских уток. [ 7 ]
Вирус Wellfleet Bay был выделен из уток Wild Eider Common Eider ( Somateria Mollissima ) в Джереми -Пойнт, залив Wellfleet в Кейп -Код , штат Массачусетс , США. Вирус был связан с вспышкой тяжелой болезни в 2010 году, и предположительно, что он был фактором в серии аналогичных вспышек в 1998–2013 годах. [ 9 ]
Два вируса тесно связаны и могут быть штаммами одного и того же вируса; Они также связаны с вирусом Quaranfil . [ 7 ] [ 9 ]
Вирус озера Чад
[ редактировать ]Вирус озера Чад был изолирован в 1969 году от ткачей вителлиной ткачей ( Ploceus vitellinus ) из озера Чад в Нигерии , и еще не был изолирован в других местах. [ 3 ] [ 9 ] Вирус вызывает тяжелые заболевания у мышей в лабораторных условиях. Это наиболее тесно связано с вирусом Quaranfil . [ 3 ]
Джонстон Атолл Вирус
[ редактировать ]Вирус атолла Джонстона был сначала изолирован в 1964 году от клещей из мягкого тела Ornithodoros capensis, заражая коричневую гадди ( Anous Stolidus ) с Песчаного острова, Johnston Atoll , в Тихом океане. Его ассортимент также включает Гавайи , Австралию и Новую Зеландию . [ 3 ] Было показано, что вирус передается между позвоночными клещами. [ 2 ] В лаборатории это вызывает тяжелые заболевания у мышей и цыплят. [ 3 ] [ 4 ]
Вирус Тюлека
[ редактировать ]Вирус Тюлека был выделен из мягкого тела Argas vulgaris клещей, заражающих птиц рекой Аксу возле деревни Тюлек в Кыргызстане . Вирус тесно связан как с вирусами Quaranfil , так и с Johnston Atoll . [ 8 ]
Другие предполагаемые штаммы
[ редактировать ]Тринадцать последовательностей РНК с 34–40% идентичности последовательности с вирусом атолла Джонстона были идентифицированы у насекомых и пауков в Китае . Putative hosts include Neoscona nautica (spider), Atherigona orientalis (pepper fruit fly), Chrysomya megacephala (oriental latrine fly), Sarcophaga (flesh flies), Musca domestica (housefly), Culex tritaeniorhynchus , C. quinquefasciatus , Anopheles sinensis and Armigeres subalbatus ( комары), психода-альтерната (муха моли), Hippoboscoidea (муха в цепи), а также неопознанные виды в группах Tabanidae (лошади), Gerridae (Water Strider) и Stratiomydae (солдатская муха). [ 10 ] Почти 50 вирусов, связанных с Orthomyxoviridae, были идентифицированы в широком разнообразии хозяев насекомых после вычислительного вируса скрининга крупнейшего сбора транскриптомов насекомых, выбранных по всему миру. [ 16 ] Вирусы, связанные с Orthomyxoviridae, были впервые обнаружены у хозяев насекомых, таких как Raphidioptera , Dermaptera , Archaeognatha , Neuroptera , Phasmatodea , Zygentoma и Lepidoptera . [ 16 ] Эти результаты помещают каранджавирус в парафилетическое положение для других вирусов Orthomyxoviridae с последствиями для таксономических оценок и эволюции вирусов.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Таксономия вируса: выпуск 2018b» (HTML) . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2019 года . Получено 4 июня 2019 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон глин час я Дж McCauley JW, Hongo S, Kaverin NV, Kochs G, Lamb RA, et al. (2012). «Создайте 2 новых вида в предлагаемом новом роде Quaranjavirus » (PDF) . Международный комитет по таксономии вирусов . Архивировано из оригинала (PDF) 2 апреля 2015 года . Получено 12 марта 2015 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон глин час я Дж k л м не а п Q. Прести Р.М., Чжао Дж, Битти Вл. (Ноябрь 2009 г.). Orthomyxoviridae"Полем Журнал вирусологии 83 (22): 11599–6 doi : 10.1128/ jvi.0067-0 PMC 2772707 . PMID 19726499 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон глин час я Зеллер Х.Г., Карабатсос Н., Калишер К.Х. , Дигутт Дж.П., Мерфи Ф.А., Шоп Р.Е. (1989). «Электронная микроскопия и антигенные исследования нехарактеризованных вирусов. I. данные, свидетельствующие о размещении вирусов в семействах Arenaviridae, Paramyxoviridae или Poxviridae» . Архив вирусологии . 108 (3–4): 191–209. doi : 10.1007/bf01310934 . PMID 2690775 . S2CID 37237884 .
- ^ Büchen-Osmond C, ed. (2006). «Индекс вирусов - Arenaviridae» . ICTVDB - база данных универсального вируса, версия 4 . Колумбийский университет. Архивировано с оригинала 10 марта 2015 года . Получено 16 марта 2015 года .
- ^ Büchen-Osmond C, ed. (2006). «Индекс вирусов - незначенные вирусы» . ICTVDB - база данных универсального вируса, версия 4 . Колумбийский университет. Архивировано из оригинала 26 апреля 2013 года . Получено 16 марта 2015 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон Kessell A, Hyatt A, Lehmann D, Shan S, Crameri S, Holmes C, et al. (Декабрь 2012 г.). «Вирус реки Сигнет, новый ортомиксовирус от уток, Австралия» . Возникающие инфекционные заболевания . 18 (12): 2044–6. doi : 10.3201/eid1812.120500 . PMC 3557875 . PMID 23171630 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый L'vov DK; Al'khovskiĭ SV; Shchelkanov MIu; Shchetinin AM; Deriabin PG; et al. (2014). "[Taxonomic status of the Tyulek virus (TLKV) (Orthomyxoviridae, Quaranjavirus, Quaranfil group) isolated from the ticks Argas vulgaris Filippova, 1961 ( Argasidae ) from the birds burrow nest biotopes in the Kyrgyzstan]". Voprosy virusologii (in Russian). 59 : 28–32.
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый и фон глин час я Дж k л м не Allison AB, Ballard JR, Tesh RB, Brown JD, Ruder MG, Keel Mk, et al. (Январь 2015). «Циклическая птичья массовая смертность на северо -востоке Соединенных Штатов связана с новым ортомиксовирусом» . Журнал вирусологии . 89 (2): 1389–403. doi : 10.1128/jvi.02019-14 . PMC 4300652 . PMID 25392223 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый Li CX, Shi M, Tian JH, Lin XD, Kang YJ, Chen LJ, et al. (Январь 2015). «Беспрецедентное геномное разнообразие вирусов РНК у членистоногих выявляет происхождение вирусов РНК отрицательного смысла» . элиф . 4 : E05378. doi : 10.7554/elife.05378 . PMC 4384744 . PMID 25633976 .
- ^ «История таксономии ICTV для Quaranjavirus» . Международный комитет по таксономии вирусов . Получено 16 марта 2015 года .
- ^ Адамс М.Дж., Кинг Ам, Карстенс Э.Б. (сентябрь 2013 г.). «Голосование по ратификации по таксономическим предложениям Международному комитету по таксономии вирусов (2013)» . Архив вирусологии . 158 (9): 2023–30. doi : 10.1007/s00705-013-1688-5 . PMID 23580178 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный "Quaranjavirus" . Вирус . Швейцарский институт биоинформатики . Архивировано из оригинала 28 февраля 2015 года . Получено 14 марта 2015 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный в дюймовый «Примечания по роду: Quaranjavirus» . Описания вирусов растений . Rothamsted Research . Получено 14 марта 2015 года .
- ^ «Список мастеров ICTV 2014 V2» . Международный комитет по таксономии вирусов . 2014. Архивировано с оригинала 2 апреля 2015 года . Получено 12 марта 2015 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Käfer S, Paraskevopoulou S, Zirkel F, Wieseke N, Donath A, Petersen M, et al. (Декабрь 2019). «Восстановление разнообразия негативных вирусов РНК негативных цепей у насекомых» . PLO -патогены . 15 (12): E1008224. doi : 10.1371/journal.ppat.1008224 . PMC 6932829 . PMID 31830128 .