Jump to content

ФАМ71Д

ГАРИН2
Идентификаторы
Псевдонимы GARIN2 , C14orf54, семейство со сходством последовательностей 71, член D, член 2 семейства интеракторов RAB2, ассоциированный с Гольджи, GARI-L1, FAM71D, GARI-L2
Внешние идентификаторы МГИ : 1918147 ; Гомологен : 49887 ; Генные карты : ГАРИН2 ; ОМА : ГАРИН2 - ортологи
Ортологи
Разновидность Человек Мышь
Входить
Вместе
ЮниПрот
RefSeq (мРНК)

НМ_173526
НМ_001395907

НМ_027597
НМ_029069

RefSeq (белок)

НП_775797

Местоположение (UCSC) Чр 14: 67,19 – 67,23 Мб Чр 12: 78,69 – 78,73 Мб
в PubMed Поиск [ 3 ] [ 4 ]
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

FAM71D , также известный как хромосомы 14 открытая рамка считывания 54 (C14orf54), представляет собой белок , который у человека кодируется геном FAM71D на хромосоме 14 . [ 5 ] Ортологи FAM71D достигли в эволюции рептилий , однако по гомологии они ближе к приматам , чем любые другие ортологи. FAM71D имеет 6 паралогов: FAM71A , FAM71B , FAM71C , FAM71E1 , FAM71F1 и FAM71F2. [ 6 ] которые кодируют белок неизвестной функции.

У человека FAM71D расположен в положении 14q23.3 и простирается между позициями 67189393 и 67228550 (размер 39157 п.н.). [ 7 ] Он кодирует как минимум 10 уникальных изоформ человеческого белка : первичную изоформу (422 аминокислоты; также обозначается X1), [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] изоформа X2 (417 а.к.), [ 12 ] изоформа X3 (413 а.к.), [ 13 ] изоформа X4 (400 а.к.), [ 14 ] изоформа X5 (399 а.к.), [ 15 ] изоформа X6 (398 а.к.), [ 16 ] изоформа X7 (392 а.к.), [ 17 ] [ 18 ] изоформа X8 (389 а.к.), [ 19 ] изоформа X9 (347 а.к.), [ 20 ] изоформа X10 (336 а.к.) [ 21 ] У людей FAM71D кодирует цепь мРНК длиной 1790 пар оснований. МРНК человека состоит из 5'-нетранслируемого участка длиной 290 оснований и 3'-нетранслируемого участка длиной 231 основание. [ 22 ] Ген имеет следующих соседей в одной хромосоме:

MPP5 : член 5 подсемейства MAGUK p55 играет роль в подавлении опухоли и кластеризации рецепторов.
GPHN : гефирин играет роль в закреплении тормозных рецепторов нейромедиаторов на постсинаптическом цитоскелете.
AT6V1D: субъединица D протонной АТФазы V-типа, фермент, который опосредует подкисление эукариотических внутриклеточных органелл.
SF3B44P1: фактор сплайсинга 3b, субъединица 4, псевдоген 1.
LOC101927920: Вероятный белок биогенеза рибосом RLP24-подобный
LOC105370538: Неохарактеризованный белок.
LOC105370541: Неохарактеризованный белок.

[ 23 ]

Гомология

[ редактировать ]

[ 24 ]

Род и вид Общее имя Инвентарный номер Сек. Длина Сек. Личность Сек. Сходство
Пан-троглодиты Шимпанзе XP_0011335797.2 422 а 97% 98%
Хлороцебус Сабей Зеленая обезьяна XP_007985246.1 422 а 94% 97%
Макака мулатта Макака-резус XP_001102828.2 422 а 94% 96%
Дромадер верблюд Дромадер XP_5010975019.1 476 а 70% 81%
Виконья пакос Альпака XP_006207055.1 573 а 70% 80%
Бос Телец Крупный рогатый скот XP_010807832.1 400 а 68% 79%
Расхождение Odobenus rosmarus Морж XP_004397632.1 412 а 70% 81%
Птеропусы-вампиры Большая летучая лисица XP_011384479.1 527 а 73% 80%
Кот Кот XP_011281587.1 398 а 74% 82%
Мышиная мышца Мышь НП_083345.1 440 а 59% 74%
Ориктолагус куникулюс Европейский кролик XP_008270069.1 397 а 75% 84%
козел козел Козел XP_005686047.1 397 а 72% 82%
Пантолопс ходгсонии Тибетская антилопа XP_005961615.1 397 а 71% 82%
Косатки косатка Косатка XP_004262188.1 391 а 72% 81%
Турсиопс trucatus Афалина XP_004322689.1 391 а 72% 81%
Фсетер катодон Кашалот XP_007119740.1 397 а 72% 82%
Лошадь лошадь Лошадь XP_005605311.1 386 а 69% 79%
Айлуропода меланолеука Гигантская панда XP_0112304461.1 417 а 71% 81%
Фукомис демаренсис Димаралендский слепыш XP_010643626.1 412 а 74% 83%

Первичный белок, кодируемый FAM71D у человека, имеет длину 422 аминокислоты и молекулярную массу 47076 Да. [ 25 ] Белок является частью функционально неохарактеризованного семейства белков (pfam 12480) с доменом неизвестной функции DUF3699. [ 26 ]

Структура

[ редактировать ]

Доступно несколько инструментов для прогнозирования вторичной структуры белка. Одним из инструментов, который объединяет результаты нескольких из них, является PELE на SDSC Biology WorkBench. [ 27 ] Согласно этому инструменту, вторичная структура белка состоит в основном из альфа-спиралей , бета-стендов и спирально-спиральных доменов.

Посттрансляционные модификации

[ редактировать ]

Как и любой другой белок, этот белок претерпевает посттрансляционные модификации . Прогнозируется, что FAM71D будет содержать 2 сигнала ядерного экспорта : [ 28 ] и не имеет ни сигнального пептида, ни сигнального пептида. [ 29 ] и трансмембранные домены . [ 30 ]

Взаимодействия

[ редактировать ]

FAM71D взаимодействует с PGK2, [ 31 ] ТУБА3С, [ 31 ] и HSPB1. [ 32 ] Также ожидается, что FAM71D будет взаимодействовать со следующими белками с помощью STRING : [ 33 ]

THUMPD3: домен THUMP, содержащий 3
CCDC170: спиральный домен, содержащий 170
KLH10: Чашеобразный 10
TMEM48 : трансмембранный белок 48.
SHCBP1L: белок, связывающий SHC SH2-домен.
ASNA1 : транспортер арсенита arsA
PPP1R16A: фосфат белка 1, регуляторная субъединица 16А.
IZUMO1 : слияние сперматозоида и яйцеклетки Izumo 1
SF3B2 : Коэффициент сплайсинга 3b, отправьте 2
TUBB4B: Тубулин, бета 4B, класс IVb.

Выражение

[ редактировать ]

FAM71D в первую очередь экспрессируется в семенниках человека и экспрессируется только на стадии развития взрослого человека. [ 34 ] GEO Данные микрочипов также подтверждают экспрессию FAM71D у людей. [ 35 ]

[ 36 ]

Клиническая значимость

[ редактировать ]

Ни одно исследование не выявило прямой связи белка FAM71D с определенными заболеваниями. Однако с использованием профилей NCBI GEO было обнаружено, что FAM71D чрезмерно экспрессируется у пациентов с неразорвавшимися внутричерепными аневризмами .

  1. ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000172717 Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000056987 Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ «Белок NCBI» .
  6. ^ «NCBI BLAST (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  7. ^ «Ген NCBI» .
  8. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  9. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  10. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  11. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  12. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  13. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  14. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  15. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  16. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  17. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  18. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  19. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  20. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  21. ^ «NCBI Белок (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  22. ^ «Нуклеотид NCBI (Национальный центр биотехнологической информации)» . 4 мая 2019 г.
  23. ^ «NCBI Gene (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  24. ^ «NCBI Blast (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  25. ^ «ФосфоситПлюс» .
  26. ^ «Консервированные домены NCBI (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  27. ^ «Биологический верстак» . [ постоянная мертвая ссылка ]
  28. ^ «ЦБС (Центр анализа биологических последовательностей)» .
  29. ^ «ЦБС (Центр анализа биологических последовательностей)» .
  30. ^ «ЦБС (Центр анализа биологических последовательностей)» .
  31. ^ Jump up to: а б «БиоГрид3.3» .
  32. ^ «Мента» .
  33. ^ «СТРУНА 10» .
  34. ^ «NCBI UniGene (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  35. ^ «NCBI UniGene (Национальный центр биотехнологической информации)» .
  36. ^ «NCBI Gene (Национальный центр биотехнологической информации)» .

'

Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 1eb7e5880a2f0af3f9451e6de6c5e9db__1676366940
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/1e/db/1eb7e5880a2f0af3f9451e6de6c5e9db.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
FAM71D - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)