✖


Jump to content

Многофакторное снижение размерности

    Add links

    Многофакторное снижение размерности ( MDR ) — это статистический подход, также используемый в машинного обучения . автоматических подходах [1] для обнаружения и описания комбинаций атрибутов или независимых переменных , которые взаимодействуют, оказывая влияние на зависимую переменную или переменную класса. [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] MDR был разработан специально для выявления неаддитивных взаимодействий между дискретными переменными, которые влияют на бинарный результат, и считается непараметрической и не требующей моделей альтернативой традиционным статистическим методам, таким как логистическая регрессия .

    В основе метода MDR лежит конструктивный алгоритм индукции или проектирования признаков , который преобразует две или более переменных или атрибутов в один атрибут. [9] Этот процесс создания нового атрибута меняет пространство представления данных. [10] Конечная цель — создать или обнаружить представление, которое облегчает обнаружение нелинейных или неаддитивных взаимодействий между атрибутами, так что прогнозирование переменной класса улучшается по сравнению с исходным представлением данных.

    Показательный пример

    [ редактировать ]

    Рассмотрим следующий простой пример с использованием функции исключающее ИЛИ (XOR). XOR — это логический оператор , который обычно используется в интеллектуальном анализе данных и машинном обучении как пример функции, которая не является линейно разделимой. В таблице ниже представлен простой набор данных, в котором связь между атрибутами (X1 и X2) и переменной класса (Y) определяется функцией XOR, так что Y = X1 XOR X2.

    Таблица 1

    Х1 Х2 И
    0 0 0
    0 1 1
    1 0 1
    1 1 0

    Алгоритму машинного обучения необходимо обнаружить или аппроксимировать функцию XOR, чтобы точно предсказать Y, используя информацию о X1 и X2. Альтернативной стратегией было бы сначала изменить представление данных с помощью конструктивной индукции, чтобы облегчить прогнозное моделирование. Алгоритм MDR изменит представление данных (X1 и X2) следующим образом. MDR начинается с выбора двух атрибутов. В этом простом примере выбраны X1 и X2. Проверяется каждая комбинация значений X1 и X2 и подсчитывается количество раз Y=1 и/или Y=0. В этом простом примере Y=1 встречается ноль раз, а Y=0 встречается один раз для комбинации X1=0 и X2=0. При использовании MDR соотношение этих значений вычисляется и сравнивается с фиксированным порогом. Здесь соотношение счетчиков равно 0/1, что меньше нашего фиксированного порога 1. Поскольку 0/1 <1, мы кодируем новый атрибут (Z) как 0. Когда соотношение больше единицы, мы кодируем Z как 1. Этот процесс повторяется для всех уникальных комбинаций значений X1 и X2. Таблица 2 иллюстрирует наше новое преобразование данных.

    Таблица 2

    С И
    0 0
    1 1
    1 1
    0 0

    Алгоритму машинного обучения теперь предстоит гораздо меньше работы по поиску хорошей прогнозирующей функции. Фактически, в этом очень простом примере функция Y = Z имеет точность классификации 1. Приятной особенностью методов конструктивной индукции, таких как MDR, является возможность использовать любой метод интеллектуального анализа данных или машинного обучения для анализа нового представления данные. Деревья решений , нейронные сети или простой байесовский классификатор могут использоваться в сочетании с показателями качества модели, такими как сбалансированная точность. [11] [12] и взаимная информация. [13]

    Машинное обучение с MDR

    [ редактировать ]

    Как показано выше, базовый алгоритм конструктивной индукции в MDR очень прост. Однако его реализация для извлечения шаблонов из реальных данных может быть сложной в вычислительном отношении. Как и в случае с любым алгоритмом машинного обучения, всегда существует опасность переобучения . То есть алгоритмы машинного обучения хорошо умеют находить закономерности в совершенно случайных данных. Часто бывает трудно определить, является ли сообщаемая закономерность важным сигналом или просто случайностью. Один из подходов заключается в оценке возможности обобщения модели на независимые наборы данных с использованием таких методов, как перекрестная проверка . [14] [15] [16] [17] Модели, описывающие случайные данные, обычно не обобщают. Другой подход состоит в том, чтобы сгенерировать множество случайных перестановок данных, чтобы увидеть, что обнаружит алгоритм интеллектуального анализа данных, когда ему будет предоставлена ​​возможность переобучения. Тестирование перестановок позволяет получить эмпирическое значение p для результата. [18] [19] [20] [21] Репликация независимых данных также может служить доказательством модели МЛУ, но может быть чувствительна к различиям в наборах данных. [22] [23] Все эти подходы оказались полезными для выбора и оценки моделей MDR. Важным этапом в машинном обучении является интерпретация. С MDR использовалось несколько подходов, включая энтропийный анализ. [9] [24] и анализ путей. [25] [26] Были рассмотрены советы и подходы по использованию MDR для моделирования межгенных взаимодействий. [7] [27]

    Расширения для MDR

    [ редактировать ]

    Были введены многочисленные расширения MDR. К ним относятся семейные методы, [28] [29] [30] нечеткие методы, [31] ковариатная корректировка, [32] коэффициенты шансов , [33] оценки риска, [34] методы выживания, [35] [36] надежные методы, [37] методы количественных признаков, [38] [39] и многие другие.

    Применение МЛУ

    [ редактировать ]

    MDR в основном применялась для выявления межгенных взаимодействий или эпистаза в генетических исследованиях распространенных заболеваний человека, таких как фибрилляция предсердий , [40] [41] аутизм , [42] рак мочевого пузыря , [43] [44] [45] рак молочной железы , [46] сердечно-сосудистые заболевания , [14] гипертония , [47] [48] [49] ожирение , [50] [51] рак поджелудочной железы , [52] рак простаты [53] [54] [55] и туберкулез . [56] Его также применяли к другим биомедицинским проблемам, таким как генетический анализ результатов фармакологии . [57] [58] [59] Центральной проблемой является масштабирование МЛУ к большим данным , таким как данные полногеномных ассоциативных исследований (GWAS). [60] Было использовано несколько подходов. Один из подходов заключается в фильтрации признаков перед анализом MDR. [61] Это можно сделать, используя биологические знания с помощью таких инструментов, как BioFilter. [62] Это также можно сделать с помощью вычислительных инструментов, таких как ReliefF. [63] Другой подход заключается в использовании алгоритмов стохастического поиска , таких как генетическое программирование, для исследования пространства поиска комбинаций признаков. [64] Еще один подход — это перебор с использованием высокопроизводительных вычислений . [65] [66] [67]

    Реализации

    [ редактировать ]

    См. также

    [ редактировать ]

    Ссылки

    [ редактировать ]
    1. ^ МакКинни, Бретт А.; Рейф, Дэвид М.; Ричи, Мэрилин Д.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2006 г.). «Машинное обучение для обнаружения межгенных взаимодействий: обзор» . Прикладная биоинформатика . 5 (2): 77–88. дои : 10.2165/00822942-200605020-00002 . ISSN   1175-5636 . ПМК   3244050 . ПМИД   16722772 .
    2. ^ Ричи, Мэрилин Д.; Хан, Лэнс В.; Руди, Нади; Бейли, Л. Рене; Дюпон, Уильям Д.; Парл, Фриц Ф.; Мур, Джейсон Х. (1 июля 2001 г.). «Многофакторное снижение размерности выявляет взаимодействия высокого порядка между генами метаболизма эстрогена при спорадическом раке молочной железы» . Американский журнал генетики человека . 69 (1): 138–147. дои : 10.1086/321276 . ISSN   0002-9297 . ПМК   1226028 . ПМИД   11404819 .
    3. ^ Ричи, Мэрилин Д.; Хан, Лэнс В.; Мур, Джейсон Х. (1 февраля 2003 г.). «Сила многофакторного уменьшения размерности для обнаружения межгенных взаимодействий при наличии ошибок генотипирования, недостающих данных, фенокопии и генетической гетерогенности». Генетическая эпидемиология . 24 (2): 150–157. дои : 10.1002/gepi.10218 . ISSN   1098-2272 . ПМИД   12548676 . S2CID   6335612 .
    4. ^ Хан, ЛВ; Ричи, доктор медицины; Мур, Дж. Х. (12 февраля 2003 г.). «Программное обеспечение многофакторного уменьшения размерности для обнаружения взаимодействий ген-ген и ген-среда» . Биоинформатика . 19 (3): 376–382. doi : 10.1093/биоинформатика/btf869 . ISSN   1367-4803 . ПМИД   12584123 .
    5. ^ В., Хан, Лэнс; Х., Мур, Джейсон (1 января 2004 г.). «Идеальное различение дискретных клинических результатов с использованием мультилокусных генотипов» . В кремниевой биологии . 4 (2): 183–194. ISSN   1386-6338 . ПМИД   15107022 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
    6. ^ Мур, Джейсон Х. (1 ноября 2004 г.). «Вычислительный анализ межгенных взаимодействий с использованием многофакторного снижения размерности». Экспертный обзор молекулярной диагностики . 4 (6): 795–803. дои : 10.1586/14737159.4.6.795 . ISSN   1473-7159 . ПМИД   15525222 . S2CID   26324399 .
    7. ^ Перейти обратно: а б Мур, Джейсон Х.; Эндрюс, Питер С. (1 января 2015 г.). «Анализ эпистаза с использованием многофакторного уменьшения размерности». В Мур, Джейсон Х.; Уильямс, Скотт М. (ред.). Эпистаз . Методы молекулярной биологии. Том. 1253. Спрингер Нью-Йорк. стр. 301–314. дои : 10.1007/978-1-4939-2155-3_16 . ISBN  9781493921546 . ПМИД   25403539 .
    8. ^ Мур, Джейсон Х. (1 января 2010 г.). «Обнаружение, характеристика и интерпретация нелинейных межгенных взаимодействий с использованием многофакторного уменьшения размерности». Достижения генетики . 72 : 101–116. дои : 10.1016/B978-0-12-380862-2.00005-9 . ISBN  978-0-12-380862-2 . ISSN   0065-2660 . ПМИД   21029850 .
    9. ^ Перейти обратно: а б Мур, Джейсон Х.; Гилберт, Джошуа К.; Цай, Чиа-Ти; Чан, Фу-Тянь; Холден, Тодд; Барни, Нейт; Уайт, Билл К. (21 июля 2006 г.). «Гибкая вычислительная система для обнаружения, характеристики и интерпретации статистических закономерностей эпистаза в генетических исследованиях восприимчивости человека к болезням». Журнал теоретической биологии . 241 (2): 252–261. дои : 10.1016/j.jtbi.2005.11.036 . ПМИД   16457852 .
    10. ^ Михальски, Р. (февраль 1983 г.). «Теория и методология индуктивного обучения». Искусственный интеллект . 20 (2): 111–161. дои : 10.1016/0004-3702(83)90016-4 .
    11. ^ Велес, Дигна Р.; Уайт, Билл С.; Моцингер, Элисон А.; Буш, Уильям С.; Ричи, Мэрилин Д.; Уильямс, Скотт М.; Мур, Джейсон Х. (1 мая 2007 г.). «Функция сбалансированной точности для моделирования эпистаза в несбалансированных наборах данных с использованием многофакторного уменьшения размерности». Генетическая эпидемиология . 31 (4): 306–315. дои : 10.1002/gepi.20211 . ISSN   0741-0395 . ПМИД   17323372 . S2CID   28156181 .
    12. ^ Намкун, Чонхён; Ким, Кёнга; Йи, Сунгон; Чунг, Вонил; Квон, Мин-Сок; Пак, Тэсон (1 февраля 2009 г.). «Новые меры оценки многофакторных классификаторов уменьшения размерности в анализе взаимодействия генов» . Биоинформатика . 25 (3): 338–345. doi : 10.1093/биоинформатика/btn629 . ISSN   1367-4811 . ПМИД   19164302 .
    13. ^ Буш, Уильям С.; Эдвардс, Тодд Л.; Дудек, Скотт М.; МакКинни, Бретт А.; Ричи, Мэрилин Д. (1 января 2008 г.). «Альтернативные меры таблицы непредвиденных обстоятельств улучшают эффективность и обнаружение многофакторного уменьшения размерности» . БМК Биоинформатика . 9 : 238. дои : 10.1186/1471-2105-9-238 . ISSN   1471-2105 . ПМЦ   2412877 . ПМИД   18485205 .
    14. ^ Перейти обратно: а б Коффи, Кристофер С.; Хеберт, Патрисия Р.; Ричи, Мэрилин Д.; Крумхольц, Харлан М.; Газиано, Дж. Майкл; Ридкер, Пол М.; Браун, Нэнси Дж.; Воган, Дуглас Э.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2004 г.). «Применение условной логистической регрессии и многофакторного уменьшения размерности для выявления межгенных взаимодействий в отношении риска инфаркта миокарда: важность проверки модели» . БМК Биоинформатика . 5:49 . дои : 10.1186/1471-2105-5-49 . ISSN   1471-2105 . ПМК   419697 . ПМИД   15119966 .
    15. ^ Моцингер, Элисон А.; Ричи, Мэрилин Д. (1 сентября 2006 г.). «Влияние сокращения интервалов перекрестной проверки на эффективность многофакторного уменьшения размерности». Генетическая эпидемиология . 30 (6): 546–555. дои : 10.1002/gepi.20166 . ISSN   1098-2272 . ПМИД   16800004 . S2CID   20573232 .
    16. ^ Гори, Джеффри Дж.; Суини, Холли С.; Рейф, Дэвид М.; Моцингер-Рейф, Элисон А. (5 ноября 2012 г.). «Сравнение внутренних методов проверки моделей многофакторного снижения размерности в случае генетической гетерогенности» . Исследовательские заметки BMC . 5 : 623. дои : 10.1186/1756-0500-5-623 . ISSN   1756-0500 . ПМК   3599301 . ПМИД   23126544 .
    17. ^ Уинхэм, Стейси Дж.; Слейтер, Эндрю Дж.; Моцингер-Рейф, Элисон А. (22 июля 2010 г.). «Сравнение методов внутренней проверки многофакторного уменьшения размерности» . БМК Биоинформатика . 11 : 394. дои : 10.1186/1471-2105-11-394 . ISSN   1471-2105 . ПМК   2920275 . ПМИД   20650002 .
    18. ^ Паттин, Кристин А.; Уайт, Билл С.; Барни, Нейт; Гуй, Цзян; Нельсон, Хизер Х.; Келси, Карл Т.; Эндрю, Анджелина С.; Карагас, Маргарет Р.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2009 г.). «Вычислительно эффективный метод проверки гипотез для эпистазного анализа с использованием многофакторного уменьшения размерности» . Генетическая эпидемиология . 33 (1): 87–94. дои : 10.1002/gepi.20360 . ISSN   1098-2272 . ПМК   2700860 . ПМИД   18671250 .
    19. ^ Грин, Кейси С.; Химмельштейн, Дэниел С.; Нельсон, Хизер Х.; Келси, Карл Т.; Уильямс, Скотт М.; Эндрю, Анджелина С.; Карагас, Маргарет Р.; Мур, Джейсон Х. (1 октября 2009 г.). «Включение личной геномики с явным тестом на эпистаз». Биокомпьютеры 2010: Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютерам . Всемирная научная. стр. 327–336. дои : 10.1142/9789814295291_0035 . ISBN  9789814299473 . ПМК   2916690 . ПМИД   19908385 .
    20. ^ Дай, Хунъин; Бхандари, Мадхусудан; Беккер, Мара; Лидер, Дж. Стивен; Гейдик, Роджер; Моцингер-Рейф, Элисон А. (22 мая 2012 г.). «Глобальные тесты P-значений для многофакторных моделей уменьшения размерности при выборе оптимального количества целевых генов» . Добыча биоданных . 5 (1): 3. дои : 10.1186/1756-0381-5-3 . ISSN   1756-0381 . ПМЦ   3508622 . ПМИД   22616673 .
    21. ^ Моцингер-Рейф, Элисон А. (30 декабря 2008 г.). «Влияние альтернативных стратегий тестирования перестановок на эффективность многофакторного уменьшения размерности» . Исследовательские заметки BMC . 1 : 139. дои : 10.1186/1756-0500-1-139 . ISSN   1756-0500 . ПМК   2631601 . ПМИД   19116021 .
    22. ^ Грин, Кейси С.; Пенрод, Надя М.; Уильямс, Скотт М.; Мур, Джейсон Х. (2 июня 2009 г.). «Неспособность воспроизвести генетическую ассоциацию может дать важную информацию о генетической архитектуре» . ПЛОС ОДИН . 4 (6): е5639. Бибкод : 2009PLoSO...4.5639G . дои : 10.1371/journal.pone.0005639 . ISSN   1932-6203 . ПМЦ   2685469 . ПМИД   19503614 .
    23. ^ Пиетт, Элизабет Р.; Мур, Джейсон Х. (19 апреля 2017 г.). «Улучшение воспроизводимости результатов генетических ассоциаций с использованием методов повторной выборки генотипа». Приложения эволюционных вычислений . Конспекты лекций по информатике. Том. 10199. стр. 96–108. дои : 10.1007/978-3-319-55849-3_7 . ISBN  978-3-319-55848-6 .
    24. ^ Мур, Джейсон Х.; Ху, Тин (1 января 2015 г.). «Анализ эпистаза с использованием теории информации». Эпистаз . Методы молекулярной биологии . Том. 1253. стр. 257–268. дои : 10.1007/978-1-4939-2155-3_13 . ISBN  978-1-4939-2154-6 . ISSN   1940-6029 . ПМИД   25403536 .
    25. ^ Ким, Нора Чанг; Эндрюс, Питер С.; Ассельбергс, Фолкерт В.; Фрост, Х. Роберт; Уильямс, Скотт М.; Харрис, Брент Т.; Прочтите, Синтия; Аскленд, Кэтлин Д.; Мур, Джейсон Х. (28 июля 2012 г.). «Анализ онтологии генов парных генетических ассоциаций в двух полногеномных исследованиях спорадического БАС» . Добыча биоданных . 5 (1): 9. дои : 10.1186/1756-0381-5-9 . ISSN   1756-0381 . ПМЦ   3463436 . ПМИД   22839596 .
    26. ^ Ченг, Саманта; Эндрю, Анджелина С.; Эндрюс, Питер С.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2016 г.). «Комплексный системный анализ предрасположенности к раку мочевого пузыря выявил роль активности декарбоксилазы в двух полногеномных исследованиях ассоциации» . Добыча биоданных . 9:40 . doi : 10.1186/s13040-016-0119-z . ПМК   5154053 . ПМИД   27999618 .
    27. ^ Гола, Дамиан; Махачи Джон, Джестина М.; ван Стин, Кристель; Кениг, Инке Р. (1 марта 2016 г.). «Дорожная карта по многофакторным методам уменьшения размерности» . Брифинги по биоинформатике . 17 (2): 293–308. дои : 10.1093/нагрудник/bbv038 . ISSN   1477-4054 . ПМЦ   4793893 . ПМИД   26108231 .
    28. ^ Мартин, скорая помощь; Ричи, доктор медицины; Хан, Л.; Канг, С.; Мур, Дж. Х. (1 февраля 2006 г.). «Новый метод выявления эффектов ген-ген в нуклеарных семьях: MDR-PDT». Генетическая эпидемиология . 30 (2): 111–123. дои : 10.1002/gepi.20128 . ISSN   0741-0395 . ПМИД   16374833 . S2CID   25772215 .
    29. ^ Лу, Сян-Ян; Чен, Го-Бо; Ян, Лей; Ма, Дженни З.; Мангольд, Джейми Э.; Чжу, Цзюнь; Элстон, Роберт С.; Ли, Мин Д. (1 октября 2008 г.). «Комбинаторный подход к выявлению взаимодействий ген-ген и ген-среда в семейных исследованиях» . Американский журнал генетики человека . 83 (4): 457–467. дои : 10.1016/j.ajhg.2008.09.001 . ISSN   1537-6605 . ПМК   2561932 . ПМИД   18834969 .
    30. ^ Каттаерт, Том; Урреа, Виктор; Надж, Адам С.; Де Лобель, Лиззи; Де Вит, Ванесса; Фу, Мао; Махачи Джон, Джестина М.; Шен, Хайцин; Калле, М. Луз (22 апреля 2010 г.). «FAM-MDR: гибкий метод многофакторного уменьшения размерности на основе семьи для выявления эпистаза с использованием родственных лиц» . ПЛОС ОДИН . 5 (4): е10304. Бибкод : 2010PLoSO...510304C . дои : 10.1371/journal.pone.0010304 . ISSN   1932-6203 . ПМЦ   2858665 . ПМИД   20421984 .
    31. ^ Лим, Сансоб; Пак, Тэсон (14 марта 2017 г.). «Эмпирический нечеткий многофакторный метод уменьшения размерности для обнаружения межгенных взаимодействий» . БМК Геномика . 18 (Приложение 2): 115. doi : 10.1186/s12864-017-3496-x . ISSN   1471-2164 . ПМЦ   5374597 . ПМИД   28361694 .
    32. ^ Гуй, Цзян; Эндрю, Анджелина С.; Эндрюс, Питер; Нельсон, Хизер М.; Келси, Карл Т.; Карагас, Маргарет Р.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2010 г.). «Простой и вычислительно эффективный подход к выборке для корректировки ковариат для многофакторного анализа эпистаза с уменьшением размерности» . Наследственность человека . 70 (3): 219–225. дои : 10.1159/000319175 . ISSN   1423-0062 . ПМЦ   2982850 . ПМИД   20924193 .
    33. ^ Чанг, Юджин; Ли, Сын Ён; Элстон, Роберт С.; Пак, Тэсон (1 января 2007 г.). «Метод многофакторного уменьшения размерности, основанный на соотношении шансов, для обнаружения межгенных взаимодействий» . Биоинформатика . 23 (1): 71–76. doi : 10.1093/биоинформатика/btl557 . ISSN   1367-4811 . ПМИД   17092990 .
    34. ^ Дай, Хунъин; Чарниго, Ричард Дж.; Беккер, Мара Л.; Лидер, Дж. Стивен; Моцингер-Рейф, Элисон А. (8 января 2013 г.). «Моделирование оценки риска взаимодействия нескольких генов с использованием агрегированного многофакторного уменьшения размерности» . Добыча биоданных . 6 (1): 1. дои : 10.1186/1756-0381-6-1 . ПМК   3560267 . ПМИД   23294634 .
    35. ^ Гуй, Цзян; Мур, Джейсон Х.; Келси, Карл Т.; Марсит, Кармен Дж.; Карагас, Маргарет Р.; Эндрю, Анджелина С. (1 января 2011 г.). «Новый метод многофакторного уменьшения размерности выживания для обнаружения межгенных взаимодействий с применением для прогнозирования рака мочевого пузыря» . Генетика человека . 129 (1): 101–110. дои : 10.1007/s00439-010-0905-5 . ISSN   1432-1203 . ПМЦ   3255326 . ПМИД   20981448 .
    36. ^ Ли, Сынён; Сын, Донхи; Ю, Вэньбао; Пак, Тэсон (1 декабря 2016 г.). «Анализ взаимодействия генов для модели ускоренного времени отказа с использованием унифицированного метода многофакторного уменьшения размерности на основе модели» . Геномика и информатика . 14 (4): 166–172. дои : 10.5808/GI.2016.14.4.166 . ISSN   1598-866X . ПМК   5287120 . ПМИД   28154507 .
    37. ^ Гуй, Цзян; Эндрю, Анджелина С.; Эндрюс, Питер; Нельсон, Хизер М.; Келси, Карл Т.; Карагас, Маргарет Р.; Мур, Джейсон Х. (1 января 2011 г.). «Надежный многофакторный метод уменьшения размерности для обнаружения межгенных взаимодействий с применением к генетическому анализу предрасположенности к раку мочевого пузыря» . Анналы генетики человека . 75 (1): 20–28. дои : 10.1111/j.1469-1809.2010.00624.x . ISSN   1469-1809 . ПМК   3057873 . ПМИД   21091664 .
    38. ^ Гуй, Цзян; Мур, Джейсон Х.; Уильямс, Скотт М.; Эндрюс, Питер; Хилледж, Ханс Л.; ван дер Харст, Пим; Навис, Герьян; Ван Гилст, Вик Х.; Ассельбергс, Фолкерт В. (1 января 2013 г.). «Простой и вычислительно эффективный подход к многофакторному анализу уменьшения размерности межгенных взаимодействий для количественных признаков» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e66545. Бибкод : 2013PLoSO...866545G . дои : 10.1371/journal.pone.0066545 . ISSN   1932-6203 . ПМЦ   3689797 . ПМИД   23805232 .
    39. ^ Лу, Сян-Ян; Чен, Го-Бо; Ян, Лей; Ма, Дженни З.; Чжу, Цзюнь; Элстон, Роберт С.; Ли, Мин Д. (1 июня 2007 г.). «Обобщенный комбинаторный подход для обнаружения межгенных и межгенных взаимодействий с применением к никотиновой зависимости» . Американский журнал генетики человека . 80 (6): 1125–1137. дои : 10.1086/518312 . ISSN   0002-9297 . ПМК   1867100 . ПМИД   17503330 .
    40. ^ Цай, Чиа-Ти; Лай, Лин-Пин; Лин, Цзюнн-Ли; Чан, Фу-Тянь; Хван, Джуэй-Джен; Ричи, Мэрилин Д.; Мур, Джейсон Х.; Сюй, Куан-Лих; Ценг, Чуен-Ден (6 апреля 2004 г.). «Полиморфизм генов ренин-ангиотензиновой системы и фибрилляция предсердий» . Тираж . 109 (13): 1640–1646. дои : 10.1161/01.CIR.0000124487.36586.26 . ISSN   0009-7322 . ПМИД   15023884 .
    41. ^ Ассельбергс, Фолкерт В.; Мур, Джейсон Х.; ван ден Берг, Маартен П.; Римм, Эрик Б.; де Бур, Рудольф А.; Дуллаарт, Робин П.; Навис, Герьян; ван Гилст, Вик Х. (1 января 2006 г.). «Роль полиморфизма CETP TaqIB в определении предрасположенности к фибрилляции предсердий: вложенное исследование случай-контроль» . BMC Медицинская генетика . 7:39 . дои : 10.1186/1471-2350-7-39 . ISSN   1471-2350 . ПМК   1462991 . ПМИД   16623947 .
    42. ^ Ма, ДК; Уайтхед, Польша; Менольд, ММ; Мартин, скорая помощь; Эшли-Кох, AE; Мэй, Х.; Ричи, доктор медицины; Делонг, Греция; Абрамсон, РК (1 сентября 2005 г.). «Идентификация значимой ассоциации и ген-генного взаимодействия генов субъединицы ГАМК-рецептора при аутизме» . Американский журнал генетики человека . 77 (3): 377–388. дои : 10.1086/433195 . ISSN   0002-9297 . ПМК   1226204 . ПМИД   16080114 .
    43. ^ Эндрю, Анджелина С.; Нельсон, Хизер Х.; Келси, Карл Т.; Мур, Джейсон Х.; Мэн, Алексис С.; Казелла, Дэниел П.; Тостесон, Тор Д.; Шнед, Алан Р.; Карагас, Маргарет Р. (1 мая 2006 г.). «Согласование нескольких аналитических подходов демонстрирует сложную взаимосвязь между SNP гена репарации ДНК, курением и предрасположенностью к раку мочевого пузыря» . Канцерогенез . 27 (5): 1030–1037. дои : 10.1093/carcin/bgi284 . ISSN   0143-3334 . ПМИД   16311243 .
    44. ^ Эндрю, Анджелина С.; Карагас, Маргарет Р.; Нельсон, Хизер Х.; Гуаррера, Симонетта; Полидоро, Сильвия; Гамберини, Сара; Сасердот, Карлотта; Мур, Джейсон Х.; Келси, Карл Т. (1 января 2008 г.). «Полиморфизмы репарации ДНК изменяют риск рака мочевого пузыря: многофакторная аналитическая стратегия» . Наследственность человека . 65 (2): 105–118. дои : 10.1159/000108942 . ISSN   0001-5652 . ПМЦ   2857629 . ПМИД   17898541 .
    45. ^ Эндрю, Анджелина С.; Ху, Тин; Гу, Цзянь; Гуй, Цзян; Е, Юаньцин; Марсит, Кармен Дж.; Келси, Карл Т.; Шнед, Алан Р.; Таниос, Сэм А. (1 января 2012 г.). «HSD3B и взаимодействие генов в анализе генетической предрасположенности к раку мочевого пузыря на основе путей» . ПЛОС ОДИН . 7 (12): е51301. Бибкод : 2012PLoSO...751301A . дои : 10.1371/journal.pone.0051301 . ISSN   1932-6203 . ПМЦ   3526593 . ПМИД   23284679 .
    46. ^ Цао, Цзинцзин; Ло, Чэнлинь; Ян, Руи; Пэн, Руи; Ван, Кайдзюань; Ван, Пэн; Йе, Хуа; Сун, Чуньхуа (1 декабря 2016 г.). «rs15869 в сайте связывания микроРНК в BRCA2 связан с предрасположенностью к раку молочной железы». Медицинская онкология . 33 (12): 135. дои : 10.1007/s12032-016-0849-2 . ISSN   1357-0560 . ПМИД   27807724 . S2CID   26042128 .
    47. ^ Уильямс, Скотт М.; Ричи, Мэрилин Д.; III, Джон А. Филлипс; Доусон, Эллиот; Принц, Мелисса; Джура, Эльвира; Уиллис, Алесия; Семеня, Амма; Резюме, Маршалл (1 января 2004 г.). «Мультилокусный анализ гипертонии: иерархический подход». Наследственность человека . 57 (1): 28–38. дои : 10.1159/000077387 . ISSN   0001-5652 . ПМИД   15133310 . S2CID   21079485 .
    48. ^ Санада, Хиронобу; Ятабе, Дзюнъити; Мидорикава, Санаэ; Хасимото, Сигэацу; Ватанабэ, Цуёси; Мур, Джейсон Х.; Ричи, Мэрилин Д.; Уильямс, Скотт М.; Пеццулло, Джон К. (1 марта 2006 г.). «Однонуклеотидные полиморфизмы для диагностики солечувствительной гипертонии» . Клиническая химия . 52 (3): 352–360. дои : 10.1373/clinchem.2005.059139 . ISSN   0009-9147 . ПМИД   16439609 .
    49. ^ Мур, Джейсон Х.; Уильямс, Скотт М. (1 января 2002 г.). «Новые стратегии выявления межгенных взаимодействий при гипертонии». Анналы медицины . 34 (2): 88–95. дои : 10.1080/07853890252953473 . ISSN   0785-3890 . ПМИД   12108579 . S2CID   25398042 .
    50. ^ Де, Ришика; Верма, Шефали С.; Хольцингер, Эмили; Холл, Молли; Берт, Эмбер; Каррелл, Дэвид С.; Кросслин, Дэвид Р.; Джарвик, Гейл П.; Куиваниеми, Хелена (1 февраля 2017 г.). «Выявление межгенных взаимодействий, которые тесно связаны с четырьмя количественными липидными признаками в нескольких когортах» (PDF) . Генетика человека . 136 (2): 165–178. дои : 10.1007/s00439-016-1738-7 . ISSN   1432-1203 . ПМИД   27848076 . S2CID   24702049 .
    51. ^ Де, Ришика; Верма, Шефали С.; Дренос, Фотий; Хольцингер, Эмили Р.; Холмс, Майкл В.; Холл, Молли А.; Кросслин, Дэвид Р.; Каррелл, Дэвид С.; Хаконарсон, Хакон (1 января 2015 г.). «Идентификация межгенных взаимодействий, которые тесно связаны с индексом массы тела, с использованием количественного многофакторного уменьшения размерности (QMDR)» . Добыча биоданных . 8 : 41. дои : 10.1186/s13040-015-0074-0 . ПМЦ   4678717 . ПМИД   26674805 .
    52. ^ Дуэлл, Эрик Дж.; Браччи, Пейдж М.; Мур, Джейсон Х.; Берк, Роберт Д.; Келси, Карл Т.; Холли, Элизабет А. (1 июня 2008 г.). «Обнаружение взаимодействий ген-ген и ген-окружающая среда при раке поджелудочной железы» . Эпидемиология рака, биомаркеры и профилактика . 17 (6): 1470–1479. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-07-2797 . ISSN   1055-9965 . ПМЦ   4410856 . ПМИД   18559563 .
    53. ^ Сюй, Цзяньфэн; Лоуи, Джеймс; Виклунд, Фредрик; Сунь, Цзелин; Линдмарк, Фредрик; Сюй, Фан-Чи; Димитров, Лачезар; Чанг, Баоли; Тернер, Обри Р. (1 ноября 2005 г.). «Взаимодействие четырех генов в путях воспаления существенно предсказывает риск рака простаты» . Эпидемиология рака, биомаркеры и профилактика . 14 (11): 2563–2568. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-05-0356 . ISSN   1055-9965 . ПМИД   16284379 .
    54. ^ Лаванда, Николь А.; Роджерс, Эрика Н.; Йеоду, Сьюзен; Радд, Джеймс; Ху, Тин; Чжан, Цзе; Брок, Гай Н.; Кимбро, Кевин С.; Мур, Джейсон Х. (30 апреля 2012 г.). «Взаимодействие вариантов последовательностей, связанных с апоптозом, и совместное воздействие на агрессивный рак простаты» . BMC Медицинская Геномика . 5:11 . дои : 10.1186/1755-8794-5-11 . ISSN   1755-8794 . ПМК   3355002 . ПМИД   22546513 .
    55. ^ Лаванда, Николь А.; Бенфорд, Марнита Л.; ВанКлив, Тива Т.; Брок, Гай Н.; Киттлс, Рик А.; Мур, Джейсон Х.; Хейн, Дэвид В.; Кидд, Ла Крейс Р. (16 ноября 2009 г.). «Изучение генов полиморфной глутатион-S-трансферазы (GST), курения табака и риска рака простаты среди мужчин африканского происхождения: исследование случай-контроль» . БМК Рак . 9 : 397. дои : 10.1186/1471-2407-9-397 . ISSN   1471-2407 . ПМК   2783040 . ПМИД   19917083 .
    56. ^ Коллинз, Райан Л.; Ху, Тин; Вайсе, Кристиан; Сируго, Джорджио; Уильямс, Скотт М.; Мур, Джейсон Х. (18 февраля 2013 г.). «Многофакторное снижение размерности выявляет эпистатическое взаимодействие трех локусов, связанное с предрасположенностью к туберкулезу легких» . Добыча биоданных . 6 (1): 4. дои : 10.1186/1756-0381-6-4 . ПМК   3618340 . ПМИД   23418869 .
    57. ^ Уилке, Рассел А.; Рейф, Дэвид М.; Мур, Джейсон Х. (1 ноября 2005 г.). «Комбинаторная фармакогенетика». Nature Reviews Открытие лекарств . 4 (11): 911–918. дои : 10.1038/nrd1874 . ISSN   1474-1776 . ПМИД   16264434 . S2CID   11643026 .
    58. ^ Моцингер, Элисон А.; Ричи, Мэрилин Д.; Шафер, Роберт В.; Роббинс, Грегори К.; Морс, Джин Д.; Лаббе, Лайн; Уилкинсон, Грант Р.; Клиффорд, Дэвид Б.; Д'Акуила, Ричард Т. (1 ноября 2006 г.). «Мультилокусные генетические взаимодействия и реакция на схемы, содержащие эфавиренз: групповое исследование клинических испытаний СПИДа у взрослых». Фармакогенетика и геномика . 16 (11): 837–845. дои : 10.1097/01.fpc.0000230413.97596.fa . ISSN   1744-6872 . ПМИД   17047492 . S2CID   26266170 .
    59. ^ Ричи, Мэрилин Д.; Моцингер, Элисон А. (1 декабря 2005 г.). «Многофакторное снижение размерности для обнаружения взаимодействий ген-ген и ген-среда в исследованиях фармакогеномики». Фармакогеномика . 6 (8): 823–834. дои : 10.2217/14622416.6.8.823 . ISSN   1462-2416 . ПМИД   16296945 . S2CID   10348021 .
    60. ^ Мур, Джейсон Х.; Ассельбергс, Фолкерт В.; Уильямс, Скотт М. (15 февраля 2010 г.). «Задачи биоинформатики для полногеномных исследований ассоциаций» . Биоинформатика . 26 (4): 445–455. doi : 10.1093/биоинформатика/btp713 . ISSN   1367-4811 . ПМК   2820680 . ПМИД   20053841 .
    61. ^ Сунь, Сянцин; Лу, Цин; Мукерджи, Шубхабрата; Мукерджи, Шубхабрата; Крейн, Пол К.; Элстон, Роберт; Ричи, Мэрилин Д. (1 января 2014 г.). «Анализный конвейер для эпистазного поиска – статистическая или биологическая фильтрация» . Границы генетики . 5 : 106. дои : 10.3389/fgene.2014.00106 . ПМК   4012196 . ПМИД   24817878 .
    62. ^ Пендерграсс, Сара А.; Фрейз, Алекс; Уоллес, Джон; Вулф, Дэниел; Катияр, Нирджа; Мур, Кэрри; Ричи, Мэрилин Д. (30 декабря 2013 г.). «Геномный анализ с помощью биофильтра 2.0: фильтрация, основанная на знаниях, аннотация и разработка моделей» . Добыча биоданных . 6 (1): 25. дои : 10.1186/1756-0381-6-25 . ПМЦ   3917600 . ПМИД   24378202 .
    63. ^ Мур, Джейсон Х. (1 января 2015 г.). «Анализ эпистаза с использованием рельефа». Эпистаз . Методы молекулярной биологии . Том. 1253. С. 315–325. дои : 10.1007/978-1-4939-2155-3_17 . ISBN  978-1-4939-2154-6 . ISSN   1940-6029 . ПМИД   25403540 .
    64. ^ Мур, Джейсон Х.; Уайт, Билл К. (1 января 2007 г.). «Полногеномный генетический анализ с использованием генетического программирования: острая потребность в экспертных знаниях». В Риоло, Рик; Соул, Теренс; Ворзель, Билл (ред.). Теория и практика генетического программирования IV . Генетические и эволюционные вычисления. Спрингер США. стр. 11–28. дои : 10.1007/978-0-387-49650-4_2 . ISBN  9780387333755 . S2CID   55188394 .
    65. ^ Грин, Кейси С.; Синнотт-Армстронг, Николас А.; Химмельштейн, Дэниел С.; Парк, Пол Дж.; Мур, Джейсон Х.; Харрис, Брент Т. (1 марта 2010 г.). «Многофакторное уменьшение размерности графических процессоров позволяет проводить полногеномное тестирование эпистаза при спорадическом БАС» . Биоинформатика . 26 (5): 694–695. doi : 10.1093/биоинформатика/btq009 . ISSN   1367-4811 . ПМЦ   2828117 . ПМИД   20081222 .
    66. ^ Буш, Уильям С.; Дудек, Скотт М.; Ричи, Мэрилин Д. (1 сентября 2006 г.). «Параллельное многофакторное снижение размерности: инструмент для крупномасштабного анализа межгенных взаимодействий» . Биоинформатика . 22 (17): 2173–2174. doi : 10.1093/биоинформатика/btl347 . ISSN   1367-4811 . ПМЦ   4939609 . ПМИД   16809395 .
    67. ^ Синнотт-Армстронг, Николас А.; Грин, Кейси С.; Канкаре, Фабио; Мур, Джейсон Х. (24 июля 2009 г.). «Ускорение эпистазного анализа в генетике человека с помощью потребительского графического оборудования» . Исследовательские заметки BMC . 2 : 149. дои : 10.1186/1756-0500-2-149 . ISSN   1756-0500 . ПМЦ   2732631 . ПМИД   19630950 .
    68. ^ Уинхэм, Стейси Дж.; Моцингер-Рейф, Элисон А. (16 августа 2011 г.). «Реализация многофакторного уменьшения размерности в пакете R» . Добыча биоданных . 4 (1): 24. дои : 10.1186/1756-0381-4-24 . ISSN   1756-0381 . ПМК   3177775 . ПМИД   21846375 .
    69. ^ Калле, М. Луз; Урреа, Виктор; Малац, Нурия; Ван Стин, Кристель (1 сентября 2010 г.). «mbmdr: пакет R для изучения межгенных взаимодействий, связанных с бинарными или количественными признаками» . Биоинформатика . 26 (17): 2198–2199. doi : 10.1093/биоинформатика/btq352 . ISSN   1367-4811 . ПМИД   20595460 .

    Дальнейшее чтение

    [ редактировать ]
    • Михальски, Р.С., «Распознавание образов как компьютерная индукция, основанная на знаниях», Департамент компьютерных наук, № 927, Университет Иллинойса, Урбана, июнь 1978 г.
    Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Multifactor_dimensionality_reduction&oldid=1220644667"
    Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
    Arc.Ask3.Ru
    Номер скриншота №: 1fc0bcf54c30fbb70c8c71086e79d42f__1713997320
    URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/1f/2f/1fc0bcf54c30fbb70c8c71086e79d42f.html
    Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
    Multifactor dimensionality reduction - Wikipedia
    Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)