Редактирование эпигенома
Редактирование эпигенома или эпигеномная инженерия — это тип генной инженерии, при котором эпигеном модифицируется в определенных сайтах с использованием сконструированных молекул, нацеленных на эти сайты (в отличие от модификаций всего генома). В то время как редактирование генов включает в себя изменение самой фактической последовательности ДНК, эпигенетическое редактирование включает в себя модификацию и представление последовательностей ДНК белкам и другим факторам связывания ДНК, которые влияют на функцию ДНК. «Редактируя» эпигеномные особенности таким образом, исследователи могут определить точную биологическую роль эпигенетической модификации в рассматриваемом участке.
Сконструированные белки, используемые для редактирования эпигенома, состоят из ДНК-связывающего домена, нацеленного на определенные последовательности, и эффекторного домена, который модифицирует эпигеномные особенности. В настоящее время для редактирования эпигенома преимущественно используются три основные группы ДНК-связывающих белков: цинковых пальцев белки , эффекторы, подобные активаторам транскрипции (TALE), и слияния Cas9 с дефицитом нуклеазы ( CRISPR ).
Общая концепция
[ редактировать ]всего генома Сравнение эпигенетических карт с экспрессией генов позволило исследователям присвоить конкретным модификациям либо активирующую, либо подавляющую роль. Важность последовательности ДНК в регуляции эпигенома была продемонстрирована с помощью мотивов ДНК для прогнозирования эпигеномной модификации. [1] Дальнейшее понимание механизмов, лежащих в основе эпигенетики, было получено в результате in vitro биохимического и структурного анализа . Используя модельные организмы , исследователи смогли описать роль многих факторов хроматина посредством нокаутных исследований. Однако выведение всего модификатора хроматина оказывает огромное влияние на весь геном, что может не отражать его функцию в конкретном контексте. Одним из примеров этого является метилирование ДНК , происходящее в повторяющихся областях , промоторах , энхансерах и телах генов . Хотя метилирование ДНК на промоторах генов обычно коррелирует с репрессией генов, метилирование тел генов коррелирует с активацией генов, а метилирование ДНК также может играть роль в сплайсинге генов. [2] Возможность напрямую нацеливать и редактировать отдельные сайты метилирования имеет решающее значение для определения точной функции метилирования ДНК в конкретном сайте. Редактирование эпигенома — мощный инструмент, позволяющий проводить такой тип анализа. Для сайта-специфического редактирования метилирования ДНК, а также для редактирования гистонов системы редактирования генома были адаптированы в системы редактирования эпигенов. Короче говоря, самонаводящиеся белки генома с созданными или естественными функциями нуклеазы для редактирования генов могут быть мутированы и адаптированы в чисто системы доставки. Эпигенетически модифицирующий фермент или домен может быть слит с самонаводящимся белком, и локальные эпигенетические модификации могут быть изменены при рекрутировании белка. За исключением метилирования ДНК , самого хоминг-домена может быть достаточно, чтобы вмешаться в нормальные эпигенетические процессы и привести к целенаправленному эпигенетическому редактированию. [3]
Нацеленные белки
[ редактировать ]СКАЗКА
[ редактировать ]Белок- эффектор , подобный активатору транскрипции (TALE), распознает определенные последовательности ДНК в зависимости от состава его ДНК-связывающего домена . [4] Это позволяет исследователю конструировать различные белки TALE для распознавания целевой последовательности ДНК путем редактирования первичной структуры белка TALE. Специфичность связывания этого белка затем обычно подтверждается с помощью иммунопреципитации хроматина (ChIP) и секвенирования по Сэнгеру полученного фрагмента ДНК. [5] [6] [7] Это подтверждение по-прежнему требуется для всех исследований по распознаванию последовательностей TALE. [8] При использовании для редактирования эпигенома эти ДНК-связывающие белки прикрепляются к эффекторному белку. Эффекторные белки, которые использовались для этой цели, включают транслокационную метилцитозиндиоксигеназу 1 Ten-eleven (TET1) , [6] Лизин (K)-специфическая деметилаза 1А (LSD1) [7] и белок 1, связывающий кальций и интегрин (CIB1) . [5]
Белки цинковых пальцев
[ редактировать ]использование белков, слитых с цинковыми пальцами Также изучалось , для распознавания сайтов редактирования эпигенома. Мэдер и др. сконструировали белок ZF-TET1 для использования в деметилировании ДНК. [6] Эти белки «цинковых пальцев» работают аналогично белкам TALE в том смысле, что они способны связываться с участками ДНК, специфичными для последовательности, на основе их белковой структуры, которая может быть модифицирована. Чен и др. успешно использовали ДНК-связывающий домен с цинковым пальцем в сочетании с белком TET1 , чтобы вызвать деметилирование нескольких ранее молчащих генов. [9] Кунгуловский и Йельч успешно использовали ZFP-направляемое отложение гена метилирования ДНК, чтобы вызвать молчание генов, но метилирование ДНК и молчание были потеряны, когда триггерный сигнал прекращался. Авторы предполагают, что для стабильных эпигенетических изменений необходимо либо множественное отложение метилирования ДНК родственных эпигенетических меток, либо длительные триггерные стимулы. [10] Эпигенетическое редактирование ZFP показало потенциал для лечения различных нейродегенеративных заболеваний. [11]
CRISPR-Cas
[ редактировать ]Система кластерных регуляторных межпространственных коротких палиндромных повторов (CRISPR) -Cas функционирует как сайт-специфическая нуклеаза ДНК. [12] В хорошо изученной системе CRISPR типа II нуклеаза Cas9 связывается с химерой, состоящей из tracrRNA и crRNA. Эту химеру часто называют направляющей РНК (гРНК). Когда белок Cas9 связывается со специфичной для области ДНК гРНК, Cas9 расщепляет ДНК в целевых локусах ДНК. Однако при введении точечных мутаций D10A и H840A образуется каталитически мертвый Cas9 (dCas9), который может связывать ДНК, но не расщепляется. [13] Система dCas9 использовалась для целевого эпигенетического перепрограммирования с целью введения сайт-специфического метилирования ДНК. Путем слияния каталитического домена DNMT3a с белком dCas9 dCas9-DNMT3a способен достигать целевого метилирования ДНК целевой области, как указано в настоящей направляющей РНК. [14] Аналогично, dCas9 был слит с каталитическим ядром человеческой ацетилтрансферазы p300 . dCas9-p300 успешно катализирует целенаправленное ацетилирование лизина 27 гистона H3. [15] [16] Альтернативно, одного белка dCas9 достаточно, чтобы физически вмешиваться в нормальные процессы, которые поддерживают метилирование ДНК в том месте, на которое он нацелен, в делящихся клетках; это приводит к целенаправленному деметилированию ДНК. Основное преимущество этого подхода заключается в том, что он не содержит ферментов, модифицирующих эпигенетику, которые могут влиять на эпигенетические метки на больших расстояниях и действовать независимо по всему геному, несмотря на то, что они привязаны к целевому белку dCas9, что часто приводит к широко распространенным нецелевым эффектам. [3]
Вариант редактирования эпигенома CRISPR (называемый FIRE-Cas9) позволяет отменить внесенные изменения, если что-то пошло не так. [17] [18]
CRISPRoff — это мертвый слитый белок Cas9, который можно использовать для наследственного подавления экспрессии генов «большинства генов» и позволяет осуществлять обратимые модификации. [19] [20]
Часто используемые эффекторные белки
[ редактировать ]TET1 индуцирует деметилирование цитозина в сайтах CpG . Этот белок использовался для активации генов, которые подавляются метилированием CpG, и для определения роли отдельных сайтов метилирования CpG. [6] Широко распространено мнение, что целенаправленное деметилирование обычно лучше достигается с помощью одного dCas9 (путем целенаправленного вмешательства в нормальный механизм метилирования ДНК), поскольку введение dCas9-TET в клетки приводит к широко распространенной нецелевой активности сверхэкспрессируемого фермента TET. [3] LSD1 индуцирует деметилирование H3K4me1 /2, что также вызывает косвенное влияние деацетилирования на H3K27. Этот эффектор можно использовать на гистонах в энхансерных областях, что может изменить экспрессию соседних генов. [7] CIB1 — светочувствительный криптохром , этот криптохром слит с белком TALE. Второй белок содержит партнера по взаимодействию ( CRY2 ), слитого с модификатором хроматина /ДНК (например, SID4X ). CRY2 может взаимодействовать с CIB1 , когда криптохром активируется освещением синим светом. [21] Взаимодействие позволяет модификатору хроматина действовать в нужном месте. Это означает, что модификация может быть осуществлена индуцируемым и обратимым образом, что снижает долгосрочные вторичные эффекты, которые могут быть вызваны конститутивной эпигенетической модификацией. [5]
Приложения
[ редактировать ]Изучение функции и активности энхансера
[ редактировать ]Редактирование областей генного энхансера в геноме посредством целевой эпигенетической модификации было продемонстрировано Mendenhall et al. (2013). [7] В этом исследовании использовался слитый эффекторный белок TALE-LSD1 для воздействия на энхансеры генов, для индукции молчания энхансера с целью определения активности энхансера и контроля генов. Нацеливание на конкретные энхансеры с последующей локус-специфической RT-qPCR позволяет определить гены, на которые влияет молчащий энхансер. Альтернативно, индуцирование молчания энхансеров в регионах выше генов позволяет изменить экспрессию генов. Затем можно использовать RT-qPCR для изучения влияния этого на экспрессию генов. Это позволяет детально изучить функцию и активность энхансера. [7]
Определение функции специфических сайтов метилирования
[ редактировать ]Важно понимать роль, которую специфические сайты метилирования играют в регуляции экспрессии генов. Чтобы изучить это, одна исследовательская группа использовала слитый белок TALE-TET1 для деметилирования одного сайта метилирования CpG. [6] Хотя этот подход требует множества контролей для обеспечения специфического связывания с целевыми локусами, правильно проведенное исследование с использованием этого подхода может определить биологическую функцию конкретного сайта метилирования CpG. [6]
Непосредственное определение роли эпигенетических модификаций
[ редактировать ]Эпигенетическое редактирование с использованием индуцируемого механизма предлагает широкий спектр потенциальных возможностей для изучения эпигенетических эффектов в различных состояниях. Одна исследовательская группа использовала оптогенетическую двухгибридную систему, которая интегрировала ДНК-связывающий домен TALE, специфичный для последовательности, со светочувствительным белком криптохрома 2 ( CIB1 ). [5] После экспрессии в клетках система смогла индуцируемо редактировать модификации гистонов и определять их функцию в определенном контексте. [5]
Функциональная инженерия
[ редактировать ]Этот раздел нуждается в расширении . Вы можете помочь, добавив к нему . ( апрель 2021 г. ) |
Направленная регуляция генов, связанных с заболеваниями, может позволить разработать новые методы лечения многих заболеваний, особенно в тех случаях, когда адекватная генная терапия еще не разработана или не подходит. [22] Хотя последствия на трансгенерационном и популяционном уровне еще не до конца понятны, они могут стать основным инструментом прикладной функциональной геномики и персонализированной медицины . [23] Как и редактирование РНК , оно не связано с генетическими изменениями и сопутствующими им рисками. [22] Один из примеров потенциального функционального использования редактирования эпигенома был описан в 2021 году: подавление Na v 1.7 экспрессии гена с помощью CRISPR-dCas9 , что продемонстрировало терапевтический потенциал на трех мышиных моделях хронической боли. [24] [25]
В 2022 году исследования оценили его полезность в снижении уровня тау-белка , регулировании белка, участвующего в болезни Хантингтона , борьбе с наследственной формой ожирения и синдромом Драве . [26]
Ограничения
[ редактировать ]Специфичность последовательности критически важна при редактировании эпигенома и должна быть тщательно проверена (это можно сделать с помощью иммунопреципитации хроматина с последующим секвенированием по Сэнгеру для проверки целевой последовательности). [8] Неизвестно, может ли слияние TALE оказывать влияние на каталитическую активность модификатора эпигенома. Это может быть особенно важно для эффекторных белков, которым требуется множество субъединиц и комплексов, таких как репрессивный комплекс Polycomb . [8] Белки, используемые для редактирования эпигенома, также могут блокировать лиганды и субстраты в целевом сайте. [8] Сам белок TALE может даже конкурировать с факторами транскрипции , если они нацелены на одну и ту же последовательность. [8] Кроме того, системы репарации ДНК могут обратить вспять изменения в хроматине и предотвратить желаемые изменения. [8] Наконец, ферменты, слитые с dCas9, обычно способны действовать независимо от белка dCas9, с которым они слиты. Когда эти слияния сверхэкспрессируются в клетках, эти ферменты имеют тенденцию модифицировать большие участки генома, что представляет собой драматическую нецелевую активность. [3] [27] Поэтому необходимо оптимизировать слитые конструкции и механизмы нацеливания для надежного и повторяемого редактирования эпигенома.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Уитакер Дж.В., Чен З., Ван В. (март 2015 г.). «Предсказание эпигенома человека по мотивам ДНК» . Природные методы . 12 (3): 265–72, 7 стр. после 272. doi : 10.1038/nmeth.3065 . ПМЦ 4344378 . ПМИД 25240437 .
- ^ Джонс, Пенсильвания (май 2012 г.). «Функции метилирования ДНК: острова, стартовые сайты, тела генов и многое другое». Обзоры природы. Генетика . 13 (7): 484–92. дои : 10.1038/nrg3230 . ПМИД 22641018 . S2CID 3346812 .
- ^ Jump up to: а б с д Сапожников, Дэниел М.; Шиф, Моше (29 сентября 2021 г.). «Раскрытие функциональной роли деметилирования ДНК на конкретных промоторах путем целенаправленной стерической блокады ДНК-метилтрансферазы с помощью CRISPR/dCas9» . Природные коммуникации . 12 (1): 5711. doi : 10.1038/s41467-021-25991-9 . ПМЦ 8481236 . ПМИД 34588447 .
- ^ Гай Т., Герсбах Калифорния, Барбас КФ (июль 2013 г.). «Методы геномной инженерии на основе ZFN, TALEN и CRISPR/Cas» . Тенденции в биотехнологии . 31 (7): 397–405. дои : 10.1016/j.tibtech.2013.04.004 . ПМЦ 3694601 . ПМИД 23664777 .
- ^ Jump up to: а б с д и Конерманн С., Бригам М.Д., Тревино А., Сюй П.Д., Хайденрайх М., Конг Л. и др. (август 2013 г.). «Оптический контроль эндогенной транскрипции и эпигенетических состояний млекопитающих» . Природа . 500 (7463): 472–476. Бибкод : 2013Natur.500..472K . дои : 10.1038/nature12466 . ПМЦ 3856241 . ПМИД 23877069 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Маедер М.Л., Ангстман Дж.Ф., Ричардсон М.Е., Линдер С.Дж., Касио В.М., Цай С.К. и др. (декабрь 2013 г.). «Направленное деметилирование ДНК и активация эндогенных генов с использованием программируемых слитых белков TALE-TET1» . Природная биотехнология . 31 (12): 1137–42. дои : 10.1038/nbt.2726 . ПМЦ 3858462 . ПМИД 24108092 .
- ^ Jump up to: а б с д и Менденхолл Э.М., Уильямсон К.Е., Рейон Д., Зоу Дж.Ю., Рам О., Йонг Дж.К., Бернштейн Б.Е. (декабрь 2013 г.). «Локус-специфическое редактирование модификаций гистонов эндогенных энхансеров» . Природная биотехнология . 31 (12): 1133–6. дои : 10.1038/nbt.2701 . ПМЦ 3858395 . ПМИД 24013198 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Фойгт П., Рейнберг Д. (декабрь 2013 г.). «Редактирование эпигенома». Природная биотехнология . 31 (12): 1097–9. дои : 10.1038/nbt.2756 . ПМИД 24316647 . S2CID 28191072 .
- ^ Чен Х., Каземир Х.Г., де Гроот М.Л., Руитерс М.Х., Сюй Г.Л., Ротс М.Г. (февраль 2014 г.). «Индуцированное деметилирование ДНК путем нацеливания транслокации 2 Ten-Eleven на промотор ICAM-1 человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (3): 1563–74. дои : 10.1093/нар/gkt1019 . ПМЦ 3919596 . ПМИД 24194590 .
- ^ Кунгуловски Г., Нунна С., Томас М., Зангер У.М., Рейнхардт Р., Йельч А. (18 марта 2015 г.). «Направленное редактирование эпигенома эндогенного локуса с помощью модификаторов хроматина не поддерживается стабильно» . Эпигенетика и хроматин . 8 (1): 12. дои : 10.1186/s13072-015-0002-z . ПМК 4404288 . ПМИД 25901185 .
- ^ Бустос Ф.Дж., Ампуэро Э., Юри Н., Агилар Р., Фалахи Ф., Толедо Дж. и др. (декабрь 2017 г.). «Эпигенетическое редактирование гена Dlg4/PSD95 улучшает когнитивные функции у пожилых мышей, страдающих болезнью Альцгеймера» . Мозг . 140 (12): 3252–3268. дои : 10.1093/brain/awx272 . ПМК 5841035 . ПМИД 29155979 .
- ^ Биолаборатории, Новая Англия. «CRISPR/Cas9 и целенаправленное редактирование генома: новая эра в молекулярной биологии | NEB» . www.neb.com . Проверено 7 июня 2016 г.
- ^ «Аддген: Руководство по CRISPR/Cas9» . www.addgene.org . Проверено 7 июня 2016 г.
- ^ Макдональд Дж.И., Челик Х., Ройс Л.Е., Фишбергер Г., Фаулер Т., Рис Р. и др. (июнь 2016 г.). «Перепрограммируемая система на основе CRISPR/Cas9 для индукции сайт-специфического метилирования ДНК» . Биология Открытая . 5 (6): 866–74. дои : 10.1242/bio.019067 . ПМК 4920199 . ПМИД 27170255 .
- ^ Хилтон И.Б., Д'Ипполито А.М., Вокли СМ, Такоре П.И., Кроуфорд Дж.Э., Редди Т.Е., Герсбах Калифорния (май 2015 г.). «Редактирование эпигенома с помощью ацетилтрансферазы на основе CRISPR-Cas9 активирует гены с промоторов и энхансеров» . Природная биотехнология . 33 (5): 510–7. дои : 10.1038/nbt.3199 . ПМК 4430400 . ПМИД 25849900 .
- ^ Сервантес-Грасиа К., Грамалла-Шмитц А., Вайшедель Дж., Чахван Р. (2021). «APOBECs организуют геномное и эпигеномное редактирование в сфере здравоохранения и болезней» . Тенденции Жене . 37 (11): 1028–1043. дои : 10.1016/j.tig.2021.07.003 . ПМИД 34353635 . S2CID 236934922 .
- ^ Браун, Саймон М.Г.; Киркланд, Джейкоб Г.; Чори, Эмма Дж.; Хусманн, Дилан; Каларко, Джозеф П.; Крэбтри, Джеральд Р. (2017). «Быстрое и обратимое редактирование эпигенома эндогенными регуляторами хроматина» . Природные коммуникации . 8 (1): 560. Бибкод : 2017NatCo...8..560B . дои : 10.1038/s41467-017-00644-y . ПМК 5601922 . ПМИД 28916764 .
- ^ Лю XS, Ву Х, Крзиш М, Ву X, Граф Дж, Муффат Дж и др. (февраль 2018 г.). «Спасение хрупких нейронов с синдромом X путем редактирования метилирования ДНК гена FMR1» . Клетка . 172 (5): 979–992.e6. дои : 10.1016/j.cell.2018.01.012 . ПМК 6375087 . ПМИД 29456084 .
- ^ «Новый обратимый метод CRISPR может контролировать экспрессию генов, оставляя лежащую в основе последовательность ДНК неизменной» . физ.орг . Проверено 10 мая 2021 г.
- ^ Нуньес, Джеймс К.; Чен, Джин; Помье, Грег К.; Коган, Дж. Закери; Реплогл, Джозеф М.; Адрианс, Кармен; Рамадосс, Гокул Н.; Ши, Цюаньмин; Хунг, король Л.; Самельсон, Ави Дж.; Погсон, Анджела Н.; Ким, Джеймс Ю.С.; Чанг, Аманда; Леонетти, Мануэль Д.; Чанг, Ховард Ю.; Кампманн, Мартин; Бернштейн, Брэдли Э.; Ховестадт, Волкер; Гилберт, Люк А.; Вайсман, Джонатан С. (29 апреля 2021 г.). «Программируемая транскрипционная память всего генома посредством редактирования эпигенома на основе CRISPR» . Клетка . 184 (9): 2503–2519.e17. дои : 10.1016/j.cell.2021.03.025 . ISSN 0092-8674 . ПМЦ 8376083 . ПМИД 33838111 .
- ^ Лю Х, Юй Х, Ли К, Клейнот Дж, Ян Х, Лисьеро Д, Лин С (декабрь 2008 г.). «Фотовозбуждаемый CRY2 взаимодействует с CIB1, регулируя транскрипцию и инициацию цветения у Arabidopsis» . Наука . 322 (5907): 1535–9. Бибкод : 2008Sci...322.1535L . дои : 10.1126/science.1163927 . ПМИД 18988809 . S2CID 3003167 .
- ^ Jump up to: а б Кунгуловский, Горан; Йельч, Альберт (1 февраля 2016 г.). «Редактирование эпигенома: современное состояние, концепции и перспективы» . Тенденции в генетике . 32 (2): 101–113. дои : 10.1016/j.tig.2015.12.001 . ISSN 0168-9525 . ПМИД 26732754 . Проверено 30 апреля 2021 г.
- ^ Лауфер, Бенджамин И.; Сингх, Шива М. (17 сентября 2015 г.). «Стратегии точной модуляции экспрессии генов путем редактирования эпигенома: обзор» . Эпигенетика и хроматин . 8 (1): 34. дои : 10.1186/s13072-015-0023-7 . ISSN 1756-8935 . ПМК 4574080 . ПМИД 26388942 .
- ^ «Уникальная генная терапия CRISPR предлагает лечение хронической боли без опиоидов» . Новый Атлас . 11 марта 2021 г. Проверено 18 апреля 2021 г.
- ^ Морено, Ана М.; Алеман, Фернандо; Катроли, Глауцилен Ф.; Хант, Мэтью; Ху, Майкл; Дайлами, Амир; Пла, Эндрю; Воллер, Сара А.; Палмер, Натан; Парех, Удит; Макдональд, Даниэлла; Робертс, Аманда Дж.; Доброй воли, Ванесса; Драйден, Ян; Хевнер, Роберт Ф.; Задержка, Лориана; Сантос, Жильсон Гонсалвеш душ; Якш, Тони Л.; Мали, Прашант (10 марта 2021 г.). «Длительная анальгезия за счет целенаправленной репрессии NaV1.7 in situ у мышей» . Наука трансляционной медицины . 13 (584): eaay9056. doi : 10.1126/scitranslmed.aay9056 . ISSN 1946-6234 . ПМЦ 8830379 . ПМИД 33692134 . S2CID 232170826 .
- ^ Кайзер, Джоселин (1 июня 2022 г.). «Лучше, чем CRISPR? Другой способ решения генных проблем может быть более безопасным и универсальным» . www.science.org . Проверено 21 августа 2022 г.
- ^ Галонска, С; Чарльтон, Дж; Маттеи, Алабама; Донахи, Дж; Клемент, К; Гу, Х; Мохаммед, AW; Стаменова Е.К.; Качкьярелли, Д; Клагес, С; Тиммерманн, Б; Канц, Т; Шёлер, HR; Гнирке, А; Циллер, MJ; Мейснер, А. (9 февраля 2018 г.). «Полногеномное отслеживание следов dCas9-метилтрансферазы» . Природные коммуникации . 9 (1): 597. doi : 10.1038/s41467-017-02708-5 . ПМК 5807365 . ПМИД 29426832 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Шривастава Д., ДеВитт Н. (сентябрь 2016 г.). «Перепрограммирование клеток in vivo: следующее поколение» . Клетка . 166 (6): 1386–1396. дои : 10.1016/j.cell.2016.08.055 . ПМК 6234007 . ПМИД 27610565 .
- Чакраборти С., Джи Х., Кабади А.М., Герсбах К.А., Христофору Н., Леонг К.В. (декабрь 2014 г.). «Система на основе CRISPR/Cas9 для перепрограммирования спецификации клеточного происхождения» . Отчеты о стволовых клетках . 3 (6): 940–7. дои : 10.1016/j.stemcr.2014.09.013 . ПМК 4264059 . ПМИД 25448066 .
- Такоре П.И., Блэк Дж.Б., Хилтон И.Б., Герсбах, Калифорния (февраль 2016 г.). «Редактирование эпигенома: технологии программируемой транскрипции и эпигенетической модуляции» . Природные методы . 13 (2): 127–37. дои : 10.1038/nmEth.3733 . ПМЦ 4922638 . ПМИД 26820547 .
- Вора С., Таттл М., Ченг Дж., Чёрч Дж. (сентябрь 2016 г.). «Следующая остановка революции CRISPR: эпигенетические регуляторы, управляемые РНК» . Журнал ФЭБС . 283 (17): 3181–93. дои : 10.1111/февраль 13768 . ПМИД 27248712 .
- Нельсон CE, Герсбах, Калифорния (июнь 2016 г.). «Разработка средств доставки для редактирования генома» . Ежегодный обзор химической и биомолекулярной инженерии . 7 : 637–62. doi : 10.1146/annurev-chembioeng-080615-034711 . ПМИД 27146557 .
- Хилтон И.Б., Д'Ипполито А.М., Вокли СМ, Такоре П.И., Кроуфорд Дж.Э., Редди Т.Е., Герсбах Калифорния (май 2015 г.). «Редактирование эпигенома с помощью ацетилтрансферазы на основе CRISPR-Cas9 активирует гены с промоторов и энхансеров» . Природная биотехнология . 33 (5): 510–7. дои : 10.1038/nbt.3199 . ПМК 4430400 . ПМИД 25849900 .
- Макдональд Дж.И., Челик Х., Ройс Л.Е., Фишбергер Г., Фаулер Т., Рис Р. и др. (июнь 2016 г.). «Перепрограммируемая система на основе CRISPR/Cas9 для индукции сайт-специфического метилирования ДНК» . Биология Открытая . 5 (6): 866–74. дои : 10.1242/bio.019067 . ПМК 4920199 . ПМИД 27170255 .
- Сюй X, Тао Y, Гао X, Чжан Л, Ли X, Цзоу В и др. (2016). «Подход на основе CRISPR для целенаправленного деметилирования ДНК» . Открытие клеток . 2 : 16009. дои : 10.1038/celldisc.2016.9 . ПМЦ 4853773 . ПМИД 27462456 .
- Залатан Дж.Г., Ли М.Э., Алмейда Р., Гилберт Л.А., Уайтхед Э.Х., Ла Русса М. и др. (январь 2015 г.). «Разработка сложных синтетических транскрипционных программ с использованием каркасов РНК CRISPR» . Клетка . 160 (1–2): 339–50. дои : 10.1016/j.cell.2014.11.052 . ПМК 4297522 . ПМИД 25533786 .
- Морита С., Ногучи Х., Хории Т., Накабаяши К., Кимура М., Окамура К. и др. (октябрь 2016 г.). «Направленное деметилирование ДНК in vivo с использованием повтора пептида dCas9 и слияния каталитических доменов scFv-TET1». Природная биотехнология . 34 (10): 1060–1065. дои : 10.1038/nbt.3658 . ПМИД 27571369 . S2CID 2068435 .
- Лю XS, Ву Х, Цзи X, Стельцер Y, Ву X, Чаудерна С и др. (сентябрь 2016 г.). «Редактирование метилирования ДНК в геноме млекопитающих» . Клетка . 167 (1): 233–247.e17. дои : 10.1016/j.cell.2016.08.056 . ПМК 5062609 . ПМИД 27662091 .
- Амабайл А, Мильяра А, Капассо П, Биффи М, Читтаро Д, Нальдини Л, Ломбардо А (сентябрь 2016 г.). «Наследственное подавление эндогенных генов путем целенаправленного эпигенетического редактирования» . Клетка . 167 (1): 219–232.e14. дои : 10.1016/j.cell.2016.09.006 . ПМК 5039111 . ПМИД 27662090 .
- Томпкинс Джей Ди. www.epigenomeengineering.com.
- Активация CRISPR отдельных генов превращает клетки кожи в стволовые клетки
- Ляо Х.К., Хатанака Ф., Араока Т., Редди П., Ву М.З., Суй Ю. и др. (декабрь 2017 г.). «Активация целевого гена in vivo посредством трансэпигенетической модуляции, опосредованной CRISPR/Cas9» . Клетка . 171 (7): 1495–1507.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.10.025 . ПМЦ 5732045 . ПМИД 29224783 .
- Лау Ч., Су Ю. (декабрь 2018 г.). «Редактирование эпигенома in vivo и модуляция транскрипции с использованием технологии CRISPR» . Трансгенные исследования . 27 (6): 489–509. дои : 10.1007/s11248-018-0096-8 . ПМК 6261694 . ПМИД 30284145 .