CPSF6

CPSF6
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3P5T, 3P6Y, 3Q2S, 3Q2T, 4B4N, 4U0A, 4U0B, 4WYM
Идентификаторы
Псевдонимы	CPSF6 , CFIM, CFIM68, HPBRII-4, HPBRII-7, специфический фактор расщепления и полиаденилирования 6, CFIM72
Внешние идентификаторы	Опустить : 604979 ; МГИ : 1913948 ; Гомологен : 134126 ; GeneCards : CPSF6 ; OMA : CPSF6 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	69,274,358 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 10 (mouse)
End	117,215,920 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; bone marrow cells; ; Achilles tendon; ; ventricular zone; ; tonsil; ; left ovary; ; right ovary; ; appendix; ; sural nerve; ; endometrium;
	Top expressed in
	superior cervical ganglion; ; hand; ; otolith organ; ; utricle; ; mandibular prominence; ; cumulus cell; ; trigeminal ganglion; ; maxillary prominence; ; abdominal wall; ; ganglionic eminence;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; mRNA binding; RNA binding; nucleic acid binding; ribosomal large subunit binding; exon-exon junction complex binding;
Cellular component	paraspeckles; membrane; nucleus; nucleoplasm; nuclear speck; mRNA cleavage factor complex; perichromatin fibrils; cytoplasm; mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex; interchromatin granule; ribonucleoprotein complex;
Biological process	mRNA polyadenylation; mRNA processing; protein tetramerization; positive regulation of RNA export from nucleus; protein heterotetramerization; pre-mRNA cleavage required for polyadenylation; mRNA alternative polyadenylation; messenger ribonucleoprotein complex assembly;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	11052
	432508
	ENSG00000111605
	ENSMUSG00000055531
	Q16630
	Q6NVF9
	НМ_001300947 ; НМ_007007
	НМ_001013391 ; НМ_001310609
	НП_001287876 ; НП_008938
	НП_001013409 ; НП_001297538
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Субъединица 6 фактора специфичности расщепления и полиаденилирования представляет собой белок , который у человека кодируется CPSF6 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, представляет собой одну субъединицу фактора расщепления, необходимого для расщепления 3'-РНК и процессинга полиаденилирования. Взаимодействие белка с РНК является одним из самых ранних этапов сборки комплекса процессинга 3'-конца и облегчает рекрутирование других факторов процессинга. Комплекс факторов расщепления состоит из четырех полипептидов. Этот ген кодирует субъединицу 68 кДа. Его доменная организация напоминает сплайсосомные белки. ^{[ 7 ]}

Взаимодействия

Было показано, что CPSF6 взаимодействует с WWP1. ^{[ 8 ]} и PLSCR1 . ^{[ 8 ]}

CPSF6 играет важную роль в ядерном импорте и интеграции капсидов ВИЧ-1 . ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000111605 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000055531 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Рюгсеггер У., Бланк Д., Келлер В. (январь 1998 г.). «Фактор расщепления пре-мРНК человека Im связан со сплайсосомными белками SR и может быть восстановлен in vitro из рекомбинантных субъединиц» . Молекулярная клетка . 1 (2): 243–53. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80025-8 . ПМИД 9659921 .
^ Кардинале С., Цистерна Б., Бонетти П., Арингьери С., Биггиогера М., Барабино С.М. (апрель 2007 г.). «Субъядерная локализация и динамика 3'-концевого фактора процессинга пре-мРНК, субъединицы фактора I расщепления млекопитающих, 68 кДа» . Молекулярная биология клетки . 18 (4): 1282–92. doi : 10.1091/mbc.E06-09-0846 . ПМЦ 1838998 . ПМИД 17267687 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: расщепление CPSF6 и специфический фактор полиаденилирования 6, 68 кДа» .
^ Перейти обратно: ^а ^б Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н. и др. (октябрь 2005 г.). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .
^ Мюллер Т.Г., Зила В., Мюллер Б., Кроусслих Х.Г. (29 сентября 2022 г.). «Снятие покрытия с ядерного капсида и обратная транскрипция ВИЧ-1» . Ежегодный обзор вирусологии . 9 (1): 261–284. doi : 10.1146/annurev-virology-020922-110929 . ПМИД 35704745 .

Внешние ссылки

человека Расположение генома CPSF6 и CPSF6 страница сведений о гене в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД 8125298 .
Рюгсеггер У., Бейер К., Келлер В. (март 1996 г.). «Очистка и характеристика человеческого фактора расщепления Im, участвующего в процессинге 3'-конца предшественников информационной РНК» . Журнал биологической химии . 271 (11): 6107–13. дои : 10.1074/jbc.271.11.6107 . ПМИД 8626397 .
Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД 9373149 .
де Врис Х, Рюгсеггер У, Хюбнер В, Фридлейн А, Ланген Х, Келлер В (ноябрь 2000 г.). «Человеческий фактор расщепления пре-мРНК II (m) содержит гомологи дрожжевых белков и соединяет два других фактора расщепления» . Журнал ЭМБО . 19 (21): 5895–904. дои : 10.1093/emboj/19.21.5895 . ПМК 305781 . ПМИД 11060040 .
Авасти С., Алвин Дж. К. (ноябрь 2003 г.). «Ассоциация фактора полиаденилированного расщепления I с мяРНП U1» . РНК . 9 (11): 1400–9. дои : 10.1261/rna.5104603 . ПМК 1287061 . ПМИД 14561889 .
Браун К.М., Гилмартин ГМ (декабрь 2003 г.). «Механизм регуляции процессинга 3' пре-мРНК человеческим фактором расщепления Im» . Молекулярная клетка . 12 (6): 1467–76. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00453-2 . ПМИД 14690600 .
Деттвайлер С., Арингьери С., Кардинале С., Келлер В., Барабино С.М. (август 2004 г.). «Отличные мотивы последовательности в субъединице фактора расщепления Im массой 68 кДа опосредуют связывание РНК, белок-белковые взаимодействия и субклеточную локализацию» (PDF) . Журнал биологической химии . 279 (34): 35788–97. дои : 10.1074/jbc.M403927200 . ПМИД 15169763 . S2CID 39752996 .
Венкатараман К., Браун К.М., Гилмартин Г.М. (июнь 2005 г.). «Анализ неканонического поли(А)-сайта обнаруживает трехсторонний механизм распознавания поли(А)-сайта позвоночных» . Гены и развитие . 19 (11): 1315–27. дои : 10.1101/gad.1298605 . ПМЦ 1142555 . ПМИД 15937220 .
Руал Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрез М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С, Лламосас Е, Чевик С, Бекс С, Ламеш П, Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж, Зогби Х.И., Смоляр А, Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. ( октябрь 2005 г.). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .
Миллевуа С., Лулерг С., Деттвилер С., Караа С.З., Келлер В., Антониу М., Вагнер С. (октябрь 2006 г.). «Взаимодействие между U2AF 65 и CF I(m) связывает механизмы сплайсинга и обработки 3'-конца» . Журнал ЭМБО . 25 (20): 4854–64. дои : 10.1038/sj.emboj.7601331 . ПМК 1618107 . ПМИД 17024186 .
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С., МакБрум-Серажевски Л., Робинсон М.Д., О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дарси М., Хо Ю, Хейлбут А., Мур Л., Чжан С., Орнацкий О., Бухман Ю.В., Этьер М., Шэн Ю., Василеску Дж., Абу-Фарха М., Ламберт Дж.П., Дювел. Х.С., Стюарт II, Кюль Б., Хог К., Колвилл К., Гладвиш К., Маскат Б., Кинач Р., Адамс С.Л., Моран М.Ф., Морин ГБ, Топалоглу Т., Фигейс Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белково-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Молекулярная системная биология . 3 (1): 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 12 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000111605 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000055531 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9659921-5] Рюгсеггер У., Бланк Д., Келлер В. (январь 1998 г.). «Фактор расщепления пре-мРНК человека Im связан со сплайсосомными белками SR и может быть восстановлен in vitro из рекомбинантных субъединиц» . Молекулярная клетка . 1 (2): 243–53. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80025-8 . ПМИД 9659921 .

[pmid17267687-6] Кардинале С., Цистерна Б., Бонетти П., Арингьери С., Биггиогера М., Барабино С.М. (апрель 2007 г.). «Субъядерная локализация и динамика 3'-концевого фактора процессинга пре-мРНК, субъединицы фактора I расщепления млекопитающих, 68 кДа» . Молекулярная биология клетки . 18 (4): 1282–92. doi : 10.1091/mbc.E06-09-0846 . ПМЦ 1838998 . ПМИД 17267687 .

[entrez-7] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: расщепление CPSF6 и специфический фактор полиаденилирования 6, 68 кДа» .

[pmid16189514-8] Перейти обратно: ^а ^б Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н. и др. (октябрь 2005 г.). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173–8. Бибкод : 2005Natur.437.1173R . дои : 10.1038/nature04209 . ПМИД 16189514 . S2CID 4427026 .

[9] Мюллер Т.Г., Зила В., Мюллер Б., Кроусслих Х.Г. (29 сентября 2022 г.). «Снятие покрытия с ядерного капсида и обратная транскрипция ВИЧ-1» . Ежегодный обзор вирусологии . 9 (1): 261–284. doi : 10.1146/annurev-virology-020922-110929 . ПМИД 35704745 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]