Speroplasma Phage 1-R8a2b

Speroplasma Phage 1-R8a2b
	Форма плектровируса вириона
Классификация вирусов
(не вмешательство):	Вирус
Область :	Моноднавирия
Королевство:	Loebvirae
Филум:	Hofneiviricota
Сорт:	Faserviricetes
Заказ:	Тубулавирал
Семья:	Plectroviridae
Род:	Верспертилиовирус
Разновидность:	Speroplasma Phage 1-R8a2b

Speroplasma Phage 1-R8A2B является нитевидным бактериофагом в роде Vespertiliovirus семейства Plectroviridae , часть группы одноцепочечных вирусов ДНК . Вирус имеет много синонимов, таких как SPV1-R8A2 B, Speroplasma Phage 1 и вирус спироплазмы 1, SPV1 (не путать с просто «SPV1» для обозначения всей морфологической группы вируса спироплазмы 1). SPV1-R8A2 B заражает спироплазму Citri . Сам его хозяин является прокариотическим патогеном для цитрусовых растений, вызывая упрямую болезнь цитрусовых .

Классификация

Фаг представляет собой спироплазмальный вирус морфологической группы 1 (SPV1), выделенный из Spiroplasma Citrip штамма R8A2 (SPV1-R8A2) субклона B (SPV1-R8A2 B). ^{[ 1 ]} Вирусы SPV1 классифицируются по их обнаженным стержням. ^{[ 2 ]}

История

Документация

Вирусные частицы SPV1 первоначально наблюдались с помощью электронной микроскопии в 1973 году во время первой ультраструктурной характеристики S. citri . ^{[ 2 ]} Почти два десятилетия спустя, в 1990 году, специфический штамм SPV1-R8A2 B был впервые сообщен в публикации его полной нуклеотидной последовательности его генома . ^{[ 1 ]}^{[ 3 ]}

Вывод имен

Префиксы для семейства и рода получены от греческого языка: iNO от NOS , что означает «мышечная нить», а Plectro от Plektron , что означает «маленькая палка». ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Вирион

Морфология

Спиноплазмальные вирусы группы 1 представляют собой длинные, неразвитые , нитевидные (стержневые) частицы, содержащие круговую молекулу ssDNA около 8 килобаз. ^{[ 2 ]} Стержни почти прямые с одним округлым концом и еще одним переменным концом. Их длина составляет около 300 нм или меньше, а их диаметры составляют около 15 нм с 4 ± 2 нм полых сердечков. ^{[ 5 ]}

Им также не хватает липидов. ^{[ 5 ]}

Геном

Полный геном SPV1-R8A2 B содержит 8273 нуклеотида на общую сумму 37,1% A, 8,1% C, 14,8% G и 40% T. (UGA не указывает стоп-кодон в спироплазмах; вместо этого универсальный опал-стоп-кодон, UGA, коды для триптофан .) ^{[ 1 ]} Он имеет 22,9% GC-контент . В целом, фаг имеет 12 кодирующих последовательностей (CD) и 12 генов. ^{[ 6 ]}

Физиохимические и физические свойства

Вирионы SPV1 чувствительны к хлороформу и эфиру. Они устойчивы к холодному и теплу, широкому диапазону рН и неионных моющих средств (nonidet P-40 и Triton X-100). SPV1 Плавучие плотности составляют 1,39 г/см ³в CSCL и 1,21 г/см ³ В метризамиде. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 7 ]}

Хозяин

Спироплазма Citri

Фаги спироплазмы влияют на членов рода спироплазмы , которые являются частью класса Mollicutes , группу небольших бактерий без клеточных стенок . В частности, SPV1-R8A2 B заражает S. citri , первоначально обнаруженный на штамме Марокко. ^{[ 4 ]}^{[ 8 ]} S. citri является причинным агентом цитрусового упрямого заболевания на растениях рода Citrus .

Инфекция

Существует высокая частота естественной инфекции SPV1, обнаруженной в спироплазмы штаммах . Раннее электронное микроскопическое исследование негативно окрашенных препаратов выявило частицы SPV1 в 38 из 67 спироплазмы исследований (57%). Одной частицы вируса достаточно, чтобы заразить клетку -хозяина. ^{[ 2 ]} Инфекция нелитическая. ^{[ 5 ]}

Интеграция

Хромосома S. citri содержит компакт -диски плектровирусных профадов в нескольких участках, часто усеченных, и многие гомологичны SPV1. Существуют доказательства того, что в частично секвенированном геноме S. citri , по меньшей мере, 20,5% CD связаны с фагом, а 47,2% CD имеют неизвестную функцию. Эти последовательности неизвестной функции могут быть остатки вставок вирусной последовательности, общей особенностью с другими молликутными геномами, поскольку они содержат повторные кластеры генов, которые могут быть «мобильными генетическими элементами или остатками древних фаговых атак». ^{[ 9 ]} Вставка вирусных последовательностей происходит за счет кодируемых предполагаемых транспозаз, напоминающих элементы вставки. ^{[ 10 ]} Интеграция генома плектровируса может происходить при вирусной инфекции.

Сопротивление

Также было показано, что сопротивление происходит с последующей инфекцией. ^{[ 9 ]}

Последствия

Элементы последовательности вставки могли привести к нарушениям генов, перестройке генома и расширению генома. ^{[ 6 ]}^{[ 11 ]}

Репликация

Жизненный цикл посредством цитоплазматической репликации

Как плектровирус , механизм ввода фага является адсорбцией мембраны клеточных рецепторов. Транскрипция происходит в цитоплазме с клеточной ферментной транскриптазой. Репликация генома происходит в клеточной мембране в цитоплазме. ДНК-зависимая ДНК-полимераза клетки-хозяина служит репликазой, а репликация возникает путем прокатного круга . Сборка вириона происходит в клеточной мембране. Механизм выхода фага - от экструзии. ^{[ 3 ]}^{[ 5 ]}

Типичный цикл репликации Inoviridae : ^{[ 12 ]}

Вирусный белок G3P опосредует опосредованную Pilus адсорбцию вируса на клетку-хозяева. Возвращение пилуса тянет вирион на внутреннюю мембрану хозяина.
Белки капсида опосредуют инъекцию вирусной ДНК через бактериальные мембраны в клеточную цитоплазму.
Полимераза -хозяина преобразует вирусный геном вируса (+) ssDNA в ковалентно закрытую дсДНК, называемую репликативной формой ДНК (RF).
Транскрипция дцДНК с помощью РНК -полимеразы хозяина приводит к вирусным мРНК .
Вирусный белок G2P Nicks RF ДНК цепь при происхождении репликации.
(+) Репликация пряди возникает путем катящегося круга.
Новые (+) геномы ssDNA превращаются в новые радиочастотные молекулы, и происходит дальнейшая транскрипция.
Когда синтезируется достаточное количество белка G5P, ингибируется превращение в RF DSDNA, поскольку нео-синтезированная геномная ssDNA покрыта G5P.
G5P заменяются белками G8P, чтобы запустить сборку вирусного капсида.
Новые вирионы секретируются из ячейки хозяина.
Инфицированные клетки продолжают делить и продуцировать вирионы на неопределенный срок.

Использование

Репликативная форма SPV1 была предпринята для использования в качестве вектора для экспрессии инородных генов в S. citri R8A2. ^{[ 11 ]} Цель состоит в том, чтобы позволить иностранным генам транскрибировать, перевести в белки и сохранять в стабильной форме в течение поколений. ^{[ 13 ]} Однако рекомбинантная вирусная ДНК может оказаться нестабильной после пассирования . ^{[ 14 ]}

SPV1-R8A2 B может быть изолирован от его хозяина. Репликативная форма может быть клонирована в кишечной палочке . Очистка перед культивированием может быть достигнуто путем центрифугирования градиента плотности CSCL. ^{[ 1 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Renaudin, J; Adull, P; Vignault, JC; Bové, JM (1990). «Полные нуклеотидные последователи генома вируса Spioplasma citri spv1-r8a2 B.» Исследование нуклеиновых кислот . 18 (5): 1293. doi : 10.1093/nar/18.5.1293 . PMC 330455 . PMID 2320423 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Лисс, а; Коул, Р.М. (1982). «Спиноплазмальные вирусы: характеристики группы 1». Обзоры инфекционных заболеваний . 4 : S115 - S119. doi : 10.1093/clinids/4.supplement_1.s115 . PMID 7123048 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Tidona C, Darai G. 2011. Индекс вирусов Springer. Спрингер . 749-753.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Cann, AJ (2001). Принципы молекулярной вирусологии . Тол. 3 (стандартное изд.). Академическая пресса. С. 277–287.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон Кинг Амк, Адамс М.Дж., Лефковиц Э.Дж., Карстенс Эб. 2012. Вирусная таксономия: классификация и номенклатура вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Elsevier . 375-383.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Браунинг GF, Citti C. 2014. Mollicutes: молекулярная биология и патогенез. Horizon Scientific Press . 36-39.
^ Абедон ул. 2005. Бактериофаги. Издательство Оксфордского университета . 638-639.
^ Saglio, P; Lhospital, M; Laflèche, D; Dupont, G; Бове, JM; Талли, JG; Freundt, EA (1973). « Speroplasma Citri Gen. И Sp. N.: Микоплазма-подобный организм, связанный с« упрямым »болезнью цитрусовых» . Международный журнал систематической бактериологии . 23 (3): 191–204. doi : 10.1099/00207713-23-3-191 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Карл, P; Сайллард, C; Carrere, n; Carrere, S; Duret, S; Eveillard, S; Gaurivaud, P; Гурги, g; Gouzy, J; Salar, P; Вердин, E; Бретон, м; Бланшар, а; Laigre, F; Bove, J; Renaudin, J; Foissac, X (2010). «Частичная хромосомная последовательность спироплазмы Citri выявляет обширную вирусную инвазию и важную распад генов» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (11): 3420–3426. Bibcode : 2010apenm..76.3420c . doi : 10.1128/aem.02954-09 . PMC 2876439 . PMID 20363791 .
^ Sha, y; Мелхер, U; Дэвис, ре; Флетчер Дж. (2000). «Общие элементы спироплазмы плектровирусов, выявленные нуклеотидной последовательности SVTS2». Вирусные гены . 20 (1): 47–56. doi : 10.1023/a: 1008108106916 . PMID 10766306 . S2CID 36698684 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Ye, f; Laigre, F; Уитли, JC; Citti, c; Финч, Лр; Карл, P; Renaudin, J; Bove, JM (1992). «Физическая и генетическая карта генома спироплазмы цитри » . Нуклеиновые кислоты Res . 20 (7): 1559–1565. doi : 10.1093/nar/20.7.1559 . PMC 312238 . PMID 1349741 .
^ Hulo C, De Castro E, Masson P, Bougeleret L, Bairoch A, Xenenarios I, Le Mercier P. 2011. Виралзон: ресурс знаний для понимания вируса. Нуклеиновые кислоты Res. 39 (выпуск Tabase): D576-8
^ Джейкоб, C; Nouzieres, f; Duret, S; Бове, JM; Renaudin, J (1997). «Выделение, характеристика и комплементация подвижности мутанта спироплазмы цитри » . J Бактериол . 179 (15): 4802–4810. doi : 10.1128/jb.179.15.4802-4810.1997 . PMC 179327 . PMID 9244268 .
^ Marais, A; Бове, JM; Renaudin, J (1996). « Спироплазма вирус вируса Citri SPV1 вектор клонирования: образование делеции незаконной и гомологичной рекомбинацией в штамме спироплазматического хозяина, в котором, вероятно, не хватает функционального гена Reca » . J. Bacteriol . 178 (3): 862–870. doi : 10.1128/jb.178.3.862-870.1996 . PMC 177736 . PMID 8550524 .

Внешние ссылки

[:1-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Renaudin, J; Adull, P; Vignault, JC; Bové, JM (1990). «Полные нуклеотидные последователи генома вируса Spioplasma citri spv1-r8a2 B.» Исследование нуклеиновых кислот . 18 (5): 1293. doi : 10.1093/nar/18.5.1293 . PMC 330455 . PMID 2320423 .

[:0-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} Лисс, а; Коул, Р.М. (1982). «Спиноплазмальные вирусы: характеристики группы 1». Обзоры инфекционных заболеваний . 4 : S115 - S119. doi : 10.1093/clinids/4.supplement_1.s115 . PMID 7123048 .

[:2-3] Jump up to: ^а ^{беременный} Tidona C, Darai G. 2011. Индекс вирусов Springer. Спрингер . 749-753.

[:3-4] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Cann, AJ (2001). Принципы молекулярной вирусологии . Тол. 3 (стандартное изд.). Академическая пресса. С. 277–287.

[:7-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон Кинг Амк, Адамс М.Дж., Лефковиц Э.Дж., Карстенс Эб. 2012. Вирусная таксономия: классификация и номенклатура вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов. Elsevier . 375-383.

[:4-6] Jump up to: ^а ^{беременный} Браунинг GF, Citti C. 2014. Mollicutes: молекулярная биология и патогенез. Horizon Scientific Press . 36-39.

[7] Абедон ул. 2005. Бактериофаги. Издательство Оксфордского университета . 638-639.

[8] Saglio, P; Lhospital, M; Laflèche, D; Dupont, G; Бове, JM; Талли, JG; Freundt, EA (1973). « Speroplasma Citri Gen. И Sp. N.: Микоплазма-подобный организм, связанный с« упрямым »болезнью цитрусовых» . Международный журнал систематической бактериологии . 23 (3): 191–204. doi : 10.1099/00207713-23-3-191 .

[:5-9] Jump up to: ^а ^{беременный} Карл, P; Сайллард, C; Carrere, n; Carrere, S; Duret, S; Eveillard, S; Gaurivaud, P; Гурги, g; Gouzy, J; Salar, P; Вердин, E; Бретон, м; Бланшар, а; Laigre, F; Bove, J; Renaudin, J; Foissac, X (2010). «Частичная хромосомная последовательность спироплазмы Citri выявляет обширную вирусную инвазию и важную распад генов» . Прикладная и экологическая микробиология . 76 (11): 3420–3426. Bibcode : 2010apenm..76.3420c . doi : 10.1128/aem.02954-09 . PMC 2876439 . PMID 20363791 .

[10] Sha, y; Мелхер, U; Дэвис, ре; Флетчер Дж. (2000). «Общие элементы спироплазмы плектровирусов, выявленные нуклеотидной последовательности SVTS2». Вирусные гены . 20 (1): 47–56. doi : 10.1023/a: 1008108106916 . PMID 10766306 . S2CID 36698684 .

[:6-11] Jump up to: ^а ^{беременный} Ye, f; Laigre, F; Уитли, JC; Citti, c; Финч, Лр; Карл, P; Renaudin, J; Bove, JM (1992). «Физическая и генетическая карта генома спироплазмы цитри » . Нуклеиновые кислоты Res . 20 (7): 1559–1565. doi : 10.1093/nar/20.7.1559 . PMC 312238 . PMID 1349741 .

[12] Hulo C, De Castro E, Masson P, Bougeleret L, Bairoch A, Xenenarios I, Le Mercier P. 2011. Виралзон: ресурс знаний для понимания вируса. Нуклеиновые кислоты Res. 39 (выпуск Tabase): D576-8

[13] Джейкоб, C; Nouzieres, f; Duret, S; Бове, JM; Renaudin, J (1997). «Выделение, характеристика и комплементация подвижности мутанта спироплазмы цитри » . J Бактериол . 179 (15): 4802–4810. doi : 10.1128/jb.179.15.4802-4810.1997 . PMC 179327 . PMID 9244268 .

[14] Marais, A; Бове, JM; Renaudin, J (1996). « Спироплазма вирус вируса Citri SPV1 вектор клонирования: образование делеции незаконной и гомологичной рекомбинацией в штамме спироплазматического хозяина, в котором, вероятно, не хватает функционального гена Reca » . J. Bacteriol . 178 (3): 862–870. doi : 10.1128/jb.178.3.862-870.1996 . PMC 177736 . PMID 8550524 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]