Зона Пеллуцида, похожий на домен

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Зона Пеллуцида, похожий на домен
Зона Пеллуцида, похожий на домен
Идентификаторы
Символ	Zona_pellucida
Pfam	PF00100
InterPro	IPR001507
УМНЫЙ	SM00241
PROSITE	PDOC00577
Мембраном	146
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Zona Pellucida -Like Domain ( ZP Domain / ZP -подобный домен / ZP модуль ) ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} является большой белковой областью около 260 аминокислот. Он был признан в различных рецепторных эукариотических гликопротеинах . ^{[ 1 ]} Все эти молекулы представляют собой мозаичные белки с большой внеклеточной областью, состоящей из различных доменов, часто сопровождающейся трансмембранной областью и очень короткой цитоплазматической областью или GPI -Anchor . ^{[ 2 ]}

Функциональные и кристаллографические исследования показали, что область «домена ZP», общая для всех этих белков, представляет собой модуль белковой полимеризации, который состоит из двух различных, но структурно связанных иммуноглобулиноподобных доменов, ZP-N и ZP-C. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Модуль ZP расположен в С-концевой части внеклеточной области и, за исключением неполимерного члена семьи , ^{[ 11 ]} - Содержит 8 или 10 консервативных остатков Cys, участвующих в дисульфидных связях. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 9 ]}

Первая трехмерная структура белковой нити модуля ZP, нативного человеческого уромодулина ( UMD ), определяли с помощью крио-EM . ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Дополнительные копии изолированных доменов ZP-N обнаруживаются в N-концевой области субъединиц белка яичного покрытия, участвующих в оплодотворенности как у позвоночных, так и у беспозвоночных, таких как Zona Pellucida Zon Pellucida компоненты ZP1 , ZP2 и ZP4 (ZP2 и ZP4 и Mollusk Vitelline и молск витиллин -рецептор для ZP2 и ZP4 и молшек-энтеллина для яичного лизина яичного лизина (ZP2 и ZP4 и молшек-энворита для яичного лизина ( Envelo Верл). ^{[ 5 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}

Примеры

Гены людей, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} Борк П., Сандер С. (1992). «Большой домен, общий для рецепторов спермы (ZP2 и ZP3) и рецептора TGF-бета типа III» . Фебс Летт . 300 (3): 237–40. doi : 10.1016/0014-5793 (92) 80853-9 . PMID 1313375 . S2CID 38778076 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Jovine L, Darie CC, Litscher ES, Wassarman PM (2005). «Пеллуцида -доменная зона». Анну. Преподобный Биохим . 74 : 83–114. Doi : 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133039 . PMID 15952882 .
^ Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher E, Wassarman PM (2002). «Домен ZP является консервативным модулем для полимеризации внеклеточных белков». НАТ Клеточная биол . 4 (6): 457–61. doi : 10.1038/ncb802 . PMID 12021773 . S2CID 11575790 .
^ Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher ES, Wassarman PM (2004). «Дублированный мотив контролирует сборку белков домена Zona Pellucida» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 101 (16): 5922–7. Bibcode : 2004pnas..101.5922J . doi : 10.1073/pnas.0401600101 . PMC 395899 . PMID 15079052 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Monné M, Han L, Schwend T, Burendahl S, Jovine L (2008). «Кристаллическая структура домена ZP-N ZP3 показывает ядро складки яичных слоев животных». Природа . 456 (7222): 653–7. Bibcode : 2008natur.456..653m . doi : 10.1038/nature07599 . HDL : 11563/8930 . PMID 19052627 . S2CID 4430083 . PDB : 3D4C , 3D4G , 3EF7
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Хан Л., Монне М., Окумура, Х, Швенд, Т, Черри, Ал, Флот, Д., Мацуда, Т, Йовин, Л. (2010). «Понимание в сборе яичного слоя и взаимодействия с яйцами-спермами из рентгеновской структуры полноразмерного ZP3» . Клетка . 143 (3): 404–15. doi : 10.1016/j.cell.2010.09.041 . HDL : 11563/8931 . PMID 20970175 . S2CID 18583237 . PDB : 3nk3 , 3nk4
^ Лин С.Дж., Ху Й, Чжу Дж., Вудрафф Т.К., Джардецки Т.С. (2011). «Структура домена Betaglycan Zona Pellucida (ZP) -C дает представление о ZP-опосредованной полимеризации белка и связывание TGF-бета» . Proc Natl Acad Sci USA . 108 (13): 5232–6. Bibcode : 2011pnas..108.5232L . doi : 10.1073/pnas.1010689108 . PMC 3069177 . PMID 21402931 . PDB : 3QW9
^ Диестель У, Ресш М., Мейнхардт К., Вейлер С., Хеллманн ТВ, Мюллер Т.Д., Никель Дж., Эйхлер Дж., Мюллер Я.А. (2013). «Идентификация нового TGF-β-связывающего сайта в C-концевой (ZP-C) домене Zona Pellucida (ZP-C) TGF-β-рецептор-3 (TGFR-3)» . Plos один . 8 (6): E67214. BIBCODE : 2013PLOSO ... 867214D . doi : 10.1371/journal.pone.0067214 . PMC 3695229 . PMID 23826237 . PDB : 4AJV
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Bokhove M, Nishimura K, Brunati M, Han L, De Sanctis D, Rampoldi L, Jovine L (2016). «Структурированный междоменной линкер направляет самополимеризацию человеческого уромодулина» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 113 (6): 1552–1557. Bibcode : 2016pnas..113.1552b . doi : 10.1073/pnas.1519803113 . PMC 4760807 . PMID 26811476 . PDB : 4WRN , 5Bup
^ Bokhove M, Jovine L (2018). «Структура белков модуля Zona Pellucida». Карт Вершина. Девчонка Биол . Современные темы в биологии развития. 130 : 413–442. doi : 10.1016/bs.ctdb.2018.02.007 . ISBN 9780128098028 Полем PMID 29853186 .
^ Sato T, Bokhove M, Cross R, Zamora-Knight S, Взаимодействие : Сотовые отчеты 19 (9): 1917–1928. два 10.1016/j.celrep.2017.05.011: 5464963PMC 28564608PMID PDB : 5HZV
^ Stsyapanated A, Xu C, Brunati M, Zamama-Cabalro S, Schaiffer C, Bokhove M, Han L, Hebert H, Carroni M, Yasuma S, Yasuma S, Wu B, Wu B, Hovine L (2020). «Крио-эм объектов человеческого человеческого человечества, модуля модуля» . Embo j . 39 (24): E106807. doi : 10 15252/samps.2020106807 . PMC 7737619 . PMID 33196145 . BioRoxive 10,1101/2020.05,28,119206 PDB : 6TQK , 6TQL
^ Стсиапанава А., Сюй С., Нишио С., Хан Л., Ямакава Н., Каррони М., Тундисуунувунакул К., Джемпер Дж., Де Сантис Д., У Б., Джовин Л (2022). «Структура приманки модуля гликопротеина человека 2 и уромодулина и его взаимодействие с бактериальным адгезином FIMH» . НАТ Структура Мол Биол . 29 (3): 190–193. doi : 10.1038/s41594-022-00729-3 . PMC 8930769 . PMID 35273390 . PDB : 7PFP , 7Q3N
^ Callebaut I, Mornon JP, Monget P (2007). «Изолированные домены ZP-N составляют N-концевые расширения белков Zona Pellucida» . Биоинформатика . 23 (15): 1871–1874. doi : 10.1093/bioinformatics/btm265 . PMID 17510169 .
^ Радж I, Садаат Аль Хоссей Х., Годгуард Е., Нишимура К., Хан Л., Вилла А, из Сантиса Д., Ховин Л. (2017). «Структорная основа распознавания шерсти до оплодотворения» . Клетка . 169 (7): 1315–1326. два : 10,1016/j.cel.2017.05,033 . PMC 5480393 . PMID 2862512 . PDB : 5ii4 , 5ii5 , 5mr2 , 5mr2 , 5iic , 5ia , 5iia , 5mr3

Эта статья включает текст из общественного достояния PFAM и InterPro : IPR001507

Эта статья, связанная с мембранным белком, является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid1313375-1] Jump up to: ^а ^{беременный} Борк П., Сандер С. (1992). «Большой домен, общий для рецепторов спермы (ZP2 и ZP3) и рецептора TGF-бета типа III» . Фебс Летт . 300 (3): 237–40. doi : 10.1016/0014-5793 (92) 80853-9 . PMID 1313375 . S2CID 38778076 .

[pmid15952882-2] Jump up to: ^а ^{беременный} Jovine L, Darie CC, Litscher ES, Wassarman PM (2005). «Пеллуцида -доменная зона». Анну. Преподобный Биохим . 74 : 83–114. Doi : 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133039 . PMID 15952882 .

[pmid12021773-3] Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher E, Wassarman PM (2002). «Домен ZP является консервативным модулем для полимеризации внеклеточных белков». НАТ Клеточная биол . 4 (6): 457–61. doi : 10.1038/ncb802 . PMID 12021773 . S2CID 11575790 .

[pmid15079052-4] Jovine L, Qi H, Williams Z, Litscher ES, Wassarman PM (2004). «Дублированный мотив контролирует сборку белков домена Zona Pellucida» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 101 (16): 5922–7. Bibcode : 2004pnas..101.5922J . doi : 10.1073/pnas.0401600101 . PMC 395899 . PMID 15079052 .

[pmid19052627-5] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Monné M, Han L, Schwend T, Burendahl S, Jovine L (2008). «Кристаллическая структура домена ZP-N ZP3 показывает ядро складки яичных слоев животных». Природа . 456 (7222): 653–7. Bibcode : 2008natur.456..653m . doi : 10.1038/nature07599 . HDL : 11563/8930 . PMID 19052627 . S2CID 4430083 . PDB : 3D4C , 3D4G , 3EF7

[pmid20970175-6] Jump up to: ^а ^{беременный} Хан Л., Монне М., Окумура, Х, Швенд, Т, Черри, Ал, Флот, Д., Мацуда, Т, Йовин, Л. (2010). «Понимание в сборе яичного слоя и взаимодействия с яйцами-спермами из рентгеновской структуры полноразмерного ZP3» . Клетка . 143 (3): 404–15. doi : 10.1016/j.cell.2010.09.041 . HDL : 11563/8931 . PMID 20970175 . S2CID 18583237 . PDB : 3nk3 , 3nk4

[pmid21402931-7] Лин С.Дж., Ху Й, Чжу Дж., Вудрафф Т.К., Джардецки Т.С. (2011). «Структура домена Betaglycan Zona Pellucida (ZP) -C дает представление о ZP-опосредованной полимеризации белка и связывание TGF-бета» . Proc Natl Acad Sci USA . 108 (13): 5232–6. Bibcode : 2011pnas..108.5232L . doi : 10.1073/pnas.1010689108 . PMC 3069177 . PMID 21402931 . PDB : 3QW9

[pmid23826237-8] Диестель У, Ресш М., Мейнхардт К., Вейлер С., Хеллманн ТВ, Мюллер Т.Д., Никель Дж., Эйхлер Дж., Мюллер Я.А. (2013). «Идентификация нового TGF-β-связывающего сайта в C-концевой (ZP-C) домене Zona Pellucida (ZP-C) TGF-β-рецептор-3 (TGFR-3)» . Plos один . 8 (6): E67214. BIBCODE : 2013PLOSO ... 867214D . doi : 10.1371/journal.pone.0067214 . PMC 3695229 . PMID 23826237 . PDB : 4AJV

[pmid26811476-9] Jump up to: ^а ^{беременный} Bokhove M, Nishimura K, Brunati M, Han L, De Sanctis D, Rampoldi L, Jovine L (2016). «Структурированный междоменной линкер направляет самополимеризацию человеческого уромодулина» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 113 (6): 1552–1557. Bibcode : 2016pnas..113.1552b . doi : 10.1073/pnas.1519803113 . PMC 4760807 . PMID 26811476 . PDB : 4WRN , 5Bup

[pmid29853186-10] Bokhove M, Jovine L (2018). «Структура белков модуля Zona Pellucida». Карт Вершина. Девчонка Биол . Современные темы в биологии развития. 130 : 413–442. doi : 10.1016/bs.ctdb.2018.02.007 . ISBN 9780128098028 Полем PMID 29853186 .

[pmid28564608-11] Sato T, Bokhove M, Cross R, Zamora-Knight S, Взаимодействие : Сотовые отчеты 19 (9): 1917–1928. два 10.1016/j.celrep.2017.05.011: 5464963PMC 28564608PMID PDB : 5HZV

[pmid33196145-12] Stsyapanated A, Xu C, Brunati M, Zamama-Cabalro S, Schaiffer C, Bokhove M, Han L, Hebert H, Carroni M, Yasuma S, Yasuma S, Wu B, Wu B, Hovine L (2020). «Крио-эм объектов человеческого человеческого человечества, модуля модуля» . Embo j . 39 (24): E106807. doi : 10 15252/samps.2020106807 . PMC 7737619 . PMID 33196145 . BioRoxive 10,1101/2020.05,28,119206 PDB : 6TQK , 6TQL

[pmid35273390-13] Стсиапанава А., Сюй С., Нишио С., Хан Л., Ямакава Н., Каррони М., Тундисуунувунакул К., Джемпер Дж., Де Сантис Д., У Б., Джовин Л (2022). «Структура приманки модуля гликопротеина человека 2 и уромодулина и его взаимодействие с бактериальным адгезином FIMH» . НАТ Структура Мол Биол . 29 (3): 190–193. doi : 10.1038/s41594-022-00729-3 . PMC 8930769 . PMID 35273390 . PDB : 7PFP , 7Q3N

[pmid17510169-14] Callebaut I, Mornon JP, Monget P (2007). «Изолированные домены ZP-N составляют N-концевые расширения белков Zona Pellucida» . Биоинформатика . 23 (15): 1871–1874. doi : 10.1093/bioinformatics/btm265 . PMID 17510169 .

[pmid28622512-15] Радж I, Садаат Аль Хоссей Х., Годгуард Е., Нишимура К., Хан Л., Вилла А, из Сантиса Д., Ховин Л. (2017). «Структорная основа распознавания шерсти до оплодотворения» . Клетка . 169 (7): 1315–1326. два : 10,1016/j.cel.2017.05,033 . PMC 5480393 . PMID 2862512 . PDB : 5ii4 , 5ii5 , 5mr2 , 5mr2 , 5iic , 5ia , 5iia , 5mr3

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]