ГАТА цинковый палец
| ГАТА цинковый палец | |||
|---|---|---|---|
 цинковые пальцы как мотив узнавания белка: структурная основа взаимодействия гата-1/друг гаты | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Змея | ||
| Пфам | PF00320 | ||
| Пфам Клан | CL0167 | ||
| ИнтерПро | ИПР000679 | ||
| PROSITE | PDOC00300 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1гат / СКОПе / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00202 | ||
| |||
В молекулярной биологии цинковые пальцы GATA представляют собой домены цинксодержащие , обнаруженные в ряде факторов транскрипции (включая эритроид -специфический фактор транскрипции и белки, регулирующие азот ). Некоторые представители этого класса цинковых пальцев специфически связывают последовательность ДНК (A/T)GATA(A/G) в регуляторных областях генов ., [ 1 ] что дает начало имени домена. В этих доменах один ион цинка координируется четырьмя остатками цистеина . [ 2 ] [ 3 ] Исследования ЯМР показали, что ядро Znf состоит из двух неправильных антипараллельных бета-листов и альфа-спирали , за которыми следует длинная петля, идущая к С-концевому концу пальца. N-концевая часть, включающая спираль, по структуре, но не последовательности, сходна с N-концевым цинковым модулем ДНК-связывающего домена глюкокортикоидного рецептора . Спираль и петля , соединяющая два бета-листа, взаимодействуют с большой бороздкой ДНК, а С-концевой хвост заворачивается в малую бороздку . Взаимодействия между Znf и ДНК в основном гидрофобные, что объясняет преобладание тимина в месте связывания; большое количество взаимодействий с фосфатным остовом. также наблюдалось [ 3 ] Два цинковых пальца GATA обнаружены в факторах транскрипции семейства GATA . Однако существует несколько белков , которые содержат только одну копию домена. Также стоит отметить, что многие Znfs GATA-типа (например, обнаруженные в белках GATAD2B и MTA1 ) экспериментально не продемонстрировали, что они являются ДНК-связывающими доменами. Кроме того, было продемонстрировано, что несколько Znfs GATA-типа действуют как домены распознавания белков. Например, N-концевой Znf GATA1 специфически связывается с цинковым пальцем корегулятора транскрипции FOG1 ( ZFPM1 ). [ 4 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ямамото М., Ко Л.Дж., Леонард М.В., Бег Х., Оркин Ш., Энгель Дж.Д. (октябрь 1990 г.). «Активность и тканеспецифическая экспрессия мультигенного семейства транскрипционных факторов NF-E1» . Генс Дев . 4 (10): 1650–62. дои : 10.1101/gad.4.10.1650 . ПМИД 2249770 .
- ^ Эванс Т., Фельзенфельд Г. (сентябрь 1989 г.). «Эритроид-специфичный фактор транскрипции Eryf1: новый белок пальца». Клетка . 58 (5): 877–85. дои : 10.1016/0092-8674(89)90940-9 . ПМИД 2776214 . S2CID 46374550 .
- ^ Перейти обратно: а б Омичински Дж.Г., Клор Г.М., Шаад О., Фельзенфельд Г., Трейнор С., Аппелла Е., Шталь С.Дж., Гроненборн А.М. (июль 1993 г.). «ЯМР-структура специфического комплекса ДНК Zn-содержащего ДНК-связывающего домена GATA-1». Наука . 261 (5120): 438–46. Бибкод : 1993Sci...261..438O . дои : 10.1126/science.8332909 . ПМИД 8332909 .
- ^ Лью К.К., Симпсон Р.Дж., Кван А.Х., Крофтс Л.А., Лафлин Ф.Е., Мэтьюз Дж.М., Кроссли М., Маккей Дж.П. (март 2005 г.). «Цинковые пальцы как мотив узнавания белка: структурная основа взаимодействия GATA-1/друг GATA» . ПНАС США . 102 (3): 583–8. Бибкод : 2005PNAS..102..583L . дои : 10.1073/pnas.0407511102 . ПМЦ 545545 . ПМИД 15644435 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Семейство GATA. Архивировано 7 декабря 2013 г. в Wayback Machine в PlantTFDB: База данных факторов транскрипции растений.