Журнал клеточной биологии
Дисциплина | Клеточная биология |
---|---|
Язык | Английский |
редакцией Под | Джоди Нуннари |
Подробности публикации | |
История | 1955 – настоящее время |
Издатель | |
С задержкой, через 6 месяцев. | |
10.539 (2021) | |
Стандартные сокращения | |
ИСО 4 | Дж. Клеточная Биол. |
Индексирование | |
ISSN | 0021-9525 |
LCCN | 2001-227177 |
ДЖСТОР | 00219525 |
OCLC нет. | 1390147 |
Ссылки | |
Журнал клеточной биологии — рецензируемый научный журнал, издаваемый издательством Рокфеллеровского университета .
История
[ редактировать ]В начале 1950-х годов небольшая группа биологов начала исследовать внутриклеточную анатомию, используя новую технологию электронной микроскопии . Многие из этих исследователей работали в Медицинском институте Рокфеллера, предшественнике Университета Рокфеллера . По мере того как их работа приближалась к публикации, они были разочарованы ограниченным качеством воспроизведения полутоновых изображений в печатных журналах того времени, а также узкой редакционной политикой существующих журналов в отношении результатов, основанных на изображениях. В 1954 году директор Института Рокфеллера Детлев Бронк созвал обед, чтобы обсудить создание нового журнала как места для публикации такого рода работ. [ 1 ]
Первый выпуск «Журнала биофизической и биохимической цитологии» вышел менее чем через год, 25 января 1955 года. Подписка стоила 15 долларов в год. В список редакторов входили Ричард С. Беар, Х. Стэнли Беннетт, Альберт Л. Ленинджер , Джордж Э. Палад , Кит Р. Портер , Фрэнсис О. Шмитт , Франц Шредер и Арнольд М. Селигман. В инструкциях авторам описывается сфера деятельности журнала: « Журнал биофизической и биохимической цитологии предназначен для обеспечения общей среды для публикации морфологических , биофизических и биохимических исследований клеток, их компонентов и их продуктов. особое внимание к отчетам о клеточной организации на коллоидном и молекулярном уровнях, а также к исследованиям, объединяющим цитологическую информацию, полученную с помощью различных технических подходов». изменили название на «Журнал клеточной биологии» Понимая, что им нужно более запоминающееся название, редакторы в 1962 году («JCB»).
В журнале было опубликовано множество плодотворных открытий, в том числе первые описания многочисленных клеточных функций и структур, таких как секреторный путь , [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] митохондриальный [ 8 ] [ 9 ] и хлоропласт [ 10 ] ДНК , микротрубочки , [ 11 ] [ 12 ] промежуточные нити , [ 13 ] плотные соединения [ 14 ] (включая окклюдины [ 15 ] и клаудины [ 16 ] ), слипчивые соединения , [ 14 ] и кадгерины . [ 17 ]
Ключевые даты
[ редактировать ]- 25 января 1955 г.: Публикация первого номера журнала биофизической и биохимической цитологии.
- Январь 1961 г. - декабрь 1983 г.: Рэймонд Гриффитс - исполнительный редактор.
- Январь 1962 г.: название журнала изменено на «Журнал клеточной биологии» .
- Январь 1984 г. - декабрь 1998 г .: Берни Гиллула - главный редактор.
- 13 января 1997 г.: Первый выпуск JCB опубликован в Интернете.
- Апрель 1997 г. – апрель 2007 г.: Майк Росснер — главный редактор.
- Январь 1999 г. - декабрь 2008 г.: Ира Меллман - главный редактор.
- Июль 2000 г.: авторам разрешено размещать окончательные опубликованные файлы своих статей в формате PDF на своих веб-сайтах.
- Январь 2001 г.: JCB начинает публиковать свой онлайн-контент бесплатно через шесть месяцев после публикации.
- Июль 2002 г.: JCB переходит на полностью электронный документооборот.
- Сентябрь 2002 г.: JCB начинает проверять все цифровые изображения на наличие признаков манипуляций.
- Январь 2003 г.: JCB впервые внедряет технологию RGB для цветных цифровых изображений.
- Июнь 2003 г.: JCB бесплатно публикует весь свой старый контент старше шести месяцев, возвращаясь к тому 1, выпуску 1.
- Май 2007 г. – июль 2010 г.: Эмма Хилл — исполнительный редактор.
- Ноябрь 2007 г.: JCB начинает размещать весь свой контент на PubMed Central , где он доступен бесплатно для общественности через шесть месяцев после публикации.
- 1 мая 2008 г.: Новая политика авторских прав позволяет авторам сохранять авторские права на свои собственные произведения, а третьим лицам повторно использовать контент JCB по лицензии Creative Commons .
- Декабрь 2008 г.: JCB запускает Dataviewer.
- Январь 2009 г. – сентябрь 2014 г.: Том Мистели — главный редактор.
- Сентябрь 2010 г. – декабрь 2014 г.: Элизабет Х. Уильямс — исполнительный редактор.
- Октябрь 2014 г. – май 2015 г.: Алан Холл — главный редактор. [ 18 ]
- Апрель 2015 г. – август 2019 г.: Ребекка Алвания — исполнительный редактор.
- Август 2015 г. – настоящее время: Джоди Нуннари — главный редактор. [ 19 ]
- Ноябрь 2019 г. – настоящее время : Тим Спенсер — исполнительный редактор.
Абстрагирование и индексирование
[ редактировать ]Согласно Journal Citation Reports журнала , в 2021 году импакт-фактор составит 8,077, что ставит его на 28-е место из 201 журнала в категории «Клеточная биология». [ 20 ]
Онлайн-доступ
[ редактировать ]Журнал впервые был опубликован в Интернете 13 января 1997 года. В течение первого года онлайн-публикации весь контент был бесплатным для общественности. В январе 1998 года весь основной исследовательский контент был помещен под контроль доступа, но все новости и обзоры оставались бесплатными для публики сразу после публикации.
В январе 2001 года, в ответ на призывы исследовательского сообщества предоставить свободный доступ к результатам финансируемых государством исследований, журнал одним из первых опубликовал свои основные исследовательские материалы для публики через 6 месяцев после публикации. [ 21 ]
В июне 2003 года весь контент, начиная с тома 1, выпуска 1, был размещен в Интернете и предоставлен бесплатно. [ 22 ]
В ноябре 2007 года, в ожидании мандата Национальных институтов здравоохранения на публичный доступ к результатам исследований, финансируемых НИЗ, журнал начал размещать весь свой контент в PubMed Central , где окончательная опубликованная версия публикуется. 6 месяцев после публикации. [ 23 ]
Авторские права и использование третьими лицами
[ редактировать ]В июле 2000 года журнал одним из первых [ нужна ссылка ] разрешить авторам размещать окончательные опубликованные PDF- файлы своих статей на своих веб-сайтах. [ 24 ] 1 мая 2008 г. была изменена политика авторского права , позволяющая авторам сохранять авторские права на свои произведения. При этом контент журнала был открыт для использования третьими лицами по лицензии Creative Commons . [ нужна ссылка ] Единственное ограничение на такое использование третьими лицами заключается в том, что они не могут создать бесплатное зеркало сайта в течение первых шести месяцев после публикации.
Целостность данных
[ редактировать ]Истоки скрининга изображений
[ редактировать ]В 2002 году журнал перешел на полностью электронный производственный процесс. Это означает, что весь текст представляется в виде файлов электронных документов, а все рисунки — в виде файлов электронных изображений. Форматируя файлы рисунков для принятой рукописи, Майк Росснер , который тогда был ответственным редактором , обнаружил вестерн-блоттинг , в котором интенсивность одной полосы выборочно регулировалась относительно других полос. Исходные данные были получены от авторов, и было очевидно, что манипуляции повлияли на интерпретацию данных. Принятие рукописи редакцией было отозвано, и журнал немедленно ввел политику проверки всех изображений во всех принятых статьях на наличие доказательств манипулирования изображениями. [ 25 ]
Рекомендации по работе с цифровыми изображениями
[ редактировать ]По согласованию с учеными-практиками, входящими в состав редколлегии , были разработаны рекомендации по работе с цифровыми изображениями, которые впервые были опубликованы в июне 2003 года. [ 26 ]
Публикация о манипуляциях с изображениями и проверке изображений
[ редактировать ]Программа просмотра изображений журнала была опубликована в статье в журнале Nature в апреле 2005 года под названием «Клеточная биология CSI». [ 27 ] На Рождество 2005 года The New York Times опубликовала статью, показывающую, что манипулирование изображениями было частью научного мошенничества, совершенного Хван У Соком и его коллегами. [ 28 ] Когда стало очевидно, что программа скрининга журнала Journal of Cell Biology обнаружила манипуляцию с изображениями еще до публикации, газета New York Times 24 января 2006 года осветила этот процесс журнала на титульной странице раздела Science Times. [ 29 ] Это повысило осведомленность общественности и других биомедицинских журналов о потенциальной ценности проверки изображений редакторами журналов.
Ответ Национальной академии наук
[ редактировать ]В феврале 2006 года редакторы заявили о необходимости принятия одобренных сообществом стандартов обеспечения целостности данных в письме Национальной академии наук США президенту Ральфу Цицерону . [ 30 ] Письмо, наряду с последующими опасениями по поводу цифровых данных, высказанными другими научными издателями, послужило толчком к исследованию Комитета по науке, технике и государственной политике (совместное подразделение академии, Национальной инженерной академии и Института медицины ) для изучения вопроса целостности данных. Исследование было заказано в мае 2006 года. [ нужна ссылка ]
Майк Росснер выступил перед комитетом на открытом заседании в апреле 2007 года, в котором он описал опыт JCB и других журналов Rockefeller University Press в манипулировании изображениями. Он отметил, что ответственность за разработку стандартов целостности данных должна лежать на исследовательском сообществе, но JCB взяла на себя эту роль, поскольку таких стандартов не существовало, когда JCB впервые столкнулась с этой проблемой в 2002 году.
В июле 2009 года комитет опубликовал свой отчет под названием «Обеспечение целостности, доступности и управления исследовательскими данными в эпоху цифровых технологий». [ 31 ] В заявлении NAS особо упоминаются активные действия JCB по установлению конкретных правил «приемлемых и неприемлемых способов изменения изображений». В отчете проблема целостности данных рассматривается с точки зрения правдивости и точности сбора данных и отчетности, а также с точки зрения доступности данных с течением времени. Он не предоставил никаких конкретных стандартов обеспечения целостности данных и никаких рекомендаций по обеспечению соблюдения этих стандартов после их установления. В отчете сделан общий вывод о том, что «исследователи сами несут ответственность за обеспечение целостности своих исследовательских данных».
Технические инновации
[ редактировать ]Стандарт RGB
[ редактировать ]JCB был первым журналом, принявшим «Стандарт RGB» для воспроизведения цветных изображений. Чтобы максимально повысить качество воспроизведения цветного изображения, компания JCB в январе 2004 г. заявила: [ 32 ] что онлайн-версия журнала является «журналом записей», и изображения будут воспроизводиться онлайн с использованием файлов авторов в той же цветовой схеме (красный, зеленый, синий), в которой они получены цифровыми камерами и которая используется для отображения их на мониторе компьютера.
Ранее авторам предлагалось преобразовать RGB- файлы в цветовую схему CMYK , необходимую для печати на бумаге, что приводило к существенной потере блеска изображения. Затем эти файлы CMYK были преобразованы издателем обратно в RGB для публикации в Интернете, что привело ко второму этапу изменения исходных цветов. Появление рабочего процесса RGB позволило отображать цвета в онлайн-публикации точно так, как они выглядели в исходных файлах авторов.
Средство просмотра данных JCB
[ редактировать ]1 декабря 2008 года компания JCB запустила JCB DataViewer – первое браузерное приложение для просмотра оригинальных многомерных изображений. [ 33 ] Это приложение было создано совместно с Glencoe Software. [ 34 ] с использованием механизма управления данными на основе программного обеспечения OMERO, разработанного Open Microscope Environment. [ 35 ] Glencoe Software также разработала приложение Rollup для загрузки исходных файлов изображений в DataViewer. DataViewer поддерживает многочисленные собственные типы файлов из различных микроскопов и систем документации по гелям. [ 36 ]
Это революционное приложение позволяет авторам JCB представлять данные многомерных изображений в том виде, в котором они были получены, давая им возможность обмениваться данными, которыми ранее было невозможно поделиться. Читатели JCB могут увидеть исходные данные, подтверждающие опубликованную статью, и они могут взаимодействовать с этими данными, прокручивая стек по AZ или стопку покадровых изображений. Пользователи могут выбирать отдельные каналы для просмотра или просматривать все каналы отдельно на одном экране. Они также могут создавать линейные графики интенсивности пикселей вдоль любой горизонтальной или вертикальной оси.
Обновление программного обеспечения, выпущенное в августе 2012 года, позволяет пользователю плавно переходить от увеличения 1 миллиметра к 1 микрометру изображений, полученных с оптических и электронных микроскопов. В качестве примера они предоставляют полное изображение эмбриона рыбки данио. [ 37 ] [ 38 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Введение: воспоминания о начале журнала клеточной биологии» . Jcb.rupress.org. 1 декабря 1981 года . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ Сикевиц, Филип; Паладе, Джордж Э. (25 сентября 1958 г.). «Цитохимическое исследование поджелудочной железы морской свинки» . Журнал биофизической и биохимической цитологии . 4 (5): 557–566. дои : 10.1083/jcb.4.5.557 . ПМК 2224556 . ПМИД 13587549 .
- ^ Сикевиц, Филип; Паладе, Джордж Э. (1 июля 1960 г.). «Цитохимическое исследование поджелудочной железы морской свинки» . Журнал биофизической и биохимической цитологии . 7 (4): 619–630. дои : 10.1083/jcb.7.4.619 . ПМК 2224887 . ПМИД 14446510 .
- ^ Каро, Люсьен Г.; Паладе, Джордж Э. (1 марта 1964 г.). «Синтез, хранение и выделение белка в экзокринной клетке поджелудочной железы» . Журнал клеточной биологии . 20 (3): 473–495. дои : 10.1083/jcb.20.3.473 . ПМК 2106415 . ПМИД 14128049 .
- ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Паладе, Джордж Э. (1 августа 1967 г.). «Внутриклеточный транспорт секреторных белков в экзокринных клетках поджелудочной железы» . Журнал клеточной биологии . 34 (2): 577–596. дои : 10.1083/jcb.34.2.577 . ПМК 2107305 . ПМИД 6035647 .
- ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Паладе, Джордж Э. (1 августа 1967 г.). «Внутриклеточный транспорт секреторных белков в экзокринных клетках поджелудочной железы» . Журнал клеточной биологии . 34 (2): 597–615. дои : 10.1083/jcb.34.2.597 . ПМК 2107311 . ПМИД 6035648 .
- ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Паладе, Джордж Э. (1 июля 1971 г.). «Синтез, внутриклеточный транспорт и выброс секреторных белков в стимулированных экзокринных клетках поджелудочной железы» . Журнал клеточной биологии . 50 (1): 135–158. дои : 10.1083/jcb.50.1.135 . ПМК 2108418 . ПМИД 4327462 .
- ^ Насс, Маргит МК; Насс, Сильван (1 декабря 1963 г.). «Внутримитохондриальные волокна с характеристиками ДНК» . Журнал клеточной биологии . 19 (3): 593–611. дои : 10.1083/jcb.19.3.593 . ПМК 2106331 . ПМИД 14086138 .
- ^ Насс, Сильван; Насс, Маргит МК (1 декабря 1963 г.). «Внутримитохондриальные волокна с характеристиками ДНК» . Журнал клеточной биологии . 19 (3): 613–629. дои : 10.1083/jcb.19.3.613 . ПМК 2106332 . ПМИД 14086139 .
- ^ Ханс Рис; Вальтер Плаут (1 июня 1962 г.). «Ультраструктура ДНК-содержащих участков в хлоропласте хламидомонады» . Журнал клеточной биологии . 13 (3). Jcb.rupress.org: 383–391. дои : 10.1083/jcb.13.3.383 . ПМК 2106071 . ПМИД 14492436 .
- ^ Слаттербек, Дэвид Б. (1 августа 1963 г.). «Цитоплазматические микротрубочки» . Журнал клеточной биологии . 18 (2): 367–388. дои : 10.1083/jcb.18.2.367 . ПМК 2106295 . ПМИД 14079495 .
- ^ Ледбеттер, MC; Портер, КР (1 октября 1963 г.). «Микротрубочка» в тонкой структуре растительной клетки» . Журнал клеточной биологии . 19 (1): 239–250. дои : 10.1083/jcb.19.1.239 . ПМК 2106853 . ПМИД 19866635 .
- ^ Х. Исикава; Р. Бишофф; Х. Хольцер (1 сентября 1968 г.). «Митоз и нити промежуточного размера в развитии скелетных мышц» . Журнал клеточной биологии . 38 (3). Jcb.rupress.org: 538–555. дои : 10.1083/jcb.38.3.538 . ПМК 2108373 . ПМИД 5664223 .
- ^ Jump up to: а б Мэрилин Г. Фаркуар; Джордж Э. Паладе (1 мая 1963 г.). «Соединительные комплексы в различных эпителиях» . Журнал клеточной биологии . 17 (2). Jcb.rupress.org: 375–412. дои : 10.1083/jcb.17.2.375 . ПМК 2106201 . ПМИД 13944428 .
- ^ Фурусе, М. (15 декабря 1993 г.). «Окклюдин: новый интегральный мембранный белок, локализующийся в плотных соединениях» . Журнал клеточной биологии . 123 (6). Jcb.rupress.org: 1777–1788. дои : 10.1083/jcb.123.6.1777 . ПМК 2290891 . ПМИД 8276896 .
- ^ Фурусе, Микио; Фудзита, Коджи; Хиираги, Такаши; Фудзимото, Казуси; Цукита, Шойчиро (29 июня 1998 г.). «Клаудин-1 и -2: новые интегральные мембранные белки, локализующиеся в плотных соединениях и не имеющие сходства последовательностей с окклюдином» . Журнал клеточной биологии . 141 (7). Jcb.rupress.org: 1539–1550. дои : 10.1083/jcb.141.7.1539 . ПМК 2132999 . ПМИД 9647647 .
- ^ М. Такеичи (1 ноября 1977 г.). «Функциональная корреляция между адгезионными свойствами клеток и некоторыми белками клеточной поверхности» . Журнал клеточной биологии . 75 (2). Jcb.rupress.org: 464–474. дои : 10.1083/jcb.75.2.464 . ПМК 2109947 . ПМИД 264120 .
- ^ «Дань Алану Холлу» . Журнал клеточной биологии . 209 (4): 475–479. 2015. doi : 10.1083/jcb.201505051 . ПМЦ 4442820 . ПМИД 25979980 .
- ^ «Джоди Нуннари назначена главным редактором журнала клеточной биологии | Newswise: новости для журналистов» .
- ^ «Журналы, ранжированные по значимости: клеточная биология». Отчеты о цитировании журналов за 2021 год . Web of Science (Наука под ред.). Уточнить . 2022.
- ^ Ира Меллман (9 июля 2001 г.). «Журнал клеточной биологии обретает новый облик» . Журнал клеточной биологии . 154 (1). Издательство Рокфеллеровского университета: 9. doi : 10.1083/jcb.200106064 . ПМК 2196869 .
- ^ Ира Меллман (5 апреля 2004 г.). «Обеспечение реалистичного доступа» . Журнал клеточной биологии . 165 (1). Издательство Рокфеллеровского университета: 19–20. дои : 10.1083/jcb.200403076 . ПМК 2172098 .
- ^ Эмма Хилл (1 октября 2007 г.). «Содержимое JCB автоматически размещается в PubMed Central (PMC)» . Журнал клеточной биологии . 179 (1). Издательство Рокфеллеровского университета: 9. doi : 10.1083/jcb.200708190 . ПМК 2064724 .
- ^ Эмма Хилл; Майк Росснер (30 апреля 2008 г.). «Вы написали это, вы владеете этим!» . Журнал клеточной биологии . 181 (3). Издательство Рокфеллеровского университета: 405–406. дои : 10.1083/jcb.200804037 . ПМК 2364694 . ПМИД 18450642 .
- ^ Майк Росснер (30 сентября 2002 г.). «Манипулирование фигурами» . Журнал клеточной биологии . 158 (7). Издательство Рокфеллеровского университета: 1151. doi : 10.1083/jcb.200209084 . ПМК 2173234 .
- ^ Майк Росснер (9 июня 2003 г.). «JCB 2003» . Журнал клеточной биологии . 161 (5). Издательство Рокфеллеровского университета: 837–838. дои : 10.1083/jcb.200305023 . ПМК 2172958 .
- ^ Пирсон, Хелен (20 апреля 2005 г.). «Доступ: Манипулирование изображениями: CSI: клеточная биология» . Природа . 434 (7036): 952–953. дои : 10.1038/434952а . ПМИД 15846316 .
- ^ «Ученый-клон полагался на коллег и корейскую гордость» . Нью-Йорк Таймс . 7 июля 2010 г. Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ Уэйд, Николас (24 января 2006 г.). «Это может выглядеть подлинным; вот как определить, что это не так – New York Times» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ «Архивная копия» (PDF) . Письмо к. Архивировано из оригинала (PDF) 17 июля 2011 года . Проверено 12 октября 2009 г.
{{cite press release}}
: CS1 maint: архивная копия в качестве заголовка ( ссылка ) CS1 maint: другие ( ссылка ) - ^ «Новости» . Национальные академии.org. 22 июля 2009 года . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ Майк Росснер 1 и Роб О'Доннелл 2 (5 января 2004 г.). «JCB позволит вашим данным сиять в RGB» . Журнал клеточной биологии . 164 (1). Jcb.rupress.org: 11–13. дои : 10.1083/jcb.200312069 . ПМК 2171972 . ПМИД 18172955 .
{{cite journal}}
: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ Эмма Хилл (3 декабря 2008 г.). «Анонсируем JCB DataViewer, браузерное приложение для просмотра исходных файлов изображений» . Журнал клеточной биологии . 183 (6). Jcb.rupress.org: 969–970. дои : 10.1083/jcb.200811132 . ПМК 2600755 .
- ^ «Гленко Софтвер» . Программное обеспечение Гленко . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ «Среда открытой микроскопии – OME» . Openmicroscope.org. 7 октября 2011. Архивировано из оригинала 3 июля 2009 года . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ «JCBDataViewer – Поддерживаемые типы файлов» . Jcb-dataviewer.rupress.org . Проверено 20 октября 2011 г.
- ^ Уильямс, Элизабет Х.; Карпентье, Памела; Мистели, Том (2012). «JCB Data Viewer расширяется» . Журнал клеточной биологии . 198 (3): 271–272. дои : 10.1083/jcb.201207117 . ПМЦ 3413368 . ПМИД 22869591 .
- ^ Фаас, Фрэнк Г.А.; Аврамут, М. Кристина; м. Ван Ден Берг, Бернард; Моммаас, А. Мике; Костер, Авраам Дж.; Равелли, Раймонд Б.Г. (2012). «Виртуальная наноскопия: создание карт электронной микроскопии сверхбольшого высокого разрешения» . Журнал клеточной биологии . 198 (3): 457–469. дои : 10.1083/jcb.201201140 . ПМЦ 3413355 . ПМИД 22869601 .