✖


Jump to content

расшифровать генетику

Координаты : 64 ° 08'08 "с.ш. 21 ° 56'45" з.д.  /  64,13556 ° с.ш. 21,94583 ° з.д.  / 64,13556; -21,94583
(Перенаправлено с DeCODE Genetics )

«deCODEme» перенаправляется сюда. Не путать с DecodeME , генетическим исследованием факторов риска ME/CFS.
ДЕКОД генетика, Инк.
Тип компании Частный
Промышленность Генетика
Основан 1996
Штаб-квартира Рейкьявик , Исландия
Ключевые люди
Кари Стефанссон , генеральный директор
Доход 106,5 миллионов долларов США (2020 г.)
Количество сотрудников
201-500
Родитель Амген (2012-настоящее время)
Веб-сайт www.decode.com

deCODE Genetics ( исландский : Íslensk erfðagreining ) — биофармацевтическая компания, базирующаяся в Рейкьявике , Исландия . Компания была основана в 1996 году Кари Стефанссоном. [ 1 ] с целью использования исследований популяционной генетики для выявления изменений в геноме человека, связанных с распространенными заболеваниями, и применения этих открытий «для разработки новых методов выявления, лечения и предотвращения заболеваний». [ 2 ]

По состоянию на 2019 год в исследовательских усилиях компании принимало участие более двух третей взрослого населения Исландии. [ 3 ] и этот «популяционный подход» служит моделью для крупномасштабной точной медицины и национальных геномных проектов по всему миру. [ 4 ] deCODE, вероятно, наиболее известен своими открытиями в области генетики человека, опубликованными в крупных научных журналах и широко освещаемыми в международных средствах массовой информации. Но он также внес новаторский вклад в реализацию точной медицины в более широком смысле, посредством участия общественности в крупномасштабных научных исследованиях; разработка методов тестирования рисков заболеваний на основе ДНК для отдельных лиц и в рамках систем здравоохранения; и новые модели участия и партнерства частного сектора в фундаментальной науке и общественном здравоохранении. [ 5 ]

С 2012 года она является независимой дочерней компанией Amgen , и ее возможности и открытия используются непосредственно при открытии и разработке новых лекарств. Этот пример помог стимулировать инвестиции в геномику и прецизионную терапию со стороны других фармацевтических и биотехнологических компаний. [ 6 ]

Исландия и демографический подход

[ редактировать ]

В 1996 году, когда Стефанссон оставил постоянную должность в Гарвардской медицинской школе и вернулся в Исландию, чтобы основать предприятие по геномике, почти все его мысли были недоказанными или противоречивыми. В то время начали открываться причины некоторых редких заболеваний – часто вариации отдельных генов, которые можно было обнаружить, изучая небольшие семьи. [ 7 ] Тем не менее, существование какого-либо существенного генетического компонента в распространенных/сложных заболеваниях, таких как болезни сердца или диабет 2 типа, с хорошо известными поведенческими и экологическими факторами риска было далеко не общепризнанным; и даже если бы они были, можно ли было бы обнаружить такие вариации, учитывая элементарную технологию чтения ДНК. [ 8 ]

Стефанссон был убежден, что они существуют и их можно выявить, но только работая в промышленных масштабах. За десять лет до того, как этот термин стал широко использоваться, предпосылка deCODE заключалась в том, что это проблема больших данных: обнаружение вариантов, влияющих на риск в динамическом взаимодействии с образом жизни и другими факторами, потребует исследований не на уровне семьи, а в масштабах общественного здравоохранения. Стратегия компании, занимающейся открытием неизведанной территории, заключалась в том, чтобы собрать и запросить как можно больше данных: ДНК, предоставленная десятками тысяч людей; как широкие, так и глубокие медицинские данные и данные о здоровье; и, что особенно важно, всеобъемлющие генеалогии, связывающие всех этих участников вместе. [ 9 ] Короче говоря, для этого требовалось население, желающее принять участие в исследованиях, современная система здравоохранения со значительным количеством случаев наиболее распространенных заболеваний и большое количество генеалогических данных. Исландия, родина Стефанссона, с населением в 270 000 человек, подходит под это описание лучше, чем любая другая. [ 10 ]

В 1996 году, финансируемая американским венчурным капиталом в размере 12 миллионов долларов, deCODE создала лабораторию и начала свою деятельность. [ 11 ] За первые несколько лет своего существования он набрал и генотипировал десятки тысяч участников. Он добился быстрого прогресса в создании национальной генеалогической базы данных; разработал новую систему защиты конфиденциальности с шифрованием личности под контролем правительства; подписал знаковое партнерство со швейцарской фармацевтической компанией Roche; и нанесли на карту гены предполагаемых заболеваний в нескольких условиях. [ 12 ]

В то же время, когда компания начала доказывать свою научность, компания вызвала огромную полемику предложением создать исследовательскую базу данных – Базу данных сектора здравоохранения Исландии (или сокращенно IHD), содержащую копии медицинских записей со всей национальной базы данных страны. медицинское обслуживание. [ 13 ] В декабре 1998 года при лоббировании со стороны deCODE парламент Исландии принял Закон о базе данных сектора здравоохранения , который разрешил публичные торги на право компании создать эту базу данных здравоохранения и использовать ее для коммерческих исследований и поддержки национальной системы здравоохранения. [ 14 ] Вскоре после этого парламент предоставил deCODE право на создание этой базы данных после того, как компания сделала успешную заявку на это. [ 15 ] Широко поддержанная общественностью и парламентом, открыто коммерческие цели IHD и предложение о включении данных медицинских записей, если только отдельные лица не откажутся от этого, вызвали яростную оппозицию, развернувшуюся в местных и международных средствах массовой информации, возглавляемую группой исландских активистов, а также рядом зарубежных биоэтиков. [ 16 ] Хотя ИХД так и не был создан, дебаты подчеркнули политические проблемы, связанные с вовлечением всего общества в научное предприятие, особенно с явной целью коммерциализации его открытий. [ 17 ] Это также способствовало тому, что deCODE и ее подход превратились из второстепенной диковинки в одно из крупнейших предприятий в глобальных усилиях по пониманию генома человека. [ 18 ]

Геном нации

[ редактировать ]

К тому времени, когда в июне 2000 года Билл Клинтон и Тони Блэр объявили о завершении первого чернового варианта последовательности генома человека, [ 19 ] deCODE активно расширяла свою деятельность по поиску генов десятков заболеваний и публиковала свои первые открытия. [ 20 ] Компания использовала самую масштабируемую на тот момент технологию считывания ДНК — микросателлитное генотипирование — для размещения и измерения весьма изменчивых и, следовательно, информативных маркеров в сотнях точек генома. Анализируя это в сочетании с генеалогией, это позволило выявить участки конкретных хромосом, которые люди с данным заболеванием, как правило, унаследовали от своих общих предков. [ 21 ] Предполагалось, что в этих регионах находятся гены или варианты последовательностей, связанные с болезнями, которые впоследствии можно будет найти с помощью методов и инструментов более точного определения. [ 22 ]

Но главное значение этих ранних публикаций заключалось в сосредоточении внимания на аналитике и впечатляющей силе подхода. Большая часть поля и внимания общественности была сосредоточена на гонке между финансируемым государством проектом «Геном человека» (HGP) и частной компанией Celera за создание полной последовательности единого целого генома для использования в качестве эталона для будущих исследований. Это была техническая задача по созданию и сбору необработанных данных. Напротив, deCODE продвигала стратегию анализа вариаций десятков тысяч геномов с помощью генетики, используя природу генома как средство репликации и передачи информации. Сила генетики стала полностью видна к 2002 году, когда deCODE опубликовала генетическую карту генома, состоящую из 5000 микросателлитных маркеров, которые генеалогия позволила правильно упорядочить по всем хромосомам. Карта сыграла решающую роль в исправлении и завершении общедоступной эталонной последовательности генома в 2003 году, повысив точность сборки HGP с 93% до 99%. [ 23 ]

Одним из ключей к этому подходу было массовое участие. С самого начала более 90% людей, приглашенных принять участие в исследованиях заболеваний deCODE, согласились это сделать. [ 24 ] Участие добровольное, но не тривиальное. Для этого необходимо обратиться в центр сбора данных, чтобы сдать кровь, ответить на вопросы анкеты и пройти клинические обследования и тесты, относящиеся к данному заболеванию. [ 25 ] К 2003 году более 100 000 человек вызвались принять участие в одной или нескольких из трех десятков программ исследования распространенных заболеваний deCODE. [ 26 ] К 2007 году это число выросло до 130 000. [ 27 ] и более 160 000 к 2018 году. Это составляет две трети всех взрослых граждан. К 2019 году геномы около 60 000 из этих участников были секвенированы напрямую, и каждый месяц секвенируются еще тысячи. [ 28 ]

Второй и уникальный столп работы deCODE — генеалогии. Генетик Мэри Клэр Кинг , чьи семейные исследования в начале 1990-х годов привели к открытию генов рака молочной железы BRCA1 и BRCA2, вскоре после основания deCODE предсказала, что способность «прослеживать генеалогию целой нации... может стать одно из сокровищ современной медицины». [ 29 ] В 1997 году deCODE заключила партнерство с местной фирмой по разработке программного обеспечения Fridrik Skulason ehf, чтобы ускорить создание комплексной компьютеризированной национальной генеалогической базы данных. Он опирался на все доступные источники, от самых ранних записей из телячьей кожи и саг, переписи населения 1703 года и приходских записей до современного национального реестра. [ 30 ]

К началу 2000-х годов они создали то, что до сих пор является самой полной генеалогией всей страны. Она объединяет всех живущих граждан посредством практически полных записей, начиная с 1703 года (которая сама по себе признана ЮНЕСКО первой в мире номинальной национальной переписью населения ) и берет свое начало еще до заселения страны в девятом веке. В исследовательской версии базы данных личности людей шифруются с помощью той же системы анонимизации, которая используется для ДНК и медицинских данных, поэтому данные можно сопоставить. [ 31 ] А в 2003 году deCODE запустила общедоступную онлайн-версию базы данных под названием Íslendingabók , или «Книга исландцев». Любой, у кого есть исландский номер социального страхования, мог запросить пароль, а затем изучить свое генеалогическое древо и увидеть ближайшую семейную связь с кем-либо еще в стране. За первый месяц работы в сети более трети населения запросили пароль. [ 32 ] К 2020 году на нем было более 200 000 зарегистрированных пользователей и более 900 000 связанных записей, что составляет большинство когда-либо живших исландцев. В среднем в день к базе данных обращаются около 6000 человек, или около двух процентов всех граждан. [ 33 ]

В стране, которая, по сути, представляет собой огромную большую семью с соответствующим большим интересом к тому, как связаны между собой ее члены, Islendingabok стал константой в национальной жизни и ежедневным и прямым средством социального взаимодействия с работой deCODE. Но с научной точки зрения способность понимать точные генеалогические связи всех участников исследовательских проектов дала deCODE постоянное преимущество как исследовательской организации, гарантируя, что ее наборы геномных и медицинских данных останутся одними из крупнейших и наиболее эффективных коллекций в мире. [ 34 ]

С каждым последующим достижением в технологии чтения ДНК генеалогии увеличивали как объем данных, которые могут быть получены из них, так и возможности извлечения информации из этих данных. [ 35 ] В эпоху микросателлитов удалось установить, что участники имели общие определенные маркеры и сегменты генома не случайно, а по происхождению . С появлением в середине 2000-х годов чипов для генотипирования , которые могли измерять сотни тысяч однобуквенных вариаций ( SNP ) по всему геному, статистики deCODE смогли точно фазировать сегменты генома – чтобы понять родительский источник сегментов – а затем вменить генотипы, измеренные у некоторых людей во всей популяции. [ 36 ]

Это эффективно увеличивает размер и эффективность любого исследования. Когда Illumina начала продавать машины, которые могли экономично секвенировать целые геномы, deCODE смогла напрямую секвенировать несколько тысяч исландцев, а затем иммитировать данные полногеномной последовательности (WGS) практически для всего населения. Это одна из крупнейших коллекций данных WGS в мире, и первые результаты ее анализа были опубликованы в 2015 году в специальном выпуске журнала Nature Genetics . [ 37 ] С тех пор прямое секвенирование десятков тысяч людей позволило рутинно искать все более редкие варианты в беспрецедентных масштабах. [ 38 ]

Открытия и научный вклад

[ редактировать ]

Геномные исследования в целом и глобальная репутация deCODE как организации-исследователя резко возросли с появлением в середине 2000-х годов чипов для генотипирования SNP. [ 39 ] Эти инструменты вызвали всемирный бум полногеномных ассоциативных исследований ( GWAS ), в ходе которых весь геном сканируется для выявления SNP, которые, как правило, имеют одну версию у людей с данным заболеванием, в то время как у здоровых людей - другая. При распространенных заболеваниях, как и при многих признаках или фенотипах, таких как реакция на лекарства, разница заключается не в причинно-следственной связи, а в статистических шансах, представляющих повышенный или пониженный риск по сравнению со средним показателем по популяции. Таким образом, возможность проводить масштабные исследования и анализировать полученные данные – от тысяч пациентов с заболеванием и во много раз большего числа субъектов контрольной группы, в идеале незатронутых родственников – имеет большое значение. [ 40 ]

Обширная коллекция ДНК, медицинских и генеалогических данных deCODE, которые можно было собирать вместе и обогащать посредством повторных запросов и вычислений, почти идеально подходила для такого типа исследований. С 2003 года компания обнаружила и опубликовала сотни вариантов, связанных с восприимчивостью к множеству заболеваний и состояний, включая значительный постоянный вклад в понимание наследственного риска болезни Альцгеймера, шизофрении и других психических расстройств; дюжина распространенных форм рака; ишемическая болезнь сердца, инсульт, фибрилляция предсердий и другие наиболее распространенные сердечно-сосудистые заболевания; а также черты и фенотипы, начиная от реакции на лекарства и заканчивая когнитивными способностями, а также цветом волос и глаз. [ 41 ] Компания публикует свои открытия в рецензируемых журналах, и многие из них, такие как варианты TCF7L2 при диабете 2 типа, используются в качестве стандартных маркеров риска в полигенном моделировании риска и в исследованиях. [ 42 ]

Обзор эпохи GWAS, опубликованный в журнале Nature Communications в 2019 году, количественно оценил огромный вклад deCODE в эту область: на долю исландцев приходилось 12% всех участников всех опубликованных исследований GWAS во всем мире в период с 2007 по 2017 год, при этом каждый гражданин участвовал в среднем в 19 опубликованных исследованиях. только этот период. [ 43 ] Стефанссон, руководитель исследований deCODE Уннур Торстейнсдоттир и статистик Гудмар Торлейфссон заняли первое, второе и шестое место в рейтинге авторов GWAS в мире соответственно. [ 44 ]

Добавление полногеномного секвенирования (WGS) к данным генотипирования придало новое измерение и мощь исследовательским возможностям deCODE. По определению, общие SNP на стандартных чипах генотипирования являются надежными маркерами риска, но не являются определяющим фактором в биологии сложных заболеваний. Тем не менее, пропустив растущее число непосредственно секвенированных целых геномов компании через данные генотипирования и генеалогии в качестве основы, статистики компании смогли приписать WGS очень высокого разрешения всей популяции. Результатом стала возможность проводить исследования GWAS с использованием от 20 до 50 миллионов вариантов и систематически искать редкие варианты, которые либо вызывают, либо обеспечивают очень высокий риск крайних версий общих фенотипов и тем самым прямо указывают на предполагаемые мишени для лекарств. [ 45 ]

Ценность этого подхода лучше всего известна из модели PCSK9 , в которой изучение семей с чрезвычайно высоким уровнем холестерина и ранними сердечно-сосудистыми заболеваниями привело к пониманию ключевой роли этого гена и разработке нового класса препараты для борьбы с холестерином. deCODE теперь регулярно ищет такие редкие варианты во многих фенотипах, и результаты легли в основу программ открытия и разработки лекарств. [ 46 ] Например, с 2016 года его важный вклад в изучение сердечно-сосудистых заболеваний включает демонстрацию того, что именно уровень холестерина не-ЛПВП, а не просто уровни ЛПНП, наиболее точно отражают риск сердечных заболеваний; [ 47 ] поиск вариантов гена ASGR1, которые защищают от ишемической болезни сердца; [ 48 ] и определение роли липопротеина (а) как основного фактора риска сердечного приступа. [ 49 ]

Поскольку все данные deCODE находятся на его серверах и могут быть запрошены одновременно, их также можно запрашивать с поразительной скоростью. В 2014 году группа из Института Броуда зашла в deCODE на обратном пути из Финляндии, где благодаря масштабным исследованиям они нашли вариант, защищающий носителей от диабета 2 типа. За кофе команда deCODE подтвердила, что финского варианта в Исландии не существует, но существует другой. [ 50 ] Группа Броуда добавила его в статью, сообщающую об открытии. [ 51 ]

Благодаря уникальным популяционным ресурсам и вопросам, которые учёные могут задавать и на которые могут отвечать, многие из наиболее выдающихся открытий deCODE были сделаны в области фундаментальной науки. Одним из примечательных направлений было выяснение того, как генерируются изменения в последовательности генома. После создания генетической карты генома на основе микроспутника в 2002 году компания создала и предоставила научному сообществу еще две: одну в 2010 году, построенную на 300 000 SNP, [ 52 ] и еще один в 2019 году, построенный на данных WGS. [ 53 ] Рекомбинация – перетасовка хромосом, которая происходит при образовании яйцеклеток и сперматозоидов – является основным механизмом создания разнообразия и построения этих карт. За пятнадцать лет deCODE опубликовал серию революционных статей, подробно описывающих в реальной человеческой популяции, как скорость рекомбинации варьируется в зависимости от пола, возраста и других характеристик, и как эти различия влияют на создание геномного разнообразия и вариаций многих видов. Общая картина, которая сложилась, заключается в том, что геном порождает разнообразие, но в определенных пределах, обеспечивая динамичный, но в целом стабильный субстрат для естественного отбора и эволюции. [ 54 ]

Чтобы понять население, с которым он работает, и ответить на более широкие вопросы, которые немногие могут таким же образом, у deCODE с первых дней своего существования была собственная группа генетической антропологии. Он опубликовал новаторскую работу по мутациям митохондрий и Y-хромосомы, чтобы проследить норвежскую и кельтскую смесь в ранней популяции; секвенировали древнюю ДНК периода расселения; сравнили древние и современные исландские геномы, чтобы увидеть, как генетический дрейф , эпидемии и стихийные бедствия привели к появлению современной популяции, генетически отличной от своих предков и исходных популяций. [ 55 ] и наблюдаемые варианты в условиях положительного естественного отбора в современном обществе. [ 56 ] Компания также каталогизировала нокаутных людей (людей, у которых отсутствуют определенные гены) и реконструировала геном первого человека африканского происхождения, жившего в Исландии, проанализировав последовательности сотен его ныне живущих потомков. [ 57 ] За этими исследованиями пристально следят как зарубежные, так и исландские СМИ, и они представляют собой еще один тип отдачи, которую deCODE приносит обществу, в котором он изучает и работает. [ нужна ссылка ]

Инновационный продукт

[ редактировать ]

Научное лидерство deCODE на протяжении более чем двадцати лет позволило ей неоднократно создавать новые типы партнерств, продуктов и приложений для многих аспектов точной медицины. В период с 1998 по 2004 год компания подписала громкие и инновационные партнерские отношения с фармацевтическими компаниями Roche , Merck , Bayer , Wyeth и другими. Эти альянсы предоставили финансирование исследований для продвижения работы deCODE с целью поиска генетически подтвержденных новых лекарств против распространенных заболеваний; разработать диагностику на основе ДНК, которая могла бы оценить риск заболевания или предсказать реакцию на лекарство, а также выявить пациентов, которым лекарство с наибольшей вероятностью принесет пользу; и разработать «насыщенные информацией» клинические испытания, в которые будут включаться участники с определенными генетическими вариантами, с возможностью сделать испытания меньшими по размеру, более информативными и с большей вероятностью успеха. [ 58 ]

В 2002 году deCODE приобрела чикагскую компанию по производству медицинской химии, чтобы открыть соединения на основе своих генетических открытий и, таким образом, начать разработку собственной линейки новых лекарств. [ 59 ] В течение следующих нескольких лет компания инициировала и завершила несколько ранних клинических испытаний потенциальных новых методов лечения сердечного приступа, заболеваний периферических артерий, а также провела работу с партнерами по астме и СМА . [ 60 ] Это были первые примеры того, что сегодня можно было бы назвать программами « точной медицины »: использование генетики для обнаружения целей и отбора участников испытаний путем тестирования их на восприимчивость к болезням посредством того же пути, на который действует лекарство. [ 61 ]

В середине 2000-х годов компания deCODE запустила новый вид диагностики рисков, ориентированный в основном на профилактику и благополучие. Эти диагностические тесты на основе ДНК выявили генетические варианты, идентифицированные deCODE и другими, которые коррелируют со значительно повышенным индивидуальным риском распространенных заболеваний, включая сердечный приступ, [ 62 ] фибрилляция предсердий и инсульт, диабет 2 типа, распространенный (не BRCA) рак молочной железы, рак простаты и глаукома. [ 63 ] Например, тест на диабет 2 типа был основан на опубликованных исследованиях, которые показали, что примерно 10% людей являются носителями двух копий варианта deCODE с самым высоким риском воздействия, что ставит их в два раза выше среднего риска развития диабета, независимо от ожирения. Медицинская цель теста заключалась в том, чтобы «выявить людей с предиабетом, у которых риск развития диабета выше среднего, и убедиться, что эти же люди могут эффективно противодействовать этому дополнительному риску за счет снижения веса и использования определенных лекарств». [ 64 ]

Еще одной новой особенностью этих тестов была интеграция множества хорошо подтвержденных генетических факторов риска. Общее воздействие этих различных факторов риска было объединено и рассчитано в так называемую полигенную оценку риска , помещающую человека в спектр риска по сравнению с населением в целом, независимо и в дополнение к другим рискам для здоровья или образа жизни. факторы. [ 65 ] С каждым новым открытием deCODE может расширять круг проверенных факторов риска. Идея заключалась в том, чтобы сделать стратегии и методы скрининга и профилактики более конкретными и более эффективными для людей с более высоким риском и, как мы надеемся, предоставить людям новый стимул для выполнения хорошо понятных изменений образа жизни, таких как потеря веса, отказ от курения и т. д. [ 66 ] В этом заключалась суть того, что тогда называлось персонализированной медициной , но поскольку эти тесты были новыми, их медицинская полезность еще не была доказана. Поскольку каждый по определению подвержен риску распространенных заболеваний, а врачи обычно понимали генетический риск только применительно к редким заболеваниям, медицинское сообщество относилось к этим тестам со скептицизмом. [ 67 ] В 2018 году возродилась пропаганда использования полигенных показателей риска для выявления лиц со значительно повышенным риском распространенных заболеваний, а также использования полногеномных данных и новых алгоритмов для использования многих ранних маркеров deCODE. [ 68 ]

Судя по интенсивному освещению открытий deCODE в средствах массовой информации, обычные люди наверняка интересовались этими генетическими факторами риска и тем, как они могут повлиять на их здоровье. В конце 2007 года компания эффективно запустила область личной геномики со своим проектом deCODEme. [ 69 ] Сканирование непосредственно потребителю (DTC), направленное на то, чтобы люди могли лучше понять риск возникновения распространенных заболеваний и использовать эту информацию, чтобы оставаться здоровыми. deCODEme появился на рынке за день до широко известного 23andMe , финансируемого Google . [ 70 ] Маркетинг deCODEme подчеркивал ее авторитетность, серьезность и научную строгость: «предоставляется мировым лидером в открытии генетических факторов риска заболеваний... [так что ее клиенты] получают прямую выгоду от знаний и опыта ученых, проводящих всемирно известные исследования» (его конкуренты использовали опубликованные варианты deCODE в качестве основы для многих своих результатов); сканирование было обработано в тех же лабораториях, где они были обнаружены. К 2012 году полное сканирование deCODEme измерило один миллион SNP и рассчитало риск для 47 распространенных заболеваний и черт, а также предоставило базовую информацию о происхождении по материнской и отцовской линии, отметив, что большинство сканирований предков того периода не дали большого количества данных. [ 71 ]

Несмотря на то, что deCODEme подчеркивал, что его результаты преследуют информационные цели — «дорожную карту для улучшения вашего здоровья» — и предоставление генетического консультирования для пользователей, у которых есть вопросы по поводу их результатов, регулирующие органы США быстро стали критически относиться к оценкам риска заболеваний, которые вводятся непосредственно в руки потребителей. [ 72 ] В июне 2010 года FDA написало в deCODE письмо. [ 73 ] и ее основные конкуренты заявили, что они считают такие сканирования медицинскими устройствами, требующими одобрения FDA. [ 74 ] Столкнувшись с препятствиями со стороны регулирующих органов, а затем с корпоративной реорганизацией, deCODE прекратила продажу deCODEme в конце 2012 года. [ 75 ] В 2017 году FDA начало утверждать определенные оценки генетического риска заболеваний в потребительских тестах. [ 76 ]

В 2018 году deCODE открыла новые горизонты, осуществив прямое вмешательство в общественное здравоохранение и запустив первую национальную программу генетического скрининга такого рода. Компания запустила веб-сайт, который позволяет любому жителю Исландии бесплатно попросить компанию выполнить поиск по данным всей последовательности генома, чтобы определить, являются ли они вероятными носителями SNP в гене BRCA2, который обусловливает высокий риск рака молочной железы и простаты в Исландия. В течение нескольких месяцев десять процентов населения запросили свой статус BRCA2, и Национальная больница создала свои консультационные и другие услуги, чтобы помочь людям следить за предварительными результатами и использовать информацию для защиты своего здоровья. [ 77 ]

Бизнес

[ редактировать ]

Несмотря на свою новаторскую науку или, возможно, потому, что она часто была далеко впереди отрасли, у deCODE как отдельного бизнеса была нестабильная история. В июле 2000 года она завершила IPO на сумму 200 миллионов долларов на Nasdaq, крупное для того времени событие и первый листинг исландской компании на американской бирже. Ее ранние фармацевтические альянсы, особенно с компанией «Рош», в дальнейшем помогли профинансировать участие большинства взрослых в стране в первое десятилетие ее исследований, а также быстрому расширению как ее исследовательских возможностей, так и ее усилий по разработке продуктов в области лекарств и диагностики. и персональная геномика. [ 78 ]

С научной точки зрения, как сказал Дэвид Альтшулер из Института Броуда в MIT Tech Review в 2004 году: «Это бизнес, в котором важна критическая масса, и они достигли критической массы». [ 79 ] Но бизнес был также связан с деньгами. Будучи инновационным предприятием, осваивающим новые рынки, компания потратила более 500 миллионов долларов на исследования и разработки за первое десятилетие своего существования и никогда не была прибыльной. К 2006 году он занимал больше, [ 80 ] финансировать программы разработки лекарств, основанные на совершенно новых предпосылках; продвигать диагностические тесты на рынке, который даже сторонники назвали «все еще находящимся в зачаточном состоянии»; и продвигать персональную геномику, где ее затмевает гламур Кремниевой долины и деньги 23andMe. [ 81 ]

По словам Стефанссона, к концу 2008 года компания находилась «между молотом и наковальней». [ 82 ] Под угрозой исключения из листинга Nasdaq из-за падения курса акций компания нуждалась в большем капитале, как раз в тот момент, когда мировые рынки вступали в кризис. [ 83 ] Хотя ее ученые продолжали публиковать свои открытия с поразительной скоростью, в конце 2009 года зарегистрированная в США холдинговая компания deCODE Genetics, Inc. объявила о банкротстве. [ 84 ] Ее ключевые активы, сердцем которых было генетическое предприятие в Исландии, были куплены и сохранены консорциумом двух основных спонсоров первоначального венчурного предприятия: ARCH Venture Partners и Polaris Ventures , а также Illumina, Inc. , доминирующего производителя генотипирования. чипы и оборудование для секвенирования. [ 85 ] Он отказался от работы над своими программами разработки лекарств. [ 86 ]

Как бизнес, deCODE в каком-то смысле вернулась в будущее: это была 13-летняя компания с мировой репутацией, снова поддерживаемая своими первоначальными венчурными капиталистами, которую Newsweek назвал «самым успешным провалом в мире». [ 87 ] В последующий период Стефанссон публично размышлял о том, что deCODE была основана на шесть-десять лет раньше. [ 88 ] Технология точного считывания ДНК с достаточной детализацией, рассуждал он, появилась только в середине 2000-х годов, в результате чего deCODE задолжала годы исследований и разработок, но они основывались на открытиях, которые не давали достаточно подробного понимания биологии болезней, чтобы быстро создавать коммерчески привлекательные диагностические и разрабатывающие лекарства. [ 89 ] Что могло бы дать такое понимание, так это данные WGS в масштабе популяции. К 2010 году Стефанссон обрисовал, как секвенировать несколько тысяч людей, а затем использовать вменение, снова опираясь на генеалогии, чтобы гарантировать, что deCODE станет первым в мире, кто создаст что-то подобное. [ 90 ]

Несмотря на стесненные обстоятельства, поскольку Illumina была одним из ее владельцев, компания все еще могла получать новейшие машины для секвенирования и реагенты. В 2011 году deCODE и Illumina совместно работали над документом, который дал раннее представление о возможностях вменения WGS, превратив 500 последовательностей в 40 000 целых геномов данных. Этого было достаточно, чтобы начать обнаруживать редкие варианты, подтвержденные путем репликации в нескольких других популяциях. [ 91 ] В отличие от распространенных вариантов, мутации, вызывающие редкие заболевания, как правило, происходят в областях генов, кодирующих белки, что обеспечивает как прямое представление о биологии заболевания, так и более прямое применение в качестве мишени для лекарств. В декабре 2012 года американская фармацевтическая компания Amgen приобрела deCODE за 415 миллионов долларов. [ нужна ссылка ]

Ключевым обоснованием приобретения стала уникальная способность deCODE использовать данные WGS для обнаружения редких вариантов кодирования и возникновения крайних вариантов более распространенных заболеваний. Как рассказал Forbes Шон Харпер, тогдашний руководитель отдела исследований и разработок Amgen: «Мы действительно работали над такими целями, как PCSK9 [для лечения сердечно-сосудистых заболеваний]. генетический анализ человека, в котором Decode является мировым экспертом». [ 92 ] В более широком смысле эти возможности можно было бы применить и для оценки текущих программ, и в течение месяца после приобретения deCODE проанализировала весь портфель Amgen. В 2018 году Харпер подсчитал, что «просто имея надежную генетическую поддержку половины вашего проекта, вы можете повысить норму прибыли от инвестиций в НИОКР примерно на 50%». [ 93 ] К 2020 году компания Amgen провела клинические испытания двух новых сердечно-сосудистых препаратов, основанных непосредственно на открытиях deCODE, которые продолжают публиковаться в ведущих научных журналах. [ 94 ]

Как глобальная модель

[ редактировать ]

Представляя Стефанссона организациям на ежегодном собрании Американского общества генетики человека в 2017 году, Института Броуда из Марк Дейли заметил, что на собрании и в этой области доминировала «всепроникающая парадигма, включающая биобанки, набираемые с полным участием населения, исторические данные медицинского реестра». , инвестиции в крупномасштабный сбор генетических данных и статистическую методологию, а также совместные последующие исследования в академических и отраслевых рамках... [и] deCODE предоставил шаблон для этого механизма открытий». [ 95 ]

С самого начала пример deCODE дал новый импульс другим, охотящимся за генами болезней в изолированных сообществах и небольших популяциях на Сардинии, Квебеке, Ньюфаундленде, северной Швеции, Финляндии и других местах. Однако deCODE рекламировал «относительную однородность» исландского населения не для того, чтобы найти варианты, вызывающие редкие синдромы, а потому, что существование мутаций-основателей помогло бы открыть варианты, влияющие на распространенные заболевания. [ 96 ] С точки зрения значимости для глобальных медицинских проблем, Исландия была не инбредной популяцией с высокой распространенностью редких синдромов, а скорее европейским обществом в миниатюре, которое можно было изучать как единое целое: не столько самую большую маленькую популяцию, сколько самую маленькую большую. . [ нужна ссылка ]

Первой крупной страной, последовавшей примеру deCODE, стала Великобритания. [ 97 ] Опыт Исландии, лежащий в основе научной и медицинской ценности применения обширного охвата и ресурсов Национальной службы здравоохранения к одной из самых разнообразных групп населения в мире, [ 98 ] сообщил об авторизации Британского биобанка в 2003 г. [ 99 ] а затем Genomics England в 2013 году. Другие ранние крупномасштабные усилия по созданию биобанков и геномики, связанные с основными системами здравоохранения, включали программу «Миллион ветеранов» в США, запущенную в 2009 году; [ 100 ] Программа исследований генов, окружающей среды и здоровья, заархивированная 20 марта 2020 года в Wayback Machine в калифорнийском отеле Kaiser Permanente , начатая в 2007 году; и Китайский биобанк Кадури в материковом Китае и Гонконге, созданный в середине 2000-х годов. [ 101 ]

После 2014 года, когда Illumina объявила, что ее новая система X-Ten может секвенировать целые геномы в масштабе по 1000 долларов США за штуку, национальные геномные проекты стали быстро расти. [ 102 ] из США ( All of Us , наряду с MVP) и (наряду с CKB) в Австралию , Канаду , Дубай. Архивировано 10 мая 2019 г. в Wayback Machine , Эстония (первоначально началось в 2000 г.), Франция , Гонконг , Япония , Нидерланды , Катар. , Саудовская Аравия , Сингапур , Южная Корея , Швеция . Архивировано 10 мая 2019 года в Wayback Machine , Турция и другие страны. Хотя все эти программы имели разную направленность и подходы, они, по крайней мере, неявно, были вдохновлены примером deCODE. [ 103 ]

Другие крупные проекты под руководством фармацевтических компаний внимательно следили за моделью deCODE и ее сотрудничеством с Amgen. К ним относятся Regeneron 's с системой здравоохранения Geisinger в США, [ 104 ] и Astra Zeneca гибридное государственное, частное и академическое партнерство с Wellcome Trust в Великобритании, Human Longevity Крейга Вентера в Калифорнии и Finngen в Хельсинки. [ 105 ] Последний, основанный руководителями Института Броуда и финскими университетами, министерством здравоохранения и биобанками для стимулирования разработки лекарств, [ 106 ] удивительно близок к первоначальному видению deCODE в Исландии, но с участием ученых и государственных органов в качестве дольщиков в бизнесе. Эта модель государственно-частного партнерства может объяснить принятие в Финляндии в 2019 году закона, разрешающего почти массовое использование анонимных медицинских записей, данных социального обеспечения и образцов биобанков для биомедицинских исследований, что выходит далеко за рамки амбиций закона об ИБС 1998 года, который вызвал столь двадцать лет назад в Исландии было много споров. [ 107 ]

Прямое участие и происхождение deCODE также очевидны во всех сферах. deCODE является одним из основателей и лидером Северного общества генетики человека и точной медицины , которое объединяет ресурсы всех скандинавских стран, а также Исландии и Эстонии для продвижения открытия генов и применения точной медицины во всем регионе. В 2013 году группа выпускников deCODE создала дочернюю компанию NextCODE Health (теперь Genuity Science ), которая лицензировала и развивала инструменты информатики и управления данными секвенирования, первоначально разработанные в Исландии для поддержки клинической диагностики и популяционной геномики в других странах. [ 108 ] Его системы и инструменты использовались в национальных геномных проектах в Англии, [ 109 ] Катар, [ 110 ] Сингапур; [ 111 ] педиатрические программы по редким заболеваниям в Великобритании, США [ 112 ] и Китай; [ 113 ] и в ее дочерней компании Genomics Medicine Ireland. В 2019 году deCODE и региональная система здравоохранения США Intermountain объединились для проведения исследования на основе WGS и исследования точной медицины с участием 500 000 человек. [ 114 ] и deCODE также начали секвенировать 225 000 участников Британского биобанка. [ 115 ]

Ответ на пандемию COVID-19

[ редактировать ]

В марте 2020 года, когда вирус SARS-CoV-2 начал широко распространяться в Исландии, компания deCODE временно перенаправила свои клинические исследования, лабораторный персонал и операции на проведение крупномасштабного тестирования на COVID-19 . Эти усилия ознаменовали самое глубокое и непосредственное участие компании в сфере общественного здравоохранения и представляют собой важный компонент одной из самых интенсивных и успешных стратегий сдерживания в любой стране в первые месяцы глобальной пандемии. [ 116 ]

Реакция органов здравоохранения Исландии на пандемию примечательна тем, что стала ранним, прозрачным и эффективным примером передового эпидемиологического контроля по принципу «тестировать, отслеживать и изолировать». В конце января 2020 года Национальное управление здравоохранения начало тестировать людей, прибывших в Исландию из районов повышенного риска или имеющих возможные симптомы инфекции, и совместно с Департаментом гражданской защиты и управления чрезвычайными ситуациями активировало систему для изоляции всех, у кого диагностирован вирус. а также отслеживать и помещать в карантин все их контакты. [ 117 ] Первый случай заболевания в Исландии был диагностирован 28 февраля, через месяц после начала целевого тестирования, и в течение нескольких дней десятки людей получали положительный результат теста каждый день. Чуть более двух месяцев спустя Исландия была практически свободна от активных инфекций. [ 118 ]

Основой этого ответа и данных, лежащих в его основе, было тестирование. Тем не менее, хотя официальные усилия по тестированию были быстрыми и энергичными, они были сосредоточены на тех, кто имел симптомы или подвергался высокому риску из-за вероятного контакта с инфицированными людьми. В начале марта генеральный директор deCODE Кари Стефанссон выразил обеспокоенность тем, что без проведения скрининга населения в целом невозможно понять распространение вируса или уровень его смертности, что является важной информацией для комплексного решения проблемы эпидемии. [ 119 ] В этот момент «все руки на палубе» и с ноу-хау, людьми и оборудованием, позволяющими быстро превратить лабораторию генетических исследований компании в центр ПЦР-диагностического тестирования, [ 120 ] он предложил использовать возможности компании для проверки населения в целом под эгидой Управления здравоохранения. [ 121 ] Сотрудники deCODE быстро работали над организацией рабочих процессов для всего: от сбора образцов до проведения тестов и создания отчетов с соблюдением конфиденциальности, а также для подготовки тампонов и реагентов к началу крупномасштабного тестирования. В четверг, 12 марта 2020 года, компания открыла свой веб-сайт, чтобы записаться на тестирование, и в течение нескольких часов на нее зарегистрировались 12 000 человек. Тестирование началось на следующее утро и было бесплатным. [ 122 ]

Проект deCODE быстро увеличился до мощности более 1000 образцов в день. С начала проверки населения было обнаружено, что менее 1% принявших в ней участие были инфицированы, что указывает на то, что стратегия сдерживания органов здравоохранения работает. [ 123 ] [ нужен неосновной источник ] С середины марта до конца мая 2020 года компания проводила в среднем 600 тестов в день, дополняя 250 тестов, проводимых органами здравоохранения в день в Национальной университетской больнице. Те, кто дал положительный результат при проверке deCODE, были аналогичным образом изолированы, а их контакты отслежены и отправлены на карантин. Всего к началу июня в Исландии было проведено более 60 000 тестов, что эквивалентно 18 процентам населения. Благодаря этой комбинированной стратегии тестирования, а также отслеживанию и изоляции число инфекций в Исландии достигло пика в первую неделю апреля и резко снизилось к концу месяца. К середине мая в стране было лишь несколько активных случаев заражения, хотя deCODE и органы здравоохранения продолжали после этого проводить до 200 тестов в день, чтобы попытаться обнаружить любые новые вспышки. [ 124 ]

В тандеме со своей работой по скринингу deCODE использовала свои генетические возможности для секвенирования вируса у сотен инфицированных людей и составления своего рода генеалогии различных клад вируса в стране. Это показало, как в первые недели пандемии вирус проник в страну вместе с людьми, инфицированными в разных странах, а затем распространился по Исландии. [ 125 ] [ нужен неосновной источник ] В апреле 2020 года совместно с коллегами из Управления здравоохранения и национальной больницы компания опубликовала в Медицинском журнале Новой Англии статью, в которой подробно описывается, как выглядит распространение COVID-19 среди населения и как надежная политика тестирования помогает отслеживание и изоляция могут эффективно сдержать его. В мае компания начала работу по разработке и проведению тестирования населения на антитела, и первые результаты показали, что около одного процента населения в целом, у которого не была диагностирована инфекция, имеют антитела к вирусу. Это означало, с одной стороны, что вирус был быстро и хорошо локализован, но также и то, что с конца февраля было официально диагностировано почти три случая заражения, а также то, что более 98% населения по-прежнему оставалось наивным. [ 126 ] Это указывает на то, что крупномасштабное тестирование необходимо будет продолжить для выявления последующих вспышек, поскольку страна вновь откроет свои границы для поездок своих граждан и других лиц, приезжающих в Исландию. [ 127 ] В июне компания заявила, что работает с подразделением Amgen в Британской Колумбии над использованием лейкоцитов выздоровевших исландских пациентов с Covid-19, чтобы начать производство антител к вирусу, которые можно будет использовать либо в профилактических, либо в терапевтических целях. [ 128 ]

[ редактировать ]

Работа deCODE подвергается критике со стороны романа Арнальдура Индридасона « Город Джар» 2000 года, который был адаптирован в одноименный фильм 2006 года . [ 129 ]

deCODE и Кари Стефанссон высмеиваются как VikingDNA и профессор Ларус Йоханнссон в книге «Dauðans óvissi tímí» Траина Бертельссона (Рейкьявик: JPV Útgáfu, 2004).

deCODE и, в частности, Кари Стефанссон представлены как создатель чудовищных генетических гибридов в сатирическом произведении Оттара М. Нордфьордура 2007 года «Йон Асгейр и вечеринка по случаю дня рождения» (Рейкьявик: Sögur, 2007), а история DeCODE предстает как непосредственно, так и в аллегоризированной форме (под вымышленное имя OriGenes) в романе того же автора Lygarinn: Sonn saga (Рейкьявик: Сагар, 2011). deCODE — это модель компании CoDex, созданная Сьоном в года CoDex 1962 . [ 130 ] [ 131 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ↑ Объявление о запуске deCODE и интервью со Стефанссоном о целях компании в главной газете страны Morgunblaðið , 31 мая 1996 г. Соучредителями были педиатр Кристлейфур Кристьянссон, проработавший в компании двадцать лет, а также психиатр и поэт Эрнир . Кристьян Сноррасон .
  2. ↑ Хорошее предварительное описание подхода и миссии содержится в первом пресс-релизе компании , в котором объявляется об выделении гена болезни, 25 августа 1997 г.
  3. ↑ Анна Азволинская, «Мастер-декодер: профиль Кари Стефанссона», The Scientist , 1 марта.
  4. ^ Дейли, Марк Дж. «Введение в премию Уильяма Аллана 2017: Кари Стефанссон», Американский журнал генетики человека , том. 102, номер 3 (2018) doi:10.1016/j.ajhg.2018.01.010
  5. ^ deCODE Основные публикации и пресс-релизы с момента ее основания доступны на ее веб-сайте .
  6. ^ Основные инвестиции фармацевтических компаний в популяционную геномику с 2012 года включают инвестиции Regeneron , AstraZeneca , AbbVie . Архивировано 1 августа 2019 года в Wayback Machine , Glaxo и других.
  7. ^ См., например, Франческо Кука и др. , «Распределение гаплотипов DR4 на Сардинии предполагает первичную связь диабета I типа с локусами DRB1 и DQB1», Human Immunology , Vol 43, Issue 4, pp 301-308 (август 1995 г.); Э.М. Петти и др. , «Картирование гена наследственного гиперпаратиреоза и пролактиномы (MEN1Burin) на хромосоме 11q: доказательства эффекта основателя у пациентов из Ньюфаундленда», American Journal of Human Genetics , Vol 54, Number 6, pp 1060–1066 (июнь 1994 г.); Мелани М Махтани и др. , «Картирование гена диабета 2 типа, связанного с дефектом секреции инсулина, с помощью сканирования генома в финских семьях», Nature Genetics (требуется подписка), том 14, стр. 90–94 (сентябрь 1996 г.); Стейннун Торлациус и др. , «Одна мутация BRCA2 в семьях мужчин и женщин с раком молочной железы из Исландии с различными фенотипами рака», Nature Genetics (требуется подписка), том 13, стр. 117–119 (май 1996 г.)
  8. ↑ О подходе и его сомневающихся см. Стивен Д. Мур, «Биотехнологическая фирма превращает Исландию в гигантскую генетическую лабораторию», Wall Street Journal (требуется подписка), 3 июля 1997 г.
  9. ^ Раннее описание модели открытия, сделанное Стефанссоном и директором его лаборатории Джеффри Галчером, в «Популяционной геномике: закладывая основу для моделирования и нацеливания на генетические заболевания», Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (требуется подписка), том 36, номер 8, стр. 523-7 (август 1998 г.)
  10. ^ Население и другие статистические данные в Статистическом управлении Исландии.
  11. ↑ Первое крупное интервью со Стефанссоном о действующей компании, в Morgunblaðið , 24 ноября 1996 г.
  12. ^ Обзор деятельности и достижений компании в эти первые годы см. за 1997–2003 годы в разделе новостей на ее веб-сайте .
  13. ^ Гулчер и Стефанссон процитировали опросы, показывающие общественную поддержку ИБС в 75%, в «Исландской саге о централизованной базе данных здравоохранения и демократическом принятии решений», Nature Biotechnology (требуется подписка), том 17, стр. 620, июль 1999 г.
  14. ^ Дж. Гулчер и К. Стефанссон, «Исландская база данных здравоохранения и информированное согласие», Медицинский журнал Новой Англии , том 342, стр. 1827-1830 (июнь 2000 г.)
  15. ^ Чедвик, Р. (1999). «Исландская база данных - нужны ли современному времени современные саги?». БМЖ . 319 (7207): 441–444. дои : 10.1136/bmj.319.7207.441. ПМЦ 1127047. ПМИД 10445931.
  16. ^ Противники IHD создали организацию под названием Mannvernd, чтобы бороться с ним и поощрять людей осуществлять свое право на отказ. Число отказов является одним из конкретных показателей противостояния этой идее, а также, наоборот, показателем того, сколько людей либо поддержали эту идею, либо не придерживались твердого мнения. Согласно архивному снимку веб-сайта Манвернда за сентябрь 2003 года , за пять лет после принятия закона, разрешающего ИГД, от участия отказались чуть более 20 000 человек, или 7% от населения 2003 года, составившего 288 000 человек.
  17. ^ Книги и основные исследовательские статьи специалистов по биоэтике и других противников ИБС и коммерческой геномики включают: Майк Фортун, Многообещающая геномика: Исландия и декодирование генетики в мире спекуляций (Беркли: University of California Press, 2008); Дэвид Виникофф, «Геном и нация: база данных сектора здравоохранения Исландии и ее наследие», Innovations: Technology Governance Globalization , том 1, номер 2, стр. 80–105 (февраль 2006 г.); Генри Т. Грили, «План Исландии по исследованиям в области геномики: факты и последствия», Jurimetrics (требуется подписка), том 40, номер 2, стр. 153–91 (зима 2000 г.); и Джон Мерц, «Iceland, Inc?: Об этике коммерческой популяционной геномики», Social Science & Medicine , том 58, номер 6, стр. 1201-9 (апрель 2004 г.). Помимо Mannvernd's, еще один веб-сайт, размещенный в Беркли, Калифорния, был посвящен антропологическим последствиям deCODE и генетическим исследованиям в Исландии.
  18. ^ Сотни статей были написаны за и против ИБС, декодирования и его подхода. Представление о их содержании и огромном количестве можно найти в архивном виде веб-сайта Mannvernd за май 1999 года , исландской организации, созданной для противодействия IHD, а также в очень подробной библиографии, заархивированной 7 мая 2019 года на сайте Wayback Machine , созданном Доктор Скули Сигурдссон, ведущий член Манвернда.
  19. ↑ См . архивную версию объявления в архивах Клинтон.
  20. ^ См . публикации deCODE за 1997–2000 годы на сайте компании.
  21. ↑ См., например , один из первых пресс-релизов компании «Генетика deCODE Исландии картирует ген, связанный с преэклампсией», 19 сентября 1999 г.
  22. ↑ Хорошее изложение подхода содержится в книге Николаса Уэйда «Охота за геномными сокровищами может принести золото», New York Times , 18 июня 2002 г.
  23. ^ Конг и др. , «Карта рекомбинации человеческого генома с высоким разрешением», Nature Genetics (требуется подписка), том 31, стр. 241–247, 10 июня 2002 г.
  24. ^ Уровень участия более 90%, даже когда споры по поводу ИБС еще были свежи, согласно годовому отчету deCODE за 2002 год, поданному в SEC, стр. 8; Профиль компании в журнале «Фармакогеномика» , 4 ноября 2004 г.
  25. ^ Хорошее предварительное описание того, как людей просят принять участие и как их данные используются в исследованиях, находится на стр. 7-9 годового отчета deCODE за 2002 год, поданного в SEC.
  26. ^ Хелен Пирсон, «Профиль: Кари Стефанссон», Nature Medicine , том 9, страница 1099, 1 сентября 2003 г.; уровень участия в годовом отчете deCODE за 2002 год, поданном в SEC, стр. 8
  27. ↑ Джеймс Батчер, «Кари Стефанссон, генерал генетики», The Lancet , 27 января 2007 г.
  28. ^ Анна Азволинская, соч. цитировать
  29. ↑ Майкл Спектер, «Расшифровка Исландии», The New Yorker (требуется подписка), 18 января 1999 г.
  30. ^ Islendingabok в Википедии. См. английскую страницу
  31. ↑ Ольга Хазан, «Как одержимость Исландии генеалогией приводит к научным прорывам», The Atlantic , 7 октября 2014 г.
  32. ^ Morgunblaðið на запуске Islendingabok - с фото
  33. ^ Islendingabok.is [ постоянная мертвая ссылка ] , доступ как пользователь
  34. ↑ Мэг Тиррелл, «Генетическая золотая жила Исландии», CNBC , 6 апреля 2017 г.
  35. ^ Екатерина Вайдилевич, «Исследование в Исландии дает представление о болезнях, открывает путь для крупномасштабных геномных исследований», онлайн-новость Национального института исследований генома человека, 1 мая 2015 г.
  36. ^ Конг и др. , «Обнаружение совместного использования по происхождению, фазировка на большие расстояния и вменение гаплотипов», Nature Genetics , Vol. 40, номер 9, стр. 1068–1075 (август 2008 г.)
  37. ^ «Геномы исландцев», Nature , постоянная ссылка, 25 марта 2015 г.
  38. ^ Д.О. Арнар и Р. Палссон, «Генетика распространенных сложных заболеваний: взгляд из Исландии», Европейский журнал внутренней медицины , Vol. 40, стр. 3-9 (2017)
  39. ^ Т. ЛаФрамбуаз, «Массивы однонуклеотидного полиморфизма: десятилетие биологических, вычислительных и технологических достижений», Nucleic Acids Research , том 37, выпуск 13, стр. 4181-93 (2009) doi: 10.1093/nar/gkp552
  40. ^ Обзор подхода и масштаба области в J Macarthur et al., «Новый Каталог NHGRI-EBI опубликованных полногеномных ассоциативных исследований (Каталог GWAS)», Nucleic Acids Research , том 45, выпуск D1, стр. D896– D901 (январь 2017 г.)
  41. ^ Список сотен основных публикаций компании на странице публикаций ее веб-сайта.
  42. ^ См., например, С. Шринивасан и др. , «Генетическая вариация TCF7L2 увеличивает инкретиновую резистентность и влияет на реакцию на сульфонилмочевину и метформин: исследование для понимания генетики острой реакции на метформин и глипизид у людей (SUGAR-MGH)», Diabetes Care , том 41, номер 3, стр. 554-561 (2018); А.В. Кера и др. , «Полигенные показатели по всему геному для распространенных заболеваний идентифицируют людей с риском, эквивалентным моногенным мутациям», Nature Genetics , том 50, стр. 1219–1224 (2018).
  43. ^ Таблица 2 в книге MC Mills и CA Rahal, «Наукометрический обзор полногеномных исследований ассоциаций», Nature Communications Biology , том 2, номер 9 (2019).
  44. ^ Таблица 4, Миллс и Рахал, указ. цитировать
  45. ^ Ранний обзор и 20 миллионов SNP были выложены в общественное достояние в DF Gudbjartsson et al. , «Варианты последовательностей из полногеномного секвенирования большой группы исландцев», Nature Scientific Data , том 2, арт 150011 (март 2015 г.); десятки последующих статей, использующих этот масштаб данных, находятся на странице публикаций веб-сайта deCODE, начиная с 2015 года.
  46. ^ См. публикации deCODE с 2014 г. по настоящее время.
  47. ^ Хельгадоттир и др. , «Варианты с сильным воздействием на липиды крови и роль холестерина и триглицеридов при ишемической болезни», Nature Genetics , vol. 48, стр. 634–639 (май 2016 г.)
  48. ^ П Ниой и др. , «Вариант ASGR1, связанный со сниженным риском развития ишемической болезни сердца», Медицинский журнал Новой Англии , том 374, стр. 2131-2141 (июнь 2016 г.)
  49. ^ DF Gudbjartsson et al. , «Концентрация липопротеина (а) и риски сердечно-сосудистых заболеваний и диабета», J Am Coll Cardiol. , том. 74, № 24, стр. 2982-2994 (декабрь 2019 г.)
  50. ↑ История, рассказанная Джиной Колата: «Редкая мутация убивает ген, ответственный за диабет», New York Times , 2 марта 2014 г.
  51. ^ Дж. Фланник и др. , «Мутации потери функции в SLC30A8 защищают от диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка), том 46, стр. 357–363 (2 марта 2014 г.)
  52. ^ А. Конг и др., «Различия в скорости мелкомасштабной рекомбинации между полами, популяциями и отдельными людьми», Nature , том 467, стр. 1099–1103 (октябрь 2010 г.)
  53. ^ Б.В. Халлдорссон и др. , «Описание мутагенных эффектов рекомбинации с помощью генетической карты на уровне последовательности», Science , том 363, выпуск 6425, eaau1043 (январь 2019 г.)
  54. ↑ Роджер Хайфилд, «Как развиваются люди», блог Музея науки Великобритании , 24 января 2019 г.
  55. ^ С. Эбенесерсдоттир и др. , «Древние геномы из Исландии раскрывают формирование человеческой популяции», Science , vol. 360, выпуск 6392, стр. 1028-1032 (июнь 2018)
  56. ^ H Стефанссон и др. , «Обычная инверсия при отборе у европейцев», Nature Genetics , том 37, стр. 129–137 (16 января 2005 г.)
  57. ^ А. Джагадисан и др., «Реконструкция африканского гаплоидного генома 18-го века», Nature Genetics , том 50, стр. 199–205 (январь 2018 г.)
  58. ^ Краткий обзор сотрудничества и направлений деятельности компании в 10K за 2005 г. Архивировано 18 марта 2020 г. в Wayback Machine , стр. 9–10.
  59. ^ «DeCode для приобретения MediChem Life Sciences в рамках сделки с акциями на 84 миллиона долларов», Genomeweb , 8 января 2002 г.
  60. ^ Пресс-релиз компании «deCODE Genetics, Inc. предоставляет обновленную информацию о разработке продукта — CEP-1347, DG041, DG031, DG051», переиздан в Biospace , 26 июня 2006 г.
  61. ^ H Хаконсарсон и др. , «Влияние ингибитора белка, активирующего 5-липоксигеназу, на биомаркеры, связанные с риском инфаркта миокарда: рандомизированное исследование», JAMA , том 293, выпуск 18, стр. 2245–2256 (май 2005 г.)
  62. ^ Пресс-релиз компании : «deCODE запускает deCODE MI™ — тест на наличие основного генетического фактора риска сердечного приступа с ранним началом», 11 октября 2007 г.
  63. ^ Список тестов и пример того, как их полезность была описана в пресс-релизе компании , «deCODE запускает deCODE BreastCancer™, генетический тест для выявления риска наиболее распространенных форм рака молочной железы», 8 октября 2008 г.
  64. ^ Пресс-релиз компании : «deCODE запускает deCODE T2™, новый основанный на ДНК тест для оценки наследственного риска диабета 2 типа», 15 апреля 2007 г.
  65. ^ Пример SNP, включенных в deCODEme в SNPedia.
  66. ^ Новый вариант добавлен в deCODE AF в пресс-релизе компании : «deCODE обнаруживает второй общий генетический фактор риска фибрилляции предсердий и инсульта», 13 июля 2009 г.
  67. ^ О продолжающемся скептицизме в отношении тестирования на распространенные заболевания даже в 2019 году см. Ян Сэмпл, «Национальная служба здравоохранения отказывается от плана позволить здоровым людям платить за секвенирование ДНК», Guardian , 25 июля 2019 г.
  68. ^ А.В. Кера и др. , «Полигенные оценки по всему геному для распространенных заболеваний идентифицируют людей с риском, эквивалентным моногенным мутациям», Nature Genetics , vol. 50, стр. 1219–1224 (август 2018 г.)
  69. ^ Пресс-релиз компании , «deCODE запускает deCODEme™», 16 ноября 2007 г.
  70. ↑ О запуске deCODEme и сразу за ним 23andMe, Николас Уэйд, «Компания предлагает оценку генома», New York Times , 16 ноября 2007 г. Год спустя, когда журнал Time назвал розничный ДНК-тест изобретением года, он хлынул восторгом по поводу 23andMe ссылки с Google, но не упомянул deCODE. «ДНК-тест розничной торговли», Time , 29 октября 2008 г.
  71. ^ См . архивную версию веб-сайта deCODEme за июль 2012 г.
  72. ↑ Письма Калифорнии о прекращении противоправных действий компаниям, занимающимся тестированием, в Эндрю Поллаке, «Генное тестирование под вопросом регулирующих органов», New York Times , 26 июня 2008 г.
  73. ↑ Письмо FDA в компанию deCODE , 10 июня 2010 г.
  74. ↑ Письма FDA в адрес 23andMe, Navigenics и Knome, Эндрю Поллак, «FDA обвиняет компании в несанкционированных генетических тестах», New York Times , 11 июня 2010 г.
  75. ^ Терна Рэй, «Благодаря покупке deCODE Amgen приобретает опыт, потребители теряют возможность тестирования DTC», Genomeweb , 12 декабря 2012 г.
  76. ^ Пресс-релиз FDA : «FDA разрешает продавать первые тесты, предназначенные непосредственно для потребителя, которые предоставляют информацию о генетическом риске для определенных состояний», 6 апреля 2017 г.
  77. ^ Статистика в «Отчете о 6-м клиническом семинаре NACG», Северный альянс по клинической геномике. Архивировано 10 мая 2019 г. в Wayback Machine , 21 ноября 2018 г., стр. 9.
  78. ↑ Мэтью Херпер, «Неустойчивое IPO генетики deCODE», Forbes , 19 июля 2000 г.
  79. ^ Кори Лок, «Перевод генов Исландии в медицину», MIT Technology Review , 1 сентября 2004 г.
  80. ^ Об инвестициях и эффективности бизнеса см., например, отчет deCODE 10-K за 2006 год, поданный в SEC; Пресс-релиз компании «deCODE Genetics, Inc. объявляет о размещении конвертируемых облигаций на сумму 65 миллионов долларов», перепечатано в Biospace , 14 ноября 2006 г.
  81. ↑ Дэниел Макартур, «deCODE Genetics на грани банкротства», Wired , 8 ноября 2009 г.
  82. ↑ Вермазис, BioIT World. Архивировано 20 марта 2020 г. в Wayback Machine , ноябрь 2008 г.
  83. ^ «Генетика DeCODE на веревках», Science , 7 ноября 2008 г.
  84. ↑ Пресс-релиз компании , «deCODE Genetics, Inc. Files Добровольная петиция главы 11 об облегчении продажи активов», 17 ноября 2009 г.
  85. ↑ Николас Уэйд, «Из-за банкротства генетическая компания прекращает разработку лекарств», New York Times , 21 января 2010 г.
  86. ↑ Эмили Сингер, «deCODE отказывается от разработки лекарств», MIT Technology Review , 22 января 2010 г.
  87. ^ Хороший обзор проблем и размышлений о возрождении deCODE после банкротства, Мэри Кармайкл, «Самый успешный провал в мире», Newsweek , 11 февраля 2010 г.
  88. ↑ Стефанссон сказал Кевину Дэвису на шесть лет раньше срока в BioIT. [ постоянная мертвая ссылка ] в 2008 году; Кевин Дэвис, «Геном за 1000 долларов: революция в секвенировании ДНК и новая эра персонализированной медицины» (Нью-Йорк: The Free Press, 2010), стр. 148
  89. ↑ Стефанссон сказал, что компания была основана на десять лет раньше, и изложил свои причины Виктору Макилхенни в книге «Рисование карты жизни: внутри проекта генома человека» (Лондон: Hachette UK, 2012).
  90. ^ «Для Кари Стефанссон и deCODE диагностика выглядит многообещающе», Sciencewatch , сентябрь/октябрь 2010 г.
  91. ↑ Пресс-релиз компании о статье «deCODE Genetics в сотрудничестве с академическими коллегами и Illumina обнаруживает мутации, приводящие к высокому риску рака яичников», 2 октября 2011 г.
  92. ↑ Мэтт Херпер, «Благодаря сделке DeCode компания Amgen стремится открыть лекарства так, как мы и собирались в 1999 году», Forbes , 12 декабря 2012 г.
  93. ^ Цитируется по Ашеру Малларду, «Аудиенция с... Шоном Харпером», Nature Reviews Drug Discovery (требуется подписка), том 17, стр. 10-11 (январь 2018 г.)
  94. ^ Один нацелен на липопротеин (а), на основе открытия deCODE, опубликованного в 2019 году ; другой нацелен на холестерин не-ЛПВП, основанный на открытии deCODE вариантов гена ASGR1 Amgen в 2016 году. См. проект и M. Janiszewski et al. , Журнал Американского колледжа кардиологов , том 73, выпуск 9, приложение 1 (март 2019 г.)
  95. ^ MJ Дейли, «Введение в премию Уильяма Аллана 2017», op. цит.
  96. ^ О роли однородности и общих целях см. Дж. Гулчер и К. Стефанссон, «Популяционная геномика: закладывание основы для моделирования и определения целей генетических заболеваний», Clinical Chemistry and Laboratory Medicine , vol 36, Number 8 (1998).
  97. ↑ Британский учёный Джон Белл был особенно дальновидным в отношении будущей пользы геномики в здравоохранении. См. Джон Белл, «Новая генетика в клинической практике», BMJ , том 316, выпуск 7131 (14 февраля 1998 г.).
  98. ^ См. J Fears и G Poste, «Создание ресурсов популяционной генетики с использованием Национальной службы здравоохранения Великобритании », Science , том 284, выпуск 5412, стр. 267-8 (апрель 1999 г.).
  99. ↑ Паллаб Гош, «Окупится ли Биобанк?», BBC , 24 сентября 2003 г.
  100. ^ Дж. М. Газиано и др. , «Программа миллиона ветеранов: мегабиобанк для изучения влияния генетики на здоровье и болезни», Журнал клинической эпидемиологии , том 70, стр. 214–223 (февраль 2016 г.)
  101. ^ Z Чен и др. , «Китайский биобанк Кадури на 0,5 миллиона человек: методы обследования, исходные характеристики и долгосрочное наблюдение», Международный журнал эпидемиологии , том 40, выпуск 6, стр. 1652–1666 (декабрь 2011 г.).
  102. ↑ Эрика Чек Хайден, «Реален ли геном за 1000 долларов?», Nature , 15 января 2014 г.
  103. ↑ Кэтрин Оффорд, «Изучение исландской модели генетических исследований», The Scientist , 31 мая 2017 г.
  104. ^ Пресс-релиз , «Regeneron и Geisinger Health System объявляют о крупном сотрудничестве в области исследований в области генетики человека», regeneron.com, 13 января 2014 г.
  105. ↑ Хайди Ледфорд, «AstraZeneca запускает проект по секвенированию 2 миллионов геномов», Nature , 22 апреля 2016 г.
  106. ^ См., например, страницу факультета Марка Дейли как директора Института молекулярной медицины Хельсинкского университета.
  107. ^ ES Hautamäki и J Lilja, «Вторичное использование данных о состоянии здоровья – новый закон Финляндии», блог Insights , Roschier.com, 19 ноября 2019 г.
  108. ^ Пресс-релиз : «NextCODE Health запускает операции с эксклюзивной лицензией на использование платформы геномики deCODE Genetics для клинической диагностики на основе последовательностей и венчурного финансирования на сумму 15 миллионов долларов», PRNewswire , 23 октября 2013 г.
  109. ^ См. Вивьен Маркс, «ДНК нации», Nature , том 524, стр. 503–505 (август 2015 г.).
  110. ^ Пресс-релиз, «Sidra выбирает WuXi NextCODE для развития демографической геномики и точной медицины в Катаре», PRNewswire , 6 октября 2015 г.
  111. ^ Эллисон Проффитт, «WuXi NextCODE выбран для поддержки пилотного проекта в области прецизионной медицины в Сингапуре», BioIT World , 5 января 2017 г.
  112. ^ C. Браунштейн и др. , «Если бы я знал тогда то, что знаю сейчас: необходимость инфраструктуры для точной медицины», Vector. Архивировано 20 марта 2020 г. в Wayback Machine (блог Бостонской детской больницы), 14 августа 2017 г.
  113. ^ «ДНК нации», соч. цит. ; «WuXi NextCode и детская больница Фудань сотрудничают в области диагностики редких заболеваний», Genomeweb , 16 сентября 2015 г.
  114. ^ «Intermountain, декодируйте генетику для секвенирования 500 тысяч геномов для исследований», Genomeweb , 12 июня 2019 г.
  115. ^ Джонатан Смит, «Исландская компания секвенирует 225 000 геномов пациентов из Великобритании», Labiotech , 13 сентября 2019 г.
  116. ^ Тестов на миллион по странам на странице Wiki. Шаблон: Тестирование на COVID-19 по странам ; к концу апреля, через восемь недель после начала тестирования, отслеживания и изоляции, практически не было выявлено новых случаев, как можно увидеть на https://www.covid.is/data. Архивировано 3 апреля 2020 г. на Wayback Machine.
  117. ^ Лучшим источником информации об официальном ответе, от исторического графика до последних данных, является официальный сайт правительства covid.is, доступный на исландском, английском и многих других языках. Страница Википедии «Пандемия COVID-19 в Исландии» основана на этом с дополнительными источниками, ссылками и графиками.
  118. ^ См. данные и графики на официальной странице данных https://www.covid.is/data. Архивировано 3 апреля 2020 г. на Wayback Machine.
  119. ↑ Элизабет Кольберт, «Как Исландия победила коронавирус», The New Yorker , 1 июня 2020 г.
  120. ↑ Полезная схема того, что влечет за собой это тестирование, приведена у Клайва Куксона и Камиллы Ходжсон, «Какие тесты на коронавирус нужны миру для отслеживания пандемии?» , Financial Times , 1 апреля 2020 г.
  121. ^ Торунн Кристьяндоттир, «Естественный» и «естественный» лежание на веслах», Morgunblaðið , 6 марта 2020 г.
  122. ^ «Двенадцать тысяч забронировали встречи для скрининга», Morgunblaðið , 13 марта 2020 г.
  123. ^ Пресс-релиз , «В Исландии проводится масштабное тестирование всего населения», Министерство иностранных дел Исландии, 15 марта 2020 г.
  124. ^ Полную статистику тестирования органами здравоохранения и расшифровки по датам, а также количество активных инфекций с 28 февраля по 14 июня можно найти на английском языке по адресу https://www.covid.is/data-old.
  125. ^ Пресс-релиз , «Исландия представляет картину раннего распространения COVID-19 среди населения с помощью сплоченных мер общественного здравоохранения», deCODE Genetics, 14 апреля 2020 г.
  126. ^ «В три раза больше инфекций, чем обнаружено», Morgunblaðið , 5 июня 2020 г.
  127. ↑ Дагни Хульда Эрлендсдоттир, «Большое меньшинство граждан с антителами к COVID-19», RUV , 28 мая 2020 г.
  128. ^ «Частный самолет прибыл, чтобы забрать клетки крови», RUV , 6 июня 2020 г.
  129. ^ Берк, Люси, «Генетика и место преступления: расшифровка испорченной крови », Журнал литературных и культурных исследований инвалидности , 6 (2012), 193–208. doi:10.3828/jlcds.2012.16.
  130. ^ Рейкьявик: JPV, 2016.
  131. ^ Эйнар Кари Йоханнссон, « Национальная история Сьона: политическая трансформация коллективных воспоминаний исландцев в исторической художественной литературе Сьона » (неопубликованная магистерская диссертация, Университет Исландии, 2018), стр. 67.

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
  • Траинн Эггертссон. 2011. « Эволюция прав собственности: странный случай с медицинскими записями Исландии ». Международный журнал общин Vol. Т. 5, № 1 февраля 2011 г., стр. 50–65.
  • О deCODE в контексте новой геномики: Дэвис, Кевин, Геном за 1000 долларов: революция в секвенировании ДНК и новая эра персонализированной медицины (Нью-Йорк: The Free Press, 2010).
  • Сборник эссе исландского антрополога, посвященных Исландии, deCODE и геномике: Палссон, Гисли, Природа, культура и общество: антропологические перспективы жизни (Кембридж: Cambridge University Press, 2016).
  • Критический взгляд на deCODE и коммерческую геномику в начале 2000-х годов: Фортун, Майкл, Перспективная геномика: Исландия и генетика deCODE в мире спекуляций . Беркли: Калифорнийский университет Press, 2008.
  • «Гиновое безумие» нагревает Исландию, CBS News, 2 декабря 2002 г.
[ редактировать ]

64 ° 08'08 "с.ш. 21 ° 56'45" з.д.  /  64,13556 ° с.ш. 21,94583 ° з.д.  / 64,13556; -21,94583

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DeCODE_genetics&oldid=1236666192"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 7e58d6edab2b2608494b2e260d8ac74e__1721937900
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/7e/4e/7e58d6edab2b2608494b2e260d8ac74e.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
deCODE genetics - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)