КОРО6

КОРО6
Идентификаторы
Псевдонимы	CORO6 , коронин 6
Внешние идентификаторы	МГИ : 2183448 ; Гомологен : 104099 ; Генные карты : CORO6 ; OMA : CORO6 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 17 (human)
End	29,622,907 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 11 (mouse)
End	77,361,310 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	gastrocnemius muscle; ; muscle of thigh; ; gastric mucosa; ; apex of heart; ; Skeletal muscle tissue of rectus abdominis; ; left lobe of thyroid gland; ; right auricle; ; right lobe of thyroid gland; ; quadriceps femoris muscle; ; vastus lateralis muscle;
	Top expressed in
	interventricular septum; ; soleus muscle; ; muscle of thigh; ; extraocular muscle; ; digastric muscle; ; myocardium of ventricle; ; right ventricle; ; cardiac muscles; ; sternocleidomastoid muscle; ; intercostal muscle;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	actin filament binding; protein binding;
Cellular component	actin cytoskeleton;
Biological process	actin cytoskeleton organization; actin filament organization; cell migration;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	84940
	216961
	ENSG00000167549
	ENSMUSG00000020836
	Q6QEF8
	Q920M5
	НМ_032854 ; НМ_001351301 ; НМ_001351302
	НМ_139128 ; НМ_139129 ; НМ_139130 ; НМ_001368670
	НП_116243 ; НП_001338230 ; НП_001338231
	НП_624354 ; НП_624355 ; НП_624356 ; НП_001355599
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Коронин-6, также известный как коронин-подобный белок E (клипин-E), представляет собой белок , который у человека кодируется CORO6 геном .

Коронин-6 принадлежит к семейству коронинов, которые представляют собой актин- связывающий белок. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Ген CORO6 человека расположен на хромосоме 17 на цитогенетическом участке 17 p11.2. ^{[ 7 ]} Ген CORO6 хорошо консервативен во всех эукариотических организмах, от животных до грибов. ^{[ 8 ]}

Выражение

профиль EST

Судя по профилю EST, CORO6 на высоком уровне экспрессируется в гортани, нервах и мышцах. Также было показано, что CORO6 экспрессируется на высоких уровнях в опухоли молочной железы (молочной железы). На стадии развития человека более высокий уровень CORO6 экспрессируется у бластоцисты и у взрослых особей. ^{[ 9 ]}

Вариант стенограммы

Альтернативные мРНК показаны выровненными от 5' к 3' виртуального генома, где интроны сокращены до минимальной длины. Размер экзона пропорционален длине, высота интрона отражает количество кДНК, поддерживающих каждый интрон. Интроны одного цвета одинаковы, разного цвета — разные. «Хорошие белки» — розовые, частичные или плохие белки — желтые, uORF — зеленые. Флаги 5'-кэп или 3'-полиА показывают полноту транскрипта. CORO6 содержит 21 отдельный интрон gt-ag. Транскрипция производит 10 альтернативно сплайсированных мРНК. Существует 3 возможных альтернативных промотора и проверенные альтернативные сайты полиаденилирования. ^{[ 10 ]}

Структура

Последовательность белка CORO6 содержит повторы WD-40. Домен WD40 представляет собой структурный мотив, обнаруженный у эукариот и выполняющий множество функций, таких как адаптерные или регуляторные модули при передаче сигнала, процессинге пре-мРНК и сборке цитоскелета. Обычно он оканчивается на С-конце дипептида WD и имеет длину около 40 остатков, так называемый WD40. ^{[ 11 ]}

Структура CORO6 предсказана с помощью программы Phyre2 . Он похож на кристаллическую структуру мышиного коронина-1. 390 остатков (83% последовательности белка CORO6) были смоделированы со 100,0% достоверностью с помощью единственной матрицы с наивысшим баллом. Изображение окрашено в цвета радуги Конец N → C

Гомология

Паралоги

Белки человека, являющиеся паралогами CORO6, КОРО1А , КОРО1Б , КОРО1С , КОРО2А , КОРО2Б , КОРО7

В таблице сравнивается белок CORO6 человека разумного с его паралогами.

Имя паралогов	КОРО6	КОРО1А	КОРО1Б	КОРО2А	КОРО2Б	КОРО7
Инвенционный номер	НП_116243	НП_009005	НП_065174	НП_438171	НП_006082	НП_078811
Длина последовательности	472 аа	461 аа	489 аа	525 аа	480 аа	925 аа
Идентичность последовательности		67%	67%	45%	45%	32%
Сходство последовательностей		81%	80%	64%	63%	49%

Сравнивая его паралоги, мы обнаружили, что CORO1A и CORO1B наиболее связаны с CORO6.

Ортологи

CORO6 высококонсервативен во всех организмах от позвоночных до грибов, некоторые представители которых перечислены в таблице.

Род и вид (Сравнение ортологов)	Мудрый человек	Пан-троглодиты	Семейная собака	Анолис Каролинский	Дания рерио	Сахаромицеты cerevisiae	Плазмодий фальципарум
Общее имя	Человек	Шимпанзе	Собака	Ящерица	данио	Пекарские дрожжи	Малярийный паразит
Дата отклонения от человеческого происхождения		6,3 млн лет назад	94,2 млн лет назад	269 млн лет назад	400,1 млн лет назад	1215,8 млн лет назад	1381,2 млн лет назад
Инвенционный номер	НП_116243	XP_001137660	XP_548302	XP_0003227217	НП_956690	НП_013533	XP_001350896
Длина последовательности	472 аа	471 аа	472 аа	471 аа	436 аа	651 аа	602 аа
Идентичность последовательности для человека		96%	98%	83%	78%	42%	31%
Сходство последовательности с человеческой		97%	99%	90%	90%	62%	52%

Клиническое значение

Существует несколько клинических исследований, проведенных с использованием микрочипов, которые показали, что CORO6 положительно связан с аллергической реакцией эпителия носа на аллерген клеща домашней пыли in vitro. ^{[ 12 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000167549 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020836 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ де Хостос Э.Л. (сентябрь 1999 г.). «Семейство актин-ассоциированных белков коронинов». Тенденции в клеточной биологии . 9 (9): 345–350. дои : 10.1016/S0962-8924(99)01620-7 . ПМИД 10461187 .
^ «Кронин-6 Хомо Сапиенс» . НКБИ . Проверено 28 апреля 2013 г.
^ «КОРО6» . Генные карты . Проверено 28 апреля 2013 г.
^ «КОРО6» . Гомологен . Проверено 28 апреля 2013 г.
^ «Уровень экспрессии CORO6» . профиль EST . Проверено 28 апреля 2013 г.
^ «КОРО6» . ACEview.
^ «Суперсемейство WD-40» . консервативный домен . Проверено 28 апреля 2013 г.
^ «Аллергическая реакция эпителия носа на аллерген клеща домашней пыли in vitro.pnj» . ГЕО-профиль . Проверено 9 мая 2013 г.

Внешние ссылки

человека CORO6 Расположение генома и страница сведений о гене CORO6 в браузере генома UCSC .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000167549 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020836 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[5] де Хостос Э.Л. (сентябрь 1999 г.). «Семейство актин-ассоциированных белков коронинов». Тенденции в клеточной биологии . 9 (9): 345–350. дои : 10.1016/S0962-8924(99)01620-7 . ПМИД 10461187 .

[6] «Кронин-6 Хомо Сапиенс» . НКБИ . Проверено 28 апреля 2013 г.

[7] «КОРО6» . Генные карты . Проверено 28 апреля 2013 г.

[8] «КОРО6» . Гомологен . Проверено 28 апреля 2013 г.

[9] «Уровень экспрессии CORO6» . профиль EST . Проверено 28 апреля 2013 г.

[10] «КОРО6» . ACEview.

[11] «Суперсемейство WD-40» . консервативный домен . Проверено 28 апреля 2013 г.

[12] «Аллергическая реакция эпителия носа на аллерген клеща домашней пыли in vitro.pnj» . ГЕО-профиль . Проверено 9 мая 2013 г.

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]