Псевдомонас цитронеллол
| Псевдомонас цитронеллол | |
|---|---|
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Гаммапротеобактерии |
| Заказ: | Псевдомонады |
| Семья: | псевдомонадные |
| Род: | Псевдомонада |
| Разновидность: | П. цитронеллолис
|
| Биномиальное имя | |
| Псевдомонас цитронеллол Зойберт 1960 г.
| |
| Тип штамма | |
| АТСС 13674 ККУГ 17933 | |
Pseudomonas citronellolis грамотрицательная палочка которая , используется для изучения механизмов пируваткарбоксилазы — . [1] Впервые он был выделен из лесной почвы под соснами в северной Вирджинии , США . [2]
Характеристики
[ редактировать ]Pseudomonas — грамотрицательная палочка . citronellolis Впервые он был выделен из лесной почвы под соснами в северной Вирджинии , США . [2] У него есть один полярный жгутик, позволяющий ему двигаться.
Отношения с растениями
[ редактировать ]На агаре P. citronellolis образует круглые белые колонии, продуцирующие флуоресцентные зеленые пигменты. Он также образует биопленку и устойчив к большинству антибиотиков . Бактерия имеет биотические отношения со своим растением-хозяином (сосной или базиликом). Он вырабатывает тип гормона, который вызывает удлинение и деление растительных клеток, что приводит к увеличению количества местных доступных питательных веществ. [3]
Метаболический потенциал
[ редактировать ]Изучение P. citronellolis важно, поскольку его можно использовать в качестве модели для исследования метаболизма и активности ферментов в отношении глюкозы. Он также имеет потенциал для использования в биоразложении полиэтилена. [4]
Геном
[ редактировать ]Размер генома составляет 6 951 444 п.н., размер кодирующей ДНК — 6 028 113 п.н. Среднее содержание GC составляет 67,11% и 4 665 300 п.н. Из 6169 предсказанных генов 6071 (98,41%) представляли собой белковые CDS, из которых 4762 гена имели предсказанную функцию. Всего было предсказано 96 генов РНК, в том числе 15 рРНК. [3]
Выделение ДНК Pseudomonas citronellolis для секвенирования матрицы 16sR выявило 25 мкл разведенной геномной ДНК. BOXAIR, ПЦР-анализ на основе повторяющихся экстрагенных палиндромных последовательностей (REP-PCR) и энтеробактериальный повторяющийся межгенный консенсус (ERIC) использовались в качестве праймеров для амплификации ДНК. ПЦР для 29 штаммов P. citronellolis дала от 8 до 12 амплифицированных полос. Они были очень различимы и имели размеры от 9000 до 100 п.н. REP-PCR дает наиболее сложные амплифицированные картины полос, которые отражают разнообразие штаммов P citronellolis, выделенных из различных образцов почвы, загрязненных маслянистым илом. Паттерны риботипов штаммов P. citronellolis показали наличие множественных ампликонов , что убедительно указывает на полиморфизм спейсерной области рРНК. Этот эксперимент на геноме не содержал никаких плазмид и не предоставил никаких доказательств ее существования. [5]
На основании 16S рРНК анализа P. citronellolis был отнесен к группе P. aeruginosa . [6] P. citronellolis Также было обнаружено, что способен к биосинтезу полигидроксиалканоатов из «линейных моно- и дикарбоновых кислот», типа полиэфира , синтезируемого бактериями . [7]
Геном P. citronellolis P3B5 содержит гены, кодирующие шесть предполагаемых лактамаз, устойчивых к лактамным антибиотикам. Кроме того, геном содержит гены, кодирующие откачивающие насосы, которые обеспечивают устойчивость к другим антибиотикам, таким как триметоприм . Геном P3B5 кодирует гены, которые должны позволять ему расщеплять алканы. В сочетании с его устойчивостью к стрессу и образом жизни, зависящим от растений, этот организм становится интригующим кандидатом для подходов к восстановлению растений. Наблюдалась устойчивость к нескольким АТ и было обнаружено несколько генов ABR, но не было обнаружено никаких доказательств потенциальной мобилизации генов ABR. [4]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Зойберт В., Рембергер У. (1961). «Очистка и механизм действия пируваткарбоксилазы Pseudomonas citronellolis ». Биохим. З. 334 : 401–14. ПМИД 13750403 .
- ^ Jump up to: а б Зойберт В. (март 1960 г.). «Разложение изопреноидных соединений микроорганизмами. I. Выделение и характеристика бактерии, разлагающей изопреноиды, Pseudomonas citronellolis n. sp» . Журнал бактериологии . 79 (3): 426–34. дои : 10.1128/jb.79.3.426-434.1960 . ПМК 278703 . ПМИД 14445211 .
- ^ Jump up to: а б Ремус-Эмсерманн М.Н., Шмид М., Гекенидис М.Т., Пеллудат С., Фрей Дж.Е., Аренс CH, Дрисснер Д. (2016). «Pseudomonas citronellolis P3B5, кандидат для микробной филлоремедиации участков, загрязненных углеводородами» . Стандарты в геномных науках . 11:75 . дои : 10.1186/s40793-016-0190-6 . ПМК 5037603 . ПМИД 28300228 .
- ^ Jump up to: а б Бхатия М, Гирдхар А, Тивари А, Наяриссери А (2014). «Влияние новых видов Pseudomonas на биоразложение полиэтилена низкой плотности: подход от in vitro к in silico» . СпрингерПлюс . 3 : 497. дои : 10.1186/2193-1801-3-497 . ПМК 4409612 . ПМИД 25932357 .
- ^ Бхаттачарья Д., Сарма П.М., Кришнан С., Мишра С., Лал Б. (март 2003 г.). «Оценка генетического разнообразия штаммов Pseudomonas citronellolis, выделенных из участков, загрязненных маслянистым илом» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (3): 1435–41. дои : 10.1128/АЕМ.69.3.1435-1441.2003 . ПМК 150093 . ПМИД 12620826 .
- ^ Анзай И., Ким Х., Пак Дж.Ю., Вакабаяши Х., Ояизу Х. (июль 2000 г.). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (4): 1563–89. дои : 10.1099/00207713-50-4-1563 . ПМИД 10939664 .
- ^ Чхве М.Х., Юн С.К. (сентябрь 1994 г.). «Характеристики биосинтеза полиэфиров Pseudomonas citronellolis, выращенных на различных источниках углерода, включая 3-метил-разветвленные субстраты» . Прикладная и экологическая микробиология . 60 (9): 3245–54. doi : 10.1128/aem.60.9.3245-3254.1994 . ЧВК 201795 . ПМИД 16349378 .